自黄巾贼后，复有黑山、黄龙、白波、左校、郭大贤、于氐根、青牛角、张白骑、刘石、左髭丈八、平汉、大计、司隶、掾哉、雷公、浮云、飞燕、白雀、杨凤、于毒、五鹿、李大目、白绕、眭固、苦唒之徒，并起山谷间，不可胜数。其大声者称雷公，骑白马者为张白骑，轻便者言飞燕，多髭者号于氐根，大眼者为大目，如此称号，各有所因。大者二三万，小者六七千。
另外，青、徐、并、幽各州也都有黄巾余部崛起，而涼州北宫伯玉、李文侯、边章、韩遂等领导的反抗斗争历时最久，使东汉政府疲于应付。这样，东汉政府便不能不加强各州刺史的职权，使其兼管军政财赋。有的地方更设置州牧，使朝廷重臣出任其职，以便让他们更有力地联络地主武装，随时镇压农民起义。这样也增加了地方的独立性，形成了内轻外重的局面。
中平六年（189年）汉灵帝死，长子刘辩继立为帝，其生母何太后临朝听政，于是外戚同宦官的斗争又重新激烈起来。太后兄大将军何进为了一举杀尽宦官，召并州牧董卓带兵入京，董卓还没有赶到，何进已为宦官所诱杀，官僚世族袁绍等又大杀宦官。持续百年的外戚同宦官的斗争至此最终结束。但身拥强兵、骄纵跋扈的董卓也已到京，从此，皇帝被挟制于强臣之手，东汉王朝也就名存实亡了。
一、董卓专政及其暴行
董卓，陇西郡临洮县（今甘肃岷县）人，父曾为颍川郡轮氏县尉。卓少时尝游羌中，与诸豪帅相结，诸豪帅赠他杂畜千余头。卓有膂力，能左右驰射，“以健侠知名”，先为涼州兵马掾。东汉后期，羌人屡次起兵反汉，董卓以六郡良家子为羽林郎，参加了镇压羌人的战争，积功做到并州刺史、河东太守。中平元年（184年），黄巾起义发生，汉政府任命董卓为东中郎将，代替卢植与张角作战，兵败免官。当年冬，涼州又发生了北宫伯玉、李文侯、边章、韩遂为首的羌汉各族的反汉朝斗争。董卓又被起用，派往涼州作战的高级将领除董卓外还有皇甫嵩、张温等。董卓率领的军队多是籍隶关西的汉族和羌胡人，关西各族人民屡遭战乱，习性尚武，妇女亦多能挟弓而斗，因此卓军具有较强的战斗力。董卓看到汉政府腐朽无能，逐渐骄傲放纵，不服从上级指挥。当时孙坚劝身为统帅的张温、皇甫嵩以军法斩卓，两人都不敢听从，张温还说如杀卓，则“西行无依”。汉政府也已看到董卓跋扈难制，曾试图解除他的兵柄，调他回朝为少府。他以所部羌胡不让他离开为借口，上书拒命，汉朝也无可奈何。中平六年（189年），汉朝调董卓为并州牧，令他把部队交皇甫嵩带领，他又不应命。当何进召他将兵诣京协助诛除宦官时，郑泰认为“董卓强忍寡义，志欲无厌，若借之朝政，授以大事，将恣凶欲，必危朝廷”。可是昏懦的何进不能采纳。等何进与宦官张让等相继被杀后，董卓也已引军赶到。引狼入室的错误已经铸成了。
董卓到京后，凭仗武力，专擅朝政，他废掉少帝刘辩而立陈留王刘协（即汉朝最后一个国君——汉献帝）。不久卓又杀何太后。刘辩是灵帝长子，何皇后生；刘协是灵帝次子，王美人生。王美人与何皇后均有宠于灵帝，何皇后忌妒王美人，王美人生刘协后，即被何皇后酖杀。刘协由灵帝生母董太后抚养长大。灵帝死，何太后与董太后争权，何太后逼死董太后。灵帝在世时已看出刘辩懦弱，欲立刘协为太子，但碍于皇后及何进，犹豫未决。灵帝死后，何进辅政，帝位自然是刘辩的了。董卓到京后，曾同少帝刘辩谈话，那时刘辩已十四岁，对朝中事说不清楚，陈留王刘协虽只九岁，讲话却有条理，董卓认为刘协比少帝刘辩聪明；卓又说抚养刘协的董太后与他同族。于是有废立之意。实际上，董太后是冀州河间人，董卓是涼州临洮人，彼此相距太远，无缘同族。董卓骨子里也和历史上其他权臣一样，不过欲借废立以增加自己的威权。董卓要独揽大权，自然不愿让原来的皇帝与太后仍旧在位，因为原来在位或当权者是不甘心作傀儡的，他虽手中无权，但仍可利用其原来的地位与威望伺机发动政变。如果另立一个皇帝，这个皇帝便比较容易接受当傀儡的处境，对于权臣的危害总是小一点。从史书的记载看，刘协也确实比刘辩聪明，这一点虽然给董卓废立提供了借口，但董卓废帝弑后的行为也给敌对者以重要口实。卓这样作，只表明其愚蠢与蛮干而已。
如前所述，士大夫阶层发展到东汉时，力量已很雄厚。宦官纵然能嚣张一时，但缺乏雄厚的社会基础，往往皇帝一死，宦官便失去势头。在战争年代，士人尤其为割据的军阀所倚重。董卓虽然是一个粗暴的武夫，但他还是知道撇开士大夫是难以维持统治的，所以在他掌权之始，也曾征用才学与名望俱高、屡遭阉党陷害的蔡邕。蔡邕到京以后，“甚见敬重，举高第，补侍御史，又转侍书御史，迁尚书，三日之间，周历三台”。董卓征另一处士荀爽，“自被征命及登台司，凡九十三日”。卓重用名士尚书周毖、城门校尉伍琼、尚书郑泰、长史何颙等，“沙汰秽恶，显拔幽滞，……又以尚书韩馥为冀州牧，侍御史刘岱为兗州刺史，颍川张咨为南阳太守。卓所亲爱，并不处显职，但将校而已。”
虽然如此，士大夫还是不肯真诚与卓合作，袁绍、袁术、曹操等都从洛阳逃出，积极从事反卓活动。从董卓方面来说，他之重用士人，也只是一时权宜之计，他的残暴面目很快就显露出来了。《三国志》卷6《董卓传》载：
卓既率精兵来，适值帝室大乱，得专废立，据有武库甲兵，国家珍宝，威震天下。卓性残忍不仁，遂以严刑胁众，睚眦之隙必报，人不自保。尝遣军到阳城。时适二月社，民各在其社下，悉就断其男子头，驾其车牛，载其妇女财物，以所断头系车辕轴，连轸而还洛，云攻贼大获，称万岁。入开阳城门，焚烧其头，以妇女与甲兵为婢妾。至于奸乱宫人公主。其凶逆如此。
《后汉书》卷72《董卓传》亦言：
是时，洛中贵戚室第相望，金帛财产，家家殷积。卓纵放兵士，突其庐舍，淫略妇女，剽虏资物，谓之“搜牢”。人情崩恐，不保朝夕。及何后葬，开文陵（灵帝陵），卓悉取藏中珍物，又姦乱公主，妻略宫人。
以上所述董卓的罪恶，虽或有过分之处，但从董卓本人及其部将之残暴放纵而言，基本上还是符合实际情况的。这种罪行不仅引起了贵族官吏的反对，也招致了广大人民群众的厌恶。其必然失败，中智以上皆能看出。这样，卓在引用士人方面之矫情措施，亦失去其意义，卓之凶暴适足为自己掘坟墓而已。
二、关东军阀起兵讨伐董卓
在何进已被宦官杀害而董卓尚未到来之前的短暂时间里，朝中较有实力的是袁绍。袁绍，字本初，汝南汝阳（今河南商水西南）人，出身于“四世五公”的大官僚家庭，袁氏门生故吏遍于天下。袁绍本人“能折节下士，士多附之”。灵帝建立西园八校尉时，绍为中军校尉。何进欲诛宦官，任命袁绍为司隶校尉，假节，专命击断。绍叔父袁隗时为太傅，与何进参录尚书事，绍从弟袁术为虎贲中郎将，统率一部分禁卫军。何进被张让等诱入宫中杀死以后，何进部曲将吴匡与袁绍、袁术等“勒兵捕诸宦官，无少长皆杀之，凡二千余人”。张让等困迫，将少帝与陈留王等数十人步行出洛阳北门，夜至小平津（今河南巩县西北），朝中大臣唯尚书卢植、河南中部掾闵贡随帝。至黄河岸边，闵贡厉声叱责张让等，让等惶怖，投河而死。闵贡等扶帝与陈留王南行还宫。这时董卓的军队已经到达，卓与公卿迎帝于北芒阪下。董卓凭借其强大武力，高踞于群臣之上。当董卓欲废少帝时，袁绍首先反对。卓因刚刚到京，“见绍大家，故不敢害”。绍亦畏卓，私自逃奔冀州。卓先曾下令缉拿袁绍，后来怕绍在东方联合其他地方势力反对自己，所以任命绍为勃海太守。并用仍在京的袁术为后将军，前典军校尉曹操为骁骑校尉。袁术、曹操也不愿与卓合作，术出奔南阳，操出奔陈留。
献帝初平元年（190年）初，关东州郡纷纷起兵讨伐董卓，推勃海太守袁绍为盟主。绍自号车骑将军，与河内太守王匡屯于河内（郡城在今河南武陟县西南）。冀州牧韩馥留邺（今河北临漳县西），供应军粮。豫州刺史孔伷屯颍川（郡城在今河南禹县）。兗州刺史刘岱、陈留太守张邈、邈弟广陵太守张超、东郡太守桥瑁、山阳太守袁遗、济北相鲍信及曹操均屯酸枣（今河南延津县北十五里）。后将军袁术屯鲁阳（今河南鲁山）。他们的军队，多者数万，少者数千人。
在关东州郡起兵以前，灵帝中平五年（188年）二月，黄巾军余部郭太等已在西河白波谷（今山西襄汾县永固镇）重新起义。中平六年（189年）十月，白波起义军挺进到河东（今山西西南隅之地，郡城在今夏县北），队伍扩大到十余万人。董卓令其女婿中郎将牛辅率军前往镇压，不能取胜。关东联军兴起以后，卓见联军声势很大，又怕白波军渡河南下截断其往关西老巢的退路，拟把汉献帝从洛阳迁到长安。但公卿大臣多持反对意见，卓既怨自己封拜的东方州郡官吏背叛自己，又因大臣反对迁都，十分恼怒，乃杀原来替袁绍等人说话的伍琼、周毖，并免去杨彪、黄琬的三公职位，还征召屯兵扶风的左将军皇甫嵩回朝，以防他配合东方联军夹击自己。京兆尹盖勋与皇甫嵩长史梁衍劝嵩起兵讨卓，篙因兵力不足，不肯听从，还是应征回朝了。
皇甫嵩回朝以后，洛阳以西再无能够反抗董卓的人。初平元年（190年）二月，董卓强令献帝及群