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辛卯日，文帝从甘泉前往高奴，顺便来到太原，接见原代国的群臣，全都给以赏赐。根据功劳大小给以不同的奖赏，赐给百姓牛、酒，免除晋阳、中都两地百姓三年的赋税。文帝在太原逗留游玩了十多天。
济北王刘兴居得知文帝到了代地，想要前去反击匈奴，趁势起兵造反，打算袭击荥阳。于是文帝下令丞相灌婴撤回部队，派遣棘蒲侯陈武为大将军，率领十万部队前去讨伐叛军。任命祁侯缯贺为将军，驻扎在荥阳。七月辛亥日，文帝从太原回到长安。诏令有关大臣说：“济北王背德反上，连累了济北的官吏百姓，这是大逆不道。济北的官吏和民众，凡是在朝廷大军到来之前就自己停止反叛活动的，以及率部投降或献出城邑出降的，一律赦免，官爵复原。那些开始曾与刘兴居一起造反但后来投降了的人，也予以赦免。”八月，打垮了济北叛军，浮虏了济北王。文帝宣布郝免济北国中随济北王造反的官吏百姓。
六年（前174），主管大臣报告淮南王刘长废弃先帝的法律，不听从皇帝的诏令，宫室居所超过规定的限度，出入车马仪仗比拟天子，擅自制定法令，与棘蒲侯的太子陈奇图谋造反，派人出使闽越和匈奴，调用它们的军队，企图危害宗庙社稷。群臣议论此事，都说“刘长应当在街市上斩首示众。”文帝不忍心法办淮南王，免了他的死罪，废了他的王位，不准再做诸侯王。群臣请求把淮南王流放到蜀郡的严道和邛（ｑｉóｎｇ，琼）都一带，文帝同意了。刘长还没到达流放地，就病死在路上。文帝怜惜他，后来到十六年（前164）时，追尊淮南王刘长，谥号为厉王，并封他的三个儿子：刘安为淮南王，刘勃为衡山王，刘赐为庐江王。
十三年（前167）夏天，文帝说：“我听说，天道是祸从怨起、福由德兴。百官的过错，应当由我一人承担责任。如今秘祝官把过错都推到下面的大臣，其结果是显扬了我的无德，我很不赞成。应当取消这种做法。”
五月，齐国的太仓令淳于公犯了罪，应该受刑，朝廷下诏让狱官逮捕他，把他押解到长安拘禁起来。太仓令没有儿子，只有五个女儿。他被捕临行时，骂女儿们说：“生孩子不生儿子，遇到紧急情况，就没有用处了！”他的小女儿缇（ｔí，提）萦（ｙíｎｇ，营）伤心地哭了，就跟随父亲来到长安，向朝廷上书说：“我的父亲做官，齐国的人们都称赞他廉洁公平，现在因触犯法律而犯罪，应当受刑。我哀伤的是，受了死刑的人不能再活过来，受了肉刑的人肢体断了不能再接起来，虽想走改过自新之路，也没有办法了。我愿意被收入官府做奴婢，来抵父亲的应该受刑之罪，使他能够改过自新。”上书送到文帝那里，文帝怜悯缇萦的孝心，就下诏说：“听说在有虞氏的时候，只是在罪犯的衣帽上画上特别的图形或颜色，给罪犯穿上有特定标志的衣服，以此来羞辱他们，这样，民众就不犯法了。为什么能这样呢？因为当时政治清明到了极点。如今法令中有刺面、割鼻、断足三种肉刑，可是犯法的事仍然不能禁止，过失出在哪儿呢？不就是因为我道德不厚教化不明吗？我自己感到很渐愧，所以训导的方法不完善，愚昧的百姓就会走上犯罪。《诗经》上说，‘平易近人的官员，才是百姓的父母’。现在人犯了过错，还没施以教育就加给刑罚，那么有人想改过从善也没有机会了。我很怜悯他们。施用刑罚以致割断犯人的肢体，刻伤犯人的肌肤，终身不能长好，多么令人痛苦而又不合道德呀，作为百姓的父母，这样做，难道合乎天下父母心吗？应该废除肉刑。”
文帝说：“农业是天下的根本，没有什么比这事情更重要。现在农民辛勤地从事农业生产却还要交纳租税，使得务农和从事商业手工业没有区别，本末不分，这恐怕是由于鼓励农耕的方法还不完备。应当免除农田的租税。”
十四年（前166）冬天，匈奴谋划侵入边境进行劫掠，攻打朝那塞，杀死北地郡都尉孙卬。文帝于是派出三位将军率兵分别驻扎在陇西、北地、上郡，任命中尉周舍为卫将军，郎中令张武为车骑将军，驻扎在渭河以北地区，计有战车千辆，骑兵十万。文帝亲自慰劳军队，部署军队，申明训令，奖赏全军将士。文帝想要亲自率兵反击匈奴，群臣劝阻，一概不听。皇太后坚决阻拦文帝，文帝这才作罢。于是任命东阳侯张相如为大将军，成侯董赤为内史，栾布为将军，率军攻打匈奴。匈奴逃跑了。
这年春天，文帝说：“我有幸得以执掌祭祀的牺牲、玉帛来祭祀上帝、宗庙，登上帝位，至今十四年了，历时已经很久，以我这样一个既不聪敏又不明智的人长久地治理天下，深为自愧。应当广泛增设祭祀的（ｓｈàｎ，扇）场和玉帛。从前先王远施恩惠而不求回报，遥祭山川却不为自己祈福，尊贤抑亲，先民后己，圣明到了极点。如今我听说掌管祭祀的祠官祈祷时，全都是为我一个人，而不为百姓祝福，我为此而感到非常渐愧。凭着我这样无德之人，却独自享受神灵的降福，而百姓却享受不到，这就加重了我的无德。现在命令祠官祭祀要向神献上敬意，不要为我一个人祈求什么。”
这时，北平侯张苍任丞相，刚刚明确了新的乐律和历法。鲁国人公孙臣上书陈说金木水火土五行相生相克，终而复始以象征王朝兴替的五德终始学说，说现在正当土德，土德的验证是将有黄龙出现，应当更改历法、服色等制度。文帝把此事下交给丞相去研究。丞相张苍经过推算认为现今是水德，才明确把冬十月作为岁首，应该崇尚黑色，认为公孙臣的说法不对，请求文帝不要采纳。
十五年（前165），有黄龙出现在成纪县，文帝又召来鲁国的公孙臣，任命他为博士，让他重新说明当今应为土德的道理。于是文帝下诏说：“有奇物神龙出现在成纪，没有伤害到百姓，今年又是个好年成。我要亲自到郊外祭祀上帝和诸神。礼官们商议这件事，不要因为怕我劳累而有什么隐讳。”主管大臣和礼官们都说：“古代天子每年夏天亲自到郊外祭祀上帝，所以叫做‘郊’（郊祀，郊祭）。”于是文帝第一次来到雍，郊祭五帝，在夏初四月向天帝致礼。赵国人新垣平凭着善于望云气而知凶吉来进见文帝，劝说文帝在渭城建五帝庙，并预言这将使周朝的传国宝鼎出现，还会有奇异的美玉出现。
十六年（前164），文帝亲自到渭阳五帝庙郊祭，仍在夏季向天帝致敬，并崇尚红色。 十七年（前163），文帝得到一个玉杯，这个玉杯实际是新垣平为欺骗文帝而派人献上的，玉杯上刻有“人主延寿”四个字。于是文帝下诏把这一年改为元年，下令天下民众尽情聚会饮酒。当年，新垣平欺诈的事情被发觉，夷灭了三族。
后元二年（前162），文帝说：“我不英明，不能施恩德于远方，因而使境外有些国家时常侵扰生事。边远地区的人民不能安定地生活，内地的百姓辛勤劳动也不得歇息，这两方面的过失，都是由于我的德不厚，不能惠及远方。最近连续几年，匈奴都来为害边境，杀我许多官吏和百姓，边境的官员和将领又不明白我的心意，以致加重我的无德。这样长久结下怨仇，兵祸不断，中外各国将怎么能各自安宁呢？现在我起早睡晚，操劳国事，为万民忧虑，惶惶不安，未曾有一天心里不想着这些事情，所以我派出一批又一批的使者，在路上礼帽车盖前后相望，车子的辙迹道道相连，为的就是让他们向单于说明我的意愿。现在单于已经回到从前友好相处的道路上来了，考虑国家的安定，为了万民的利益，亲自跟我相约完全抛弃细小的过失，一起走和平的大道，结为兄弟之好，以保全天下善良的百姓。和亲的协议已经确定，从今年就开始。”
后元六年（前159）冬天，匈奴三万人入侵上郡，三万人入侵云中郡。文帝任命中大夫令勉为车骑将军，驻扎在飞狐口；任命原楚国丞相苏意为将军，驻扎在勾注山；命将军张武驻守北地郡；任命河内郡郡守周亚夫为将军，驻军细柳；任命宗正刘礼为将军，驻军霸上；命祝兹侯徐悍驻扎在棘门：以防备匈奴。过了几个月，匈奴人退去，这些军队也撤回了。
这一年天下干旱，发生蝗灾。文帝施恩于民：诏令诸侯不要向朝廷进贡，解除民众开发山林湖泊的禁令，减少宫中各种服饰、车驾和狗马，裁减朝廷官吏的人数，打开粮仓救济贫苦百性，允许民间买卖爵位。
孝文帝从代国来到京城，即位二十三年，宫室、园林、狗马、服饰、车驾等等，什么都没有增加。但凡有对百姓不便的事情，就予以废止，以便利民众。文帝曾打算建造一座高台，召来工匠一计算，造价要值上百斤黄金。文帝说：“百斤黄金相当于十户中等人家的产业，我承受了先帝留下来的宫室，时常担心有辱于先帝，还建造高台干什么呢？”文帝平时穿的是质地粗厚的丝织衣服，对所宠爱的慎夫人，也不准她穿长得拖地的衣服，所用的帏帐不准绣彩色花纹，以此来表示俭朴，为天下人做出榜样。文帝规定，建造他的陵墓霸陵，一律用瓦器，不准用金银铜锡等金属做装饰