都御史，稍迁南京刑部右侍郎。父忧，服除，以原官总督河道。浚高邮、邵伯诸湖，修雷公、上下句城、陈公四塘水闸。因灾变，请讲求弭灾策。帝为赐山东租一年，畿辅亦多减免。旋改南京户部左侍郎。
十二年，大学士商辂等以云南远在万里，西控诸夷，南接交阯，而镇守中官钱能贪恣甚，议遣大臣有威望者为巡抚镇压之，乃改恕左副都御史以行，就进右都御史。初，能遣指挥郭景奏事京师，言安南捕盗兵阑入云南境，帝即命景赍敕戒约之。旧制，使安南必由广西，而景直自云南往。能因景遗安南王黎灏玉带、宝绦、蟒衣、珍奇诸物。灏遣将率兵送景还，欲遂通云南道。景惧后祸，绐先行白守关者。因脱归，扬言安南寇至，关吏戒严。黔国公沐琮遣人谕其帅，始返。而诸臣畏能，匿不奏。能又频遣景及指挥卢安、苏本等交通干崖、孟密诸土官，纳其金宝无算。恕皆廉得之。遣骑执景，景惧自杀，因劾能私通外国，罪当死。诏遣刑部郎中潘蕃往按之。能又以其间，驿进黄鹦鹉。恕请禁绝，且尽发能贪暴状，言：“昔交阯以镇守非人，致一方陷没。今日之事殆又甚焉。陛下何惜一能，不以安边徼。”能大惧，急属贵近请召恕还。而是时商辂、项忠诸正人方以忤汪直罢，遂改恕掌南京都察院，参赞守备机务。能事立解，籓勘上得实，置不问。
恕居云南九月，威行徼外，黔国以下咸惕息奉令。疏凡二十上，直声动天下。当是时，安南纳江西叛人王姓者为谋主，潜遣谍入临安，又于蒙自市铜铸兵器，将伺间袭云南。恕请增设副使二员，以饬边备，谋遂沮。
还南京数月，迁兵部尚书，参赞如故。考选官属，严拒请托，同事者咸不悦。而钱能归，屡谮恕于帝。帝亦衔恕数直言，遂命兼右副都御史巡抚南畿。旧制，应天、镇江、太平、宁国、广德官田征半租，民田全免。其后，民田率归豪右，而官田累贫民。恕乃量减官田耗，稍增之民田。常州时有羡米，乃奏以六万石补夏税，又补他府户口盐钞六百万贯，公私便焉。所部水灾，奏免秋粮六十余万石。周行振贷，全活二百余万口。江南岁输白粮，民多至破产，而光禄概以给庖人、贱工。又中官暴横，四方输上供物，监收者率要羡入。织造缯采及采花卉禽鸟者，络绎道路。恕先后论列，皆不纳。
中官王敬挟妖人千户王臣南行采药物、珍玩，所至骚然，长吏多被辱。至苏州，召诸生写妖书，诸生大哗。敬奏诸生抗命。恕亟疏言：“当此凶岁，宜遣使振济，顾乃横索玩好。昔唐太宗讽梁州献名鹰，明皇令益州织半臂褙子，进琵琶杆拨镂牙合子诸物，李大亮、苏颋不奉诏。臣虽无似，有慕斯人。”因尽列敬等罪状。敬亦诬奏恕并及常州知府孙仁，仁被逮。仁，新淦人，由进士历知府，为人方峻，敬至不为礼，以是见忤。恕抗章救，三疏劾敬。会中官尚铭亦发敬奸状，乃下敬等狱，戍其党十九人，而弃臣市，传首南京。仁亦得释归，后积官至巡抚宁夏右副都御史。
二十年复改恕南京兵部尚书。时钱能亦守备南京，语人曰：“王公，天人也，吾敬事而已。”恕坦怀待之，能卒敛戢。林俊之下狱也，恕言：“天地止一坛，祖宗止一庙，而佛至千余寺。一寺立，而移民居且数百家，费内帑且数十万，此舛也。俊言当，不宜罪。”帝得疏不怿。恕侃侃论列无少避。先后应诏陈言者二十一，建白者三十九，皆力阻权幸。天下倾心慕之，遇朝事有不可，必曰：“王公胡不言也？”则又曰：“公疏且至矣”，已，恕疏果至。时为谣曰：“两京十二部，独有一王恕。”于是贵近皆侧目，帝亦颇厌苦之。
二十二年起用传奉官，恕谏尤切，帝愈不悦。恕先加太子少保，会南京兵部侍郎马显乞罢，忽附批落恕宫保致仕，朝野大骇。恕数为巡抚，历侍郎至尚书，皆在留都。以好直言，终不得立朝。既归，名益高，台省推荐无虚月。工部主事仙居王纯比恕汲黯，至予杖，谪思南推官。
孝宗即位，始用廷臣荐，召入为吏部尚书，寻加太子太保。先是，中外劾大学士刘吉者，必荐恕，吉以是大恚。凡恕所推举，必阴挠之。弘治元年闰正月，言官劾两广总督宋旻、漕运总督邱鼐等三十七人宜降黜，中多素有时望者。吉竟取中旨允之，章不下吏部。恕以不得其职，拜疏乞去，不许。陕西缺巡抚，恕推河南布政使萧祯。诏别推，恕执奏曰：“陛下不以臣不肖，任臣铨部。倘所举不效，臣罪也。今陛下安知祯不才而拒之？是必左右近臣意有所属。臣不能承望风指，以固禄位。且陛下既以祯为不可用，是臣不可用也，愿乞骸骨。”帝乃卒用祯。
时言官多称恕贤且老，不当任剧职，宜置内阁参大政。最后，南京御史吴泰等复言之。帝曰：“朕用蹇义、王直故事，官恕吏部，有谋议未尝不听，何必内阁也。”恕尝侍经筵，见帝困热暑，请依故事大寒暑暂停，仍进讲义于宫中。进士董杰、御史汤鼐、给事中韩重等遂交章论驳，恕待罪请解职，优诏不许。恕上言：“臣蒙国厚恩，日夕思报。人见陛下任臣过重，遂望臣太深，欲臣尽取朝政更张之，如宋司马光故事。无论臣才远不及光，即今亦岂元祐时。且六卿分职，各有攸司，臣岂敢越而谋之。但杰等责臣良是，臣无所逃罪，惟乞放还。”。帝复优诏勉留之。恕感激眷遇，益以身任国事。方以疾在告，闻帝颇擢用宦官，至有赐蟒衣给庄田者，具疏切谏。中官黄顺请起复匠官潘俊供役，恕言不可以小臣坏重典。再执奏，竟报许。
刘吉既憾恕，吉所陷寿州知州刘概及言官周纮、张昺、汤鼐、姜绾等，恕又抗章力救，吉以是益恨，乃合私人魏璋等共排之。恕先后推用罗明、熊怀、强珍、陈寿、邱鼐、白思明等，咸讽璋等纠驳。恕知志不得行，连章求去。帝辄慰留，且以其老特免午朝，遇大风雨雪，早朝亦免。
徽王见沛乞归德州田，已得旨。恕言王国懿亲，不当争尺寸地，使小民失业，帝婉辞报焉。卢沟桥成，中官李兴乞进文思院副使潘俊等官。恕言：“营造常职，安得录功。成化季始有此事，陛下初政幸已革汰，奈何复行？且山陵大工未闻升职，援例奏乞，将何词拒之？”帝纳其言。已，修京城河桥，帝复从兴请授四人官，许五人冠带。恕执奏，不从，再疏争曰：“臣职掌铨选，义当尽言，而再疏莫回天听，以为业已许之不可易。夫事求其当，设未当，虽十易何害。不然，流弊有不可救者。”报闻。先后以灾异条七事，以星变陈二十事，咸切时弊。寿宁伯张峦请勋号、诰券。恕言：“钱、王两太后正位中宫数十年，钱承宗、王源始邀封爵。今皇后立甫三年，峦已封伯。遽有此请，累圣德，不可许。”通政经历高禄，峦妹婿也，超迁本司参议。恕言：“天下之官以待天下之士，勿私贵戚，妨公议。”中旨以次等御医徐生超补院判，恕请选上考者，不纳。文华殿中书舍人杜昌等夤缘迁秩，御医王玉自陈乞进官，恕皆力争寝之。
是时刘吉已罢，而邱濬入阁，亦与恕不相能。初，濬以礼部尚书掌詹事，与恕同为太子太保。恕长六卿，位濬上。及濬入阁，恕以吏部弗让也，濬由是不悦。恕考察天下庶官，已黜而濬调旨留之者九十余人。恕屡争不能得，因力求罢，不许。太医院判刘文泰者，故往来濬家以救迁官，为恕所沮，衔恕甚。恕里居日，尝属人作传，镂板以行。濬谓其沽直谤君，上闻罪且不小。文泰心动，乃自为奏草，示除名都御史吴祯润色之。讦恕变乱选法。且传中自比伊、周，于奏疏留中者，概云不报。以彰先帝拒谏，无人臣礼。欲中以奇祸。恕以奏出濬指，抗言：“臣传作于成化二十年，致仕在二十二年，非有望于先帝也。且传中所载，皆足昭先帝纳谏之美，何名彰过。文泰无赖小人，此必有老于文学多阴谋者主之。”帝下文泰锦衣狱，鞫之得实，因请逮濬、恕及祯对簿。帝心不悦恕，乃贬文泰御医。责恕沽名，焚所镂版。置濬不问。恕再疏请辨理，不从，遂力求去。听驰驿归，不赐敕，月廪、岁隶亦颇减。廷论以是不直濬。及濬卒，文泰往吊，濬妻叱之出曰：“以若故，使相公齮王公，负不义名，何吊为！”恕扬历中外四十余年，刚正清严，始终一致。所引荐耿裕、彭韶、何乔新、周经、李敏、张悦、倪岳、刘大夏、戴珊、章懋等，皆一时名臣。他贤才久废草泽者，拔擢之恐后。弘治二十年间，众正盈朝，职业修理，号为极盛者，恕力也。武宗嗣位，遣行人赍敕存问，赉羊酒，益廪隶，且谕以谠论无隐。恕陈国家大政数事，帝优诏报之。正德三年四月卒，年九十三。平居食啖兼人，卒之日小减。闭户独坐，忽有声若雷，白气瀰漫，瞰之瞑矣。讣闻，辍朝，赠特进左柱国太师，谥端毅。五子、十三孙，多贤且显。
少子承裕，字天宇。七岁能诗，弱冠著《太极动静图说》。恕官吏部，令日接宾客，以是周知天下贤才，选用无不当。举弘治六年进士。恕致政，承裕即告归侍养。起授兵科给事中，出理山东、河南屯田。减登、莱粮额，三亩征一斗，还青州、彰德军田先赐王府者三百六十余顷。武宗立，屡迁吏科都给事中。以言事忤刘瑾，罚米输塞上。再迁太仆卿。嘉靖六年累官南京户部尚书。清逋税一百七十万石，积羡银四万八千余两。帝手书“清平正直”褒之。在部三年，致仕，卒。赠太子少保，谥康僖。
马文升，字负图，钧州人。貌瑰奇多力。登景泰二年进士，授御史。历按山西、湖广，风裁甚著。还领诸道章奏。母丧除，超迁福建按察使。成化初，召为南京大理卿，以父丧归。
满四之乱，陕西巡抚陈价下吏，即家起文升右副都御史代价。驰至军，与总督项忠讨平之。事具忠传。