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元兴元年春正月庚午朔，大赦，改元。以后将军元显为骠骑大将军、征讨大都督，镇北将军刘牢之为元显前锋，前将军、谯王尚之为后部，以讨桓玄。二月丙午，帝戎服饯元显于西池。丁巳，遣兼侍中、齐王柔之以驺虞幡宣告荆、江二州。丁卯，桓玄败王师于姑孰，谯王尚之、齐王柔之并死之。以右将军吴隐之为都督交广二州诸军事、广州刺史。三月己巳，刘牢之叛降于桓玄。辛未，王师败绩于新亭，骠骑大将军、会稽王世子元显，东海王彦璋，冠军将军毛泰，游击将军毛邃并遇害。壬申，桓玄自为侍中、丞相、录尚书事，以桓谦为尚书仆射，迁太傅、会稽王道子于安城。玄俄又自称太尉、扬州牧，总百揆，以琅邪王德文为太宰。临海太守辛景击孙恩，斩之。是月，秃发利鹿孤死，弟辱檀嗣伪位。秋七月乙亥，新蔡王崇为其奴所害。八月庚子，尚书下舍灾。冬十月，冀州刺史刘轨叛奔于慕容德。十二月庚申，会稽王道子为桓玄所害。曲赦广陵、彭城大逆以下。
二年春二月辛丑，建威将军刘裕破徐道覆于东阳。乙卯，桓玄自称大将军。丁巳，冀州刺史孙无终为桓玄所害。夏四月癸巳朔，日有蚀之。秋八月，玄又自号相国、楚王。九月，南阳太守庾仄起义兵，为玄所败。冬十一月壬午，玄迁帝于永安宫。癸未，移太庙神主于琅邪国。十二月壬辰，玄篡位，以帝为平固王。辛亥，帝蒙尘于寻阳。
三年春二月，帝在寻阳。庚寅夜，涛水入石头，漂杀人户。乙卯，建武将军刘裕帅沛国刘毅、东海何无忌等举义兵。丙辰，斩桓玄所署徐州刺史桓修于京口，青州刺史桓弘于广陵。丁巳，义师济江。三月戊午，刘裕斩玄将吴甫之于江乘，斩皇甫敷于罗落。己未，玄众溃而逃。庚申，刘裕置留台，具百官。壬戌，桓玄司徒王谧推刘裕行镇军将军、徐州刺史、都督扬徐兗豫青冀幽并八州诸军事、假节。刘裕以谧领扬州刺史、录尚书事。辛酉，刘裕诛尚书左仆射王愉、愉子荆州刺史绥、司州刺史温详。辛未，桓玄逼帝西上。丙戌，密诏以幽逼于玄，万机虚旷，令武陵王遵依旧典，承制总百官行事，加侍中，余如故。并大赦谋反大逆己下，惟桓玄一祖之后不宥。夏四月己丑，大将军、武陵王遵称制，总万机。庚寅，帝至江陵。庚戌，辅国将军何无忌、振武将军刘道规及桓玄将庾稚、何澹之战于湓口，大破之。玄复逼帝东下。五月癸酉，冠军将军刘毅及桓玄战于峥嵘洲，又破之。己卯，帝复幸江陵。辛巳，荆州别驾王康产、南郡太守王腾之奉帝居于南郡。壬午，督护冯迁斩桓玄于貊盘洲。乘兴反正于江陵。甲申，诏曰：“奸凶篡逆，自古有之。朕不能式遏杜渐，以致播越。赖镇军将军裕英略奋发，忠勇绝世，冠军将军毅等诚心宿著，协助同嘉谋。义声既振，士庶效节，社稷载安，四海齐庆。其大赦，凡诸畏逼事屈逆命者，一无所问。”戊寅，奉神主人于太庙。闰月己丑，桓玄故将扬武将军桓振陷江陵，刘毅、何无忌退守寻阳，帝复蒙尘于贼营。六月，益州刺史毛璩讨伪梁州刺史桓希，斩之。秋七月戊申，永安皇后何氏崩。八月癸酉，祔葬穆帝章皇后于永平陵。九月，前给事中刁骋、秘书丞王迈之谋反，伏诛。冬十月，卢循寇广州，刺史吴隐之为循所败。执始兴相阮腆之而还。慕容德死，兄子超嗣伪位。
义熙元年春正月，帝在江陵。南阳太守鲁宗之起义兵，袭破襄阳。己丑，刘毅次于马头。桓振以帝屯于江津。辛卯，宗之破振将温楷于柞溪，进次纪南，为振所败。振武将军刘道规击桓谦，走之。乘舆反正，帝与琅邪王幸道规舟。戊戌，诏曰：“朕以寡德，夙纂洪绪。不能缉熙遐迩，式遏奸宄。逆臣桓玄乘衅肆乱，乃诬罔天人，篡据极位。朕躬播越，沦胥荒裔，宣皇之基，眇焉以坠。赖镇军将军裕忠武英断，诚冠终古。运谋机始，贞贤协其契；抆泪誓众，义士感其心。故霜戈一挥。巨猾奔迸，三率棱威，大憝授首。而孽振猖狂，嗣凶荆郢。幸天祚社稷，义旗载捷，狡徒沮溃，朕获反正。斯实宗庙之灵，勤王之勋。岂朕一人独享伊祜，思与亿兆幸兹更始。其大赦，改元，唯玄振一祖及同党不在原例。赐百官爵二级，鳏寡孤独谷人五斛，大酺五日。”二月丁巳，留台备乘舆法驾，迎帝于江陵。弘农太守戴宁之、建威主簿徐惠子等谋反，伏诛。平西参军谯纵害平西将军、益州刺史毛璩，以蜀叛。三月，桓振复袭江陵，荆州刺史司马休之奔于襄阳。建威将军刘怀肃讨振，斩之。帝至自江陵。乙未，百官诣阙请罪。诏曰：“此非诸卿之过，其还率职。”戊戌，举章皇后哀三日，临于西堂。刘裕及何无忌等抗表逊位，不许。庚子，以琅邪王德文为大司马，武陵王遵为太保，加镇军将军刘裕为侍中、车骑将军、都督中外诸军事。甲辰，诏曰：“自顷国难之后，人物凋残，常所供奉，犹不改旧，岂所以视人如伤，禹汤归过之诫哉！可筹量减省。”夏四月，刘裕旋镇京口。戊辰，饯于东堂。五月癸未，禁绢扇及摴蒲。游击将军、章武王秀，益州刺史司马轨之谋反，伏诛。桓玄故将桓亮、苻宏、刁预寇湘州，守将击走之。秋八月甲子，封临川王子修之为会稽王。冬十一月，乞付乾归伐仇池，仇池公杨盛大破之。是岁，凉武昭王玄盛遣使奉表称籓。
二年春正月，益州刺史司马荣期击谯纵将谯子明于白帝，破之。夏五月，封高密王子法莲为高阳王。秋七月，梁州刺史杨孜敬有罪，伏诛。冬十月，论匡复之功，封车骑将军刘裕为豫章郡公，抚军将军刘毅南平郡公，右将军何无忌安成郡公，自余封赏各有差。乙亥，以左将军孔安国为尚书左仆射。十二月，盗杀零陵太守阮野。
三年春二月己酉，车骑将军刘裕来朝。诛东阳太守殷仲文、南蛮校尉殷叔文、晋陵太守殷道叔、永嘉太守骆球。己丑，大赦，除酒禁。夏五月，大水。六月，姚兴将赫连勃勃僭称天王于朔方，国号夏。秋七月戊戌朔，日有蚀之。汝南王遵之有罪，伏诛。八月，遣冠军将军刘敬宣持节监征蜀诸军事。冬十一月，赫连勃勃大败秃发傉檀，傉檀奔于南山。是岁，高云、冯跋杀慕容熙，云僭即帝位。
四年春正月甲辰，以琅邪王德文领司徒，车骑将军刘裕为扬州刺史、录尚书事。庚申，侍中、太保、武陵王遵薨。夏四月，散骑常侍、尚书左仆射孔安国卒。甲午，加吏部尚书孟昶尚书左仆射。冬十一月辛卯，雷。梁州刺史杨思平有罪，弃市。癸丑，大风拔树。是月，秃发傉檀僭即凉王位。十二月，陈留王曹灵诞薨。
五年春正月辛卯，大赦。庚戌，以抚军将军刘毅为卫将军、开府仪同三司，加辅国将军何无忌镇南将军。庚戌，寻阳地震。二月，慕容超将慕容兴宗寇宿豫，阳平太守刘千载、南阳太守赵元并为贼所执。三月己亥，大雪，平地数尺。车骑将军刘裕帅师伐慕容超。夏六月丙寅，震于太庙。刘裕大破慕容超于临朐。秋七月，姚兴将乞伏乾归僭称西秦王于苑川。九月戊辰，离班弑高云，云将冯跋攻班，杀之。跋僭即王位，仍号燕。冬十月，魏清河王绍弑其主圭。
六年春正月丁亥，刘裕攻慕容超，克之，齐地悉平。是月，广州刺史卢循反，寇江州。三月，秃发傉檀及沮渠蒙逊战于穷泉，傉檀败绩。壬申，镇南将军、江州刺史何无忌及循战于豫章，王师败绩，无忌死之。夏四月，青州刺史诸葛长民、兗州刺史刘籓、并州刺史刘道怜乃入卫京师。五月丙子，大风，拔木。戊子，卫将军刘毅及卢循战于桑落洲，王师败绩。尚书左仆射孟昶惧，自杀。己未，大赦。乙丑，循至淮口，内外戒严。大司马、琅邪王德文都督宫城诸军事，次中皇堂，太尉刘裕次石头，梁王珍之屯南掖门，冠军将军刘敬宣屯北郊，辅国将军孟怀玉屯南岸，建武将军王仲德屯越城，广武将军刘怀默屯建阳门，淮口筑柤浦、药园、廷尉三垒以距之。丙寅，震太庙鸱尾。秋七月庚申，卢循遁走。甲子，使辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间内史蒯恩等帅众追之。是月，卢循寇荆州，刺史刘道规、雍州刺史鲁宗之等败之。又破徐道覆于华容，贼复走寻阳。八月，姚兴将桓谦寇江陵，刘道规败之。冬十一月，蜀贼谯纵陷巴东，守将温祚、时延祖死之。十二月壬辰，刘裕破卢循于豫章。
七年春二月壬午，右将军刘籓斩徐道覆于始兴，传首京师。夏四月，卢循走交州，刺史杜慧度斩之。秋七月丁卯，以荆州刺史刘道规为征西大将军、开府仪同三司。冬十月，沮渠蒙逊伐凉，凉武昭王玄盛与战，败之。
八年春二月丙子，以吴兴太守孔靖为尚书右仆射。三月甲寅，山阴地陷四尺，有声如雷。夏五月，乞伏公府弑乞伏乾归，乾归子炽盘诛公府，僭即伪位。六月，以平北将军鲁宗之为镇北将军。秋七月甲午，武陵王季度薨。庚子，征西大将军刘道规卒。八月，皇后王氏崩。辛亥，高密王纯之薨。九月癸酉，葬僖皇后于休平陵。己卯，太尉刘裕害右将军兗州刺史刘籓、尚书左仆射谢混。庚辰，裕矫诏曰：“刘毅苞藏祸心，构逆南夏，籓、混助乱，志肆奸宄。赖宁辅玄鉴，抚机挫锐，凶党即戮，社稷乂安。夫好生之德，所因者本，肆眚覃仁，实资玄泽。况事兴大憝，祸自元凶。其大赦天下，唯刘毅不在其例。普增文武位一等。孝顺忠义，隐滞遗逸，必令闻达。”己丑，刘裕帅师讨毅。裕参军王镇恶陷江陵城，毅自杀。冬十一月，沮渠蒙逊僭号河西王。十二