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中国高层对“十五”计划更是极为重视，国家主席江泽民12次听取各方建议。为了使计划更为完善，2000年春，“十五”计划建议在形成初步框架后，中国决策层在北戴河对此进行了讨论，并向各民主党派和社会团体发出100多个征求意见书，收到1000多条反馈意见。它们在“十五”计划建议中，得到了不同程度的体现。
“十五”计划于2000年10月11日在党的第十五届中央委员会第五次全体会议获得通过。人们看到，“十五”计划与过去不同的是，过去的五年计划比较多的是把发展速度放在突出的位置，强调速度。这次是强调调整经济结构，主要是产业结构。结构的调整就意味着质量的提高。不能太看重具体的发展速度，而是要使得我们的整个产业结构适应中国经济发展的需要。
有分析家指出，这样的调子正好是张卓元一贯坚持的“稳中求进”的思路。
第三辑 张卓元 （3）
机构改革的真髓 ：按细分的具体行业设置机构
2003年3月6日上午，国务院机构改革方案提请十届全国人大一次会议审议，启动了改革开放以来的第五次大规模的机构改革。在这天的会议上，国务委员兼国务院秘书长王忠禹向人代会提交《关于国务院机构改革方案的说明》，这个方案在3月10日第三次全体会议表决获得通过。
张卓元就是这个方案的主起草人。
从1982年到1998年，中国政府机构改革共进行了4次。1981年时，国务院的工作部门有100个，达到建国以来的最高峰。1982年3月8日，五届全国人大常委会第二十二次会议通过了关于国务院机构改革问题的决议，国务院各部门从100个减为61个，人员编制从原来的5。1万人减为3万人。1988年4月9日，七届全国人大一次会议通过了国务院机构改革方案。改革的重点是那些与经济体制改革关系密切的经济管理部门。此次改革使政府的经济管理部门从直接管理为主转变为间接管理为主，强化了宏观管理职能，淡化了微观管理职能。通过改革，国务院部委由原有的45个减为41个，直属机构从22个减为19个，非常设机构从75个减到44个。机构改革后的国务院人员编制比原来减少了9700多人。1993年3月22日，第八届全国人大一次会议审议通过了关于国务院机构改革方案的决定。方案实施后，国务院组成部门、直属机构从原有的86个减少到共59个，人员减少20％。当年4月，国务院决定将国务院的直属机构由19个调整为13个，办事机构由9个调整为5个。国务院不再设置部委归口管理的国家局，但设置了国务院台湾事务办公室与国务院新闻办公室。1998年3月10日，九届全国人大一次会议审议通过了关于国务院机构改革方案的决定。根据改革方案，国务院不再保留的有15个部、委，新组建的有4个部、委，更名的有3个部、委。改革后除国务院办公厅外，国务院组成部门由原有的40个减少到29个。
但是，随着经济和社会的发展、改革的深化，包括加入WTO后中国已有的机构改革与现行的有些体制仍有不适应新形势的地方，需要完善。这次机构改革方案涉及国有资产、宏观调控、金融监管、流通体制、食品安全、人口发展等重要部门的调整。
张卓元在解读此次机构改革方案时说，1998年的国务院机构改革以精简为主，这次机构改革方案则以调整政府职能为主。主要内容不单是撤销、精简，而是把部分行政部门的职能进行调整，把有些交叉、重复的职能加以整合。他举例说，随着经济发展，人们越来越关心食品、药品等消费品安全问题和生产安全，这需要有个部门专门管理，所以机构改革方案中提出了组建国家食品药品监督管理局。现在，银行的监管越来越受到重视，为保证银行业运行的安全、高效，这就需要成立银监会。这些机构的出现，都是随着经济、社会发展所提出的新要求而产生的。另外，国家经贸委主管技术改造，而国家计委主管基础设施建设。国家的投资建设实际上由两个部门管理，造成多头管理，降低了政府效率，也容易形成重复建设。再有，国家计委是很重要的宏观调控部门，负责国家的长远规划，而属于短期宏观调控的经济运行调控又由经贸委主管。这实际上使长期、短期的宏观调控分散到不同的政府部门。在进出口方面，农产品归计委主管，工业品和原材料归经贸委主管，其他一些又由外经贸部管，这样对于整个对外贸易发展是不利的，是一种没有必要的分权。他认为，此次改革没有上一次动作那么大，但对政府转变职能有很大促进作用。
有人会担心，新的机构改革可能会导致权力过分集中。张卓元认为，改革报告中明确指出，政府要加强自身建设，尽量减少审批，减少对微观事务的干预，改进自己的工作方法，让市场机制更好地发挥经济调节作用。政府部门还要规范、透明，不能搞暗箱操作。政府机构改革的目的就是要建立“透明政府、责任政府、法治政府、诚信政府”。
很多专家认为，这次政府机构改革，将使中国的经济功能得到进一步释放，将有利于中国综合国力的提升。著名经济学家张维迎甚至算过一笔账：如果把大部分管制取消，中国国民生产总值总量可跃升30％。
但是，张卓元也看到，随着改革推进，这次改革本身还有很多问题需要探索，比如国资委怎么监管国有企业，怎么做到管市场、管人、管事的结合？银监会的成立对银行业加强监管，但中国人民银行还有别的监管职能，这两家怎么协调好，保证银行业的安全、稳健运行，这些方面恐怕都还需要不断地协调。
对于这些问题，张卓元又开始了新的思考。
设立“国资委”——破解政企不分的重大创举
十届人大一次会议通过的政府机构改革方案，决定设立国务院国有资产监督管理委员会（简称“国资委”），将国家发展计划委员会改组为国家发展和改革委员会，设立中国银行业监督管理委员会，组建商务部，组建国家食品药品监督管理局等等。分析家认为，本次机构改革方案最大的亮点是，加强了政府在市场经济制度中应有角色的建设，即加强了对市场的监督和监管力度，目的性十分明确。
张卓元认为，成立国资委这样一个“特设机构”，其主要原因是为了终结原来的国有资产管理“五龙治水”的局面。
所谓“五龙治水”，就是好几个部门对国有大型企业分割行使职能。中央企业工委负责这些企业负责人的任免，而财政部、国家经贸委等部门则掌控着“资产”和其他权力。如果按照出资人的三大权能——资产收益、重大决策、选择管理者来细分，则有多达9个部门在负责。
张卓元在参与起草政府机构改革方案时，与起草小组的专家一起建议成立一个专门的机构——国资委来解决这个问题。
1993年12月张卓元调到中国社会科学院工业经济研究所任所长时，就开始重点研究国有企业改革。他认为社会主义市场经济体制的建立和完善，关键在于重塑市场主体，特别是其中起主导作用的国有企业，使之真正成为市场主体。他当时提出，为加快国有企业改革步伐，需要对大中型企业进行公司制改组。主张国有经济主要掌握关系国民经济命脉的重要行业和关键领域，逐步从一般竞争性行业退出，对小型企业则采取多种形式的放开放活。他主张发展多元化投资主体，建立多元、竞争的国有资本运营结构。同时他还认为地方封锁、部门垄断和过度竞争，是中国发展市场体系的重大障碍。这种呼吁在当时对经济界形成很大的冲击波。
1998年5月张卓元去辽宁考察了一个行将破产的企业，令他十分痛心的是国家资产的损失。这个只有两千人的企业破产后一下子吃掉了坏账准备金1。8亿元。当时他差点流出泪来，他发问道：用1。8亿元救活一个两千人的企业，每个职工合6万元，国家的代价是不是太大了？
从那以后，他一直在探索国有企业的改革方案，特别是企业产权制度的创新。在张卓元看来，设立国资委的理由有三点：分割行使出资人的权力，使得国有资产运营效率非常低下；加入世贸组织与建立完善的社会主义市场经济体制，要求政府的社会管理职能和出资人的职能分开，要求企业产权主体明确；原来有些职能分工不太合理，如进出口贸易、农产品由国家计委管，工业品和原材料是国家经贸委管，其他技术等由外经贸部管，显然不适应。
国资委的主要职能包括：依照《公司法》等法律和行政法规履行出资人职责，指导推进国有企业改革和重组；代表国家向部分大型企业派出监事会；通过法定程序对企业负责人进行任免、考核并根据其经营业绩进行奖惩；通过统计、稽核对所管国有资产的保值增值情况进行监管……用张卓元的话来说，国资委主要归并了原来三个部委的职能：一是中央企业工委的全部职能；二是国家经贸委指导国有企业改革、重组等几个职能；三是财政部的一部分职能。 张卓元还建议将劳动部负责的工资总额的管理并入国资委。
对此，中央企业工委的一位官员称：“国资体制改革的历程中，从来没有这样一个强势机构，把管资产和管人、管事全部结合起来。”它既不是行政部门，也不是事业单位，而是首次出现的所谓“国务院直属正部级特设机构”。它将依法对企业的国有资产进行监管，依法履行