观察形势之后，建议切断叛军水路，使其粮运受阻，然后速战速决。满兵粮足，绿营兵无粮，故不宜久围。又建议，降者宜分别收养，不宜尽发满洲为奴，满将军们不以为然，以满语驳诘漫骂，赵良栋听不懂，也不予计较，好在他已经直接向皇上奏报请示方略。康熙帝闻奏，下谕： 悉照赵良栋之策，迅速攻城。整个战争多亏了康熙帝遥控指挥得当，慎重详密，大大加速了战争进程。
赵良栋见城墙上敌人大炮密布，为避免过大伤亡，决定夜战。十月二十二日夜，赵良栋亲到前线持大刀督战。几日来，清军在湖中横放木筏，断绝船只往来，城中断粮，赵良栋破南坝，夺玉皇阁，进逼新桥。叛军据桥死守，郭壮图亲自上阵搏杀，双方激战，三进三出。赵良栋奋勇夺桥而进，城破，天色尚未明。吴世藩、郭壮图皆自杀，其他叛将投降。
蔡毓荣、吴丹等数月之久都不能攻取昆明，赵良栋三天就成功了。城破之后，蔡毓荣抢夺女子玉帛，并以侵吞的财物向贝子、将军、大臣们广泛行贿，以巧夺他人战功。赵良栋则约束部下秋毫无犯。赵良栋性情憨直，在四川时得罪了将军吴丹，吴丹是明珠的侄子。赵良栋还多次参劾满族将军纵兵掠民，满族将军反诬他纵兵掠民，故有功不赏，几乎被杀。康熙帝爱惜他是个将才，命他退休回家休养。后来，康熙帝亲征噶尔丹，路过他的家乡，特意去访他，征询讨敌方略，这是后话。
康熙帝的高明之处，在于他尽量以宽容的态度待人，任何事业成功的关键，都在于用人得当。吴三桂从一开始作乱，就很善于拉拢盟友，一些汉族官吏纷纷投入反抗清廷的斗争。某些贵族对此的反应是，愈加猜忌和打击汉族官吏，其结果是大大地帮吴三桂的忙。如果不是康熙帝及时纠正这一错误，采取了重用汉军绿营兵的办法，吴三桂也许真的会打进北京。可惜，吴三桂的对手比他更高明，既斗勇更斗智，吴三桂最终没能稳住军心，又丢失了盟友，这些人又被康熙帝分化拉拢过去了。由于康熙帝宽宏仁厚，信任汉将，终于转危为安，平定了吴三桂之乱。
非郑氏叛将不能收复台湾
康熙元年（1662年）五月，占据台湾坚持反清复明的郑成功病逝。其弟郑世袭与其子郑经为争夺王位而火并。清廷趁机招抚驻守厦门的郑经，郑经交出了明朝敕命及玉印等。次年五月，郑经杀死郑世袭，台湾内乱平息。郑经向清廷请求仿照朝鲜、琉球藩国方式，占据台湾，永不登陆，不剃发，不改汉族衣冠，否则，虽死不降。
清廷内部对台湾郑氏一直存在着招抚和攻剿两种主张，福建水师提督施琅一贯主张以武力攻剿台湾。朝廷与台湾和谈失败之后，施琅上疏康熙帝，建议以武力进取台湾， 以杜绝后患，并就如何选练士兵、筹集船饷、海上指挥、攻战机宜等事提出全面意见。
施琅（1621~1696），字道侯，福建晋江人，原来是明朝的游击将军，后为郑芝龙手下左先锋，因为诛杀逃兵得罪了郑成功，被迫降清，任清朝福建水师提督。康熙三年（1664年），施琅与另几位郑军降将周全斌、杨富等人率水师，进攻台湾，遭遇台风退回。次年，再攻台湾，又遭遇台风无功而返。朝廷中许多王公大臣，因此对施琅的忠诚产生了怀疑，说他有亲属留在台湾，与郑氏旧恩未断。施琅这次上疏的结果是被朝廷召进京城面陈攻台方略。
施琅进京之后，又上了一道《尽陈所见疏》，详述武力统一台湾的方略。他提出“因剿寓抚”的策略， 即抚与剿并用，但侧重点在于剿，以剿促抚。剿抚都须根据具体情况，敌顺则抚，敌逆则剿，既然朝廷三番五次招抚无效，就应以武力征剿，以强大军事压力迫使郑经就抚。十分可惜，此时正值鳌拜辅政，竟将施琅奏章搁置一旁，非但不理，反而解除他的兵权，留在京师，授内大臣职，实际上是闲散供养。福建水师多是郑成功旧部，均调往外省垦荒，并将战船悉数焚烧，攻台计划尽遭破坏。由此可见，鳌拜擅权多行谬政。
裁撤福建水师之后，朝廷继续对台湾进行招抚。康熙八年（1669年），康熙帝逮治鳌拜之后，命刑部尚书明珠、兵部侍郎蔡毓荣去福建，与靖藩耿继茂、总督祖泽沛在泉州府商讨招抚台湾之策。然后派太常寺卿慕天颜，都督佥事季全，带了诏书去台湾。慕天颜、季全往返台湾，两次都不能与郑经达成一致，只好返回京师复命。
在平定吴三桂之乱的战争期间，郑经配合吴三桂，反攻大陆，占领了福建和广东很多州县，康熙帝仿效当年秦始皇远交近攻、分化瓦解的策略。派兵镇压福建、广州的耿精忠，对郑经则一如既往，坚持招抚政策。而耿精忠再次降清之后，又与福建总督郎廷相一齐将郑经赶下海去。郑经退守厦门，清朝水师尚未恢复，对他无可奈何。和硕康亲王杰书修书一封，派人往厦门招抚，郑经仍然坚持“不剃发”原则，回答得十分慷慨悲壮： “何必裂冠毁冕，然后为识时务之俊杰哉？”民族感情异常强烈。康王大怒，下令造船，准备进剿厦门，然而谈何容易。进剿不成，双方又开始了谈判，仍无结果。清朝虽然屡次招抚郑经不成，但招抚郑经部下军民却大见成效。这几年，不断有台湾军民从台、澎等地投奔大陆。新任总督姚启圣为此做出了重要贡献。
姚启圣，字熙之，一字忧庵，原为浙江会稽人，后随族人籍隶汉军镶红旗。康熙二年中举，授广东香山知县，不久因事革职。平定吴三桂之乱期间，他投效康王帐下，屡献奇谋，很得康王赏识，由代理知县累升至布政使。康熙十七年（1678年），郑经骚扰福建，派悍将刘国轩登陆，连败清军，进围海澄。福建总督郎廷相，提督段应举束手无策，被朝廷革职。由康王举荐，姚启圣升任福建总督，又撤换了其他几位重要官员。
姚启圣采用黄道人的建议，在漳州设修来馆，大力招抚郑经手下官兵，高官厚禄，收买人心，同时将招抚情况公布于众，并不限制投诚官兵往来。有人领了赏银又回到海上，因此消息四处传播，引起郑军矛盾重重，相互猜疑。结果，郑经五镇大将各率所部官兵来降，到第二年，投诚官兵已达13万人。康熙帝对于姚启圣的招降工作十分满意，亲降玺书褒奖，高兴地对大臣们说： “闽督今得人，贼且平矣！”授予姚启圣兵部尚书衔，对黄道人也大加赞赏，优叙黄道人军功，特旨以佥事道任用，后授为直隶霸昌道。
黄道人，名性震，福建漳浦人，原在郑成功手下任百夫长，郑成功死后，黄潜回老家，出家为道人，以避乱世。自姚启圣任总督以后，社会日趋安定。他极赞成姚启圣的宽大政策，于是出山来助姚启圣平定台湾。后来，他任湖南布政使时，正值夏逢龙叛乱，朝议出兵，康熙帝很有把握和预见地说： “湖南有黄性震在，他能佐平数十年的海患，何愁不能平定这个跳梁鼠辈？”可见康熙帝对他的器重，果然他很快就平定了夏逢龙的叛乱。
为了进剿台湾，康熙十八年（1779年），恢复福建水师，调湖广岳州水师总兵万正色为提督，将江南战舰百艘，14000水师调往福建，拨西洋大炮20门给福建水师。
万正色，字中庵，福建晋江人，原也是郑成功部将，投降后因惧怕被追究，曾改姓黄。他善使大刀，勇猛无敌，号称“黄大刀”。平定吴三桂之乱有功，升参将，才改回本姓。万正色仅用了一年便收复了厦门、金门、铜山，受到朝廷嘉奖。
平定吴三桂之乱以后，姚启圣上书请求满洲兵撤出福建。当满洲兵撤出福建时，企图将抢掠的百姓（主要为妇女）裹胁北上，姚启圣再三恳求康王杰书制止这种行为，得到了康王的同意。康王下令： 敢有私携良民同行者斩！他又不惜重金将百姓赎回，“使闽人出汤火之厄”，一时闽人争说“姚公活我”。这是姚启圣最值得人称道之处，但在官场中却未必有人会称赞他拯救了两万百姓。常有人在皇帝面前说他的坏话，康熙帝对他也就有了偏见。
康熙二十年（1681年）正月，郑经病逝，姚启圣收到台湾密报，立即上疏朝廷，建议趁机攻取台湾。康熙帝召集大学士会议，商议攻剿台湾方略。许多人不赞成以武力攻取台湾，认为海上风涛莫测，没有把握。福建最高军事长官镶黄旗满洲都统宁海将军喇哈达，也是反对者之一，连万正色也上奏说： “台湾断不可取。”
赞成以武力攻取台湾的有内阁学士李光地、福建总督姚启圣和福建巡抚吴兴祚等人。李光地是福建安溪人，这些人代表了闽浙沿海地方利益集团。反映了沿海地区人民要求安居乐业的迫切心情。台湾问题最终仍需武力解决，台湾不剿平，东南沿海就不能安定。有人认为，李光地看出康熙帝已决意取台湾，所以逢迎皇上。自古以来“逢迎”都是大臣邀宠的手段，李光地似乎不是这种人，因为康熙帝并不是顺我者昌、逆我者亡的暴君。
李光地与施琅有过多次交往，对他的才能有深刻的了解，当康熙帝询问他福建水师提督人选时，他举荐施琅，“若论才略，实无其比”，“海上所畏，惟此一人，用之则先夺敌士气”。大学士李霨又推荐施琅。姚启圣更是一再上疏保举施琅担任此职。反对武力征剿的大臣们不同意起用施琅，理由是施琅的儿子和侄子都在台湾，施琅一旦去海上，必然叛变。 姚启圣通过派往台湾的密探，得知一年以前施琅的子侄两家已经被郑经满门抄斩。如此看来，施琅就与郑氏有血海深仇，从而解除了对施琅的怀疑。既然万正色反对攻台，正好由施琅替换，重新担任福建水师提督。施琅13年前所上《尽陈所见疏》，受到鳌拜的轻视，现在得到了康熙帝的重视。13