这三种颜色中，其一是红色，这代表他所接受的社会主义、马克思主义的系统教育，这是他的底蕴；其二是蓝色，代表着忧郁，这是他对美国所见所闻后的一种思想积淀。他坚持认为美国的文明不具有普遍性，因为美国文化的本质是无限扩张的“一次性文化”，它和自然生态是冲突的，而这种冲突必然通过人与人、国与国、民族与民族的社会关系表现出来。第三种颜色是绿色，就是超越现代意识和现代社会体制本身，寻求一种未来的人与人和谐、人与自然和谐发展的道路。
房宁身上具备的这三种颜色实际上是他个人身上多种思想综合的一个隐喻。他所谈论的“民族主义的底蕴”具有深沉的社会主义色彩。他曾说过，全球化条件下的当代民族主义，实际上是一种功能社会主义，它的结构与社会主义不一样，但功能是一样的。因而从这个意义上说，他本质上还是一个社会主义者。
房宁一位很要好的朋友说他内心里是一个忧郁社会主义者。而他的一个学生谈到自己这位老师的时候，竟说她觉得在老师谦和儒雅的外表下隐藏着一种马克思主义的狂热。更有人描述当代中国左翼思想光谱时，把房宁归入了“斯大林主义”。房宁的社会主义思想的突出表现不是他为社会主义进行的辩护，恰恰相反是他作为一个马克思主义者对于现代社会主义的深沉的反思和批判。这样的反思和探索一直贯穿着房宁学术思想的始终。早在1995年，他在《现代资本主义发展引论》中对资本主义和社会主义进行了探索性的比较和分析，指出苏联解体和东欧巨变对人类的深刻启示是“社会主义与资本主义是两种总体性的较量”。
1997年，房宁一篇在中国左翼思想界具有强烈冲击的论文《社会主义是一种和谐》在“中国与世界”网站上首次全文发表，也使他成为中国新一代社会主义学人中的领军人物。
房宁在这篇文章中以相当大的篇幅，从苏联解体和东欧巨变的沉痛教训中，论述了他所认为的社会主义的本质特征，提出“社会主义是一种和谐”的崭新思想，也提出一条被海内外不少左翼思想家认为是值得探索的实现社会主义的现实途径。这是房宁第一次十分集中地专门阐述他对当代社会主义理论与实践的看法，其中处处透露着他的痛苦反思。他的和谐社会主义观念对人的需要和社会发展的关系进行了不同以往的新的注解。
房宁指出，“斯大林模式”使苏联及前东欧国家的社会主义实践从一开始便陷入了“赶超”的陷阱。按照当时的理解，只要有了社会主义制度，一个国家在经济上就能超过资本主义，特别是超过发达资本主义国家。他认为这是教条主义的表现。因为从逻辑上讲，社会主义、公有制、计划经济应当比资本主义、私有制、市场经济更有效率。但是，逻辑不等于现实。影响经济发展的实际因素远远不止于制度。在房宁看来，在当代具体的历史条件下，资本主义的西方已经垄断了全球的大部分资源与市场。在现存世界经济格局不发生根本改变的情况下，社会主义国家是不可能在经济上全面赶上和超过西方发达资本主义国家的。因此他提出不应把社会主义促进生产力发展方面的某些优势，作为社会主义制度的本质特征。他的这种挑战成见的眼光和勇气受到了不少人，尤其是年轻人的赞赏。
市场经济导致人的“异化”问题是房宁重点论述的一个问题。这方面他显然借助了西方新左派和新马克思主义的思想资源。他指出，社会主义需要建立在一定的物质基础之上，并通过不断地满足人民群众的物质、文化需求来巩固和发展自己。但人的需要分自然性和社会性两种属性。它的自然属性是人的动物性需要，需要的社会属性反映了人的社会性。他认为需要的社会性包含“人存在其中的社会关系制造着人的需要”和“社会性需要要在社会关系中得到实现和满足”。由于需要的社会性在本质上是精神性的，它意味着个人自我价值的实现，物质财富的占有与运用仅仅是其形式而已。而在现代西方社会中，人类需要的异化被推到极致，“人不是消费的主人，而是消费的奴隶”。由此他认定，社会主义不仅要满足人的需要，它更深刻的本质在于改变人的需要。满足需要与改变需要不能彼此分离，它们是一个过程的两个方面，互为条件、互为因果、相辅相成。在改造客观世界的同时，必须使人们的主观世界也得以改造，否则就不能算是社会主义。
现在可以看出，房宁认可的社会主义更本质的意义是“人与自然的和谐”。因为这“将是未来新价值体系的核心概念”“发展生产、扩充财富并不等于对人和人类命运的终极关怀，甚至也并不总是与人类进步的方向一致”。他认为，实现社会和谐是实现人与自然和谐的第一步。只有消除人类之间的生存竞争，消除人的物化，才能对整个社会生活及经济活动作出自主与自觉的调控，才能实现人类的自我克制、自我超越，返璞归真，才能引导出人与自然的和谐关系。
房宁这种对马克思主义的“修正”，明显带有“空想色彩”和“左”字号的思想特征，在学界引起了争论，有人认为，房宁的这个“方子”的本质与各种宗教相似，不含多少科学的成分，救不了社会主义。
对房宁的理论争议最多的是他在“和谐社会主义”中流露的消极的经济观。持异见者质问道：既然在现有的条件下社会主义在经济上不能超过资本主义，那社会主义还有什么用？如果是这样，便只剩下一件事可做：那就是，改变人的需要！每人每月发30斤粮票足矣，穿灰布衣裳也尽可满足蔽体保暖的“自然需要”。
面对各种争议，房宁在一次与网友的交谈中表露了他对未来社会主义的信心，他说：“我认为社会主义的思想体系支配下的某种社会运动，还会在未来的某一个时刻广泛兴起，我丝毫不怀疑这一点。但是，我关于‘社会主义是一种和谐’的思考恰恰是在考虑未来的社会主义运动的样式。”
争论是正常的，房宁似乎很喜欢各种善意的批评、讨论。这是他做人和治学的一贯立场和风度。回首20多年来，房宁哪一篇重头文章没有引起过争议？但有谁像他这样心平气和地对待批评和误解？他的真诚和虚怀若谷使他的许多论敌后来成了他的朋友。
由于“和谐论”在网上引起反响，许多媒体找到房宁要求在平面媒体公开发表。1998年此文以《当代世界与社会主义》为题摘录了部分章节在《时代变迁与社会主义》杂志上发表，旋即被《新华文摘》《东方》等多家杂志转载。“和谐论”引起广泛关注。中国的许多意识形态部门都把该文作为重点研究的资料，此文在中国的意识形态专家中几乎无人不晓。
还有论者这样说：房宁提出的“和谐社会主义”思想，有力地剔除了西方霸权语系的影响，再次展示了人类另一种促进生产力发展的方式和途径。从这样一个角度去把握，尽管“和谐论”不提“赶超”，但它对社会主义生产力和社会进步的促进解放作用，是无论如何都无法低估的。
一厢情愿的“和平与发展”， “新帝国主义”允许吗？
2003年，房宁的新作《新帝国主义时代与中国战略》出版，再次引起关注。
这是伊拉克战争后，房宁对世界的又一次深刻反思。他断言，和平与发展的时代已经走到尽头，随着资本国际大循环出现障碍，新帝国主义时代已经来临。
房宁关于“新帝国主义”的概念可追溯到1995年《现代资本主义发展引论》和1999年的《全球化阴影下的中国之路》，在这两本书中，他提出了“再殖民化”和“后殖民主义”的概念。他把世界资本主义的历史分成三段式：殖民主义时代，表现为直接统治，超经济的掠夺；二战后，世界政治、经济格局发生变化，旧殖民主义瓦解，社会主义阵营出现，世界经济进入全球化，新殖民主义产生，一种有利于西方的世界经济秩序出现；但随着“发展的陷阱”使全球化出现障碍，西方国家不得不对第三世界国家进行越发直接的控制和干涉，其手段日益向殖民主义时代复归，房宁把它称为“后殖民主义”或“再殖民化”。
在房宁看来，后殖民主义与新殖民主义的最大区别是：后殖民时代，西方将不再满足于间接地通过跨国公司、国际经济组织控制第三世界经济，进行价值转移。西方将直接控制第三世界国家的经济，部分或全面接管第三世界国家的经济主权，直接掌握第三世界国家的宏观经济调控的权力。房宁所称的这种“后殖民主义”就是他后来所说的“新帝国主义”。
房宁分析了老帝国和新帝国的异同。其共同点主要表现在内容上，如扩张领土及势力范围、强大军队、尚武精神等；不同点主要表现在形式上，如军力的量和质的方面，侵略野心的膨胀程度，战争借口的不同等等。因此他把“新帝国”归纳为5大特质：超强的军力，强权政治，文化帝国主义，恐怖加民主的帝国意识，先发制人的战术手段等。
著名战略家张文木对房宁的“新帝国主义时代”的提法很感兴趣，他认为这是房宁的“最重要判断”“因为它打破了人们关于‘和平与发展’的一厢情愿”。
事实上若干年来，尤其是冷战结束后，包括中国在内的政治家们都认为，世界总的趋势是和平与发展，世界不会发生大的军事冲突。就像房宁所描述的：“20世纪后半期的和平与发展，又给人类一种历史进步的印象。人们以为世界、历史彻底改变了，全球化给人一种似是而非的感觉，人类社会在经济、政治、文化等各个方面结