但厉以宁教授认为，先进行所有制改革后进行价格改革，才符合中国的实际。厉以宁还总结出先进行价格改革的十大弊病。即： 价格改革给人们带来的是负心理效应，引起社会惊慌和反弹；价格改革对企业来讲是被动的，企业消极应付进而影响效率；地方政府对价格改革顾虑重重；价格改革的结果是不确定的，无法预测；价格改革不能解决根本性问题，它不能调动积极性，充其量只能创造一个环境；价格改革是不能试点的，当它迈出第一步后是不可逆 的；价格改革成本很大、收益较小；价格改革一经实施，其他改革就要停下来；价格改革不能和政治体制改革、文化改革配套，是孤立的改革；价格改革层次很低，不触及人际关系。
张卓元认为，厉以宁提出的“十大弊病”缺乏充分的客观依据，难以成立，并逐一给予“回敬”。
张卓元从中国经济体制改革研究所在1985年进行的两次关于价格改革的社会心理反应的调查结果发现，在2000多名调查对象中，有3/4的人明确表示理解、支持价格改革，这表明只要在价格上升时保证居民的实际收入得到相应的补偿，价格改革就会得到大多数居民的支持；而在双轨制价格下，市场价格对刺激大中型国有企业增加供给，对广大乡镇企业网开一面的积极作用是明显的，企业不可能消极对待。他认为政府放开蔬菜和农副产品价格使大多数地方政府在城市农副产品价格改革中，减少了地方财政补贴；固定计划价格转换成市场价格后，价格的升降不再取决于价格改革本身，而往往取决于社会有效货币需求与有效供给之间的缺口。只要有计划、有步骤地进行改革，加强宏观控制，就能够有效控制物价总水平的上涨幅度。
在张卓元看来，价格是资源配置的主要杠杆，是国民收入初次分配和再分配的工具。没有价格改革就没有经济运行机制的转轨，就没有市场协调和市场建设，而没有这一切，就谈不上转入有计划商品经济的模式；价格改革可以试点，价格改革也是可逆的，而所有制改革恰恰是难以逆转的。张卓元所担心的，恰恰不是什么价格改革的不可逆性，而是价格改革的可逆性，说价格改革具有不可逆性反而低估了价格改革的困难与曲折。
如何实现资源的有效配置是社会主义制度自诞生以来尚未成功解决的难题，但张卓元看到价格改革可为资源的有效配置创造最基本的条件：价格改革的收益不仅在于为企业创造平等竞争的外部 环境，而且通过促进市场体系的形成加快商品经济的发展，特别是在合理的价格体系的引导下，可以建立合理的生产结构和消费结构，提高整个社会的经济效益。
张卓元还认为，价格改革始终是与其他改革并行前进的，价格改革的最大难点是物价总水平的上涨幅度过大，而造成物价总水平失控的主要原因是价格改革和金融、财政等经济调节器的改革或政策协调、配套不够；金融和财政体制改革步履缓慢，主要由于它们目前仍然是行政协调的主要工具，在于我们还缺乏比较完善和妥当的改革思路或方案；价格改革中所出现的物价上涨过快的现象，主要是由于我们没及时采取比较紧的财政和信贷政策以及比较恰当的收入分配政策。因此他认为，在进一步推进价格改革的同时，要适度加快财政、税收、工资和银行信贷方面的改革，加强弥补体制改革缺口的政策配套。
张卓元并不认为价格改革的层次很低，在他看来，政治体制和文化意识形态作为上层建筑，在改革上有其不同于经济体制改革的目标和特点，仅就价格改革形成市场的作用而言，也是市场观念、价值观念、效益观念、竞争观念等取代传统体制下形成的自然经济和产品经济观念的过程。他认为，价格改革与微观所有制基础的改革是在同一层次上。经济运行机制的改革能实现从行政协调为主到市场协调为主的本质替换。
张、厉交锋在20世纪80年代被称为经济界“两匹老马间的学术过招”，引起全社会的关注。中央高层从他们的交锋中摸清了价格改革和企业改革之间的微妙关系，肯定了两位学者的勇气和探索精神，并吸纳了其中有益的观点，从而使这场“价格风波”渐渐平息。1990年，张卓元被评为国家级有突出贡献的中青年专家；1991年7月开始享受国家级有突出贡献专家特别津贴。
“十五”计划的重要起草人
1990年，张卓元在《改革》杂志上发表了一篇题为《有计划商品经济与市场取向改革》的文章，提出了中国经济改革要以市场为取向。这篇文章代表了他一贯的经济思路。因此学术界都视他为“市场取向改革派”的代表。
张卓元似乎很乐意接受这样的评价。在他看来，发展商品经济就是发展市场经济。自1979年以来，他一贯主张大力发展商品经济，坚持稳定推进市场取向政策，以改革促稳定，在稳定中求发展。20世纪80年代他在着力研究中国价格改革的规律性的同时，对经济结构调整的研究也十分引人注目。当时他提出，社会经济的发展一般总是先发展农业，在农业发展的基础上，以农产品为原料和农业为主要市场的轻工业得到发展，然后在农业和轻工业发展的基础上，重工业才大规模发展起来，这是生产力发展的一条客观规律；我国经济结构调整也是遵循这一规律。后来他主编了《论经济结构对策》一书，全面系统地论述了这一观点。该书后来获得孙冶方经济科学奖励基金1984年度著作奖。
张卓元有关经济结构调整的思路，得到了中央领导人的肯定。因此中央后来制定“八五”“九五”计划时，都主动听取张卓元的建议。而张卓元在很多文章中都对中国国民经济的发展规则进行了战略性的分析，为中央决策层提供参考。
熟悉张卓元的人都把他比成中国经济界的一棵“长青树”，从邓小平时代开始，他就备受中央高层的关注和信任，几代领导人在宏观经济问题上几乎没有不把他的观点作为决策参考的。
1999年，中央决定制定国民经济和社会发展第十个五年计划，张卓元成了计划起草人之一。
“十五”计划是中国进入21世纪后第一个中长期规划，它不仅是中国实施第三步战略部署（争取到建国100年时，基本实现现代化）的第一个中长期规划，也是中国初步建立社会主义市场经济体制后的第一个中长期规划。根据党的十五大提出的远景目标，“十五”计划期间经济和社会发展的主要目标是：国民经济保持较快发展速度，经济结构战略性调整取得明显成效，经济增长质量和效益显著提高，为2010年国内生产总值比2000年翻一番奠定坚实基 础；国有企业建立现代企业制度取得重大进展，社会保障制度比较健全，完善社会主义市场经济体制迈出实质性步伐，在更大范围内和更深程度上参与国际经济合作与竞争；就业渠道拓宽，城乡居民收入持续增加，物质文化生活有较大改善，生态建设和环境保护得到加强；科技教育加快发展，国民素质进一步提高，精神文明建设和民主法制建设取得明显进展。
“十五”计划从总体规划纲要、重点专项规划以及各行业规划、各地区规划三个层次展开。其中，针对关系全局的重大问题和关键领域制定的重点专项规划是“十五”计划的一大特点，备受关注的西部开发规划就属于重点专项规划。
“十五”的目标是宏伟的，但据透露，“十五”计划的起草过程并不轻松。
1999年12月，“十五”计划起草小组在北京成立，这个小组既包含了一批政府官员，又吸收了一批像张卓元这样的专家学者。而在此前国家计委做了大量准备，仅文字材料就有十几本。
张卓元进入起草组后发现，无论是政府官员，还是专家学者，在对中国面临的国内国际形势的判断上、在制定“十五”计划的大思路上，大家的认识是一致的，都认为：在社会主义市场经济体制初步建立的今天，市场应当在资源配置中发挥基础作用；中国经济增长方式要从以往注重数量和速度转变到注重质量和效益。因而结构调整和体制改革在“十五”计划建议中，被提到前所未有的高度。但是，在具体表述方式上，起草小组成员却有不同意见，起草组成员有时为了一两个字的表述方式，都要反复斟酌、讨论、修改，在征求多方意见后，才最后定稿。张卓元事后说：“也许这样有些繁琐，但这种认真负责的态度是必要的。”
在起草过程中，张卓元提出，尽管现在中国的经济结构中，民营企业、商业、服务业以及高科技都发展迅速，但优先发展农业仍要在“十五”计划中体现出来，因为它是国民经济和社会稳定的基础。与此同时，他建议国家在如何提高粮食生产能力、提高农民的收入、建设稳定商品粮基地、建立粮食安全体系、确保粮食供求平衡等方面做出相应的说明，以促使经济和社会协调发展。
张卓元的提议得到了起草小组的一致支持。《中共中央关于制定国民经济和社会发展第十个五年计划的建议》中作了这样的表述：“必须充分认识发展农业的重要性、艰巨性，始终把农业放在发展国民经济的首位，保证农业在提高整体素质和效益的基础上持续、稳定发展。”
“十五”计划除了专家观点备受重视，百姓心声也不可忽视。国家计委曾面向社会，公开征求对制定“十五”计划的意见和建议，很多意见得到了补充。另外，与以往不同的是，这次制定的计划首次听取了国际专家学者的意见，国家计委主任曾培炎多次召开专题座谈，听取世界银行、联合国的专家就社会保障、就业、高新�