奏称： “臣等阅视高家堰地势，应如靳辅原议。”（《清圣祖实录》卷一三二，康熙二十六年十二月乙丑）而总漕慕天颜、侍郎孙在丰则与佛伦意见相左。慕天颜说： 尚书佛伦等人“皆从靳辅臆说，臣不敢附会。且靳辅倡举屯田一事，屯官丈占民田，百姓苦累”（蒋良骥《东华录》卷一四，康熙二十七年二月）。两种意见相持不下。大学士明珠支持靳辅，九卿诸臣也是赞成靳辅者居多。
御史郭琇上《特参河臣疏》，率先参劾靳辅： “靳辅治河多年，迄无成效。皇上爱民，开浚河口，靳辅专信幕客陈潢之言，百计阻挠，宜加惩处。”（《康熙起居注》第三册，康熙二十七年正月丁酉）小于成龙又向皇帝揭发了明珠揽权纳贿的问题。郭琇再参劾明珠。明珠随即失势，靳辅自然也就跟着倒霉。这是靳辅的反对者的战术。郭琇参劾大学士明珠、余国柱等人树党营私，称他们是靳辅的后台，几人互相勾结，侵吞了大部分治河经费。对于贪污这一指控，靳辅似乎早有预防，他把治河账款交由陈潢亲自管理，无论大小开支，一笔一笔，陈潢都记得明明白白，没有丝毫遗漏。贪污指控，拿不出证据，只好不论。
郭琇疏劾靳辅，确实无道理，但是对权臣明珠的弹劾却大快人心。那日，正值明珠寿诞，大宴百官，郭琇忽然从袖里掏出弹章，当众宣读，然后饮大杯酒自罚，说： “郭琇无理。”随即昂然而出。郭琇力挫明珠势焰，也是间接受皇帝指使。康熙帝早就痛恨明珠把持朝政，排斥异己，这次他借题发挥，声东击西，免了明珠等人的职，赢得了道义人心，然而，却也输了道义人心。这真可谓是一阴一阳。明珠是贪官，治河观念却是对的，靳辅是清官，治河观念也是对的。他们的观念一致，就被一锅烩、一锅端了。官场无是非，清官也心寒。做皇帝的最怕大臣结党，因此鼓励大臣们互相攻讦拆台，自己则利用矛盾，各个击破，今日拉甲方打乙方，明日拉乙方斗甲方，永远没有完结，可谓乐此不疲。于成龙是著名清官，深得康熙帝信任，康熙帝利用他来反对靳辅，是颇费苦心的，因为靳辅也是著名清官。
康熙帝赞同于成龙的方案，其实也就是皇上自己的方案。一些善于逢君之恶者，都拼命诋毁靳辅的治河功绩。给事中刘楷疏劾靳辅题补河员之权过重，他说： “河道官员题补之权总归河臣，若是虚己求才，果能奏安澜之效，也不可久擅用人大权。何况靳辅任事以来漫无寸功，只见每年上报河道冲决而已。以后大小河官，应仍由吏部选补。”这是非常厉害的一击。君主对于权力一向十分敏感，视臣工任用私人为擅权结党。后来于成龙任河道总督时也是如此，并说“宁杀于成龙，至于属下效力人等不可不用”，康熙帝当面予以斥责。
山东道御史陆祖修疏劾靳辅结交朝臣，说： “靳辅身虽外任，与九卿呼吸甚灵，会议定时，吏部尚书科尔坤、户部尚书佛伦、工部侍郎傅拉塔、左都御史葛思泰等不顾公议，左袒河臣（靳辅）。九卿中赞决异同者不过三四人，余者都依户部尚书佛伦等所奏具稿，箝众人之口。河臣积恶已盈，中外人心总望睿断罢斥。”（《清圣祖实录》卷一三三，康熙二十七年二月癸丑）靳辅做了那么多的好事，竟然都成了罪证，就因为他与明珠等人是“一党”。
康熙帝召见靳辅询问，靳辅反唇相讥说： “于成龙久与结拜弟兄慕天颜频繁宴好，孙在丰亦与亲密异常者也。”又说： “郭琇与孙在丰为庚戌科同年，陆祖修为诸生时，拜慕天颜为师，又系孙在丰教习门生，刘楷、陆祖修己未科同年，并为江南人，与隐占田亩者，无非桑梓亲戚年谊之契，故彼呼此应。”“慕天颜与孙在丰结姻亲，因于成龙倡开海口之议，故必欲附和于成龙以攻臣而助孙在丰。”（《清史列传》卷八，《靳辅传》）。看来，治河之争，完全变成了朋党之争。这可不是皇帝所希望的。康熙帝只想证明自己正确，大臣却互相倾轧。既然是斗争，就不能处在孤立无援的地位，结党（“彼呼此应”）与党争（“党同伐异”）就不可避免。
孙在丰又上疏弹劾靳辅，说： “臣与佛伦等会勘河工时，原议海口应行挑浚，拟有疏稿后不以上闻。虽系佛伦主稿，实靳辅阴谋也。其幕客陈潢黩货无藉，法所不宥。”（《清圣祖实录》卷一三四，康熙二十七年三月甲戌）。两江总督董讷上奏说： “总河靳辅复欲筑重堤一道，臣等公议以为重堤可不必筑。其时佛伦亦从臣说，云依臣议。后来赵吉士忽而不从，云必须总河（靳辅）承担。遂面问靳辅，靳辅断不担承，因而众论游移。佛伦遂议筑重堤一道，想是若辈故作止局……佛伦又不容人说话，臣不得已而从之。”（《康熙起居注》第三册，康熙二十七年三月甲戌）
康熙帝召见群臣再议河工之事。在廷议时，诸人互相诋诟，有失大臣体面。慕天颜、董讷说佛伦将看视河工后的公同奏稿私行易改。佛伦说： “董讷、慕天颜伙同党谋，将臣暗行巧陷。”于成龙指责靳辅于下河开浚，“百计阻挠，将海口已开工程不令成功，皆系妒嫉私心”。靳辅说： “慕天颜、孙在丰朋谋排挤，此二人原系亲家。”“于成龙与臣幕客陈潢结为兄弟，私通书札，岂正人所为？”“于成龙前在泰州妄自尊大，讹传他升兵部侍郎，信以为真。后知不确，疑为臣所阻抑……泰州士民曾有： ‘兵部侍郎冒不得，八人轿坐不得，司道官管不得’之歌。因羞成怒，恨臣刺骨。”于成龙又说： “靳辅事事贪黩，专任陈潢，横行无忌。拜陈潢为父，馈送华美楼房，三千银两，诸如此类，罪不胜诛。”“今数年以来，河道尽为靳辅所坏。”（《康熙起居注》第三册，康熙二十七年三月辛巳）
康熙帝希望群臣对此事能有所评议，然而“九卿各怀私意，畏惧汉军这斯，所以不肯定议”，“诸臣皆畏靳辅、于成龙，无一人与之辨难者”（《康熙起居注》第三册，康熙二十七年三月辛巳；康熙二十七年五月壬申）。于成龙挑浚海口的意见显然是幼稚的，偏偏皇帝也是如此。康熙帝就靳辅与于成龙之间的河工之争再次做出了明确的裁决。他说： “屯田害民，靳辅纵有百口亦不能辩，开海口乃必然应行之事。”“海水倒灌，无有是理。”（《清圣祖实录》卷一三四，康熙二十七年三月辛巳）在黄河出海口附近必然会形成一大片积水的湿地，以今人的眼光来看，这是应该保护的。当初康熙帝没有这方面的知识，以为只有干地才是好的。此事，康熙帝显然缺乏“天人合一”的思想，而太突出了“人定胜天”的思想。他出于爱民的热情，急于疏浚海口，将一切违背自己意志的意见都视为是对自己权威的挑战。一旦把个人的私意掺入其中，技术问题也就成了政治问题。
明珠已被革官，虽然罪名是卖官受贿，其实，在治河问题上与皇帝意见不一才是主要原因。群臣更怕被皇帝视为结党，“今若有人顺靳辅而言，又恐议为靳辅之党，谁复敢言”。（《康熙起居注》第三册，康熙二十七年三月丁酉）康熙的态度一明确，廷议中再也无人为靳辅申言。随后，三月二十四日，九卿等奉旨议复河工一案的应革人员，康熙帝诏命将靳辅革职，幕宾陈潢革去佥事道衔。慕天颜、熊一潇、赵吉士也分别以居官不善、庸劣、行止不端被革职。佛伦、孙在丰、董讷以及达奇纳分别降级留任，对两方人员作出处置。显然，康熙帝表面上是各打五十大板，但实际上，以于成龙为核心的汉军旗人朋党明显占了上风。尤其是将陈潢与靳辅同时削职，显然是康熙帝人为制造了朋党冤案。陈潢遭逮捕押解北京，未及下狱，即忧愤而死。康熙帝迁怒于陈潢，犹当初迁怒于高成美，大臣没有结党，皇帝也要制造朋党之狱。
一些人为了自保官位，见风使舵，连日间交章弹劾靳辅。连康熙帝也觉得太过分了，自己还特别褒奖过靳辅的治绩，如果靳辅全错了，自己岂不也错了吗？ 现在他要反过来整肃于成龙的支持者了。康熙帝说： “近因靳辅被参，议论其过者甚多”，“众皆随声附和”。（《清圣祖实录》卷一三三，康熙二十七年二月庚午）有些于成龙的支持者，以前却是靳辅的支持者，如两江总督董讷就是这样，有他亲自起草的奏章为证，但他却说是别人篡改了自己的原稿。佛伦拿出原稿呈交康熙帝，当场揭穿了他。河道总督慕天颜还故意制造假象，蒙蔽皇上，他下令漕船退回，又奏报运河不能通行，漕粮无法运京。督理河口疏浚工程的工部侍郎孙在丰，经过实地考察，也认为靳辅的方法合理并予以支持，可后来他主持河工时又反对靳辅的方案，康熙帝将他们一一革职或降级。康熙帝及时将彻底否定靳辅之风刹住了。
接替孙在丰督理下河工程的是凯音布，姓西林觉罗氏，满洲正白旗人，自笔帖式累迁至左副都御史、户部侍郎。他为人正直，办事也精干。甫到任所，便发现靳辅所开之中河，水足流畅，商贾舟楫往来不绝，颇有些欣欣向荣的气象，事实与于成龙所说不符。他据实上奏。康熙帝很生气，下谕旨批评于成龙说： “前于成龙奏云，靳辅开中河无所裨益，甚为累民，河道已为靳辅大坏矣。今凯音布等往勘中河，奏云，河内商贾船行不绝，若塞支河之口，则骆马湖之水汇流中河，水势既大，漕艘可通。今数年以来，河道未曾冲决，漕艘亦未至有误。若谓靳辅治河全无裨益，微独靳辅不服，朕亦不惬于心矣。于成龙在直隶爱民缉盗，居官颇优，但怀挟私仇，阻挠河务，殊为不合。”接着又斥责其他攻击靳辅的人说： “今九卿已将靳辅议罪，皆言其治河无益。若王新命闻之，亦顺从于成龙之说，以靳辅所�