外放郁郁而终。他死后很久李旦即位，才偶然知道当年吉顼进言，感激之余下诏道：“故吏部侍郎、同中书门下平章事吉顼，体识宏远，风规久大。尝以经纬之才，允膺匡佐之委。时王命中否，人谋未辑，首陈返政之议，克副祈天之基。永怀遗烈，宁忘厥效。可赠左御史台大夫。”）
重为皇储的李显立即被女皇任命为河北道元帅讨伐突厥。在此之前，由于将士不肯效命，武周王朝对突厥的作战一直没有起色，征兵一个月也往往招不满千人。如今听说高宗的儿子领兵，四方应者如云，不消几天就超过了五万人。双方对阵胜负也随即发生根本转变。从根本上来说，女皇虽然热衷权力，残忍嗜杀，却并不愿意毁掉高宗开拓的帝国疆域。面对诸武领兵无功，李显挂帅即能保土安民的情形，她要做的是天朝大国的皇后、女皇，并将这个大国交给继承者，而不是给后来人一个四分五裂的国家，更不愿做一个被叛乱者劫掠的亡国之君。既然武氏没有人能够接这个担子，她终于只能默认自己费尽心机开创的武周王朝一传而绝了。
做出了决定的女皇接下来最担心的，就是自己死后李氏皇族跟武家秋后算帐。然而对于身后事，她也无能为力，最后只能想出一条多少有些鸵鸟的办法，圣历二年（699年）四月十八日，女皇命太子李显、相王李旦、太平公主及诸武共作誓文，于明堂内向天地宣读并刻成铁卷藏入史馆。除此之外，联姻也成了她的一种选择。在这样的情形下，李显的庶女永泰郡主嫁给了武承嗣的儿子武延基，嫡出女儿安乐郡主则嫁给了武三思的儿子武崇训。
在女皇的有意安排下，武李两家少年男女走得很近，时常耳鬓厮磨呼朋引伴在一起。（女皇死后，安乐郡主再嫁的丈夫仍是武家少年武延秀，唐玄宗李隆基前半生最宠爱的女人则是武攸止之女武惠妃，追封贞顺皇后，另一位小武妃则是武重规之女，生子李璿）
姻缘虽然缔结，悲剧却也埋下了伏笔。眼看两个妹妹都与各自的丈夫情投意合，李显与韦氏的嫡出儿子李重润也和妹夫来往密切，时常一起游猎宴饮。相处日久，偶尔不免也会磕磕碰碰，在少年人来说这实在是寻常事。然而千不该万不该，有一次李重润与武延基发生口角，争吵中忘了忌讳，两人竟将彼此曾经私下议论女皇宠信张易之兄弟的事情给当众吵了出来，待到发觉忘情赶紧闭口，已是迟了。消息迅速传开，张易之立即加油添醋地报到了女皇面前。武则天便将李重润和武延基夫妻都送到太子李显处，让他加以处治。李显饱尝了十四年废皇帝的苦难岁月，好不容易才熬到今天，无论如何也不敢惹恼母亲，更不敢开罪“策立有功”的张氏兄弟，唯恐这对兄弟翻手成云覆手成雨，又将自己一家打回原形。无可奈何的李显思来想去，只得逼着三个孩子统统自杀。（武延基的父亲武承嗣已经死了）李重润和武延基死于长安元年（公元701）九月初三，十七岁的永泰郡主带着她腹中的胎儿也于次日（可能就是初三的深夜）死去。
张易之一句话，就逼死了太子的嫡出长子、武氏家族的嫡出长孙，所有的人都恐慌万状。这件事使武李二族团结在了一起，将二张视为他们共同的敌人。然而面对张氏兄弟嚣张气焰，诸武诸李都无计可施。为了表示和解的诚意，使二张不至于继续与自己为敌，李显、李旦、太平公主及武氏诸王不得不屈服，联名在孩子们被逼死的第二年八月向女皇上表，请求册封张氏兄弟为王爵。女皇虽然年老，对二张又宠溺，但也很清楚这是逾越规制的事情，虽然众人再三请求，最后也只是封张昌宗为鄴国公、张易之为恒国公。
女皇仍然宠信张氏兄弟，但她很清楚张氏兄弟终究只是男宠，国家大事仍然取决于宰臣。在一次女皇亲自出席的宴会上，二张的坐位紧靠女皇，居于御史中丞宋璟之上。张易之自知在女皇心目中自己真正的地位不如宋璟，想要讨他的欢心，便下座揖让道：“您才是当今第一人，怎么可以居下座呢！”宋璟不冷不热地回答：“我才劣，所以位卑，张卿怎么会认为我是第一？”天官侍郎郑杲想打圆场：“中丞怎么称呼五郎为‘卿’？”宋璟回答：“以官爵大小而言，称呼他为卿才是对的。足下并非张卿家奴，管他叫‘郎’干什么？”张氏兄弟从此恨上了宋璟，在女皇面前用尽办法中伤他。然而女皇对于席上的的一幕心中有数，并未采信他们的胡言，宋璟安然无恙。
自李显复立太子以来，天下太平了许多，契丹于久视元年（公元700）平定，吐蕃的战事也随起随平。长安三年，吐蕃遣使献马千匹、金二千两求婚；六月初一，东；突厥可汗默啜也遣使入朝，请以女嫁与李显之子，这桩婚事在当年十一月缔结。可惜的是，这位嫁入中宗家的突厥公主是谁，又嫁给了谁，史书可没记下，反正绝非李重润，也不是李重福（因为他娶的老婆是张易之的外甥女，所以他成了导致李重润武延基永泰公主之死的首席疑凶）。
女皇虽然年纪已老，仍然大权独揽，她对身边发生的一切意味着什么非常明白，知道自己开创的武周王朝将随着自己一起逝去。于是，在久视元年的十月初十，她颁下诏书，废止周历，重新起用唐历。
长安元年（公元701）八月，武邑人苏安恒上疏女皇，请求抑武重李，贬武姓诸王为公侯，禅位太子李显。女皇看过奏疏后召见了苏安恒，还赐食慰劳了一番。第二年，苏安恒再接再励，又上了一道表章，这道刺眼的表章递上，女皇并未动怒，但也没有给任何答复。武则天何尝不知道苏安恒所说的都是忠言，都是实情。然而要做这个退位的决定又谈何容易。从大帝变成太后，差别实在太大，世上有谁能够做得到？中国历史早已经给出了答案，所有的禅位都是在政变下不得不为，唯一一个情愿禅位的乾隆，在退位后也仍然独揽大权，嘉庆只能做“学徒皇帝”。
犹豫不决中，时间到了神龙元年（公元705）正月初一，八十二岁的女皇颂下了这样一道旨意：“自文明以来得罪者非扬、豫、博三州及诸反逆魁首，皆赦免。”也就是说，女皇赦免了自公元684年以来所有被她严厉打击过的所有政敌，甚至包括历次反对她统治、反对她创立武周王朝的反叛者。这道圣意意味着一件事：女皇病重了。从此她已经再不能象从前那样“宵衣伫旦；望调东户之风；旰食忘眠；希缉南薰之化”地日理万机了。她在长生殿内养病，独自追忆过去的种种，不见儿女更不见宰臣，只有张氏兄弟和宫人随侍身边，她所有的决定，都由二张传达。
对于这样的局面，朝中议论纷纷，都认为二张与太子李显有宿怨，很可能会利用这个机会危害太子。宰相张柬之、崔玄暐与中台右丞敬晖、司刑少卿桓彦范、相王府司马袁恕己五人便打算发动政变诛杀二张，逼女皇归政李显。他们首先找到了右羽林卫大将军李多祚，张柬之问道：“将军今日的富贵，是谁给的？”李多祚命运坎坷，乃是李义府的儿子。当年李义府得罪高宗，不但被全家流放，而且还天各一方不得聚首，郁郁而终。武则天一直记着他首倡立自己为皇后之事，视之为恩人，刚刚掌权就立刻将李义府的家人全数赦免，对李多祚也关爱有加，一路提拔。张柬之这样一问，李多祚立刻声泪俱下，回答：“大帝也！”
张柬之等的就是这一句，马上又说：“如今大帝之子面临张氏兄弟的威胁，眼前就是将军报答大帝的机会到了。”李多祚前思后想，终于答应做策应。
正月二十二日，张柬之带兵入宫，斩杀了张氏兄弟；让李多祚、李湛、王同皎去东宫劝李显主持政变。李显却唯恐眼前是个骗局，回答妙极：“凶竖诚当夷灭，然上体不安，得无惊怛！诸公更为后图。”李湛不知眼前这位爷是真孝敬还是假谦虚，大急曰：“我们不顾祸患家族来保你做皇帝，你这样的态度，岂不是我们的命吗！”不容分说，命王同皎将李显连搀带抱地弄上马鞍，带进了长生殿里。
面对儿子和朝臣，女皇立即就明白发生了什么事，她问李显道：“怎么会是你？那两个小子杀了就杀了吧，你可以回东宫了。”李显不敢出声，恒彦范怕这位太子当真掉头走人，立即上前道：“请陛下传位太子！”面对这样的局面，女皇知道大势已去，不再多说什么了。太平公主也适时来见女皇，请母亲做出姿态，不要影响儿子的名声。于是，一纸虽无实际意义，却不可缺少的传位敕书通过太平公主之手送到了李显面前。
正月二十三日，太子李显监国。正月二十四日，传位敕书宣布。冷冰冰的政变被母子亲情遮掩，蒙在鼓里的百姓欢天喜地。正月二十五日，49岁的李显再次登基为帝。相王李旦封太尉，太平公主加号镇国太平公主。免除税赋一年，放宫女3000人。李氏皇族中所有被流放被籍没者，子孙复籍封爵封官。所有被周兴等酷吏残害的家族一并昭雪，子孙为奴婢者恢复平民身份取回家产。同时大赦天下——除张易之家族以外——四年前儿女并丧的惨境，李显终身都无法忘却。正月二十六日，武则天移居上阳宫。对于这座宫殿，现在的人多数因为宫怨诗，认为它一定凄冷荒芜。事实上，唐玄宗天宝以前的上阳宫异常奢华。这座宫殿兴建于唐高宗上元年间，位于天津桥北，宫殿跨越洛水，恢宏富丽，女皇时期这座宫殿修葺得更加金碧辉煌。唐玄宗对上阳宫也极有好感，先后五次来洛阳，每次都住一年半载。自天宝以后，唐玄宗长住长安，不再来往洛阳。这才使得上阳宫女再难冀望帝宠，成了宫怨词的主要场景。只是女皇入住的上阳宫虽然奢华，虽然有极佳的物质享受，住在里面的女皇心里会怎么想呢？
二月初一，李显为母亲上尊号为“