是“中共国安部”15局副局长。这个说法经民进党立委王幸男向媒体转述后，岛内一片哗然。
立委王幸男同时也称，据他自己掌握资料，现任台湾中央大学物理系教授的吴国祯除了学者身份外，“本身还是中共人大常委”。因此他说“台湾有匪谍”的说法是相当确定的。
台湾当局一直对大陆人员及与大陆有一定关系的赴台人员的身份和行踪相当敏感，总是怀疑他们有着不同寻常的搜集情报的任务。
1999年，发生在台湾的所谓“许希哲、叶裕镇间谍案”就是台情治人员一手“导演”出来的闹剧，弄得往返于两岸的人员人心惶惶。当时台“国安局”发现爱尹喜科技公司老板叶裕镇多次进入中山科学研究院第三所参观。由于叶裕镇经常在两岸间往来，“国安局”开始怀疑叶的动机。经过几年侦控，“调查局”指控叶裕镇买通波音公司退休工程师许希哲，许希哲又以承包中山科学院网上招标项目为由，与中山科学院负责反潜机上的部分器材采购案的第5组组长陈士良搭上线，策反其收集情报。
“调查局”在侦控时获悉许希哲将于某日与叶裕镇会面后同赴大陆的消息后，立即召开专案会议，决定“收网”。于是许希哲、叶裕镇等3人被台情报人员以“间谍罪”逮捕。台湾多家电视台爆炒这起“间谍案”。立法院“反卖台联盟”警告说，台湾的“高科技孤男”千万不要被大陆的“女色战术”迷昏了头。
台有关部门给叶裕镇初步定了三宗罪：利用陈士良收集台军机密情报；通过许希哲收集美台合作军事机密；伪造中山科学研究院证明，向美国购买战斗机使用的尖端设备。
但台湾媒体认为，这些罪名不能令人信服。首先，中山科学院电脑系统有明确的机密等级管理制度，什么级别的人有权查看什么级别的机密文件，都有详细规定。陈士良一个低级文职人员，不可能从单位的电脑数据库中获取重要情报。其次，P…3C反潜机采购方面的情况，岛内媒体早就进行了大量报道，还用得着大费周折去“窃取”吗？最经不起推敲的是，美国尖端武器装备对外军售的限制相当严格，就算叶裕镇伪造了中山科学院的证明，美国方面又怎么会傻到不经核实，就随随便便把“战略性高科技军用管制品”卖给别人呢？
许希哲委屈地申诉道：台湾情报部门在他那里找到的所谓军事机密，都是他在网上下载的，根本不是什么秘密，台当局加在他头上的是莫须有的罪名。
此事弄得台情报部门也下不了台。
自大陆实施改革开放政策后，台湾人进入大陆比较自由，台湾军情人员也利用这种方便以各种身份作掩护在大陆自由活动。而大陆人要到台湾却受到种种限制，除了偷渡者外，几乎每一个到台湾的大陆人都受到台湾有关当局的严格审查。即便如此，台湾当局还是对所有进入台湾的大陆人或与大陆有关系的人都心生疑虑，与此同时台当局谍报人员不断向大陆渗透。
一位国际问题专家曾说，台湾向大陆大派间谍，其中有一些很有趣的规律。他们自己吓唬自己，认为大陆在准备攻打台湾，便派出大批特务，企图摸透大陆的军事、政治动向；绝大多数台湾特务收集的情报只讲“大陆的威胁”，于是，“大陆威胁台湾的证据”越堆越多，台湾当局越来越害怕，就越要派出特务，从而形成恶性循环。
一位对台情治人员熟悉的分析人士说，台当局四处招募间谍潜伏大陆，搜集情报，却动辄对大陆访客说三道四，乱扣帽子，表明了台湾当政者的阴暗心理。这位分析家进一步说，台湾“国安局”指责余克礼是大陆间谍其实只是一个说词，实际上他们不愿意看到余克礼再踏上台湾岛。因为余克礼不但是大陆两岸政策智囊团中的核心成员，而且是大陆学者中对“台独”势力持强硬态度的人士，余的强硬姿态无不影响着大陆的对台政策。所以台湾一旦宣布余克礼有大陆国安部背景，那他今后再以学者的身份访问台湾几乎是不可能的。
台当局信口开河，胡乱猜疑已不是第一次了，早年台湾“国安局”就指控前社科院台研所所长姜殿铭是中国国安部笫15局局长，并称台研所所长许世铨也有公安部的背景。其实姜殿铭原来是新华社的记者，1990年进入台湾研究所任职前，担任《光明日报》副总编；而当时的台研所所长许世铨在担任所长前是《人民日报》驻联合国的记者。
面对台当局的刻意栽赃、凭空捏造，余克礼在对媒体发表谈话时强烈质疑台湾“国安局”指控他为大陆情治人员到底有何目的，他认为这可能与他访问台湾时坚持大陆政策立场引发与吕秀莲论战，让台湾情治部门不满意，所以故意对他乱扣帽子。
对于社科院台研所的属性和与大陆国台办的关系，余克礼解释说，社科院是中国国务院最高的部级研究机构，台研所是社科院下辖30多个研究所中最晚成立的一个研究所，所有经费是由财政部拨款给社科院，再下发给台研所；台研所与国台办都是国务院的机构，双方并未有从属关系，由于社科院台研所成立最早，研究人员最多，自然成为国台办最倚重的咨询和研究单位，国台办也会将一些重要研究课题交给该所处理。
为了给自己的胡乱猜测寻找依据，台方设法通过各种管道摸清余克礼的真实身份。但得到的信息使他们失望：“国安部”与余克礼没有任何关系。台新闻局一位官员事后说，连他们都不认识余克礼这个人，余克礼怎么会和国安部扯上关系？
余克礼指出，台湾有关方面对大陆对台研究学者的指控，是抱着冷战和僵化的思维来处理两岸关系，把学术交流“政治化”，现在两岸关系正陷入僵局中，如此做法是变相地阻挠两岸关系的正常发展，不但得罪大陆方面，台湾内部也会有许多人不满。
第二辑 余克礼 （4）
“一国两制”不容台湾方面歪曲
1999年9月5日，美国国务院亚太副助卿谢淑丽在一个中国大陆旅美学人研讨会上，发表了一篇名为“中国永续发展之挑战”的讲演，建议中国政府对台政策改变“一国两制”的说词，而以“一国三制”显示更大的弹性，以此告诉台湾，台湾与香港是不一样的。在她看来，大陆必须在两岸议题上真正具有“政治家的创意”“胡萝卜的分量和大棒相当”，这样才能对台湾提供统一的诱因。她还要求中国大陆应放宽对台湾加入国际经济和科技组织的干预，以解决台湾问题。
谢淑丽还说，“大陆不动武绝对是最重要的要素”，使用武力有其灾难性及毁灭性，对大陆或台湾而言都是一样。大陆政策受到抵制时应该要问问何以台湾会这样，“不能完全都怪罪李登辉一个人，大陆诋毁李登辉时，并不知道他的政策形成拥有充分支持，这些政策在台湾广泛受到民意支持”。
多位大陆人士在会场上慷慨激昂地表示，台湾是中国领土不可分割的一部分，即使流血也不惜要以武力统一台湾，并质疑谢淑丽说李登辉是基于民意，如果大陆90％民意主张打台湾，美国是不是也该尊重大陆人民的民意？
谢淑丽以“举例”方式提出的“一国三制”说法，台湾认为已牵涉两岸对话的实质议题，有违美方过去不介入对话议题的立场。据称，台湾当局曾向克林顿政府表达对谢淑丽“一国三制”的不满，美方则向台湾澄清，该说法不代表美方政策，仅是以举例方式，说明大陆处理台湾问题应更具创意。
针对谢淑丽的“建议”，余克礼认为，这表明谢淑丽和美国政府一样不了解“一国两制”。
在此前的1997年，余克礼在《人民日报》发表了《历史的使命·时代的要求》一文，详细解读了“一国两制”的核心问题。他认为，实现祖国完全统一最现实、合理、切实可行、对各方都有积极意义的模式，就是邓小平提出的“一国两制”的科学构想。以“一国两制”构想作为推进祖国和平统一大业的基本方针，中国政府先后同英国和葡萄牙政府谈判，成功地解决了历史遗留下来的香港、澳门问题。香港顺利回归祖国，标志着“一国两制”构想的巨大成功。香港继续维持长期的繁荣稳定，将用事实进一步雄辩地证明“一国两制”方针的正确性和现实的可行性，是解决台湾问题、实现祖国完全统一的最佳模式。台湾当局应以中华民族的整体利益为重，从维护台湾同胞的切身利益出发，切实认真思考以“一国两制”模式实现祖国完全统一的问题。
在余克礼看来，“一国两制”规划的关键是：两岸统一后，台湾将如同香港、澳门一样，继续保留其资本主义制度，经济、社会制度及生活方式保持不变，但大陆则继续实行社会主义制度。台湾与香港都属资本主义制度，是同一回事。但在“一国两制”之下，台湾的自治程度将高于香港，包括：香港不能有军队，但台湾允许保有自己的军队及地方性防务；大陆不派任何行政人员管理台湾事 务，而是由台湾当地人员进行管理。
余克礼后来在接受美国克莱蒙研究所亚洲研究中心主任汤本访谈时说，最重要的是多数台湾民众对什么是“一国两制”没有真正了解。台湾当局将“一国两制”污名化了。从蒋经国开始，到李登辉、陈水扁，对“一国两制”进行歪曲、抹黑，使台湾民众根本不知道“一国两制”的真正含义是什么。
他多次访问台湾，听到的是很多台湾民众以为“一国两制”就是中国大陆分掉台湾人民的财产，是统战阴谋，是大陆要吞并台湾。他说，假若真是这样，他也不赞成这样的“一国两制”。
事实上，“一国两制”就是