三月五日乙巳，暴雨如注，天子抵达长安，先住在京兆府官舍，过了些时，才将长安的旧宫殿草草修葺了一下搬进去。朝政暂由王允主持。王允带着九岁的天子游览了长乐、未央等著名的宫殿，当然，有的已是遗址了。王允希望这个少年天子能从这些巍峨的宫殿之中，感受到大汉开国君主的英雄气息。果然，不多久，天子喜欢上了史学。
把天子弄出了战场，董卓总算松了口气，他现在可以集中精力，同关东军打几仗了。在得到天子进入长安的消息后，三月十八日戊午，董卓下令将袁绍、袁术的家族五十多口，包括太傅袁隗、太仆袁基杀了个干净。派大将徐荣出击关东军。
再说关东军方面，郑泰对董卓说的那番话，虽是为了缓兵，为关东军争取时间，但他对关东军的分析，却是一语中的。关东军在组建时，就不齐心。袁绍逃到冀州，冀州牧韩馥竟派了兵马去监视他。袁绍一时无法动弹。等到韩馥看到关东俱起时，才问他的参谋刘子惠：“今当助袁氏呢，还是助董氏？”刘子惠说：“兴兵为国，何问袁、董！”韩馥面有惭色。
刘子惠又说：“兵者凶事，不可做出头鸟。应派人去别的州郡看一下，如果大家都起了兵，然后再响应。冀州比起其他州来，并不为弱。可图大计。”
韩馥这才去书袁绍，允许他举兵。
刘子惠的话，已谈不上为国着想了，他事实上在劝主人做军阀。
所以，在关东联军中，越是拥有重兵的，就越不敢轻举妄动，谁也不愿意先把老本拼光。关东军的包围圈很大，但兵力不集中，雁行观望，反而拥兵最少的曹操冲在最前面。
曹操在袁绍的联军中，讨了个奋武将军的头衔。他在陈留纠合宗族、部曲、宾客，由陈留孝廉卫兹出钱，募兵五千，这里有他的堂弟曹洪，字子廉；夏侯？，字元让。曹洪是个大地主，宗族势力很强；夏侯？十四岁时，就杀了侮辱他的老师的人，曹操让他做军中司马。在军事上，曹操接受陈留太守张邈的节度。曹操读过兵法，知道战机是最最重要的。他看到诸位太守、将军踌躇不前，便在一次军事会议上说：“举义兵以诛暴乱，大众已合，诸君还有何疑虑？如果让董卓倚靠王室，凭借西京，东向而临天下，即使他丧失道义，犹足为患。现在他焚烧宫室，劫迁天子，海内震动，不知所归，此乃天亡董卓之时也。一战即可定天下！”
大家听了面面相觑。这些人都是帝国的精英，如王匡，有任侠的名声，手下有强弩五百；袁遗，袁绍的堂兄，博学有智术。曹操晚年曾对儿子曹丕说：“成年之后而能勤奋学习者，惟吾与袁伯业（袁遗字）。”可精英们一旦有了私心，就胆小了起来。
他不顾诸将的意见，独自进军成皋。张邈派卫兹分出一些兵马随后助战。至荥阳汴水遭遇徐荣，被打得大败。曹操中箭，战马也受创。此时曹洪将自己的马交给曹操，曹操不肯上。曹洪说：“天下可无洪，不可无君。”至汴水岸边，水深无船，曹洪又去找了条船，渡水而逃。徐荣虽胜，却感到关东军兵士虽少，但十分英勇，于是引兵返回洛阳，对董卓说酸枣不太容易攻下。
回到酸枣的情形更让曹操气愤。这些关东军将领们天天置酒高会，不图进取。曹操又对诸将们说：“诸位如能听从我的计策，使袁本初将军率河内之众兵临孟津，酸枣诸将据守成皋、敖仓、擐（将“提手旁”改为“车字旁”）辕、太谷等险要之处，再请袁公路将军率南阳兵马进驻丹水、析县，攻入武关，便能量震动关西三辅。诸军皆高壁深垒，不与董卓交战，只是用来宣示天下，以顺讨逆，即可安定天下。今兵马以义而起，又迟疑不进，失天下之望，窃为诸君感到可耻！”
他们真的满足了曹操的这种羞耻心，不久，关东军内部开始火并。由于军粮将尽，关东军散伙。这时，一向与桥瑁有过节的刘岱下手杀了桥瑁，以王肱为东郡太守。青州刺史焦和率兵随关东军渡河西进，这时，黄巾进入青州境内，由于焦和平素爱好卜筮，迷信鬼神清谈，政治淆乱，赏罚不明，回兵与黄巾交战时，望风而逃，故而本来殷实的青州转而萧条。好在焦和很快病死，袁绍立刻安排了臧洪领抚青州。
曹操和曹洪、夏侯？去了扬州刺史部的治所淮南。曹洪和扬州刺史陈温是好友，他带着千余名家兵同陈温在境内募兵，在淮水流域的庐江、丹阳募得好几千人，带到龙亢与曹操会合。一天夜里，新兵叛变，焚烧营帐，曹操手刃数人，次日收得不叛者五百人，向河内进发，与袁绍会合。一路上又收募兵马数千。
董卓又松了一口气。他让人把关东军的俘虏用猪油浸过的布裹紧，从脚下开始点火，活活烧死。
五月，董卓又在河阳津成功地袭击了王匡的军队，解除了洛阳城外的威胁。
西北军击垮了关东群雄的意志。但由于这次讨伐董卓的战争，使关东群雄们得以擅自调发各自州郡的民众、财物，形成了与董卓性质相同的关东军阀势力。于是，帝国境内全面的割据、兼并和自治开始了。
这样的形势首先出现在帝国的南方和东北。
中平五年刘焉去益州牧任上时，从京师带去两个益州籍的随员，一个是董扶，另一个是太仓令赵韪。刚至益州，正碰上益州地界闹黄巾。黄巾统帅马相、赵祗攻破绵竹，杀县令李升。吏民响应，合众万人，进而攻杀刺史榷俭，连破三郡。于是益州从事贾龙率宗族家兵起而击之，数日之间，大破黄巾。贾龙派人迎接刘焉，将治所移至绵竹。贾龙代表着益州地方豪强的势力，刘焉刚到任，不得不对他们采取拉拢的手段，政治务为宽惠。但他一直在盘算着如何成为益州王。
他迷上了一个本地的中年寡妇，因为她又有风韵又通巫术，这两点使得她美丽而神秘，让刘焉神魂颠倒。她还有个儿子叫张鲁，字公祺。刘焉也知道，这母子俩，其实是益州太平道的总头领。张鲁的祖父张陵从沛国丰县迁居益州，在鸣鹄山中学成道术，成为一个五斗米道的信徒。张鲁之父张衡也是教团中的祭酒。刘焉和张鲁的母亲打得火热，便任命张鲁为督义司马。当然，这一任命不完全由于恋爱中的冲动，刘焉别有用心。
张鲁和别部司马张修，在刘焉的派遣下，率兵驻扎到益州北部的汉中地区。这里是地理封闭的益州与关西和中原的重要通道。不久，张鲁、张修袭杀汉中太守苏固。
不久，迁到长安的朝廷收到了刘焉的上奏，说益州米贼断绝了道路，赋税送不出来，请不要怪罪益州。在关闭了益州的大门之后，刘焉下手杀了益州的豪强王咸、李权等十多人。犍为太守任岐与贾龙以刘焉身为宗室，不兴兵讨伐董卓为由，起兵攻打刘焉，均被刘焉击杀。
刘焉又造起了乘舆仪仗，相邻的荆州刺史刘表上表天子，汇报这一动态。天子发现刘焉有三个儿子在中央任职，便派了老三、奉车都尉刘璋去益州晓谕其父。刘焉留住了儿子，因为益州王也要有王储。董相国见刘璋不回，便把刘益州的另外二子：左中郎将刘范和治书御史刘诞下了大狱。
荆州刺史刘表也是宗室成员，字景升，山阳高平人，是个老牌党人，太学生推崇的八俊之一。此人身高八尺，姿貌伟岸，何进任命他担任北军中侯。初平元年（190）三月，荆州刺史王睿为长沙太守孙坚所杀。长安朝廷诏拜刘表为荆州刺史。
战事正紧，刘表接到诏书后才发现自己连个随从都没有。到了荆州地界，没法走路。袁术屯兵鲁阳，吴人苏代自领长沙太守、贝羽为华容长，各自拥兵作乱。除此之外，还有宗贼。所谓宗贼，又叫宗部或者宗伍，其头目称为宗帅，是江南山陵地区以宗族为单位的地方武装。刘表单马进入了宜城，找到当地的三位乡绅：蒯良、蒯越和蔡瑁商议对策。刘表说：“宗贼太厉害，袁公路又借他们的势力为祸一方，我想征兵，又怕征了管不住，计将安出？”
蒯良说：“征不到兵，是由于仁不足；征到了又管不住，是由于义不足。如以仁义治理州郡，则百姓归附，如水之趋下，还怕什么征了管不住而来问我们兴兵之策？”
刘表碰了个软钉子，心想，你说的都是废话。他又回顾蒯越。蒯越说：“治理太平之世，先用仁义之道；可治理乱世，就得用权谋。兵不在多，在于得人心。袁术勇而无谋，苏代、贝羽都是武夫，不足为虑。至于宗贼，他们的宗帅贪暴残虐，为下所患。在下与他们素有交往，可诱之使来，使君诛其无道，抚用其众。天下大乱，民众都希望一方太平，安居乐业。如果他们听说使君有盛德，一定会扶老携幼而来。等到兵集众附，则南据江陵，北守襄阳，荆州八郡可传檄而定。袁术虽率兵而至，也无能为力了。”
刘表喜出望外，摆了好几桌酒，请了五十五位宗帅，砍了五十五颗人头。蒯越又说降了襄阳最大的宗帅张虎和陈生。荆州八郡，除南阳郡之外，其他七郡：南郡、江夏、零陵、桂阳、长沙、武陵、章陵，基本平定。刘表将治所设在襄阳。没有几年，刘表带甲十余万，荆州成了南方最太平的地区，成了北方许多百姓和大族的避难所。刘表不像那些只知道用刀剑割据地盘的军阀们，他兴建了许多学校，招集外来的儒学大师如綦毋岂、宋忠之流，重新解释五经，形成了荆州学派。刘表也不像刘焉，他不做僭越礼制的事，仍像一个刺史那样事事上奏，岁岁贡赋。因而他既树了威，又立了名，终其一生，都没有人能打他和荆州的主意。
就在刘表去荆州任上的时候，北方幽州牧刘虞被拜为太傅。战火遍地，长安的任命竟不得通报到幽州地界。其实，刘虞也不见得愿意去长安任职。幽州远接塞外，与乌桓和鲜卑的摩擦又多，帝国政府往常每