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为避免红卫兵运动的洪流泛滥成灾，周恩来指示改组后的中共北京新市委，在劳动人民文化宫成立北京市大、中学校红卫兵联络总站。
8月24日，北京市大、中学校红卫兵联络总站在劳动人民文化宫成立。
8月26日，周恩来出席了联络总站成立大会。周恩来此举，是为了向联络总站交代任务，以期此机构能对红卫兵运动起到一定的好的引导作用。
在成立大会上，周恩来宣布：设立联络总站的主要任务，是宣传解释党的政策。
为加强对联络总站的领导，周恩来还提出在总站内设立一个党中央、国务院的办公室，及时解决红卫兵提出的问题。
联络总站设立后，按照周恩来的意思，于9月1日和10日召开了两次首都大中学校红卫兵代表座谈会。周恩来亲临会场宣讲党的政策，规范红卫兵的行为。
在9月1日的第一次座谈会上，周恩来坦率地对红卫兵代表们说：
现在的红卫兵组织并不严格也不严密，会被坏分子钻空子。
红卫兵第一步是组织起来，第二步是联合起来。
组织问题，希望各大专院校、各中学都要注意抓一下。
一个学校的红卫兵，起码应有三个组织：全校大会、代表大会和领导机构。没有这些，就会组织涣散，领导无力。你们要注意防止两个脱离群众的现象，一是脱离本校的群众，一是脱离红卫兵本身的群众。
周恩来最关心的，还是生产和业务，所以他一再强调，运动不要影响和干扰生产部门和业务部门的正常工作，打击面不要过宽。
他苦口婆心地说：
我们既要革命，还要生产，否则吃什么，用什么？工厂不能放假不搞生产，服务行业不能停止供应。
热电站是一秒钟也不能停的。
凡是生产的地方都不要去影响，要尊重那里多数人的意见，不能拿我们放假搞革命的办法去要求他们。
所谓“革命”（6）
凡国家要害部门，首脑机关，我们要保护。
在9月10日的第二次座谈会上，周恩来在倾听红卫兵代表提出的意见后回答他们提出的一些问题。他提醒红卫兵注意：
我们要破的是四旧，要反的是资产阶级当权派，但不能一切都反。任何事物都要一分为二。
不是所有的党政领导者都是走资本主义道路的当权派。如果那样看，把党中央放到哪里？毛主席的英明领导不是落空了吗？
不能乱打一通，不能把一切领导都打成黑帮。
对这些红卫兵小将来说，要讲清事物的一分为二，显然不是容易的事。就在这些红卫兵小将似懂非懂的时候，周恩来又说：
一些领导机关、领导同志犯了错误，但不是一切党政机关都犯了方向路线错误，都是黑帮、黑线、保皇派。黑帮、黑线这些词早就不用了，你们翻开十六条看看。
说一切都是坏的是不对的，就是说多数是坏的也是不切合实际的，多数还是好的。
对普遍性的问题，周恩来一再强调，“要注意政策”。
而对一些特殊性的事件，周恩来则毫不客气地提出了批评。针对有的地方发生随意拦截列车的做法，周恩来极为严肃地批评道：
那是无政府主义，不符合毛泽东思想的。
这样做的结果是打乱了国家运输计划，使许多列车完不成任务。这样搞下去北京人吃什么呢？北京的粮食许多是靠外地运来的。
从8月下旬红卫兵联络总站成立到12月中旬，在3个多月时间里，周恩来为教育引导红卫兵按照党的政策办事，亲自参加了红卫兵组织召集的大型汇报会、座谈会等在40次以上。而他亲自面对红卫兵代表的小型、个别约见、谈话，次数就更多。
利用这些汇报会、座谈会和谈话，周恩来不厌其烦、苦口婆心地向红卫兵宣传、解释党的政策，试图使脱了缰的野马不要走得太远……
随着对“文化大革命”所带来的社会秩序混乱的忧虑，接踵而来的另一大灾难困扰着主持政府经济工作的周恩来。
进入秋收时节，各地生产由于“文化大革命”的影响受到了严重的冲击。9月4日凌晨，在中南海西花厅，秘书把黑龙江省双城县人委刚刚来电的情况写成《要事汇报》，送到了周恩来手中。上面反映：县委和县委书记都被斗垮了；全县21个公社已有11个公社和许多生产队被“炮打了司令部”，公社和大队、小队干部大多数被揪斗，不少公社、大队、生产队的领导陷于瘫痪……
基层组织瘫痪，最要命的是生产无人负责。秋收临近，这将关系到国计民生，必须尽快拿出办法来。
周恩来本来以为“文化大革命”主要在文化教育领域和一些党政机关进行，他最担心的是这场运动影响生产。然而，现实告诉他，“文化大革命”现在已经无情地向工矿企业和广大农村蔓延。
针对红卫兵串联运动危及到工农业生产和各级机关的正常业务工作的态势，早在8月下旬，周恩来就指示陶铸组织起草过一个中共中央、国务院关于在“文化大革命”中一些具体问题的通知，提出把铁路枢纽和重要站段、港务局和码头、尖端企业和科研机构等关系到国计民生的部门列为“要害部门”，“进行坚决保护”。但通知稿必须征得中央文革小组的同意才能向下发。当通知稿传到热衷于搞乱国家的江青手中时，江青以“中央再讨论一下”为借口，压下了这一通知。
国家安定和人民生活生产问题十万紧急，容不得拖延。9月2日，周恩来又亲自起草了一个未定稿——《有关红卫兵的几点意见》，对红卫兵运动提出了十条要求，其中讲到：
红卫兵串联要保障党和国家的首脑部门、要害部门和宣传工具，使这些部门的工作不受影响，安全不遭危害。
要保证交通运输机构照常运行，不受阻挠，要保证党和国家的对外关系和活动不受影响，革命串联不在这些机关内部进行。
所谓“革命”（7）
要保障厂矿的生产和基本建设不受影响，科研机关的科学实验和中间性生产不致停顿，尖端技术的厂区不被闯入，尖端技术资料不受损失，服务医疗事业不致中断。
这份未定稿中还提出：
红卫兵要大学解放军，把红卫兵建设成为一支具有社会主义觉悟和严格组织性、纪律性的战斗队伍。
要学习和掌握政策。分清敌我友，团结大多数。党的统一战线政策，在社会主义革命的现阶段中，仍然是需要的，正确的，对于在国家和统一战线中具有合法地位的民主人士和有贡献的科学家和科学技术人员，只要没有发现现行反革命活动，应该加以保护。
要文斗，不要武斗，不要动手打人。红卫兵搜捕人，必须与北京市委、卫戍区和公安部门商定。
这样的意见，显然是与中央文革的意思相左的。当周恩来彻夜未眠修改好这份《意见》，第二天上午提到有康生、江青、张春桥、姚文元、王力、关锋、戚本禹和陶铸、李富春、谢富治、陈毅、杨成武、吴德、王任重、刘志坚等人参加的会上讨论时，尽管陶铸、陈毅等人赞成，而康生等中央文革的人则持否定态度。结果，这份重要文件再次搁浅，没有发出。
周恩来充分意识到，要想阻截“文革”破坏性的狂潮，难度是相当大的，需要付出极大的努力。中央文革的人有毛泽东支持，硬顶是不行的，必须讲究斗争策略。有些事情，只能尽量避开中央文革小组。
事后，周恩来与支持自己的陶铸、李先念、谭震林、余秋里、谷牧等人商量，认为，要尽快制定关于工厂、农村进行“文化大革命”的有关规定，为保证工农业生产的正常进行，工厂、农村原则上不宜开展文化大革命。
9月7日，《人民日报》发表题为《抓革命、促生产》的社论，这是陶铸根据周恩来的意见主持起草的。
社论提出：“革命和生产两不误”。
社论要求，各生产单位和业务部门要加强领导，适当分工，搞两个班子，一个班子主要抓文化大革命，一个班子主要抓生产。
社论强调，在搞好文化革命的同时，要保证生产的正常进行。
几乎同时，李富春也根据周恩来的意见起草好了《关于县以下农村文化大革命的规定》和《关于抓革命、促生产的通知》。
周恩来对这两个文件作了修改、审定后，于9月8日召集中央政治局碰头会进行讨论。
这两份文件的矛头，直指“文化大革命”的混乱状况，为了生产，宁可推迟进行“文化大革命”，职工的“文化大革命”也只能在业余时间搞；文件既不许串联，又不许“罢官”……如此种种，其精神，显然是与中央文革小组的做法相反的。对讨论通过这两个文件的难度，周恩来早有预料。他也想好了应付的办法。
讨论一开始，中央文革的人满脸怒气，对这种与“文革”目标相去甚远的文件极为不满。他们百般刁难，说“文化大革命”正处于高潮，突然下发这样的文件，会给运动泼冷水。
双方意见截然相反，会议最后没有结果，不欢而散。
周恩来只好别谋他途。当天，周恩来将这两个文件以及农村和工矿企业对只抓革命不抓生产表示担忧的一系列材料报送毛泽东，请最高统帅定夺。他还提议，这样大的问题，还需要在政治局讨论一次。
毛泽东毕竟有着实事求是的一面，生产陷于瘫痪并不是他希望的。文件在毛泽东那里压了几天。9月14日，毛泽东大笔一挥，批道：“可照发，不要讨论了。”
周恩来接到毛泽东批示的当天，迅即把两份文件发了出去。随着文件的发出，农村和工矿企业的“文化大革命”稍有收敛，“文革”泛滥成灾的洪水，遭到了顽强的阻截。
同时，周恩来的举措也招来