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这次成功疏浚治理成为明代漕运的重要转折期。到嘉靖十二年（1533年）四月工部尚书秦金向皇帝奏表说，数年以来，漕运通行，国计久赖。吴仲提倡修浚以及勤劳主事的功劳，不可泯灭。后来，吴仲编成《通惠河志》一书，成为记述通惠河唯一的一部专志。他将此书献呈，嘉靖皇帝命采入《会典》。通州民众为纪念他的治河功绩，在嘉靖四十五年为他建立了生祠。明末出版的《帝京景物略》录有明人陈经一首《通惠河泛舟》诗，称赞整修后的通惠河“东南千万艘，飞鞔遵旧路。远积万世赖，仪同四方聚。……畴能树奇勋，江东吴侍御。”高度称赞吴仲的治河之功。
其后通惠河漕运比较通畅。每年漕运粮食从五月至九月可达250万石。代运河漕船每年有12143只，共分十帮，由124处卫所12万余名军士负责运输，因路途远近而规定各帮至通日期，有序不乱。每年农历三月一日始，北直隶（今河北）、河南、山东各运粮帮按次至达运河北码头通州，州东门外为土坝码头，凡属军粮卸此验收入通仓，白米类于州北门石坝码头验收后经通惠河送储京仓；四月一日始，南直隶（苏北）、安徽等运粮船帮依次至通；五月一日，南直隶（苏南）、婉南、按次至通；六月一日始，浙江、湖广（湖南、湖北）顺次至通。各帮船于通州只许逗留十日，即以次返航，准备次年运粮，最后一批船帮限定十月一日必须返归。清袭明制，以作如此规定。伴随首帮漕船至通，亦有大批商船。此种情景直至清光绪二十七年（1901年）北运河停漕方止。
通州乃京杭大运河北端，是漕运终点。而北国冬季长寒，千里冰封，不能行船，直到来年春天冰雪消融之后，方可驶舟。漕运开通之后，通州因漕运而兴，州民由漕运而富，各业依漕运而旺，南方富商船家，北方大贾车主，交会通州，天下繁富称雄，皆仗漕运。因此上自朝迁，下及百姓，无不重视漕运，而水陆要会就在通州，每年开漕的日子都显得很热闹，并演化成为通州特有的开漕节。
根据郑建山《谈运河开漕节》介绍，运河开漕节始于明代，源于祭坝祭祀吴仲等人，是古代通州独有的大型文化活动。祭祀活动在通惠河东端葫芦头（今西海子公园葫芦湖）东岸石坝举行。气氛热烈，场面宏大，祭坝后开始验收转运漕粮，故又得开漕节之名。祭坝有春祭、秋祭之分。春祭又有公祭、民祭之别。公祭由官方主持，各方头面人参加，是正式的祭祀活动，仪式隆重而简约。民祭由商民组织。每年农历三月初一（清明节前），开河后第一帮粮船到达通州后，即择日举行春祭。这就是开漕节。是日由仓场总督率众官员和掌管石坝的州判、掌管土坝的州同，各按身份着官服或礼服齐集石坝东，按等级列队，每人都高举三柱香，向事前请至设于石坝几案上吴仲等四人木神主鞠躬礼拜。演至高潮时，着明服饰的巡坝戏登场。官员纱帽圆领，随从青衣小帽，皆戴着纸糊面具。官员边在石坝上巡视边说话，跟随人员恭谨唯唯而听。据说这是仿效当年吴仲治理通惠河故事，说的内容是大坝某处应修，河某段应浚。巡视完石坝再去土坝，经掣斛厅（今通济桥西南小公园），石坝楼（城东北隅，今纸箱厂一带），南行至土坝（今三中东门南），在防御外河水的土坝上巡查一番，再向南行到坝口黄亭子（今江米店东河边）巡查，然后返回，由南小门进入东门瓮城卸妆，执事仪仗交回西街杠房。漕运开始。
开漕节过后，漕船、商舟日夜不息地穿梭于京杭大运河北端：通州到张家湾40里一段河道，形成“万舟骈集”的景象，并成为通州八景之一。直到清朝末年，朝廷将征粮改为折征银两，路运兴起，漕运废除，祭坝与开漕节随之消失。 （胡吉勋）
北京鼓楼底层东券洞内的南侧，有一块麒麟浮雕的石刻艺术品，人称麒麟碑。这个麒麟碑本不是鼓楼原有之物，而是麒麟胡同内，明代大将军仇鸾府前的石影壁。相传仇鸾事败被杀后，影壁被埋在地下，清末民初出土，移置鼓楼内。在北京城的历史上，仇鸾这个人留下的是非常不光彩的一笔。
仇鸾是宁夏人，他的祖父仇钺是明正德年间的著名的将领，由于帮助平定了安化王寘鐇叛乱有功，封咸宁伯，又因讨平河北诸地的农民起义，进封咸宁候。仇钺死后，由仇鸾承袭了咸宁侯的封爵。仇鸾为人粗暴强悍，常常口出狂言，让人误以为他是大将之才，在朝臣的推荐下，竟然做到了甘肃总兵的职务。
仇鸾实际上是个大草包，既无文韬，又乏武略，还贪残无度，被人告发免职，进了大狱。当时奸臣严嵩当国，仇鸾拿出钱财，贿赂严嵩的儿子严世蕃，还拜了严嵩作干爹，结果，反而又捞到了宣府、大同两镇总兵的位置。
明嘉靖二十九年（1550年）六月，占据河套地区的蒙古鞑靼部在首领俺答汗的率领下进犯大同，总兵张达战死。见到俺答来势汹汹，仇鸾吓得不知所措，他的家奴时义、侯荣两人见状，给他出了个主意，仇鸾顿时转忧为喜。于是，明代历史上出现了这样一幕，堂堂大明朝的一镇大将竟然用重金去贿赂敌人，还与其首领俺答结盟，乞求他去别处进攻，不要围攻自己防守的大同。俺答收下财物，竟绕过大同，往东而去。随后，仇鸾又恬不知耻地向朝廷上了一道奏疏，声称自己侦察到俺答向东进犯蓟州镇，害怕危及京师，请便宜行事，或尾追敌人进行搏战，或径赴居庸关防守，随时援救京师。愚蠢的嘉靖皇帝还以为仇鸾是个大忠臣，颇为感动，下诏让仇鸾留住居庸关。
俺答的鞑靼军果然经由蓟州，转而通过古北口进袭北京。当时，明世宗崇尚道教，天天在西苑修炼，希望能够成仙，已经许久不上朝了。世宗最讨厌大臣打扰他修道，所以负责北京安全的兵部尚书丁汝夔不敢将俺答进犯京城的消息告诉他。后来，明军在鞑靼军队的进攻下迅速败退，敌人直逼北京城下，丁汝夔才不得不向嘉靖皇帝报告。嘉靖皇帝顿时从仙梦中醒来，把百官骂了个狗血淋头，突然想起了那个“忠心”的仇鸾，赶紧封仇鸾为平虏大将军，节制诸军，赏赐给他锦衣、玉带，并说：“朕所重，惟卿一人。”命令他阻挡鞑靼军进京。此时，京师空虚，禁军仅有四五万人，而且多半在大臣家充当差役，老弱掺半，当兵的都害怕打仗，哭着不愿上前。士兵到武库领取兵器，管库的宦官还象平时一样勒索贿赂，不能按时分发。
俺答从白河东渡潞水，向西北挺进，一路上抢掠妇女，焚毁房屋，游骑往返于京城六门之外。京郊居民聚集城门，哀痛号哭之声直达西内。眼见百姓惨遭蹂躏，兵部尚书丁汝夔却下令京城的明军坚守，不许出战。原来，奸相严嵩对他说：如果在边境打了败仗，还可以瞒过皇上，在皇帝的眼皮子底下被打败，可就完了。俺答只不过是想抢夺财物，抢够了，自然也就走了，千万不要出战。仇鸾率领的“勤王军”更是畏缩不敢前进，而且军纪败坏，也去抢掠百姓。仇鸾还不时派遣亲信和俺答交通，许诺在边境开放“互市”。
俺答军终于在京郊一带抢劫够了，志得意满，带着大批金帛财物和抢来的男女、牲畜引兵退去，只在京城外留了小股部队，作为疑兵。仇鸾的〃勤王军〃有十几万人，眼睁睁地看着敌人撤退，一箭也不敢放。等到敌军走远，仇鸾才率领十几万兵马尾随其后，假装追击。俺答原打算夺取白羊口出塞，不料守军据险抵抗，无法攻破，只好丢下一些妇女、牛羊，原路折回，奔回古北口。在昌平城北，与前来追击的仇鸾所部撞了个正着，明军措手不及，仓促间不能集结，部队大乱，争相逃命。鞑靼骑兵闯进阵中，横冲直撞，斩杀明军千余人，还几乎活捉了仇鸾，幸亏副将保护，才逃脱一命。俺答军长驱至天寿山，然后从古北口返回。一路上，明军都远远跟随，不敢出击，好像是在欢送一样。
这次俺答率军进围北京，滋扰达八天之久。因为嘉靖二十九年（1550年）是庚戌年，所以这次事变史称〃庚戌之变〃。事后，兵部尚书丁汝夔以掌管军事失职，被斩首弃市。仇鸾则在收拾残部回京的途中斩杀了七、八十名百姓，冒称敌军首级，向朝廷报捷，竟然〃功劳〃最大。他还惺惺作态，上疏请罪，说自己追敌无功，颇和世宗皇帝的脾胃，不但下诏褒奖，还加封他为太子太保，赐金币，大加赏赐。
随后，嘉靖皇帝以将统帅不力，撤销了成国公朱希忠、遂安伯陈锡和太监高忠提督团营的职务，废除团营，仍设三大营，并设立总督戎政府为指挥机构，授予仇鸾“总督京营戎政”的大印，任命他统领三大营。仇鸾向嘉靖皇帝建议，选调边兵来保卫京师，先后调发边兵六万八干名，分批入卫，与京军一起操练，京师的防卫虽然得以加强，但是却削弱了边防力量。
〃庚戌之变〃，鞑靼军兵临城下，让嘉靖皇帝大失面子，他时常耿耿于怀，指望仇鸾能够替他报仇，一洗耻辱。他宣谕仇鸾，让他勤于军务，一定要象成祖永乐时一样，〃长驱胡虏三千里〃。为讨得主子欢心，仇鸾信誓旦旦、气壮如牛地表示：〃来年三月，大举发兵，捣毁北虏的老巢，必定不再使皇上有北顾之忧。〃仇鸾贪生怕死，畏敌如虎，哪里敢去打仗，他竟然又想了个办法，派遣家奴时义结交俺答的义子脱脱，让脱脱劝说俺答向明廷请求贡马互市。因为双方互市，和平交易，他也就不用再去北征了。俺答也想通过互市获取利益，便向朝廷请求通市。极力主张，仇鸾正得宠，再加上严篙也支持他，群臣不敢提出反对意见。只有兵部员外郎