，工部供应武器，吏部安排人事，兵部调兵遣将，都应随处配合，才能收到成效。”崇祯帝当即命令在场的户部尚书王家桢、工部尚书张维枢、吏部尚书王永光、兵部尚书王在晋在粮饷、兵器、用人、兵将方面全力配合袁督师，不得懈怠迟误。
袁崇焕又提出自己的担心：“以臣之力，制全辽有余，调众口不足，一出国门，便成万里，忌能妒功，夫岂无人。即不以权力掣肘，亦能以意见乱臣谋。”这话当着群臣的面说给皇帝听，规劝皇帝不要听信谗言，更强调“将在外君命有所不受”，是想让皇帝当面表态，很有些刺耳。崇祯不觉站起来表态说：“卿勿疑虑，朕自主持。”
群臣见皇帝力挺袁崇焕，齐声请皇帝赐袁崇焕尚方宝剑以便宜行事。当时持有尚方宝剑的有王之臣、满桂和毛文龙三大将帅。皇帝当即应允，宣旨收回王之臣和满桂的尚方宝剑，用来赐给袁崇焕，准许他相度机宜、自行处事。在崇祯看来，只要能收复辽土，所有条件均可答应，辽东一平，大明中兴也就指日可待。
袁崇焕几乎承担了崇祯帝的全部期望，自己也感到担子沉重。临赴关前，他又向皇帝上疏陈述自己治辽的方略和顾虑。方略仍是他以前所提的“以辽人守辽土，以辽土养辽人”和“守为正著，战为奇著，款为旁著”，同时他又指出平辽不能急功近利，要稳扎稳打，务求实效，“法在渐不在骤，在实不在虚”，这是他总结和后金之间的战役而得出的持久作战的方略。接着，他一针见血地指出对朝廷在边疆用人方面的顾虑：一是要“任而勿贰，信而勿疑”，皇帝和大臣不能根据片言只语指摘边将，二是兵不厌诈，前线情况虚虚实实，瞬息万变，“图敌之急，敌亦从而间之，是以为边臣甚难”，敌人可能用反间计，散播谣言，挑拨离间，也请皇帝和大臣注意。崇祯接到奏章，优旨褒答，赐袁崇焕蟒袍、玉带和银币，表示对他的充分信任。袁崇焕上疏推辞了蟒袍、玉带。
功到雄奇即罪名：袁崇焕案 袁崇焕案 三
同月，四川、湖广到宁远戍守的士兵因缺了四个月的饷而哗变，其余十三营也起来响应，把巡抚毕自肃、总兵朱梅、通判张世荣、推官苏涵淳等捆缚起来作为人质，逼迫明廷发饷。
明代征兵采取招募制，明初的卫所制度和兵源征募法已经名存实亡。到明末时只有生活无计的人才去当兵，不仅素质无法保证，而且多数人是冲着军饷而来，靠军饷养活自己和家人。发军饷是户部即中央财政的职责，但明末中央财政匮乏，虽然年年加征用于平辽的“辽饷”，但许多被冒挪截用，集中到了皇帝和贪官污吏的私家仓库中。此时欠饷已逾四个月，士兵哗变也是可以预料到的。兵备副使郭广到后，亲自保护毕自肃，并收集了抚赏和自己朋友的两万两白银发给士兵，士兵们仍然不满足，郭广又向商人和百姓借贷，凑足了5万两白银，哗变的士兵才散去。毕自肃上疏承担了罪责，走到中卫所，自缢而死。
八月初，袁崇焕赶到山海关，听到士兵哗变的消息后，即赶到宁远和郭广密商，宽宥了鼓动兵变的首领，准许他们立功赎罪，只惩罚了几名哗变的从犯，同时斩了明知兵变而不及时上报的中军，将兵变平息下来。
但朝廷的军饷依然没有发下。袁崇焕上疏朝廷请饷。崇祯一听要发内帑之银作军饷，很是不悦，又不好明确拒绝，召集群臣商讨。吏部侍郎周延儒奏说：“古人虽罗雀掘鼠，而军心不变。现在各地军卒动辄鼓噪，其中必有缘故。”
周延儒（1593～1644），字玉绳，号挹斋，宜兴（今江苏常州）人。他自幼聪慧，很有才华，20多岁时连中会元、状元。崇祯三年（1630年）为首辅，年仅36岁。为官机智敏慧，善于察颜观色，曾深得崇祯帝器重与信任。崇祯六年（1633年）他被政敌温体仁排挤罢相，后又重新入相，最后以兵败被逼自缢。
罗雀掘鼠是唐代张巡的典故。安史之乱时，大将张巡被安禄山围困在睢阳，苦守月旬，军中绝粮，兵士只得张网捕雀、掘穴捉鼠来充饥，仍坚守不屈。周延儒此时提出这一典故，暗示袁崇焕有以兵变要挟的企图。崇祯帝颔首会意，但也不好发作。
此时，锦州和蓟州的兵士再次哗变，袁崇焕又上奏催促发饷，直接提出“军欲鼓噪，请发内帑”。崇祯见袁崇焕接连上疏，颇为不满，当着群臣的面怒道：“将兵者果能待部属如家人父子，兵卒自不敢叛，不忍叛。不敢叛者畏其威，不忍叛者怀其德，如何有鼓噪之事？”他认为，将帅如果能对待兵士如父子、家人一样，不说没有军饷，士兵即便饿死也不会吵闹。
但不管怎样，军饷还得解决，中央财政空虚，皇帝不肯发内帑之银，最后还是周延儒献策：“饷莫若粟，山海粟不缺也，缺银耳。何故哗？安知非骄弁拘煽，以胁崇焕邪？”意思是，以粟充银两发兵饷，崇祯也发了些内帑之银，以示对袁崇焕的倚重。兵变得以平息。
袁崇焕罢官家居时，皇太极逐渐稳定局势。他见最棘手的对手已去，趁机降服蒙古诸部，并弃称汗，堂而皇之称皇帝。袁崇焕回任后，因为兵变，军队有待重整，无力开战，打算重新借和谈以为缓兵之计。他致书皇太极说明此意。袁崇焕提出和谈条件，要皇太极先除去帝号，恢复称汗。
皇太极对袁崇焕的复出很警惕，当时的形势对满洲并不利，如果错过这一议和时机，袁崇焕挥师北上，自己很可能难以阻挡。皇太极也打算利用和谈强化自身，巩固辽沈，富国强兵，时机一到，就可“破竹长驱”。因此，他对袁崇焕的提议积极回应，显示出极大的诚意，表示甘愿称汗，自居为明朝藩邦。在此后不到一年的时间里，他先后发出八封议和书信，其中给袁崇焕的六封，给明朝诸大臣的两封。他提出的议和条件一是划定两国国界，二是明朝给后金铸造金国汗印，三是讲定修和之礼数目。袁崇焕回书说，和议之事“非一言可尽”，必须上奏朝廷方可。
但崇祯帝当时正年轻气盛，着眼中兴，对满清坚持不承认政策，不认同其地位，不与之交易，认为满洲是藩属，与之议和有损国威，一定要灭之恢复疆土。明朝与女真的此次议和也告失败，丧失了最后一次调整自己的良机。此后直至明朝覆亡，再也没有这种机会了。
功到雄奇即罪名：袁崇焕案 袁崇焕案 三
在与皇太极和谈的同时，袁崇焕着手整饬辽东的防务，加紧训练军队，并上疏请不再设辽东巡抚，同时把宁远、锦州合为一镇，由祖大寿驻守锦州，何可刚驻守宁远，赵率教守关门，袁崇焕自己则镇守宁远总揽全局。
崇祯二年（1629年）闰四月，朝廷以春秋两防的功绩加袁崇焕太子少保头衔，从一品，比兵部尚书还高一级，同时赐蟒衣、银币，荫锦衣千户。袁崇焕意气风发，踌躇满志，致力于辽东军务，不久，他又做了一件令朝野震惊的大事，那就是用手中的尚方宝剑斩杀了另一个持有尚方宝剑的将领——毛文龙。
功到雄奇即罪名：袁崇焕案 袁崇焕案 四
毛文龙是浙江杭州人，祖籍在山西太平，万历二十三年（1595年）进士，官至山东布政使司。他原先不事产业，经常赌博，渐成无赖之徒，因有个舅舅在兵部做官，被推荐为都司，到辽东去投总兵李成梁，随军出援朝鲜，负责制造火药兵械，得到嘉奖。辽东失陷后，他带百余人以朝鲜为根据地，打打游击，不时侵扰后金军后背。天启元年（1621年）七月，毛文龙带领200余人偷袭了后金的镇江城（今辽宁丹东九连城），取得胜利，成为当时少有的胜仗，从此声名大噪，被封为东江总兵，加左都督，赐尚方剑，挂将军印，设军镇于皮岛。
皮岛又称椴岛、椵岛，位于鸭绿江口之南，距朝鲜本土仅一水之隔，地理位置显要。辽阳、沈阳失陷后，河东辽民多逃岛中。毛文龙在那里建房、练兵、征税，还与过往客商开展贸易，使之成为一块基地。朝廷特别为他设立一个军区，叫东江镇，以毛文龙为总兵，划拨粮饷。因当时袁崇焕还没有名气，毛文龙成为惟一能与后金军相持的人物，很受朝廷器重，甚至有人说：国家只要有两个毛文龙，就可以恢复辽地，擒努尔哈赤。
毛文龙以东江为基地，常常发动小股士兵，袭扰后金军营。尽管几次行动都以失败告终，却像只跳蚤搅扰得满军不得安宁，客观上也起到了一定的牵制作用。孰料，毛文龙占据皮岛后，因后金没有水军，安全感大增，过起了海外天子的日子，不再出兵骚扰后金，而且做起生意，征收商船通行税，又派人去后金辖区挖人参。同时他还保持与北京的联系，不时上疏，夸大自己的功劳和艰苦，邀功请赏，向朝廷索要粮饷。有一次，他竟把斩杀六人说成斩杀六万，甚至杀百姓以充后金兵数。他还向附近的朝鲜索要钱粮，理由是帮其阻击金兵，要出保护费。朝鲜作为附属国，只得依从。这样，毛文龙在皮岛没有起到应有的军事作用，钱却赚得盆满钵满。同时，他也没忘记拉拢朝中诸臣，送给魏忠贤及其党羽大量贿赂，许多大臣都为他撑腰说话。御史麦之龙弹劾毛文龙擅权专用，也被魏忠贤处死。据说，后来的历史学家在“满文秘档”中还发现了他与后金往来的密信，毛文龙在密信中与皇太极议降，说“尔取山海关，我取山东，若从两面夹攻，则大事可定矣”，在另一封密信中又称“尔率兵前来，我为内应，如此则取之易如反掌”。当然这已是后来知晓的事了。
毛文龙逐渐得意忘形，忘乎所以。崇祯刚刚即位，毛文龙即上疏，措辞激烈，说自己“七年苦楚，百事勤劳，有不平者事五”，即衣服不足、待遇不一、赏罚各异、抹煞战功、传言不断等，以辞职相威胁，请朝廷给予满足。崇祯不明