现在只等军令部的同意就可以使这个计划最后定案了。大约在3月中旬，联合舰队就简单地通知军令部说，它正在研究进攻中途岛的计划，但没有举行进一步讨论。4月2日，山本海军大将派作战参谋渡边安次海军中佐赴东京，正式呈递联合舰队的这一初步方案。渡边很快发现，要使这个作战方案获得通过，是不会一帆风顺的。
二、“澳大利亚第一”论
当联合舰队更加积极制订第二阶段作战方案的时候，军令部也没有闲着。不过，它的注意力却集中于另一个地区，和联合舰队所考虑的两大方案不同。这就是以澳大利亚为中心的所谓东南地区。
军令部总长永野海军大将和次长伊藤整一海军中将都不是那种爱指手划脚指挥部下订计划的人。他们让部下自己去搞，只是在计划拟好送给他们批阅时，他们才表态。所以，军令部的思想大体上反映了军令部第一部（作战部）作战课的思想。军令部第一部部长是福留繁海军少将，第一部作战课课长是富冈定俊海军大佐。“澳大利亚第一”的战略思想就是由富冈海军大佐提出来的。
富冈一帮人认为，澳大利亚具有极大的重要性。这是由于他们估计澳大利亚次大陆幅员广阔，在日本防御圈中占有重要战略地位，它几乎肯定要成为同盟国反攻的跳板。他们推论说，为了充分利用美国大规模生产飞机的工业能力，盟军的反攻将以航空兵为先锋；同时，为了有效地利用这支巨大的航空兵力，就不免要使用澳大利亚的陆上基地。因此，除非日本控制了澳大利亚或者把澳大利亚切实和美国隔绝，否则，在日本的防护甲胄上就会有一个弱点。
日军在1月轻而易举地攻占了俾斯麦群岛后，那些最积极倡导澳大利亚第一思想的人开始鼓吹立即占领澳大利亚的主要地区。可是，这个急进的初步主张立即遭到了陆军方面的反对。陆军直截了当地说，他们无法抽调这一战役所需要的十几个师团的兵力，更不用说不可能凑集足够的船只来运送这样一支部队和为这些部队提供补给了。
陆军反对的理由是很有说服力的，但是，海军方面怀疑这些理由只不过是为了掩盖陆军的真正意图。据推测，大本营陆军部深信德军计划春季在高加索发动的攻势必能成功，这一胜利当然会使欧洲战局发生有利于德国的根本变化。海军方面猜测，陆军要保存一大批部队，以便在这种有利局势出现时用以对付俄国。
很明显，陆军无论如何也不愿把很多兵力用于东南地区，也不愿参加澳大利亚攻略作战。因此，军令部的战略家们开始集中精力搞一些较小的计划：通过逐步控制新几内亚东面的所罗门群岛和新喀里多尼亚一斐济一线，以孤立澳大利亚和切断美国战争物资的供应。
4月初，当联合舰队提出它的中途岛作战方案的时候，军令部的计划已经开始执行。作为第一步，已经占领了新几内亚东岸的莱城和萨拉莫阿；陆军方面也同意在第二阶段作战中，即对新几内亚东南岸的莫尔兹比港和所罗门群岛的图拉吉同时发动的攻略作战中，使用它驻在拉包尔的南海支队（南海支队于1941年10月与南方军同时成立，由大本营直辖，司令官堀井富太郎少将。战斗序列是，第五十五兵团，步兵第一百四十四联队（团）、山炮兵第五十五联队一个大队（营）和工兵第十五联队一个中队（连），共主要任务是攻占关岛等战略要地。该支队在日本投降前被彻底击溃。——译者）。莫尔兹比港一图拉吉作战只等南云部队抽派一个航空母舰战队来加强海军掩护部队。同时，军令部正在设法说服陆军参加在占领莫尔兹比港和图拉吉后准备立即对新喀里多尼亚，斐济和萨摩亚发动的攻略作战。
由于上述情况，联合舰队提出中途岛作战方案的时机几乎是再也没有那么不利的了。该方案明确规定，中途岛作战（同时对阿留申群岛西部实施牵制性攻略作战）于6月上旬进行，而军令部提出的新喀里多尼亚一斐济一萨摩亚作战则要推迟到中途岛和阿留申作战之后。这样，在联合舰队与军令部之间，即将演出一场重大的实权较量，看看谁在决定海军战略方面有更大的发言权。
三、关于中途岛的争论
4月2日，渡边海军中佐代表联合舰队一方，军令部第一部航空参谋三代辰吉海军中佐代表军令部一方，就中途岛作战方案开始了冗长的交换意见，关于中途岛作战方案的争论就这样很快地展开了。三代海军中佐竭力而且有时几乎声泪俱下地提出一大堆理由，反对中途岛作战方案。他的理由是，很难筹集所需要的大批军需物资；中途岛作战在战术上有种种不利条件；而且，即便能占领中途岛，它的战略价值也是值得怀疑的。
就物资要求方面来说，三代指出，按军令部计划，首先实施新喀里多尼亚一斐济一萨摩亚作战比较合适，因为事实上准备工作早就开始了。三代特别强调，由于飞机和航空器材不足，所以几乎不可能按联合舰队规定的攻击日期，及时给南云海军中将的航空母舰业已消耗的飞行队提供补充装备。
飞机的补充问题直接涉及三代海军中佐的业务，因为他的职务就是给海军航空兵的作战部队及时补充飞机。这方面的情况确实越来越严重。按规定，海军务飞行队应陔有等于编制飞机数目三分之一的预备飞机。但实际上，大部分飞行队不仅没有预备飞机，而且机数还达不到编制定额。三代刚把第十一（岸基）航空舰队紧急请求把它的飞机按编制定额补齐的事推脱了，其借口是连“龙骧号”航空母舰还没有用0式战斗机来替换老式的96式战斗机呢（0式战斗机为1940年式（日本皇纪2600年式）战斗机，96式战斗机为1936年式（日本纪皇2596年式）战斗机。——译者）。
三代接着说，即使补给问题能设法得到解决，军令部仍然认为，中途岛作战无论在战术上或战略上都是不明智的。他提出了下面的主要反对理由：
一、由于中途岛靠近美国太平洋主要基地夏威夷，除航空母舰外，敌人还能充分使用潜艇和驻在夏威夷的大型岸基飞机，对该岛的防御进行支援。还应该想象到，珍珠港的教训已经使敌人充分警惕，密切注视着日本海军的动向，因此准以做到出敌不意。
二、另一方面，口本部队则不能用岸基飞机进行搜索和侦察。就是说，航空母舰必须腾出一部分舰载机，去补充战列舰和巡洋舰水上侦察机，执行侦察任务。
三、在中途岛攻略作战中，虽然不能排除联合舰队所指望的跟美国舰队进行决战的可能性，但军令部认为敌人不大可能为了保卫中途岛而把它那支实力有限的残存海军兵力孤注一掷。敌人很可能把它那支水面兵力保存起来。如果中途岛被我们占领，敌人则将利用中途岛离日本远而离夏威夷近的有利条件，在尔后采取行动收复该岛或者使该岛瘫痪。
四、后一种可能性说明，日本占领中途岛后，维持对十途岛的补给和防御敌人反攻，是个很严重的问题。中途岛除了离日本本土很远外，它的面积很小，一旦遭到来自海上或空中的突然袭击，驻在该岛的飞机将不能疏散以减少损失。为了预防敌人的这种攻击，我方就须日以继夜实施大规模空中巡逻，这就需要使用大量飞机和耗费大量汽油。长此以往，
由此产生的补给和运输问题恐非日本力所能及。
五、联合舰队认为，把中途岛作为日本的空中巡逻前进基地，可以便于发现驶往日本本土的美国特混舰队，因此，中途岛对日本有战略价值。军令部对此表示怀疑。首先，按日本现有巡逻机的续航力而言，以中途岛为基地的空中巡逻半径只有六百到七百海里。其次，还要考虑到遇到恶劣天气，巡逻机不能起飞，而且敌人会采取行动阻碍我们使用机场。
六、最后，联合舰队认为，占领中途岛使夏威夷受到威胁，将会有效地打击美国的战斗意志，从而为和平谈判铺平道路。军令部认为这种看法过于乐观。军令部的意见是，即使日本占领了中途岛，进攻夏威夷仍然是极为冒险的；而且，占领中途岛显然威胁不到美国大陆，所以，对美国士气的影响也是微不足道的。
三代海军中佐代表军令部把反对实施中途岛作战的论点摊开之后，接着就为进攻新喀里多尼亚、斐济、萨摩亚的作战计划辩解。他强调说，这些岛屿虽然离日本更远，但离美国的主要基地夏威夷也一样远，这样，美国部队便会失去在保卫中途岛时可以得到的有利条件，而且这些岛屿比中途岛要大得多，因此更有军事价值。
至于诱使美国舰队出来进行决战，三代海军中佐说，进攻新喀里多尼亚、斐济和萨摩亚比进攻中途岛更有可能达到这个目的，因为澳大利亚将会感到自己受到严重威胁，必然会请求美国海军前来支援。即使澳大利亚不提出这种请求，美国也会觉得非采取这一行动不可，因为，通往澳大利亚的美国供应线一旦被切断，将有效地阻碍同盟国将来使用澳大利亚这一反攻据点。
最后，军令部认为，夺取新喀里多尼亚、斐济和萨摩亚将严重打击澳大利亚的士气，间接打击同盟国的士气，这比日本所能采取的任何其它行动都更有助于缩短战争。
三代海军中佐虽然提出了这些理由，但他没有直截了当拒绝联合舰队的方案。4月3日，军令部又审议了物资和补给问题，认为联合舰队所要求的用于中途岛作战的物资，大约有七成可以满足。4月4日，渡边海军中佐同军令部继续讨论，但是，双方都不肯作任何让步。
4月5日，继续进行谈判，这次伊藤海军中将和福留海军少将代表军令部出席。会议中间，渡边海军中佐直接跟“大和号”旗舰上的联合舰队司令部通了电话，请示他应该采取的立场。回到坐位后，渡边以不妥协的口气阐述了