1998年克林顿访华前夕，美国提出与中国签订“中美核武器互不瞄准对方”的协议。当时中国政府出于对国家安全的考虑并不准备接受这一条件。但楚树龙认为，从军事上说，“互相瞄准”和“互不瞄准”其实都没有区别。坚持要瞄准也没有意义，同意互不瞄准对我们的军事能力也不伤害。但是如果我们坚持不接受美国的要求，势必影响到克林顿访华的成功，如果一个重要国家的领导人访华失败了，这也是中国外交的失败。克林顿访华成功的一个标志就是达成某个协议，而当时中美之间除了在这个问题上能达成协议，别的方面都不能达成协议。另外，楚树龙认为，中国是有核国家中公开宣布核武器瞄准美国的国家，这使美国的民众对中国的认识会很消极，不利于中美两国人民的友好。综合以上分析，楚树龙在现代国际关系研究所的协商会上，提出了接受美方条件的建议。后来在克林顿访华前20天，钱其琛副总理主持全国外事领导小组会议，最后定夺这件事。现代国际研究所把楚树龙的意见上报后获得通过。
争取让动荡的国际局势有利于中国的
“和平与发展”
1999年，科索沃战争爆发打破了相对平静的世界，在世人惊魂未定之时，以美国为首的北约野蛮轰炸我驻南联盟使馆，再次引起世人震惊。中国人在愤怒之后开始重新审视这个世界，不少人甚至党内人士对“和平与发展”的时代主题产生了怀疑，他们认为世界“和平与发展”的时代已经终结。中国社会科学院政治学所副所长房宁先生是质疑“和平与发展”的知识分子代表。
房宁在学界被认为是“中国民族主义思想家”。1999年，他在《全球化阴影下的中国之路》一书中提出全球化带来的“发展的陷阱”，并预言“和平与发展”将因遭遇“后殖民主义”威胁，从而使世界格局发生深刻变化。
应该说，房宁对全球化及“和平与发展”的反思代表了当时相当一部分人的思想，因而在社会上引起了一些人的共鸣。
然而就在人们普遍在“和平与发展”问题上焦灼不安的时候，楚树龙对世界形势的判断却与之相反。“5·8”炸馆事件不久，他在中央党校的一次会议上发言指出：邓小平对国际形势的判断是准确 的，国际形势没有发生根本的变化，我们仍然需要坚持和平与发展的战略思想。
在他看来，世界局势总体上走向缓和，同时天下并不太平；多极化和全球化趋势在发展；在剧烈动荡的国际形势变化面前沉着冷静、把中国的事情办好等一系列思想和方针是正确的，是符合过去 20年来国内国际发展实际的，也是行之有效的。美国、北约的暴行没有改变世界的全局，没有改变中国的根本利益和战略目标。中国应当继续坚持以经济建设为中心，坚持改革开放，维护世界和平的独立自主的外交政策方针。
他还在中央党校的内部刊物《理论动态》上发表了题为《国际战略形势与中国外交战略的几个根本问题》的文章，接着又在《战略与管理》1999年第4期发表了《中国的国家利益、国家力量和国家战略》一文，呼吁要坚持邓小平对国际形势的判断，坚持和平与发展是当今的主题，坚持以经济建设为重点，坚持解决中国的一切问题都取决于发展。
如果说，楚树龙当时在对国际形势的判断中坚持“和平与发展”还能得到人们的理解，那么2001年发生在纽约的“9·11”事件却再次打破了“和平与发展”的看法。
“9·11”事件对国际政治、经济、安全、文化等方面产生了较大影响，人们又面临着来自恐怖主义的威胁。可就在世人对世界再次产生迷惘的时候，楚树龙仍然认为，“9·11”给美国和世界造成的破坏令人震惊，但它不能改变世界和平与发展的总体趋势。他甚至认为由于“9·11”事件，大家都讲反恐，大家都在反恐中进行合作，美俄、中美等大国关系有所改善，世界局势没有发生深刻裂变。他在《解放军报》上发表题为《2001“变”与“不变”》的文章，指出：透过世纪初年国际战略形势发展中的“变”与“不变”，可以看出，总体和平、局部战争，总体缓和、局部紧张，总体稳定、局部动荡，是当前和今后一个时期国际形势发展的基本趋势。国际战略形势总的发展态势是世界形势出现的短期、局部的经济、政治动荡所不能改变的，新世纪世界的发展前景仍然是光明的，我们面临的国际环境依然是机遇大于挑战。
但是房宁的研究结果却并不像楚树龙那样乐观。2003年，房宁在新出版的《新帝国主义时代与中国战略》一书中再次质疑“和平与发展”的时代主题。
房宁认为，产生资本的全球化以及形成的相应经济、政治秩序，构成了我们所说的“和平与发展”的经济条件。但从科索沃战争到伊拉克战争，人们越来越多地在反思，在发问，我们究竟处于什么样的时代？应当说全球化及其造成的和平与发展的世界性现象，结束了列宁时代。然而“产业资本的全球化，帝国主义夹着皮包回来了，它改变了以往世界的经济政治的生态，使资本主义可以通过产业资本的转移来占有世界的资源，扩大世界的市场，增大资本主义生产方式容纳生产力的空间，所以大大地缓解了资本主义的基本矛盾”。但房宁认为，随着资本国际大循环出现障碍，和平与发展的根基正在销蚀。新的帝国主义时代已经降临。
房宁称：“在我们所认定的和平与发展的大势面前，我们从心 底不愿与人为敌，我们不愿有敌对者存在，但这也许是一厢情愿。”
但楚树龙提醒所有对国家怀有深情的人们，任何国家的核心利益，大体上都包括安全和发展两个基本方面或范畴。在和平条件下，即国家没有陷入大规模战争的条件下，安全是国家的基本利益，发展是国家的根本利益。但在和平时期，人们对形势和自己力量的认识不同，对国家利益的判断产生了不同程度的差异，而一些突发事件又进一步激化了这种认识上的差异。
楚树龙与房宁都是中国杰出的学者，他们研究的领域有所不同，但在学界和公众中都具有很高的威望。他们观点上的分歧正是中国知识分子思想开放的一个缩影。他们并没有出现过正面交锋，但他们极富个性的思考将作为中国决策层的智慧资源而受到关注。
第三辑 楚树龙 （4）
台湾低级政治不值一驳，什么是真正的“统一”
2001年，楚树龙从中国现代国际关系研究所调入清华大学公共管理学院，创立了战略研究所，并担任所长。战略研究所主要研究国家战略、发展战略、外交战略、安全战略；研究范围是美国、中国、欧洲和亚洲。
楚树龙担任战略研究所所长后，召开过两次重大战略研讨会。2001年10月召开的21世纪国家战略研讨会，邀请了外办及外交部有关人员，讨论各国外交、世界形势的走向，出版了论文集《世界、美国和中国——新世纪国际关系与国际战略探讨》；2003年3月又在海南三亚主持首届“WTO和两岸关系”论坛，邀请台湾专家研究两岸关系今后的走向。
“WTO和两岸关系”论坛定期在两岸举行。楚树龙与台湾学界的关系比较密切，曾多次去台湾访问，接触到岛内各阶层人士，研究各种信息，探寻两岸走向统一的途径。
在楚树龙看来，无论是李登辉还是陈水扁，坚持推行“台独”立场是十分危险的，也是不可能的。
他还记得多年前在美国与台湾萧美琴交锋的情景。
20世纪90年代中期，楚树龙去纽约出席一个有关台湾问题的非官方会议。这个会议由美国外交全国委员会主办，出席者有大陆、台湾和美国学者。台湾陈水扁的顾问，民进党“国际部”主任萧美琴也出席了会议。萧美琴在会议上大放厥词。她说：两岸关系就像男女恋爱，大陆是个大小伙子台湾是个小姑娘，现在小姑娘不爱你这个大小伙子。你这小伙非要人家爱你。楚树龙听后气愤地说：你说这话太不符合事实了，两岸之间不是在谈恋爱，根据历史，根据国际法，两岸本来是一家，是一个国家。现在不是嫁不嫁的问题，是你要离婚，你要分裂，是你不要这个家！因此你的比喻是完全错误的。萧美琴被驳得哑口无言。
2001年，楚树龙在其专著《冷战后中美关系的走向》一书中论述台湾问题时说：中国政府和人民在台湾、香港、西藏等涉及国家主权和领土完整及国家统一的根本原则问题上的立场是坚定的，不可动摇的，也是神圣不可侵犯的。原因很简单，尽管《三国演义》开篇道出中国人的历史观是“分久必合、合久必分”，但无可争辩的 是：在中国五千多年的历史中，中国人民、中华民族始终认为尽管“分”和“合”都是历史的部分，但“分”是暂时的，不正常的，是错误的；“合”才是永久的，正常的。
楚树龙看到，历史上闹独立成功的只有两种情况，一是战争，一是协商，而陈水扁现在既没本钱打也不愿接受“一国两制”，这不得不使得两岸关系陷入僵局。
如何打破两岸僵局，实现祖国统一，历史上也曾有过很多的设想。从80年代中期起，就有人提出有关中国的“联邦制”和“邦联制”设想。例如：姜敬宽1984年提出的“联邦共和制”，陆铿1985年提出的“中华联邦”，朱高正1988年提出的“联邦制”等九种“联邦制”；张旭成1983年提出的“邦联制”，张系国1981年提出的“中华邦联”，马彬1982年提出的“中华邦联”，费希平1984年提出的“大中国邦联”等十二种“邦联制”等等。
楚树龙认为，“邦联”是由独立