他河道情况，席柱说： “曾见靳辅容颜憔悴，河道颇好，漕运无阻。”康熙帝自慰当初没有换掉靳辅，使其能够继续完成河工，不由感慨系之。治国、治水恰如治病，良医治病，治其根本，其效平缓；庸医治病，因病治病，务求速效，饮鸩止渴，在所不惜。治国与治水，只宜求稳步发展，慢慢地收良性循环之功，不必贪短期效益之利。好大喜功，必致偾事，古今一理。
康熙二十三年（1684年），吴三桂之乱已经平定，台湾也已收复，靳辅治河已经七年，效果如何，康熙帝要亲眼一见。十月，开始第一次南巡（后来又有五次）。康熙帝至江苏宿迁、桃源县等地视察治河工程，慰问治河臣民，康熙帝告诫官员们不要侵夺工程费用（这几乎已成惯例，所以特别提醒），又视察了天妃闸工程，与靳辅讨论了治河方略。康熙帝对他的水利知识大为赞赏，问： “治河方略都是你一人谋画，或是另有博古通今之人？”
靳辅答： “臣的幕友陈潢先生是位奇才，臣治河措施，皆陈潢所赞画。”
康熙帝立即将陈潢召来一见，对他印象颇佳，破例赐坐。不久就授他参赞河务按察司佥事道官衔。康熙帝返京之前，又召靳辅入帐，褒扬了他的治河功绩，并赐以亲笔所书《阅河堤诗》。
靳辅又进京奏报须及时抢修的一批工程，请皇上转户部审批。康熙帝下谕： “河工紧要，须及时速修方有裨益，若此等事必待题明议复以后，始行修治，就要贻误工程，以后岁修、急修，河工钱粮即行支取，手续年终再行奏销，始于河工无误。”靳辅凡事先请示后行动，也是迫不得已。因为他无论如何勤勉廉洁，也会有人说三道四。皇帝又喜欢怀疑能臣自专，这就为靳辅治河造成了种种障碍。
崔维雅显然就是张伯行所说的那种妄行己私、变乱成规的不学无术之人。他视察河工之后，写出了《河防刍议》、《两河治略》二书，进呈康熙帝。崔维雅全盘否定了靳辅的治河功绩，他建议拆毁全部治河工程，重新再修。康熙帝也提出了挑浚黄河入海口的方案。靳辅据理力争，带动明珠等重臣也反对挑浚河口，康熙帝见自己的建议受阻，很不高兴。
于是，康熙帝将治口工程交给安徽按察使于成龙（习惯称“小于成龙”，不是“天下第一廉吏”于成龙）去办。于成龙赞成挑浚海口，导黄入海。靳辅坚决反对，理由是河口低于海平面数尺，一旦挖开海口，海水势必倒灌，惟一可行的办法就是高筑河堤，束水注海。
在朝堂之上，二人各执己见，争得面红耳赤。于成龙力主开浚海口故道。靳辅认为下河低于海潮五尺，疏海口则会引潮水内侵，故请于高邮、宝应诸州县下河外筑长堤，束水注海，则下河不浚自治。由于两议相持不下，诏命下廷臣会议。在廷议中，支持靳辅者为多，大学士九卿俱从之，惟有通政使参议成其范、给事中王又旦、御史钱珏等少数人赞成于成龙之议，许多大臣都赞成靳辅的方案。满大学士明珠说： “前靳辅、于成龙两人互相执论，以下河不修，则高家堰一工亦可停止，此不过一时争胜，故发此论。究竟高家堰所关非小，虽不大兴工役，亦当稍加帮修。”汉大学士王熙说： “高家堰关系南河一带及淮扬等处，此工诚不可停。”连康熙本人也认为： “高家堰所关紧要，向立此堰以为堤防，设意甚善。朕意以为此工似不可停。”（《康熙起居注》康熙二十五年二月甲午）对于下河的治理，康熙帝并没有成熟的想法。大学士们多支持靳辅的筑堤束水之议，暂时无法否定靳辅之策，然而康熙帝是倾向于成龙方案的。靳辅又提出了下河屯田提案，建议将治河得到土地招民垦殖，此事最终使靳辅丢官落职。
这本来只是技术问题，却不可避免地转变为皇权与相权的斗争。从更高的角度看问题，人类一切斗争归根结底都是人我之争。自以为是、死不认错的态度是人性之痼疾，任何意见分歧与斗争说到底就是要证明，是我对而你不对，权力越大就越占优势，权力之争就成为势所必然。官场中的斗争所谓复杂激烈，归根到底，也无非是“我对，你不对”这点儿事。人类的一切意见分歧都有可能导致你死我活的斗争，所以古人要强调“自省”的功夫。这样有两个好处，一是可以敢于认错而少犯错误，二是受到委屈冤枉时也能心平气和。要避免矛盾激化，只有修身养性一途，制度问题无论如何重要都不对治人性的痼疾。
治河方略的君臣斗争一开始只是隐形的。康熙帝毕竟是有修身功夫的皇帝，愿意多方听取意见，只是潜意识中还是愿意听到与自己观点相同的意见。在经筵讲官进讲时，康熙帝向江南籍日讲官征询意见，侍讲乔莱力请用于成龙之策。康熙帝说： “乡官议如此，不知民意如何？”康熙帝能如此注重民意，实在难得。他又命工部尚书萨穆哈与学士穆称额赴江南会同漕运总督徐旭龄、巡抚汤斌考察民意。但萨穆哈调查的结果却是诸州县民意见参差不一，再令每州县派出十位通晓事体之人集于淮安询问，他们都说不便挑浚海口。于是，萨穆哈在康熙二十五年（1686年）二月回奏时疏请两议并罢： “详问居民，他们说，从于成龙之议，则积水难施工力，从靳辅之议，则水中也难于取土，请一并暂停。”（《清史列传》，卷一○，《萨穆哈传》）萨穆哈、穆称额去淮扬征询疏浚海口意见时，淮扬道高成美陪同，康熙帝便怀疑高成美反对挑浚海口，从中作梗。康熙帝以“高成美居官未有善绩”、保举人吏部侍郎胡简敬是“本地乡绅”两条理由，命将高、胡二人“严加议处”，并斥责九卿推举高成美为广西按察使“殊为疏忽”。这显然是因迁怒而制造的冤案。
礼部尚书、掌管詹事府事汤斌由江苏巡抚升任至京，于乾清门陛见。汤斌说，萨穆哈、穆称额前去调查时，自己同意下河开海口暂停，但见康熙帝赞成开海口，就附和上意说： “上流之水滔滔而来，下流无一去路，不但民间田地永无涸期，且恐城郭人民将有不测之患。”并说自己曾私下与萨穆哈和穆称额谈过，由于萨穆哈与穆称额没有把汤斌的非正式意见向皇帝反映，康熙帝认为他们有暗中偏袒靳辅之嫌，以回奏不实罪，将他们革职。工部有人乘机疏参靳辅： “修理河工已经九年，并无成功，虚糜钱粮”，应“严加议处”。
康熙帝命大学士再度传问九卿的意见，由于皇帝的态度已明，许多人便转而支持于成龙。九卿都说： “汤斌前任江宁巡抚，所见必确，今称开海口有益，故复议应开。”（《清圣祖实录》卷一二六，康熙二十五年六月戊午）康熙二十五年（1686年）六月，康熙帝命工部右侍郎孙在丰主持下河挑浚工程的实施，靳辅随其督修。在闭塞滚水坝问题上，孙在丰与靳辅又发生了争执。康熙帝认为靳辅是在有意阻挠河工，下命“下河决宜开浚，断不可止”。因河员多为靳辅旧人，不听孙在丰调度，孙在丰事事被掣肘。二十六年（1687年）三月，康熙帝令大学士、九卿就此事会议，说： “孙在丰是汉人，不能约束满人。”原任淮扬道高成美乃“罢职之人，今犹不赴京，必与往修河工诸员串通妄为”（《康熙起居注》第二册，康熙二十六年三月辛丑、癸卯）。显然，治河的技术问题转而变成了朋党之争。
俗话说，物以类聚，人以群分。在官场中，不可避免地会形成“党不成，则计不得行”的情况。人们必须相互攀缘交结，走门路，讲交情，请客送礼，才能办差，并且官运亨通。古之朋党，略相当于今之所谓“集团”。君主最怕大臣结党，明君考察官吏，往往把不“交游”，不走动权门作为一条准则。古语云： “君子不党。”为什么？因为“结党”无不“营私”，若不“营私”，何必“结党”？故“君子不党”。在污浊的官场之中，谁要保持清白，谁就会受到别人的打击排挤，同流合污才可以保全禄位。私欲严重的人自然要相互勾结，左右逢源，扶摇直上。所以精明的皇帝无不提防着大臣们交游和结党，喜欢结党的贪官污吏靠这些方法成势，但有时也因此而吃大亏。
此时，（小）于成龙已从安徽按察使升任直隶巡抚。于成龙主要依靠自己的才德和皇上的明鉴，逐步升迁。这在盛世或中兴时代是比较典型的，康熙帝特别予以表扬，说： “设官分职，原以为民。地方得一良吏，则民遂其生。今观各官，虽有品行清洁者，但畏国法而然，如直隶巡抚于成龙之真实清廉者甚少，观其为人，天性忠直，并无交游，惟知爱民，即其本旗王门上亦不行走。今人不往来于大臣之家，则恐其意有不悦。如于成龙介然自守，无所交游，为大臣者其奈于成龙何！直隶地方百姓旗人无不感戴称颂。如此好官，若不从优褒奖，何以劝众？着加太子少保衔，以为廉能称职者劝。”要使大臣做到“以道事君”有两方面的条件： 首先是自觉地修身，做到“品行清洁”；其次是“畏国法而然”。在康熙帝看来，于成龙属于前者，所以格外器重他。但是，儒家又有“以道抗权”的思想，这显然不是皇帝所喜欢的。在康熙帝的潜意识中，于成龙是自己的忠实工具，比靳辅听话。在治河问题上，朋党之争日益明朗化，而小于成龙其实也不是超然不党的。康熙帝在利用于成龙打压靳辅的同时，也就亲手制造了党争。这大概是康熙帝所不愿意承认的。
康熙帝不愿意给人留下以势压人的印象，特命户部尚书佛伦、侍郎熊一潇、给事中达奇纳、赵吉士，与总督董讷、总漕慕天颜再次会勘河道。佛伦支持靳辅的意见，回奏称： “臣等阅视高家堰地势，应如靳辅原议。”（《清圣祖实录》卷一三二，康熙二十六年十二月乙丑）而总�