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玄挟天子走江陵，又浮江东下，与刘毅、何无忌、刘道规等遇于峥嵘洲，F军大破之。玄党殷仲文奉晋二皇后还建邺。玄复挟天子至江陵，因走南郡，太守王腾之、荆州别驾王康#奉天子入南郡府。
初，益州刺史毛璩遣从孙佑之与参军费恬送弟丧下州，璩弟子修之时为玄屯骑校尉，诱玄入蜀，至枚回洲，恬与佑之迎射之，益州督护冯迁斩玄，传首建邺。玄从子振逃于华容之涌中，招集逆党，袭江陵城，腾之、康#皆被杀。桓谦先匿沮川，亦聚F应振。为玄举哀，立丧庭。谦率F官奉玺绶于安帝。刘毅、何无忌进及桓振战，败绩于灵溪。
十月，帝领青州刺史，甲仗百人入殿。
义熙元年正月，毅等至江津，破桓谦、桓振，江陵平。三月甲午，晋帝至自江陵。庚子，诏进帝侍中、车骑将军、都督中外诸军、录尚书事。帝固让，旋镇丹徒。九月乙巳，加帝领兖州刺史。
卢循浮海破广州，获刺史吴隐之，即以循为广州刺史，以其党徐道覆为始兴相。
二年三月，进帝督交、广二州。十月，论匡复勋，封帝豫章郡公，邑万户，赐绢三万疋。其馀封赏各有差。
三年十二月，司徒、录尚书、扬州刺史王谧薨。
四年正月，征帝入辅，授侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，徐、兖二州刺史如故。表解兖州。先是，帝遣冠军刘敬宣伐蜀贼谯纵，无功而还。九月，帝以敬宣挫退，逊位，不许。十月，乃降为中军将军，开府如故。
五年二月，扪嘀髂饺莩舐踊幢薄Ｈ拢劭贡肀碧郑？以丹阳尹孟昶监中军留府事。乃浮淮入泗，五月，至下邳，留船，步军进琅邪，所过筑城留守。
超大将公孙五楼请断大岘，坚壁清野以待，超不从。初谋是役，议者以为贼若严守大岘，军无所资，何能自反？帝曰：“不然。鲜卑性贪，略不及远，既幸其胜，且爱其谷，必将引我，且亦轻战。师一入岘，吾何患焉。”及入岘，帝举手指天曰：“吾事济矣。”F问其故，帝曰：“师既过险，士有必死之志，馀粮栖亩，军无匮乏之忧，胜可必矣。”
六月，超留羸老守广固，使其广甯王贺刺卢及公孙五楼悉力据临朐。去城四十里有巨蔑水，超告五楼急据之。比至，为龙骧将军孟龙符所保，五楼乃退。
大军分车四千两为二翼，方轨徐行，车张幰，御者执肖，以骑为游军，军令严肃。比及临朐，贼骑交至，帝命兖州刺史刘藩、并州刺史刘道怜等陷其阵。日向昃，战犹酣，帝用参军胡藩策，袭克临朐，贼乃大奔。超遁还广固，获其玉玺、豹尾、辇等，送于都。丙子，克广固大城，超固其小城。乃设长围以守之，馆谷于青土，停江、淮转输。
七月，超尚书郎张纲乞师于姚兴，自长安反，泰山太守申宣执送之。纲有巧思，先是，帝修攻具，城上人曰：“汝不得张纲，何能为也。”及至，升诸楼车以示之，城内莫不失色。超既求救不获，纲反见虏，乃求称藩，割大岘为界，献马千匹，不听。 时姚兴遣使，声言将涉淮左，帝谓曰：“尔报姚兴，我定青州，将过函谷，虏能自送，今其时矣。”录事参军刘穆之遽入曰：“此言不足威敌，容能怒彼。若鲜卑未拔，西羌又至，公何以待之？”帝乃笑曰：“此兵机也，非子所及。羌若能救，不有先声，是自强也。”
十月，张纲修攻具成，设飞楼县梯，木幔板屋，冠以牛皮，弓矢无所用之。刘毅遣上党太守赵恢以千馀人来援，帝夜潜遣军会之。明旦，恢F五千，方道而进，每晋使将到，辄复如之。六年二月丁亥，屠广固，超踰城走，追获之，斩于建康市。杀其王公以下，纳生口万余，马二千匹。
初，帝之北也，徐道覆劝卢循乘虚而出，循不从，道覆乃至番禺说循曰：“今日之机，万不可失。若克京都，刘公虽还，无能为也。”循从之。是月，寇南康、庐陵、豫章诸郡，郡守皆奔走。时帝将镇下邳，进兵河、洛，及征使至，即日班师。镇南将军何无忌与道覆战，败死于豫章，内外震骇，朝议欲奉乘舆北走。帝次山阳，闻败，卷甲与数十人造江上征问，知贼尚未至。
四月癸未，帝至都。刘毅自表南征，帝以贼新捷锋锐，须严军偕进，使刘藩止之，毅不从。五月壬午，卢循败毅于桑落洲。及审帝凯入，相视失色，欲还寻阳，平江陵，据二州以抗朝廷。道覆请乘胜遂下，争之旬日，乃从。
于时北师始还，伤痍未复，战士才数千，贼F十余万，舳舻亘千里。孟昶、诸葛长人惧，欲拥天子过江，帝曰：“今兵士虽少，犹足一战，若其克济，臣主同休；如其不然，不复能草间求活，吾计决矣。”初，帝征慕容超，惟孟昶劝行，丙辰，昶乃表天子，引罪，仰药而死。
时议者欲分兵屯守诸津，帝曰：“贼F我寡，分其兵则人测虚实，一处失利，则沮三军之心，若聚F石头，则F力不分。”戊午，帝移镇石城。乙丑，贼大至，帝曰：“贼若新亭直上，且将避之；若回泊蔡洲，成禽耳。”徐道覆欲自新亭焚舟而战，循多疑少决，每求万全，乃泊蔡洲以待军溃。帝登石头以望，见之，悦。庚辰，贼设伏于南岸，疑兵向白石。帝率刘毅、诸葛长人北拒焉，留参军徐赤特戍查浦，戒令勿战。帝既北，贼焚查浦而至张侯桥，赤特与战，大败，贼进屯丹阳郡。帝驰还石头，斩徐赤特。解甲久之，乃出阵于南塘。七月庚申，循自蔡洲退，将还归寻阳，帝遣辅国将军王仲德等追之。使建威将军孙处自海道袭番禺，戒之曰：“我十二月必破祅寇，卿亦足至番禺，先倾其巢窟也。”
十月，帝率舟师南伐，使刘毅监太尉留府。是月，徐道覆寇江陵，荆州刺史刘道规大破之，道覆走还湓口。十一月，孙处至番禺，克其城，卢循父嘏奔始兴，处抚其人以守。十二月己卯，大军次大雷。庚辰，贼方江而下，帝躬提幡鼓，命F军齐力击之，军中多万钧神弩，所至莫不摧陷。帝自于中流蹙之，因风水之势，贼舰悉薄西岸，岸上军先备火具焚之，大败。循还寻阳，遂走豫章，悉力栅左里。丙申，大军次左里，将战，帝麾之，麾竿折，幡沈于水，F咸惧，帝笑曰：“昔覆舟之役亦如此，今胜必矣。”攻其栅，循单舸走，F皆降。师旋，晋帝遣侍中黄门劳师于行所。
七年正月己未，振旅而归，改授大将军、扬州牧，给班剑二十人，本官并如故。固辞。凡南北征伐战亡者，并列上赙赠，尸丧未反者，遣主帅迎接，致还本土。
二月，卢循至番禺，为孙处所破，收余F南走。刘藩、孟怀玉斩徐道覆于始兴。
自晋中兴以来，朝纲弛紊，权门兼并，百姓流离，不得保其#业。桓玄颇欲厘改，竟不能行。帝既作辅，大示轨则，豪强肃然，远近禁止。至是，会稽余姚虞亮复藏匿亡命千馀人。帝诛亮，免会稽内史司马休之。
晋帝又申前诏，帝固辞。于是改授太尉、中书监，乃受命，奉送黄钺。
交州刺史杜惠度斩卢循父子，函七首送都。先是，诸州郡所遣秀才、孝廉多非其人，帝乃表申明旧例，策试之。
荆州刺史刘道规疾患，求归，八年四月，改授豫州刺史，以豫州刺史刘毅代之。毅既有雄才大志，与帝俱兴复晋室，自谓京城、广陵功足相抗，虽权事推帝，而心不服也。厚自矜许，朝士素望者并多归之，与尚书仆射谢混、丹阳尹郗僧施并深相结。及镇江陵，豫州旧府多割以自随，请僧施为南蛮校尉。帝知毅终为异端，心密图之。毅至西，称疾笃，表求从弟兖州刺史藩以为副贰，帝扌硌伞＞旁拢氤勖辗靶换欤？并赐死。自表讨毅，又假黄钺，率诸军西征。以前镇军将军司马休之为平西将军、荆州刺史，兖州刺史道怜镇丹徒，豫州刺史诸葛长人监太尉留府事，加太尉司马丹阳尹刘穆之建威将军，配以实力。壬午，发建邺，遣参军王镇恶、龙骧将军蒯恩前袭江陵，克之，毅及党与皆伏诛。
十一月，帝至江陵，分荆州十郡为湘州，帝仍进督焉。以西阳太守朱龄石为益州刺史，使伐蜀。晋帝进帝太傅、扬州牧，加羽葆、鼓吹，班剑二十人。
九年二月乙丑，帝至自江陵。初，诸葛长人贪淫骄横，帝每优容之。刘毅既诛，长人谓所亲曰：“昔年醢彭越，今年杀韩信，祸其至矣。”将谋作乱。帝克期至都，而每淹留不进。公卿以下，频日奉候于新亭，长人亦骤出。既而帝轻舟密至，已还东府矣。长人到门，引前，却人闲语，凡平生言所不尽者，皆与及之，长人甚悦。帝已密命左右丁�自幔后出，于坐拉焉，死于床侧。舆尸付廷尉，并诛其弟黎人。�骁勇有力，时人语曰，“勿跋扈，付丁�”。
先是，山湖川泽皆为豪强所夺，百姓薪采渔钓，皆责税直，至是禁断之。时人居未一，帝上表定制，于是依界土断，惟徐、兖、青三州居晋陵者不在断例。诸流寓郡县，多所并省。以帝领镇西将军、豫州刺史。帝固让太傅、扬州牧及班剑，奉还黄钺。
七月，朱龄石平蜀，斩谯纵，传首建邺。
九月，晋帝以帝平齐、定卢循功，封帝次子义真为桂阳县公；并重申前命，授帝太傅、扬州牧，加羽葆、鼓吹，班剑二十人。将吏百僚敦劝，乃受羽葆、鼓吹、班剑，馀固辞。
十年，息人简役，筑东府城，起府舍。
帝以荆州刺史司马休之宗室之重，又得江、汉人心，疑其有异志；而休之子谯王文思在都，招聚轻侠，帝执送休之，令自为其所。休之表废文思，并与帝书陈谢。
十一年正月，帝收休之子文宝、兄子文祖，并赐死，率F西讨。复假黄钺，领荆州刺史。以中军将军道怜监留府事。休之上表自陈，并罪状帝。休之府录事参军韩延之有干用才，帝未至江陵，密书招�