两个故事中，“齐姆楚姆”号都沉了，派的家人都死了，而他在忍受痛苦的折磨。在这个意义上，两个故事没有什么不同，只是第一个故事生动有趣、充满奇幻的想象，而第二个故事令人发指、全是血淋淋的残酷事实。两个日本人最终学会了想象，不再仅仅相信自己亲眼所见、亲耳所闻或必须被科学、情理解释得通的东西。这实际上是在告诉我们，相信上帝也需要想象力，而不能机械地去证实上帝的存在。上帝是抽象的，它存在于每个人的心中。
科学理性和宗教信仰
主人公派的名字是一个很巧妙的隐喻，他原名叫派西尼·莫利托·帕特尔（Piscine Molitor Patel），其中派西尼是法语，表示“游泳池”的意思，而莫利托是巴黎一座“神仙也会喜欢在里面游泳的” 游泳池的名字。正如第74章中派“指着理查德·帕克大声说：‘这是上帝的猫！’”、“指着救生艇大声说：‘这是上帝的方舟！’”那样，莫利托游泳池就是上帝的游泳池。派的名字与他非同寻常的宗教情结联系甚密。后来，为了摆脱掉同学们对派西尼这个词的嘲弄（它与英文中表示小便的俚语Pissing谐音），他将名字缩写为Pi，即圆周率π（π在希腊字母表中排行16，而派在海上失事那年恰好16岁）。这是一个奇特又恼人的无限不循环小数，是追求确定性和实在性的科学家们“试图用来理解宇宙的”一个“难以表述的无理数”。它是圆周长与半径的比值，只能靠一种逻辑上对等获得，而其本身无法被精确地表述、解释或控制。派本人也这样认为——“我讨厌自己外号的原因之一就是，那个数字会一直循环下去”。Pi无穷无尽的位数具有不确定性和神秘性，恰似派讲的第一个故事中那诸多不可思议、无从解释、不合逻辑的奇事，比如食肉岛、能制造淡水的以鱼为食的海藻、住在树上的水栖沼狸以及两个盲人分别乘两只救生艇在太平洋上相遇等。作者就是要让读者拼命地冲破理性，去相信一个不合情理的、难以置信的故事。
可见，派的名字有着丰富的宗教内涵，并且是科学理性与不确定性、非实在性的矛盾统一。不仅如此，派在太平洋上的顿悟——“做一个失事的人，就是在圆圈的中心永远做一个点……半径永远是你注视的目光。周长永远都那么长”——实际上是对他自己名字之深刻含义的进一步阐释。当你身陷困境的圆心，当你的“准确无误”的实际目力达不到圆周，也就是科学技术、知识理性都鞭长莫及的时候，摆脱困境的希望永远是那么渺茫。如果要看到困境的边缘，获得生存的希望、信心和勇气，你的想象力的目光构成的半径就必须足够长，而信仰上帝可以放远你的目光，可以把你从悲伤或绝望中拯救出来。
派从前学会的打绳结的方法、航海的各种常识、驯养动物的诸多技巧以及救生艇上的各种物资（包括求生指南）确实帮了派的大忙，但是随着补给品的耗尽，食物与淡水经常性的不足，曝晒和海水对健康的摧残，生存环境越来越恶化，派渐渐陷入了绝望，而这时对上帝的信仰还在支撑着他艰难地存活下去。所以，在对技术、生产热情赞叹的同时，派更多地是对科学理性进行反思质疑。在“齐姆楚姆”号刚刚沉没时，派一边本能地搭救理查德·帕克，一边紧张地思考“我生命中的每一件珍贵的东西都被毁了。而我却得不到任何解释吗？那么，理性的目的是什么呢……难道它只在实用的东西上——在获取食物、衣服和住所的时候闪光吗？为什么理性不能给我们更伟大的答案？为什么我们可以将问题像网一样撒出去却收不回来回答？为什么撒下巨大的网，结果没有几条小鱼可抓？”当日本官员坚持要求派的故事符合情理时，派激愤地答道：“我每一刻都在讲情理。用情理来获取食物、衣服和住所，真是好极了。情理是最好的工具箱。要让老虎走开，没有什么比情理更有用了。但是过分讲究情理，你就有把整个宇宙和洗澡水一起倒出去的危险。”
这一席话准确地点明了科学理性的重要性和不足，虽然它给我们知识技术，为我们创造巨大的物质财富，但物极必反。过分讲求理性，人类的精神家园将日渐荒芜，最终变成干涸贫瘠的沙漠。而宗教信仰正是灌溉人类心灵的甘泉，拯救一个个干旱、枯竭的灵魂。所以，理性诚可贵，宗教价更高。
小说中两个库马尔先生分别是科学和宗教的化身。派在小修院的生物老师库马尔先生是无神论者，虔诚的科学信徒。“对他来说，每一只动物都是逻辑学和力学的胜利，整个大自然就是对科学的绝妙解释……库马尔先生参观动物园是为了把握宇宙的脉搏，他那听诊器般的大脑总是向他证实，一切都井然有序，一切就是秩序。他离开动物园时感到科学精神振奋。”他认为“宗教是黑暗”。“对现实做科学以外的其他解释是毫无根据的，相信我们感觉经验以外的任何食物是没有正当理由的。清晰的思维，对细节的密切关注，再加上一点点科学知识，就可以让我们清楚地看到，宗教是迷信的瞎扯。上帝并不存在。”在经受小儿麻痹症的折磨时，他天天问自己上帝在哪里，而上帝最终没有来。他说：“救我的不是上帝，而是医药。理性是我的先知，它告诉我就像手表会停一样，我们也会死。”对这样一位典型的无神论者，派“完全能够想象”他“临终时所说的话：‘白色，白色！爱——爱——爱啊！我的上帝’——还有临终前突然有的对上帝的信仰”。也就是说，派不同意他的理性至上的观点，并且深信他辞世之际还是会参透上帝、皈依宗教的。
引导派信仰伊斯兰教的面包师库马尔先生是位穆斯林神秘主义者。“他寻求个人意志在真主意志面前的毁灭，即与上帝的结合，它与上帝的关系是私人关系，是充满了爱的关系。”与另一个库马尔先生那引人注目的奇异相貌相反，他长得极其平常，以致派担心在动物园门口会认不出他来，于是不停地用双手揉眼睛。这其实是在暗示上帝并不容易显圣，信仰宗教需要擦亮心灵，真诚地用心去体悟，用心去爱。
派“每天进行根据现在的情况而改变的宗教仪式”，这确实给了他一些“安慰”，但是“很难”。“爱上帝就是敞开心胸，就是不受拘束，就是深深的信任，就是爱的自由行动——但是有时候要去爱太难了。有时候我的心因为愤怒、忧伤和疲惫迅速地沉下去，我很担心它会一直沉到太平洋底，我没有办法再把它提起来了。”“在这样的时刻，我努力让自己高兴起来”，“我会提醒自己上帝的创造和自己在其中的位置。”“黑暗会动起来，最终消散了，上帝会留下来，成为我心里一个闪光的点。我会继续去爱。”信仰宗教就是去爱。《新约·路加福音》第35节中说：“你们要爱仇敌，也要善待他们，并要借给人不指望偿还。”派得以与老虎共处一只救生艇，在太平洋上漂流227天，并最终活了下来，在很大程度上归功于他的博爱和善良。起初派视理查德·帕克为敌人，想出了六条杀死它以摆脱危险的方案，但都被理性迅速否定。最后他还是采取了与虎共存亡的第七条方案，并且在共处过程中渐渐爱上这只孟加拉虎，意识到正是这只老虎迫使他想尽一切办法努力求生，而不再有时间陷入失去家人的极度悲伤和孤独空虚的绝望，不再有余地放弃生命。
在人虎双双失明、生命垂危之际，派“已经没有了对死亡的恐惧”，他“得出的最伤心的结论，就是我不能再照顾理查德·帕克了。作为饲养员，我是失败的。它的死亡正在逼近，这比我自己的死亡对我的震动更大”。不难看出，至此派对理查德·帕克的爱已超出了对自己的爱，宗教信仰最终在他对这只孟加拉虎的爱上得到了最高诠释。
针对宗教禁锢人的思想、束缚人的精神自由这一观点，作者借派之口进行了巧妙的批判。在第4章，派先结合例子有力地批驳了人们对动物园的偏见，指出“野生环境中的动物无论在空间上、时间上，还是在个体关系上都不自由”。动物事实上极端保守，对意外的事物、对环境中最微小的变化都会做出紧张、心烦意乱的反应。动物的地盘意识很强，当它发现人类为它建设的房子中有它需要的一切地方——？望台、休息、进食、饮水、梳毛的场所，并且不必去捕猎就有充足的食物，不仅摆脱了天敌、寄生虫的困扰还可以免费看医生的时候，它就会像在野生环境中占据地盘一样通过撒尿等方式将这块场地化为己有，在此自由活动并在地盘受侵犯时竭力保卫它。一般来说动物并不情愿从动物园逃跑，因为动物园并未限制它所谓的自由，只是给它提供了比野生环境更舒适安全的生存场所。接下来，他把宗教和动物园进行类比，使我们明白其实宗教无非是为我们提供了一种精神上的保护，使我们的精神生活更健康和安全。“我知道动物园已经不被人们喜欢。宗教面临着同样的问题。关于自由的某些错误观念使两者都遭了殃。”人们对宗教的误解导致其抛弃宗教信仰，摆脱所谓的精神束缚，追求所谓的完全自由，结果人们的精神世界就像处于险象环生的野生环境中的动物一样，岌岌可危，失去精神支柱的人们开始常常陷入绝望，找不到克服困难、战胜挫折的力量和勇气。
马克思在《黑格尔哲学批判导言》里确实说过“宗教是人民的鸦片”。看看上下文就会知道，马克思并非在说宗教本身很坏，像毒品害人；而是在说不合理的社会制度使人民得不到幸福，人民在苦难里无法承受，只好到宗教中寻找安慰。他从来没有把“宗教是人民的鸦片”这句话作为他的宗教观的核心或基石。最多是把鸦片作为宗教的一种社�