皇后，自然要比一个年纪又大家世又显赫的皇后要听话得多，也更易控制，最大限度地满足慈禧太后继续插手朝政的愿望。
然而，在皇后人选方面，慈禧太后的意见却并没有得到慈安太后与同治帝本人的认可。他们都认为“选后取德，选妃取色”。
谁是皇后谁是妃嫔，一切在二月初二这天揭晓。同治帝手中那枚象征皇后之位的信物玉如意最终还是交到了阿鲁特氏的手里。大局定下之后，慈安太后为免慈禧太后过于难堪，命同治帝将象征皇妃身份的信物荷包交给了富察氏，她成了慧妃。还有三名秀女，分别是皇后的亲姑姑、赛尚阿十六岁的庶出女儿阿鲁特氏；知府崇龄十八岁的女儿赫舍里氏；主事罗霖的女儿西林觉罗氏。小阿鲁特氏被封为珣嫔，赫舍里氏被封为瑜嫔，西林觉罗氏被封为瑨贵人。
在这场两宫太后凭借家族身份以及对儿皇帝影响力进行的竞争中，慈禧太后输了。然而这一场令慈禧太后大失颜面的选秀，却最终导致了同治帝及其后妃惨淡的未来和结局。
这场选秀之后，慈安太后的人生又归于沉寂。直到十二年后她去世那时为止。
光绪七年三月九日，两宫太后齐赴早朝，此后慈安太后还召见了军机大臣，当时大臣们都看见慈安太后面色红润谈吐自如，晚间却传来了她“不豫”的消息，仅仅过了一天，三月初十戌时（19…21点），慈安太后便在钟粹宫中去世了，年四十五岁。慈安太后从起病到弃世，前后仅两天时间，这使得关于她的死在野史中也被说得甚是热闹。在所有的传说中，两种说法最为卖座。
第一种说法：咸丰帝临终之时曾经留下一道密诏给慈安，说是假如慈禧本分就罢，若是仗着儿子掌权违制，慈安可凭此诏诛杀慈禧。因为有此诏的缘故，慈禧一直对慈安毕恭毕敬，蒙在鼓里的慈安却对她毫无防范，认为丈夫待慈禧太过严厉，遂将此诏当着慈禧的面烧毁。谁知意欲独揽大权的慈禧却在随后向慈安下了杀手。
第二种说法：光绪七年初，慈禧太后难耐后宫寂寞，与宫外男子（此男子为何人，说法不一）来往并怀上身孕，又因打胎而长期卧病。消息走漏后慈安太后打算惩办，却被慈禧先下了毒手。
至于慈禧太后下毒手的方法，说法也多姿多彩。最盛行的一种，是慈禧先让慈安吃自己的点心使其麻痹大意后，再将毒放在点心中送往其宫里。还有说是派太监在慈安太后饮食中下毒的。总之都是毒药在起作用。
然而这些说法也都有些值得推敲之处。
首先说遗诏。慈安太后死时，已经是光绪七年，在此之前，慈禧太后不但掌权，而且还背得有逼死同治皇后阿鲁特氏的嫌疑，此后光绪幼冲即位，恢复了两宫太后垂帘听政制度，然而在长达七年的时间里，多数时候都是慈禧一人理政，多数事情也都是由慈禧一人独裁。假如世上真有这样一道遗诏，假如慈安太后当真要执行，早就该用上一百回都不止了。何况如此隐秘的遗诏内容及烧诏现场，太监宫女或大臣们再得两宫太后宠信，也绝无让他们当场见证的可能，除非——慈安太后不怕担烧毁先帝遗诏的罪名，慈禧太后不怕被人知道死鬼老公猜忌自己——那……就是两宫太后都疯癫了。
再说慈禧太后私孕的传说。慈禧太后确实有不符皇族寡妇的举动，比如她嗜好看“粉戏”，也就是不庄重的戏剧，然而此人好排场，虽然看的是粉戏，也总是要招一大帮子贵妇人陪着一起看，陪看的人从儿皇帝媳皇后直到王爷福晋公主，总是一大帮一大帮的，能有什么时间和戏子眉来眼去？至于宫外男子由李莲英领进宫去偷情之说，更有些平头老百姓臆想的味道，简直是将深宫大院当成了土财主的浅门小屋。关于这一点，《红楼梦》中贾母掰谎一篇中有精彩的陈述，在此就不再重复了。而在光绪七年（公元1881）时候，慈禧太后已经是四十七岁绝经期的妇人，竟还能老蚌生珠，也可算是奇事一件。至于说到她光绪七年三月，即慈安太后崩逝的时候，慈禧太后确实在卧病期间。然而她的这场病却是从光绪六年害起，直到光绪八年才告痊愈，当其病愈时，慈安太后早就死了一年多了，由于害病时间太长，光绪皇帝甚至还曾经下诏要各地督抚举荐良医。
但是这并不是说慈安太后之死这件事上，慈禧太后毫无可疑之处。在正式记录的史料中，以慈禧太后的权力，当然不会留下任何不利于自己的记载，但对于慈安死后其所居钟粹宫的情形，当时的大学士翁同龠在日记中却有提及。据他说慈安向有头疼之疾。三月九日这天感觉身体不适，十日头疼也异常剧烈，随后便在当夜去世了。她去世次日，翁同龠在钟粹宫中看到了九日十日两天共计五张药方。奇怪的是这些药方都没有拿去抓药。据说是因为她头疼后不久便已经神智不清牙关不开无法喝药，但是真相如何，深宫隐晦，仍然令人极费猜疑。
慈安太后的另两种死法，传播较少，不过也值得注意
一种是说她被娘家家务事气急或因政事繁亢疲劳，于是诱发旧病而死，据她生前药方来看，她后来有较严重的高血压，常用天麻。光绪年间较少上朝理政，恐怕也有这个原因在内。不过慈禧太后虽然独自理政，但大事都要经过她，疲累恐怕也难免。
另一种说法是说她自杀，原因那就说啥都有，主要当然还是说是给慈禧逼的……
三、倒霉的亲生子夫妇——同治帝及其后妃
说到慈禧太后的一生，就不能不说她与两位儿皇帝的关系。
用民间的话来说，两宫皇太后（包括慈安慈禧）不但克夫，而且绝不益子孙，更离奇的是似乎出自她们撮合首肯并且关系来往特别亲密的夫妻也都没有好结果——咸丰帝与丽贵妃所生的女儿荣安固伦公主出嫁仅一年工夫，就象弟弟同治帝一样无子而死，额驸符珍成了鳏夫。恭亲王奕䜣的大女儿被两宫太后收为养女封荣寿固伦公主，于同治五年下嫁道光帝第六女之子志端，结婚仅五年志端就死了，十八岁的荣寿公主从此守了一辈子寡，干脆长年在皇宫中陪伴太后；还有一位四格格，是庆王奕劻的女儿，她也是由太后指婚的，也是新婚不久就当了寡妇；常年陪侍在太后身边的寡妇还有一位，是内务府大臣庆善之女，慈禧太后将她指婚给自己的弟弟桂祥做儿媳妇，这位更惨，婚礼还未举行未婚夫就死了，连丈夫长啥样都没弄明白就做起了寡妇。除此之外还有同治帝的敦宜皇贵妃（即慧妃）富察氏、瑜妃赫舍里氏、珣妃阿鲁特氏、瑨嫔西林觉罗氏；光绪帝的皇后叶赫那拉氏、瑾妃他他拉氏这两个守活寡就更不用说了。慈禧太后（光绪七年前还有慈安太后）的闲暇时光，就和这么一群被她们“制造”出来的寡妇们一起消耗。
不过，同样是长期生活在宫院中的寡妇，同治帝留下的嫔妃们却似乎过得并不好，也很少有机会陪伴在慈禧太后身边。尽管她们是慈禧太后亲生儿子的女人，慈禧太后似乎却宁可接近她深恶痛绝的光绪皇帝的后妃——哪怕是珍妃的亲姐姐瑾妃。
同治帝与阿鲁特氏夫妇死后，在他个人所属的那个家庭里，就只剩下了四个妾室，虽然这四个年轻女人的封号一直在逐步提高，但她们的处境却很凄凉。据慈禧太后的宫廷女官德龄回忆说：“她们象囚犯似的永远被禁闭在一座很冷僻的宫院之内，终年不准走到外面来。……当同治帝归天的时候，她们都还是红颜少女，太后却将她们囚禁了，不肯放她们出去，却又不愿见她们，以免触起她思念同治的愁绪。她把她们活埋一般地锁闭在深宫里……”
德龄的这段记述并不完全准确。因为慈禧在日常生活中还是会让同治帝的嫔妃们在旁边陪伴的，她还非常偏爱同治帝的慧妃富察氏，同治帝生前富察氏未曾生育便当上了皇贵妃，新寡之后她成为敦宜皇贵妃，在慈禧六十大寿之时，慈禧太后甚至将富察氏封为“敦宜荣庆皇贵妃”，使富察氏成为清朝唯一一个享有四字尊封的皇贵妃。但是同治的另外几位嫔妃就不好说了，慈禧太后西逃时带上了光绪夫妇、带上了光绪的瑾妃他他拉氏，偏偏没有带上同治帝的寡妇珣妃瑜妃瑨妃。在那样面对生死存亡的时候，几个年青的寡妇心里最大的怨恨，恐怕还是怨恨自己的死鬼丈夫，为什么死得那么早吧？
说起来，同治帝确实是死得太早了，他是清王朝最短命的皇帝，不但没有儿女，而且只在人世间活了二十个年头。同治十三年十二月初五酉时（公元1875年1月12日17~19时），同治帝爱新觉罗载淳死于养心殿东暖阁。同治帝死后不到一百天，即光绪元年二月二十日寅时（公元1875年3月27日3…5点）他的皇后阿鲁特氏也离开了人世，享年二十二岁。
这对皇族夫妇的死，成为清宫的一大谜案。而各种各样的稗史野记，都不约而同地将矛头指向了同一个人：慈禧太后。认为是她间接或直接地将亲生儿子小夫妻推上了绝路的。
在多数时候，慈禧太后被描绘成一个没有母子亲情的女人，当然这也成立，因为皇宫中根本就不允许父母子女间产生什么真感情，那是“违制”的。除此之外，慈禧本人在宫廷生活中还日渐养成了极强的报复心——“如果有什么事情恼了她，便不可开交了！不管是怎样一件无关紧要的小事，她都不肯甘休，必然要大发雷霆，闹得上下不安，而且这样一来，她一定会把这个人或这件东西恨到了底，虽隔三年两载，还是耿耿于怀记着……即使把这一生的时间全用来赎罪，一刻不离地在她的足下长跪，她也断断不肯宽放的！”在绝大多数时候，慈禧还是个不苟言笑，喜怒不形于色，也不肯轻易相信别人的感情的人。据野史记载，大约就是�