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现在，蔡邕死了，王粲正奔向荆州。一路上的凄惨景象和老师亡故的悲痛让他无法排遣。在一个破旧的小旅店里，他写了一首《七哀诗》：
西京乱无象，豺虎方构患。复弃中国去，远身适荆蛮。亲戚对我悲，朋友相追攀。出门无所见，白骨蔽平原。路有饿妇人，抱子弃草间。顾闻号泣声，挥涕独不还。未知身死处，何能两相完。驱马弃之去，不忍听此言。南登霸陵岸，回首望长安。悟彼下泉人，喟然伤心肝！
诗中所达的忧患与悲悯的情怀，在后世的诗人中，只有杜甫堪与之比肩。
王司徒的脾气大得让人无法接近，吕布一介武夫，负其功劳，也常常自夸自大。这两个人相辅朝政有些困难。王司徒一向不把吕布当公卿大臣看待，而是看成一个剑客侠士，因此不愿意与他商量正经的政事。关西到处是董卓的部曲，汉廷仍是羊在狼群，所以吕布劝王司徒早些下手，把他们一网打尽。可王司徒却说：“此辈无罪，不可以。”吕布说那么你就采取安抚之策，拿出财物颁赐将校和公卿，王司徒也不肯。
王司徒先让士孙瑞草诏，赦免董卓的部下，后来又认为这样反而会引起他们的怀疑，又作了罢。
董卓从凉州带来的部曲，最有战斗力的都分布在关东与关西之间的各个关隘，董卓的三大将李？、郭汜和张济都在关东作战。这些人如果回兵攻打长安，后果不堪设想。于是有人劝王司徒：“凉州人最怕关东人报复，如果解散他们，打通关隘，他们一定人人自危。可以让皇甫嵩将军统率他们，屯留陕县，加以安抚。”
这确实是一条妙计，然而王司徒至此仍对关东群雄抱有好感和希望：“不行，关东起义兵者，都是我等的同党，若让他们屯陕距险，虽然安定了凉州人的心，却会让关东人疑心。”
事情一拖再拖，凉州人开始惶恐不安了，他们相互分析道：“蔡伯喈这样的人都杀了，王司徒让我们解散兵马，可一旦解散，则为鱼肉。”
倒是熟谙戎机的吕布果断，他干脆派出李肃去陕县，以诏命诛杀牛辅。牛辅造了反，将李肃击走。吕布杀了李肃。
牛辅也吓坏了，他本来就胆小，又迷信，每天把辟兵符带在身上，有客来见，一定让相师看看客人脸上有无杀气。一天夜里，他的营中有兵士叛逃，引起骚动。牛辅以为全部哗变了，连忙带上细软，和胡赤儿等五六个亲兵渡河而逃。胡赤儿看他有那么多的细软，动了歹念，将他的头砍下，送至长安，吞了细软，还拿了一笔赏金。
牛辅一死，李？、郭汜、张济没了主张，他们一面拥兵自守，一面派遣使者去长安，请求赦免。这无疑又给了王司徒一个机会。可是王司徒却说：“正月已大赦天下，朝廷制度，一年之中不可有两次大赦。”
李？等到底是粗人，没有头脑，一时更加恐慌。他们打算解散兵马，回凉州老家。
就在这时，出来一个很有谋略的人，救了他们。
此人姓贾名翊，字文和，武威姑臧人，少时被阎忠赏识，说他有陈平、张良之才。有一次，他和几十个人一道出门，遇上叛乱的氐人，把他们都绑起来活埋。贾翊对他们说：“你们别埋我，我是段纪明的外孙，我家一定会拿很多钱来赎我的。”叛氐一听是段将军的外孙，敬仰得不得了，和他结盟，并送他回家。现在，他在牛辅手下任讨虏校尉。
贾翊对他们说：“诸位如果弃军单行，一个小小的地方保长就可以把你们拿获。不如向西攻打长安，为董公报仇。事成，则奉国家以正天下；如不成，西走凉州，为时不晚。”贾翊觉得，我们西北军将士也是朝廷命官，又不是反贼，我们也能拥戴大汉天子。
这些武夫们茅塞顿开。他们结了盟，晨夜西进。
王司徒有些急了，他找来两个凉州地方绅士胡文才和杨整修，让他俩去劝李？等解兵。这两个人领命而去，他们不仅没有劝解，反而鼓动西北军西进。因为王司徒说话的口气实在让人受不了：“这些鼠子想干什么？你们去把他们叫来！”
李？、郭汜、张济，加上留在长安一带的董卓残部樊稠、李蒙、王方等，合兵十余万，围攻长安，打了八天八夜。第八天、六月一日戊午，吕布手下的西蜀兵哗变，打开城门，西北军涌入长安。吕布打了半天，看看大势已去，便把董卓的骷髅头系在马上，带着几百个亲兵来到青琐门外，喊王司徒一同走。
王司徒非要做那种属于“时穷节乃现”的事情，在门楼上回道：“如蒙社稷之灵，上安国家，则如我大愿；如不能，则奉身以死国事。朝廷幼少，恃我辅佐，临难苟且，我不忍心。请吕将军努力杀出，勉励关东诸公，要以国家为念！”
吕布的赤兔马像一团烈焰似的喷薄而去。西北军的铁骑在城里恣意蹂躏，百姓死者数万。叛军逼至宫外。
太常种拂对王司徒说：“为国大臣，不能禁暴御侮，让叛军白刃向宫，我去一战！”很快，王司徒就看见叛军的长枪上挑起了种太常的头。随着叛军向宫内进逼，太仆鲁馗、大鸿胪周奂、城门校尉崔烈、越骑校尉王颀次第被杀。崔烈的儿子崔钧早就投了袁绍，董卓便将崔烈下了狱，董卓被诛，崔烈复出，拜为城门校尉。
王司徒扶着天子上了宣平门。李？等人扔了兵器，山呼万岁，跪在门楼下叩头。
天子问道：“卿等放兵纵横，想有何作为？”
“董卓忠于陛下，无故被吕布所杀。臣等为董卓报仇，非敢为乱。请让我们事后自诣廷尉论罪。”
李？麾兵围了城楼，送上一道奏表，请王司徒下楼。
天子又惊又气，竟回头问起王司徒：“董太师到底有何罪过？”
王允一下子气结不能说话，长叹一声，下了楼。西北军又欢呼了一阵万岁。
次日，大赦天下。拜李？为杨武将军、郭汜为杨烈将军、樊稠等人皆为中郎将。司隶校尉黄琬被杀。
王司徒有两个同乡宋翼和王宏，现任京畿左冯翊和右扶风的守备。西北军因为有他们，一时不敢对王司徒下手，发了一道诏书征他们回朝。
王宏识破了机关，不打算回去；可宋翼是个书呆子，说王命难违，虽知有祸，也不可抗旨。王宏又劝他与关东联络，起兵讨伐李？，转祸为福。宋翼还是不听。王宏自知独木难支，只得应诏同去。等到他与宋翼皆被拉到刑场时，他才骂道：“宋翼竖儒，不足议大计！”
王司徒妻子宗族十多人同时被杀。他的尸体也和董卓一样，放在闹市口示众。李？等人找了些董卓的衣冠，备了上好的棺木，在他的别墅举行了改葬仪式。据长安的老百姓传说：当天夜里，一响惊雷震开了董太师的坟墓，接着大雨倾盆而下，竟把董太师的棺材漂了出来。
七月，以太尉马日？为太傅，录尚书事。八月，以皇甫嵩为太尉。后免，以周忠代之。九月，以李？为车骑将军，领司隶校尉；郭汜为后将军、樊稠为右将军、张济为票骑将军，俱封侯，共节朝政。张济出屯弘农。以淳于嘉为司徒，杨彪为司空。
他们找到贾翊，要给他封侯。贾翊说：“此救命之计，何功之有？”他们只得硬让他做了个尚书。
同月，西北凉州的叛军首领韩遂与马腾率部来到长安。他们对李、郭二人说：“当初董太师让他们不要和西北军作对，归顺朝廷，答应他们共图关东。现在董太师死了，希望能得到朝廷的封赏。于是诏下拜韩遂为镇西将军，回镇金城；马腾为征西将军，屯于噤。至此，凉州叛军被帝国西北军收编。
十月，荆州刺史刘表遣使贡献，诏拜刘表为镇南将军、荆州牧，封成武侯。
吕布从武关杀出，去了南阳投袁术。他把董卓的头骨给了袁术，袁术感谢他为袁氏家族雪了深仇。可是吕布和他的赤兔马成了关东的害群之马，他和部下在南阳相当放肆，抄掠无度。袁术的脸色有些难看了，于是他和他的赤兔马又成了关东的丧家之犬，逃奔袁绍。
长安发生了这么大的事，可关东群雄忙得顾不过来，他们实在太辜负王司徒的厚望了。只有曹操留意此事。
本年初，曹操在顿丘受到黑山黄巾于毒部的攻击，曹操不仅不迎击，反而率兵入山，去攻打于毒的大本营。果然于毒回师救援，曹操邀击获胜，顺手还击溃了眭固部和匈奴于扶罗单于的兵马。刚对付了北面的黑山黄巾，到了四月，南面的青州黄巾又抄掠兖州，百万之众，势不可挡。刺史刘岱不听济北相鲍信让他固守疲敌的劝告，出战阵亡。东郡太守、曹操的部将、着东郡人陈宫和鲍信都劝曹操入主兖州，以此作为根据地，兴霸王之业。在陈、鲍二人的活动下，州中官吏和豪强世族同意迎立曹操。州吏万潜代表大家到东郡迎接曹操领兖州刺史。曹操进击青州黄巾于寿张，屡战不利，但曹操抚慰并激励将士，明设赏罚，多用奇兵，昼夜奋战，终于击退黄巾。此役，鲍信阵亡，乱兵之后，尸体失踪，曹操痛失良友，重金购尸也无结果。他让人用木头刻了鲍信的样子，设祭、哭吊。
不久，长安政府派了一个叫金尚的兖州刺史前来上任，被曹操派去迎驾的人马吓得逃奔袁术去了。十二月，曹操以千余步骑，继续追击青州黄巾的主力。黄巾尾大不掉，终感疲惫，写信给曹操，说大汉的气数已尽，黄天当立，君虽有命世之才，也无可挽救。曹操不答应。黄巾�