开唐朝酷吏之始。
事实上酷吏对于她来说，也不过是可加利用的恶狗，借他们铲除异己，并树立自己的威严使人畏惧。一但利用够了，也就可以除掉了，何况她已经建立了新朝代，需要在大规模的“破旧”后收拾朝野乱局，这些人也可以退出了。再说还能落一个“惩奸除恶”的名声，为自己收得额外的人望。
除丘神勣、索元礼、周兴之外，傅游艺、史务滋等酷吏也在天授二年相继被武则天除掉。
然而傅游艺人虽死，留下的馊主意却仍然为祸世间。这就是杀戮流人的“六道使”。关于六道使，还有一种说法。据说有个叫李秦的补阙向武则天上书，说他听说有条谶语“代武者刘。”刘就是流，指的就是被流放的人。同时还说：“陛下自登极，诛斥李氏及诸大臣，其家人亲族，流放在外者，以臣所料，且数万人。如一旦同心招集为逆，出陛下不意，臣恐社稷必危。”傅游艺便出主意，派特使到各道去，名为抚慰流人，实际上对一众流人斩草除根。
傅游艺死后，武承嗣仍然不断向武则天吹风，长寿二年又有人奏报说岭南流人确有谋逆。武则天便派万国俊前往岭南调查。万国俊深得来俊臣的真传，一到岭南就矫诏杀戮了三百多流人，然后捏造所谓罪证回报女皇，还说：“诸流人咸有怨望，若不推究，为变不遥。”武则天认为言之有理，便提拔万国俊为朝散大夫、行侍御史，又派右翊卫兵曹参军刘光业、司刑评事王德寿、苑南面监丞鲍思恭、尚辇直长王大贞、右武威卫兵曹参军屈贞筠等人以监察御史身份前往剑南、黔中、安南等六道审讯流人。这帮家伙见万国俊杀人升官，个个学样，唯恐杀少了被人比下去，手段比万国俊还要狠毒。刘光业杀的最多，达九百人。被杀的流人中有些甚至与武则天毫无瓜葛，是太宗、高宗时期的。消息传来举国震惊，武则天也觉得必有冤滥，遂下诏平冤，将六道使判罪，并带到他们杀害流人的各道处斩。万国俊也在不久后便因鬼物作崇惊恐而死。
逃过劫难的流人也不在少数，如刘易从之子刘升。裴炎的侄子裴伷先也逃过了这一劫。裴炎被杀时，裴伷先才十七岁，也被流放。他在岭南娶了一个也是被流放的卢氏女为妻，生子裴愿。卢氏死后，父子俩偷偷跑回家乡，几年后被人发现，又挨了一百杖流放北庭都护府。裴伷先来到北方后也不想再跑了，干脆就在北方做生意，五年后就赚得了几千万家产，还娶了一个北方部落首领的女儿为妻。这个部落光是住人的帐蓬就超过一万顶，非常有势力。在老丈人的大力扶持下裴伷先收养了几千食客，在去往洛阳的每条道路上都安排探听消息的耳目，因此他提前知道了六道使商议滥杀的事情，带着宾客和妻儿逃往塞外，经过一番波折后才得以免死，直到李旦即位，追赠裴炎为益州大都督，裴伷先才出头露面，一直做到秦州都督，又统管桂广两地，又做了一任幽州帅、四任执金吾、一次兼御史大夫，还有太原京兆尹太府卿。共任三品官近四十年，死于工部尚书东京留守任上，享年八十六岁。
但是在所有的酷吏中，却有一个人逃过了武则天的诛杀，他就是来俊臣。武则天对他始终宠信不疑。这大约是因为来俊臣“心怀大志”，暗地里以晋朝石勒自许，当然在武则天面前格外“懂事”，也就不会轻易失却武则天的欢心。
随着时间的推移，来俊臣也越来越嚣张，寻常百姓国家官员四夷酋长都不看在他的眼里。他曾经看中了西突厥可汗斛瑟罗的歌舞伎，想要据为己有，就派人诬告斛瑟罗谋反。诸部落可汗酋长为了搭救斛瑟罗，都赶往皇宫割耳损面向女皇诉冤，多达数十人。斛瑟罗因此没有被立即处死，熬到了来俊臣被诛的那一天。大难不死必有后福，久视元年（公元700年）正月，斛瑟罗被册为“竭忠事主可汗”，封平西大总管，奉命镇守碎叶。其子右武卫将军阿史那怀道也于704年被册封为西突厥十姓可汗。
来俊臣被女皇诛杀的原因，是因为他一直打算篡夺皇位，为了达到这个目的，他决定将诸武诸李一齐铲除。来俊臣精心策划了一场大阴谋，准备让手下党羽先诬告武氏诸王和太平公主及张易之，再诬告皇嗣李旦和庐陵王李显联同禁军谋反。第一步棋还没能下得了，就被一个打退堂鼓的手下将消息报到了太平公主那里。诸武和太平公主对来俊臣的厉害早已领教，恐惧之下立刻提前动手，收集了来俊臣的罪证向女皇控告。神功元年（697）六月，武则天颁布《暴来俊臣罪状制》，终于使杀人无数的来俊臣也被处以极刑。来俊臣被处刑后，尸体眨眼间就被仇家手撕口咬，丝毫不剩。则天时代酷吏历史宣告结束。
除了“酷吏”，武则天所用的“循吏”其实更多，而且众多酷吏几乎只充当打手，很少有谁能掌握行政大权，武周王朝的宰相群人数众多，却只有两个酷吏：傅游艺与吉顼。
傅游艺只当一年多宰相就被下狱死；
吉顼虽是酷吏，但敢与诸武当面争吵，主张杀来俊臣，劝立李显为太子，为人更象汉时陈汤一类。最著名的三大酷吏为索元礼、周兴、来俊臣。索元礼官止游击将军（从五品上）；周兴官止尚书左丞（正四品上）；来俊臣官止司仆少卿（从四品上），都只能掌握刑狱，无法染指国政方针。这也是武则天时代虽然酷吏众多、又经历了改朝换代，国家却仍然正常运行的重要原因。只是世人知酷吏者多，知循吏者少，也算是好事不出门，坏事传千里。
看着姑母登基称帝，武承嗣眼前仿佛也看到了自己的未来。他费尽心机等的就是这天，现在他要开始下一步：让姑母废皇嗣李旦，立自己为继承人。这当然也是诸武共同的愿望。
天授二年（公元691），武承嗣党徒凤阁舍人张嘉福派王庆之等数百人联名上表，请武则天改立武承嗣为皇太子。表章递上，立即引来了宰相们一轮又一轮的猛烈抨击，也没能得到武则天的同意。诸武当然怒火中烧，便勾结来俊臣编织冤狱，将右相岑长倩、同平章事格辅元及其它相关数十人都杀害了。
这一场冤狱，其实也从另一个侧面反映武则天心中的左右摇摆。人的天性使她更偏向亲生的儿女，何况李旦一直以来都表现得温驯听话。但帝王的天性却使她清醒地意识到儿女毕竟都是李唐王朝的后人，不可能将她劳心费力开创的武周王朝继续下去。假如李唐王朝重振，自己的身后名声很可能狼籍，假如武周王朝继续，这种情形则不太可能出现。
犹豫不决的武则天随后召见了王庆之，一见面就问他：“皇嗣李旦是我的亲生儿子，为什么要废掉他？”王庆之回答：“‘神不歆非类，民不祀非族。’如今已是武家天下，怎么能让姓李的继承皇位！”武则天犹豫良久不能抉择，遂命王庆之退下。王庆之好容易才当面见到了武周女皇，又奉了诸武之命，一心想当个“保国功臣”，哪肯就这样走掉，趴在地上又哭又喊誓死不休。武则天便将一张盖上御印的纸递给他，说：“往后你要见我也不难，凭这个就能通过侍卫了。”
得到这张纸的王庆之及诸武如获至宝，越发认为武则天如今的心思还有可乘之机。此后王庆之便频频求见，喋喋不休地向武则天请求废李旦立武承嗣。终于惹恼了武则天，当王庆之再一次大摇大摆走到她面前的时候，她下令身边的凤阁侍郎李昭德将王庆之拖出去痛打。
李昭德将王庆之拉出光政门，对聚在那里的朝臣大声宣布：“此贼欲废我皇嗣，立武承嗣！”不用说，顿时引起群情激愤，王庆之的这顿板子也就格外实在，最后被打得耳目出血、活活打死。
趁着武则天被王庆惹恼、更偏向李旦的机会，李昭德向武则天进谏：“天皇（即高宗）是陛下的丈夫；皇嗣是陛下的亲生儿子。您既然得了天下，当然应该传给自己的子孙后代，怎么可以放弃亲生儿子立侄儿！自古以来，都没有听说过侄儿当了天子而为姑姑立庙的事情，当然更谈不上姑父。如果您将天下给了武承嗣，天皇在天之灵只怕再也得不到血食了。”
武昭德的话终于从根本上打动了武则天。也使武承嗣正位东宫的计划遭到重大的挫败。
武周王朝的政事逐步走上正轨。
长寿元年（公元692）的一月初一，武则天召见存抚使推荐的所有士人，无论贤愚都加以提拔。一时间官儿泛滥，世人皆笑云：“补阙连车载，拾遗平斗量；欋推侍御史，碗脱校书郎。”事实上，这是武则天一条非常管用的帝王之术，在广洒官帽之后，她再对众人严加查考，不称职的再加以罢黜甚至刑罚。而眼看女皇施爵大方，天下有才之人又非常动心，即使有些人嘴里说得响当当，不愿为女主所用，却由不得心中羡慕，那身子也就不由己地走过来了。（一千年后的清王朝也照抄了这条方子）
告密之风，是武则天做太后时为铲除异己而施的一条非常之计，前后被诛杀的宗室贵族就有数百人，够得上大臣级别的也有几百家，至于刺史以下的官员就更是数不胜数。以至于宫婢将所有的新任官员都预先当死鬼看待。世间的宵小之徒则以为如今太后成了女皇，自己还能继续靠出卖良心升官发财。岂知女皇心里非常清楚，如今改朝换代的大业已成，天下已是武周天下，不能再任由其混乱下去。
五月发生的一件事成为遏止告密风的开始。
武则天迷信佛教，一度下令禁天下屠杀捕猎。右拾遗张德想要给儿子办三朝，爱子心切地偷偷杀羊宴请同事。补阙杜肃吃了还要拿，偷藏席上肉块，连同告密信一起送到了女皇案上。
第二天上朝的时候，女皇向张德道贺：“听说爱卿生了儿子，我也很是欢喜。”张德不知是哪里的帐，受宠�