武和陈蕃平反，但如石沉大海。后来他便沉默了，他深知大汉已无可救药。
担任骑兵军官，是他戎马倥偬，在马背上度过一生的开始。
五月，波才率军围皇甫嵩于长社已多日，坚攻不下。黄巾有些疲惫和松懈，但也不愿解围。皇甫将军发现黄巾的营寨都扎在有草木的地方，大概为了战马饮食的方便。在一个刮大风的夜里，皇甫将军命军士们手持火把，突出城外，冲入敌营，点燃草木和营房，纵火大呼。喊声刚起，皇甫将军一面让人在城墙上举火响应，一面亲率兵马鼓噪而出。黄巾大乱奔跑。几天后，曹操军至，与皇甫将军和朱将军兵合一处，严阵而出，与波才的黄巾在野外恶战一场，大破黄巾。波才弃军而走，帝国军队斩首数万。诏封皇甫嵩为都乡侯。
六月，南方战场又传捷报，南阳太守秦颉击破占据宛城的黄巾张曼成部，斩张曼成。皇甫嵩和朱俊继续进击汝南陈国黄巾，于阳翟和西华大破波才和彭脱，黄巾散乱，收复三郡。皇甫将军上表，将功劳归于朱将军，诏下封朱俊为西乡侯，迁镇贼中郎将：又诏皇甫嵩进击东郡，朱俊进击南阳。
本月，皇甫嵩击破东郡黄巾，生擒其帅卜巳，斩首七千余级。
北部战场的进展也相当顺利。北中郎将卢植以他的声望，很快在冀、幽二州组织起响应的军队。各地的太守、商人、大庄园主们纷纷纠合兵丁乡勇，讨伐黄巾。在这些军队中，有卢植将军的门生辽西公孙瓒和涿郡刘备。公孙瓒字伯？，出生小吏，但有英雄气质，太守将女儿嫁给他并送他去卢植门下读书。后举孝廉，担任辽东属国长史。刘备字玄德，也是个英雄坯子。他是个没落贵族，虽为孝景皇帝的玄孙、中山靖王之后，可穷得靠贩卖草鞋和草席为生，与公孙瓒情同兄弟。可他不喜欢读书，喜欢狗马、音乐和时装，好结交豪侠之人。后来得到中山大商人张世平和苏双的接济，贩起马匹这种高档商品，因而他更有钱财纠合徒众。其中就有亡命于汲郡的河东杀人犯关羽以及汲郡富户张飞。后世的史书上，说他们三人“寝则同床，恩若兄弟。”故而又被说书人演义出桃园三结义的传奇故事。
几仗打下来，张角渐不可支，退守广宗。卢将军也不马上进攻，命人在广宗城外建筑堡垒，挖掘壕堑，打造云梯。他要一举全歼黄巾的总指挥部。战报送至京师，朝廷相当重视这场战役，天子派出小黄门左丰前来监军。左丰不懂军事，却懂得弄钱，他让人暗示卢植向自己行贿。卢将军不知是生了气还是没听明白，左丰等了几天，见卢将军毫无表示，怏怏而回。天子问他战况，他说广宗那几个贼，哪用得着这样大动干戈。卢将军分明是故意息军固垒，不是怯战，便是故意邀功罢了。
就在卢将军即将下达总攻命令的前一天，京师来了一辆囚车，把卢将军带走了。天子对卢将军发了火，卢将军一肚子无可奈何，陈述了半天，才捡了条性命。
卢植离职，中央一时无将可遣，天子只得从西北调边将。边将姓董名卓，字仲颖，陇西临洮人，粗猛有力，能在马上左右驰射，而且很有计谋，更有野心。他在羌汉杂居的边塞长大，深知羌胡的禀性。在家种田时，羌人的酋长来看他，他竟将自家的耕牛杀了招待客人，这使得豪爽的羌人大为感动，回去后让手下送了他几千头牲畜。从孝桓皇帝时，他便跟从张奂将军与羌人作战，军功卓著并组织起自己的军队，其中一大部分是剽悍的羌人。他现任帝国的并州刺史、河东太守。朝廷的诏书下达，拜他为东中郎将，命即刻进兵冀州。
八月，董卓与张角交战，钜鹿太守郭典请他沿用卢植的步步为营、包围清剿的战略。董卓与羌人打惯了，觉得这种保守的战略十分可笑。他用骑兵在野外进击，以求速战速决，谁知无法找到主力，处处挨打。朝廷下诏责问，董卓自惭形秽，承认失败，并上书请求以皇甫将军代替自己。
战事正紧，中原地区的太平道大贤良师、黄巾军天公将军张角病故。由其三弟人公将军张梁权宜军事。张梁所统部众，是冀州黄巾的精锐。
十月初，皇甫将军带着自己的部下来到北部战场并接管了卢将军的军队。开至广宗，与人公将军的军队刚一交手，就被击溃。皇甫将军马上又命闭营休战，以观其变。郭典来见，面陈董卓之所以失败，是由于不遵卢将军的战略。皇甫将军大为赞赏，马上修书，上达天子，陈述卢将军的功劳，又召来各部将校，布置策略。他说：“黄巾贼人多势大，且群情激愤，不可正面交锋。仍用长社战法，固营疲敌，待其意志懈怠，再作突袭。贼多为本地人氏，地形人情皆较我军熟悉，又蜂拥而起，易为呼应。故我军必须严守卢将军之策，逐步包围，将其分割，使之无可联络，方可一鼓而奏凯歌，永绝大汉之患。”
皇甫将军下令部属仍在广宗筑营挖堑，打造攻具。这一点，他与卢将军的禀性一致，平常行军，每到一处，他必令军士认真地修立营寨，等军士的营寨修好后，他才入帐休息。军士们吃了饭，他才肯吃饭。
月底，皇甫将军突然命令倾营出动，悄悄接近敌堡。鸡刚叫头遍，声势浩大的攻城开始了。午饭时分，帝国军队的一支终于突进广宗城内，那些能在野外漫山遍地冲锋的流民军队，此时却不懂调度，乱成一团。张梁压不住阵脚，弃城而走，未出城即被皇甫将军的亲兵校尉截住斩杀。屠杀继续进展着，人公将军的流民部下虽然不及帝国军队训练有素，但英勇异常且视死如归，战至最后，无一人投降，五万多人，全部跳入广宗城东的滔滔清河水中。
残阳如血，皇甫将军和部下在黄昏的凄凉与悲壮中揩拭刀剑，清点战果，计斩首三万，焚烧车辆辎重三万余辆，其妇孺家属俘获甚众。又命撬开张角之棺，戮尸、斩首，传送京师。
十一月，皇甫将军与郭典太守乘胜进军，围逼下曲阳黄巾统帅、地公将军张宝。势如破竹，一鼓即下，斩杀张宝并黄巾将士首级十万多。
所有的头颅、战利品和俘虏、捷报悉数送往京师。在京师城南将头颅堆成一小山，又封上土，称为“京观”，请天子驾临观看。天子大喜，下诏封皇甫将军槐里侯，拜左车骑将军，领冀州牧。在接见皇甫将军和郭太守时，天子还背诵了冀州的两首民谣：
“郭君围堑，董将不许。几令狐狸，化为豺虎。赖我郭君，不畏强御。转机之间，敌为穷虏。猗猗惠君，实完疆土。”
“天下大乱兮市为墟，母不保子兮妻失夫。赖得皇甫兮复安居！”
天子对其他公卿们说：“此二首谣谚，为冀州百姓歌颂郭典及皇甫嵩而作。本朝自孝武皇帝以来，遵依周礼，采风观俗。世祖皇帝以降，本朝以民谣为地方官吏的考核标准，但声望之高，未及于此。”
天子再糊涂，可对文学的兴趣与修养却让群臣称许。
天子问皇甫将军：“寡人委将军为冀州牧，将军有何见教？”
“冀州刚遭战乱，惟需休息。请陛下恩准免除冀州一年田租以赡济饥民。”皇甫将军请求道。
天子依可。接着诏令朱俊将军迅速结束南方战事。
宛城是兵家必争之地，南阳郡府所在。张曼成部溃散后，黄巾又推赵弘为帅，聚集十余万众，重新拔下宛城。自六月份起，朱俊将军合荆州刺史徐谬及南阳太守秦颉所部仅一万八千人包围了宛城，打算在这里与南阳黄巾决一死战。但直至八月，战事仍无进展。因为这一万八千的精兵，无论如何也啃不动十多万人的流民军队。
朝中有人提出征回朱俊，以失职罪起诉他。但司空张温上疏极力陈述，他认为从前秦用白起，燕用乐毅，皆旷年历载，才建奇功。朱俊攻破颖川黄巾，已有功效，现又麾军直指南阳，战略已定，临阵易将，乃兵法所忌。宜给以时间，责其成功。
诏书到达，朱俊将军犯了急，下令部下猛攻不已。赵弘被杀。
黄巾残部又推戴韩忠为帅，坚守宛城。朱将军考虑到自己兵力太少，便决定攻其一点。在城西南角筑堡垒，鸣鼓攻打。黄巾也相应地将兵力集中到西南防御。战酣之际，朱将军亲率精锐从东北攻打。冲破外城。韩忠退守内城，惶恐之下，乞求投降。当时，司马张超、刺史徐廖、太守秦颉认为可以受降。可朱将军说：“战争有形势仿佛但处理方式相异者，秦末，民无定主，故而奖赏归顺者以鼓励投降；可现今海内一统，只有黄巾敢于犯上作乱，此际如果纳降，则无以惩恶扬善，反而开启动乱之端。贼人利则进攻，败则乞降，放纵敌人长期寇略，决非良久之计。”
应该说，朱将军的意见极富战略眼光。可一连许多天的急攻，仍不见成效。朱将军亲自登上城外的土丘观望动静。回来后，他恍然大悟，对部下说道：
“我知道了，贼人现在见我逼迫太紧，乞降无望，故而打算决一死战。万人一心，犹不可挡，何况十万人呢？现在我命令撤围，并兵一处，从一点进攻。贼见围解，必奋力从一角突出，突围之际，众心必定离散，此乃易破之道也。”
果不出朱将军所料，黄巾韩忠部一哄而散，争先逃命。朱将军乘胜追击数十里，斩首万余级，韩忠投降。太守秦颉气不过，亲自斩杀了韩忠。这下又惹了麻烦。刚刚被击散的黄巾们听到这个消息后，在孙夏的号召下，又聚集成势，一路杀回宛城，将帝国军队赶了出去。
朱将军大动肝火，命令军士们不得休息，再攻宛城。佐军司马孙坚身先士卒，登上城墙，冲开缺口。宛城再次攻陷。孙夏仓皇逃出。朱将军一路穷追不舍，至鄂精山斩杀孙夏及其所部万人。
南阳黄巾破散。由张角发动的各部黄巾遂平。朱将军振旅还朝，封钱塘侯，拜右车骑将军、光禄大夫。