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朱基同志在“关于国民经济和社会发展第十个五年计划纲要的报告”中强调，农业、农村和农民问题是关系改革开放和现代化建设全局的重大问题。十届人大期间，“三农”问题再次成了代表、委员关注的焦点。温家宝总理发表就职演说，在回答中央台记者提问时说，本届政府所面临的主要困难和挑战包括五方面，而第一个问题就是“三农”问题。他说：“农业发展滞后，农民收入增长缓慢，已经成为制约扩大内需的一个重要因素。”
“三农”问题的确是中国的百年结，温铁军就反复称它是“世纪难题”。自1987年成立试验区，温铁军几乎就没有离开过这个世纪难题。尽管1987年他被公派赴美国密执安大学社会调查研究所（ISR）和世界银行进修了一段时间，1991年，他又自费公派赴美国哥伦比亚大学进修，并到康奈尔大学和南加州大学讲学交流，但他心中仍然揣着有关“三农”的课题。
由于中国区域差别很大，黑土地、黄土地、红土地都不一样，需要分散决策、分区突破，还要搞试验，工作很辛苦，当时并没有多少人愿意在基层啃农业这块硬骨头，可温铁军一直在干。
1988年温铁军任全国农村改革试验区办公室监测处副处长，1993年任调研处长，1995年任主持工作的副主任，1998年试验区办公室机构变动，调任农研中心科研处长。他还自称“不是一个很灵的人”，当时别人能写好文章，他不行。也因为当时国务院的纪律要求，没有试验结果之前，不许发表文章，所以他就没多少东西。到现在为止，他真正认为是研究成果的，是一个课题报告——《中国农村基本经济制度研究》。这份报告后来由中国经济出版社出版，印了4000册，一销而空。温铁军不大明白为什么有这么多人想要这本书。后来他又在1999年第12期《读书》杂志上发表了一篇文章《三农问题世纪末的反思》，重申了那份报告的主要内容。
他在这篇文章的开头便说：“在理论界讨论问题的很多场合，我都强调自己只是个‘试验员’，而绝非理论工作者，现在也认为自己提出的只是对农村基层客观情况的感性认识。因此，本文只是一篇‘草根派’试读‘三农问题’这本大书的心得。”
他认为，从农村发展本身的要求来看，中国农村经济研究主要有两个基本命题，即“人地关系高度紧张的基本国情矛盾和城乡二元结构的基本体制矛盾”。其实早在1987年农村改革试验区创立之初他就提出：中国应该研究的是农民、农村和农业这“三农”问题，而不是单一的农业经济问题。1996年他再次把以上两个基本命题作为两个制约“三农”问题的关键提出，从而正式确定了“三农”问题的概念。在他看来，中国历来并无类似于西方的纯粹“农业”经济问题，中国最根本的问题就是农民问题。而农民问题与前面所说的基本国情矛盾和城乡体制矛盾是紧密联系在一起的，理解 “三农”问题，不能脱离对这两个矛盾的认识和讨论。同样，一切解决“三农”问题的办法，也只能在深刻认识这两个矛盾的基础上展开，只有或多或少地消解这两个矛盾的政策才会有些效果。
温铁军在那篇文章中提出两个选择供中央高层决策者参考，一是中国只能以劳动密集就业于国家主导的基础设施建设为第一国策（宁可水平低、速度慢）；辅之以全面开通城乡，调整产业结构和就业结构，以此促进农地上承载的过剩人口实现非农转移。二是若此议难度太大，则只好加强农村社区“非市场”的、内部化的财产和收益均平的制度建设，同时强调打破流通和金融垄断，通过扩大农业的外部规模来维持小农村社经济。舍此，农民没有出路，农村得不到发展，农业也很难成为独立产业。
温铁军的这篇文章在当时引起社会各界的广泛讨论，中国大地刮起了“温三农”旋风。此后“三农”问题写进党章和政府工作报告，并在政策和文件中体现出来。他的部分观点也被中国高层所采纳，影响到中国农业政策的走向。
第三辑 温铁军 （2）
农村暂不宜实行市场经济
温铁军祖籍河北昌黎，1951年在北京出生，17岁到山西插队，1979考入中国人民大学新闻系，1985年毕业后分配到中央军委总政治部，两年后才转入农业问题研究，在这之前，连他自己都没有料到会与“三农”问题打上一辈子的交道，他也没有料到自己的学术研究会在各个阶层掀起阵阵旋风。
温铁军的学术立场是特立独行的，他不照本宣科，也不为世俗潮流所动，重在调查研究和实践。著名学者汪丁丁称他有“‘老三届’的谈吐风格”：“实事求是”的风格，“不惟书、不惟上”的风格和“以天下为己任”的问题意识。而温铁军自称是知识分子阶层的“叛逆”。
他曾毫不留情地批评“都市政策”：“我们的主张不是简单地提口号，强调‘城市化’，而是‘以综合改革推进农村城镇化’。因为，按照目前的城市旧体制搞城市化是走不下去的。20世纪90年代以来兴起的城市化基本建设是盲目性很大的‘造城运动’。无论大中小城市还是城镇，问题都类似：机构庞大，大量占农民的地，却排斥农民就业。”1999年1月国务院3号文件正式取缔农村合作基金会的政策，温铁军再度上书直言，表达自己对农村合作基金会的理解。
尽管现在我们有幸看到，温铁军当年提出的“三农”问题得到广泛共识，但他当时的大胆质疑，并没有意识到是对农业经济科学已经形成的理论体系的挑战。后来他坚持把约定俗成的“农业、农村、农民”的“三农”调了一个个儿，把农民问题放在“三农”之首，也表明了他一贯严谨的研究作风。他说：我斗胆断言，中国的农民问题依然是中国的基本问题，而且我不想说是“基本问题之一”，其他的问题都是派生的或非战略性的。
应该说1996年是温铁军对“三农”问题的核心理论作全面而深刻阐述的最重要的一年。这年秋季，温铁军在《战略与管理》上公开发表了《制约三农问题的两个基本矛盾》一文，综合以往政策实验的研究成果，提出人地关系高度紧张的基本国情矛盾以及城乡二元结构的基本体制矛盾。同年他的《粮食有问题，但不是粮食问题》在1996年也引起广泛讨论。
1995年秋粮上市之前，温铁军对中部粮食主产区进行调查，认为用价格政策过度刺激粮食生产，会导致1995～1996粮食年度出现过剩。在一次全国政协召开的座谈会上，温铁军把粮食可能出现过剩的问题提了出来，但当时并没有引起足够的重视，有很多人甚至并不相信温铁军的推论。为了更全面地阐述自己的观点和主张，温铁军写下了《粮食有问题，但不是粮食问题》，大胆分析“丰收的代价”，从粮食周期谈起，分析粮食问题与财政、金融、外贸等宏观政策的相关性。
这篇文章与他以前的《汝果欲支农，功夫在农外》的思路基本一致。由于1996年粮价继续提高，继续刺激粮食高产，因此，当年粮食产量提前实现了2000年粮食产量的目标。但由于人口没有随着粮食产量增长上去，也就是说消费并未增长上去，必然出现过剩。正是基于此，《粮食有问题，但不是粮食的问题》一文发表后，被许多报刊转载，人们开始觉得这种提法有意思了。而此后由于粮食出现积压，果然出现了1984年粮食大规模增产后出现的卖粮难问题。这时，农业问题的矛盾又开始凸显出来，继而引起广泛讨论。
2001年，温铁军在当年第10期的《读书》杂志上发表了一篇文章叫《市场失灵加政府失灵——三农问题的双重困境》，提出市场手段不适合中国9亿农民的观点，没想惹来麻烦。他被人扣上“反市场”的帽子。
温铁军在论述“三农”问题的双重困境时提出这样一个假设：无论计划还是市场，当这些外来制度面对高度分散而且剩余太少的传统小农经济时，都有交易费用过高的问题；因此才需要有中国特色的制度创新。由此引申出的另一个相关假设则是：无论集权还是民主，当这些政治制度面对高度分散的小农村社制的社会基础时，也都由于交易费用过高而难以有效治理；因此才需要重建以社区自治为主的农村管理体制。也许，正是这两个问题没有被正确认识，也没有来得及讨论解决的办法，中国的“三农”问题才面临“市场失灵加政府失灵”的双重困境。
温铁军看到，在大多数发展中国家的农村，第一要素是土地，而在我国农村，土地事实上不断减少，并且随人口增长，就产生了两个现实问题：一个是土地面积减少使土地价格越来越高，相应地私有化的制度成本也越高，再加上土地的不可移动性，就导致土地产权客观上以社区为边界；二是农村自发大包干，政府“退出”，不再承担农民的社会保障和农村公共开支，转由耕地来承担；并且随人均面积不断下降，必然使耕地越来越多地转变为以承担农民的生存保障这种职能为主。在以上两个限制性条件的约束下，形成了有中国特色的村社所有、家庭承包制度，这个制度不断修订和完善，最后成为“中国农村基本经济制度”，由此决定了农村土地既不能实现完全个人意义上的私有化，也不能被单纯地当作一种生产资料完全地交给市场这只看不见的手来调节。
中国农村的第二个要素是劳动力。农业人口