宝二军已屡逼谭洪，所有谭洪数千败残人马，已七零八落，再不能通入藏地，已引千余残兵径回云南。故赵良栋王进宝二军亦直进滇境，由永善下鲁甸，直抵者海司。即于此时接得赖塔及蔡毓荣文报，约以合捣云南，赵良栋道：“知谋之士所见略同，蔡毓荣正与吾意暗合也。”遂一面回复赖塔及蔡毓荣，约以神速进兵，恐旷日持久则夏国相有谋，马宝多智，郭壮图、谭洪、胡国柱有勇，不难会合缅藏以为援应，则收功愈难。蔡毓荣等皆以赵良栋之议为然。适是时图海已移兵南下长沙，蔡毓荣等更无后顾。时正康熙二十年三月，大兵已分三路合逼而进。赖塔、彰泰与傅宏烈等军已进至嘉利，蔡毓荣与穆占、希尔根却进驻嵩明，赵良栋与王进宝亦进至富民地面。一路势如破竹，至是已合逼云南府。
时夏国相、马宝及胡国柱昼夜经营御敌，奈敌兵势大，不能抵挡，惟合退至云南府城，复派员四出运动外应。故一时降将马承荫再起事于广西柳州，以扰赖塔之后，谭洪部将鼓时亨再起事于川东，以扰赵良栋之后。还亏川中兵力尚雄，足以镇定，所以鼓时亨一军不能得手。惟马承荫一军一经在柳州起事，广西已全省震动。幸图海既驻长沙，乃分兵下桂林，而赖塔闻警，亦遣傅宏烈回军，因是广西亦复镇定。马承荫已走死泗城，故赖塔亦免了后顾，唯与蔡毓荣、赵良栋等专力云南，均齐各路俱进。
是时已是四月时分，天气炎酷，北地人马不惯南方瘴气，颇多不服水土。
将军穆占欲移军避暑，以为吴世蕃穷蹙至此，必不能再兴，欲待秋凉然后合围。蔡毓荣道：“不可。吾等既到此地颇不容易，敌既穷蹙，岂可令其复养元气？凡事得失成败每争一间耳。况吴世蕃不打紧，须重视夏国相、马宝二人。彼若稍有时日，不难整顿也。”是以决意进兵。希尔根乃谓穆占道：“蔡毓荣为汉员尚且如此，吾等何可自深以惜。”穆占为然，因此立行进取。赵良栋、王进宝、赖塔、彰泰共分四路，分头并进。时云南地方既瘠，粮食亦尽，虽民心尚依念马宝、夏国相等，惟此时已无可如何，故临安、永顺、姚安、大理等郡县已先后附降。蔡毓荣等遂乘势直进，直逼云南府。复定议蔡毓荣一路抽出希尔根一军，由川进滇，一路抽出王进宝一军，以抚循各郡，余外俱围云南府城。夏国相乃与马宝计议道：“今屯扎五华山，虽布置完密，然困而自守，以望敌人之退，其势难矣。须分兵四出，或足以扰敌人而固云南府城也。”诸将皆赞成此论，遂以夏国相、谭洪、王会、高起隆等各领本部人马，冲突而出，以扰川省。先后陷泸叙、建昌、永宁、马湖诸府县。夏国相之意，当时以为得两云南不如复得一四川，因不特地势险阻可以有为，且交通藏人亦复利便故也。
自夏国相等图扰川省之后，赵良栋以为虑，乃令王进宝复顾后路。再驰驿飞报张勇、孙思克，以兵力捣截夏国相等，余即进逼云南，并知照各路，以无论如何须先破云南府，彼根据既失，各将安逃？即成流寇，扑灭亦易耳。
因此各路攻城愈急。幸赖马宝、胡国柱、郭壮图设计死守。时贝子赖塔，以此次出军每着皆落傅宏烈之后，欲一雪其耻以争头功，于是奋勇扑进。郭壮图百般拒御，奈赖塔军中虽死伤千余人，仍不少却。攻围一月，陷其外垒。
赖塔在左，彰泰在右，依然猛攻。那长围距城尚远，故外垒虽陷，未能攻及城垣。赵良栋知赖塔已破其外垒，乃鼓励三军与蔡毓荣并进，力踰三军，马宝仍不少却，依旧拒守。赵良栋乃传令军中，布楼船排筏于昆明池，欲以断内城接济，乃仍令一面攻城。不意两军攻守数月，内城并无缺粮消息，水道相继不绝。赵良栋无可如何，乃函知蔡毓荣，说道：“敌殆准备死守而先盛屯粮草备水道也，欲困之难矣。今历攻数月，士卒损亡数千，可以想见若旷日持久，彼外援一到大势更难，今惟有奋力扑攻耳。”因此复率军猛进。
至十月中旬，胡国柱先为赵良栋军中击毙，虽世蕃大惊。见赵良栋、蔡毓荣已破长围，攻逼城垣，乃与马宝计议，再割地求藏人发兵。不料此书又为赵良栋所截。吴世蕃乃知危迫，即调夏国相、王会、高起隆等回军。夏国相此时料知滇京已危，即欲入川亦势不及，惟有双眼垂泪，与王会等回军，惟以死自誓而已。时正望云南府回来，复与高起隆计议，欲从后袭赵良栋一军，以救云南府城。不料吴世蕃差人往召夏国相时，其人竟为王进宝所获，并搜获其书。王进宝即将带书人斩了，另派心腹人员伪为吴世蕃所差委者，往见夏国相。故夏国相等回军，及欲袭赵良栋后营，皆为王进宝所悉。那王进宝即报知赵良栋，依着夏军来路，预伏人马以击夏国相。果然夏国相兵到时，即为赵、王二军所袭。王会先死于乱军之中，夏国相欲自刎，惟念既以死自誓，亦须一见吴世蕃之面，乃与高起隆引败残人马约五六千人，绕道奔回府城。不意高起隆见势将亡，早变了心，已阴款于赵良栋。那赵良栋即令其谋杀夏国相，故高起隆为杀夏国相，就在夜里乱起来。还亏夏国相平日最得人心，当高起隆引亲兵乘夜杀进时，夏国相的护兵不令其进帐，且大呼道：“夏公忠以报国，恩以待人，汝辈奈何从贼乎？”言犹未已，高起隆的亲兵早散去大半。高起隆大怒，欲冲进夏国相帐中。于是夏军的护兵一齐抵御，乃砍高起隆为肉泥。夏国相叹道：“国家将亡，宜有此等怪象。今高起隆死矣，何若死于国，犹流芳千古乎。”说罢，知高起隆已与赵良栋有约，恐其外为应，乃立刻领残兵奔回。惟赵良栋、王进宝已乘后蹑追，夏国相不敢恋战，没命奔至城垣。赵良栋乘机猛击。还亏谭洪接应，救得夏国相进去，而城中外垣已陷了十余丈。良栋欲乘势直入，得谭洪死挡一阵，赵军进势稍却。
唯谭洪身被数伤，是夜亦即殒命。
自谭洪死后，人民益为惶骇。且兵粮虽足，惟城内居民尚多，被围日久，亦已食尽。马宝不得已，分军粮以济一时。然因此民心稍安，惟军粮渐少。
是时将官亦逐渐凋落，惊慌何可胜言，日望藏人救兵不至，君臣唯相对而泣。
由是军心益惧，皆怨吴世蕃不应召回马宝，以至一子错全盘皆乱。故世蕃听得，更惧为军人所害，急召郭壮图入保行宫。胡国柱以郭壮图独当一面，不可移动，奈吴世蕃不从，胡国柱愤极，悻悻回寓，即咯血而终。自此王会、高起隆既死于城外，胡国柱、谭洪亦死于城中，只余夏国相、马宝、郭壮图三人，虽智勇双全，此时亦鞭长莫及。赵良栋乃与各路昼夜攻击，直薄城下。
两军血肉相薄，相持数月，周兵益疲。至次年夏间，粮草皆尽。且归化寺一带，自郭壮图退保行宫，兵力益单，早被贝子赖塔、彰泰攻陷。
是年秋七月，桂抚傅宏烈斩马承荫于柳州，桂乱悉平，故傅宏烈复带兵入滇。自攻下归化寺后，五华山势已孤立，加以赵良栋、蔡毓荣不住攻击，延至十月，城中食尽，南门守将方志球阴与蔡毓荣相通，即献南门，放蔡军入城。由是诸君齐进。甫报到南门失守，吴世蕃及郭壮图先已自尽。夏国相与马宝引心腹亲兵直行冲击，欲杀一二敌将，然后自尽。不料蔡毓荣已下降者免死之令，军士多已投降。马宝部将张祺大怒，立杀降者二人，于是军中哗然，反倒戈相向。蔡毓荣更下令，杀得夏国相、马宝者，赏以万金。于是蔡军一涌向前，万枪齐发。马宝恐被擒获，先行拔剑自刎。夏国相急引亲兵望西奔来。忽前面敌兵纷纷拥至，正是赵良栋大兵，枪声响处弹子如雨而下，夏国相即身被数伤，立即毙命。未几大学士方光琛驰到，亦被击死。赵良栋乃与蔡毓荣尽降周兵，直望五华山追来。所有护守行宫的军士，皆已投顺。
赵、蔡二将先将人马分扎五华山上，并管束降兵，各带健卒千人，欲直进吴世蕃行宫。未几，贝子赖塔亦到，乃相将同入。只见一人伏尸而哭。赵良栋大喝道：“大军至此，尚不降耶？”那人听得，却拿起一飞锥向赵良栋打来，然后拔剑自刎。还亏赵良栋眼快，那飞锥掷个落空，却击中背后护兵一人，立时倒地。良栋即率亲兵上前，欲拿那人，已是自刎死了。细视其人，乃吴世蕃的大学士林天擎也。因听得吴世蕃已是自尽，故进宫来欲殓葬世蕃尸首，以免为敌兵屠戮。不料正哭一场，赵良栋已到，遂不及殓葬吴世蕃，即及于难。赵良栋并令亲兵琢林天擎为肉泥，复割吴世蕃首级，以备回京献俘。徐即与蔡毓荣赖塔再进里面，但见宫女、宫监在后园林树中投环自尽者，不计其数。余外有投井的，有服毒的，男女尸首层叠于后宫。赵良栋见得，喟然叹道：“妇人竖子且捐生殉国亡，王宫内无一降者，可见人心尚非从我也。使三桂父子励精图治，勇于进取，天下谁属，固不可知。乃有此固结之人心而不知用，徒苟安佚乐，自取败亡，岂不可惜哉？”说罢，令军士将宫内各宫监、宫人尸首收殓埋葬。又见云南人心固结，以连年被兵，乃请款赈济穷民。并将国相、马宝等戮尸。又函吴世蕃首级献俘，一面奏捷入京，报告肃清，酌留兵驻滇以办理善后，然后班师。
时朝廷听得云南已平，先令户部发币五百万以赏军士。计有功诸员以图海、赵良栋、蔡毓荣、王进宝、张勇居首，孙思克、李之芳、傅宏烈、赖塔、穆占、希尔根、硕岱、彰泰、徐治都、杨捷、姚启圣、施琅、吴兴祚等次之，俱受上赏。又以军兴以来，诸大员多有失机偾事，至是乃降旨罪之。诏道：当吴逆初叛时，即选满汉精兵，命顺承郡王勒尔锦统之，计程三月可至荆州。乃不乘贼远来马疲守备未固之时渡江扼险，挫其锋锐， 俾贼得以其暇，据�