棒打杀。一次，灵帝最宠爱的宦官蹇硕的叔父于夜间行走，也被用棒打杀。因此，豪强有所畏惧，不敢轻易犯法。而豪强及其幕后支持者都把曹操看做眼中钉，必欲拔去之而后快。但由于曹操也有靠山，他们无可奈何，只好改变手法，在灵帝面前夸奖曹操甚有吏能，于是外调为顿丘（今河南清丰县西南）令，这时他二十三岁，不久，曹操又回朝为议郎。
曹操在议郎任内，曾因从妹夫强侯宋奇被诛事，一度免官。由于曹操能明古学，不久复职。议郎不担任实际政务，专门给皇帝提供意见，论列是非。当时朝政昏浊，奸邪充塞，皇帝为宦官、贵戚所包围愚弄，不知下情。灵帝建宁元年（168年），皇后父大将军窦武、太傅、名士陈蕃谋杀宦官，结果反被宦官所杀。曹操特为窦武、陈蕃上书申诉，指言“奸邪盈朝，善人壅塞”。灵帝不能采纳。
光和五年（182年），灵帝下诏令三公举奏州郡官吏无治绩而为民蠹害者。三公倾邪，贪恋禄位，不敢得罪宦官，反而乘机受取贿赂，只把边远小郡一些清贫守法的地方官纠举塞责。曹操对此甚为忿恨，上书斥责三公所举，专回避贵戚。灵帝稍有感悟，责让三府，把蒙冤被诬的地方官拜为议郎。此后政教日乱，豪猾益炽，多所陷害。操知不可匡救，遂不复献言。
灵帝中平元年（184年）春，黄巾起义发生，曹操被任命为骑都尉，在镇压颍川黄巾军的战争中，做了皇甫嵩、朱的帮凶。被提升为济南国相，国有十几个县，长吏多阿附贵戚，赃污狼藉。以前国相不敢检举，曹操到任后，奏免了其中八县长吏。于是豪强震怖，窜入他郡。另外，操在济南还禁断淫祀，堵塞浪费，济南国在曹操治理下，政治有了一定程度的清明。
曹操在济南为官时间较久，后来被征入朝。当时宦官当权，贵戚横恣，曹操不能违道取容，屡屡干忤，也恐招致家祸，于是只做了议郎闲官。朝廷曾发表曹操任东郡太守，操不赴任，称疾返乡里，在谯县城外建筑住室，春夏读书，秋冬射猎，以自娱乐，养名待时。
曹操这时在政界已有相当声望，他虽屏居乡里，当冀州刺史王芬等图谋废灵帝，另立合肥侯时，曾征求操的意见，操以为废立大事，不能轻率行动，严词加以反对。芬等终以事泄被杀。
综观以上事实，可知在东汉地主统治集团中，曹操还是一个有作为、企图改善吏治的人，就是对刘氏皇室，他也想维护匡救，只是东汉王朝已经从根腐烂，无可救药了。
（2）占领兗州
献帝初平二年（191年），当酸枣等地的讨卓联军已经离散的时候，曹操还带着千余人的部队在河内寄居，没有固定地盘。这时，黑山（今河南浚县西北太行山区）起义军于毒、白绕、眭固等部十余万人攻入东郡，东郡太守王肱不能抵挡，曹操乃引兵进入东郡，在濮阳打败了白绕农民军，袁绍因表操为东郡太守，操以东武阳为郡城（今山东莘县南）。
献帝初平三年（192年）春，于毒等农民军趁曹操引军去顿丘的时候，进攻东武阳。曹操闻知，并不回军援救东武阳，而西入山攻农民军本屯，操手下诸将认为应先还救东武阳，操曰：“使贼闻我西而还，武阳自解也；不还，我能败其本屯，虏不能拔武阳必矣。”于是继续西行。
果然，农民军听说本屯被攻，立即舍弃东武阳而归，途中遭到曹操阻击而致大败。曹操又在内黄（今河南内黄西北）打败了於夫罗的军队，于是东郡得以确保。
当年夏，青州黄巾号称百万，进入兗州，杀死刺史刘岱。济北相鲍信等迎接曹操领兗州牧。操进兵击黄巾军于寿张（今山东东平南）东，黄巾军奋勇抵抗，操初战失败，鲍信战死。后操屡设诡计，黄巾军受挫撤退，操追至济北（今山东长清县），黄巾军被迫投降。《三国志》卷1《武帝纪》载：操“受降卒三十余万，男女百余万口，收其精锐者，号为青州兵”。以上几句记述，常为史家所引用，故应予以探讨。据《后汉书》卷74《袁绍传》载，建安元年（196年）袁绍给献帝上书有云：“黄巾十万，焚烧青、兗”，袁绍这里所说的黄巾显然即指以上自青入兗的黄巾，然而人数之差距却为十万比百万，究竟哪个说法接近事实呢？我以为“青州黄巾众百万”的数字是太夸大了，由于史料出自官方，对交战双方人数，常把多者说得过多，少者说得过少。如《武帝纪》注引《魏书》就把同青州军作战的操军说得过少，说操只“将步骑千余人”；还说其中旧兵少，新兵不习练；又说黄巾兵皆精悍，如此说来，青州黄巾人数既居于几百倍的压倒优势，且兵又皆精悍，操纵善于用兵，宁能“数开示降路，遂设奇伏，昼夜会战，战辄禽获”。据《三国志》卷11《国渊传》所说“破贼文书旧以一为十”的惯例，以上“黄巾众百万”的数字至少有十倍的夸大。仅从《武帝纪》就不难看到一些令人不敢置信的数字，如载同时俱起兵讨伐董卓的袁术及其他三个州六个郡长官，“众各数万”。在当时人民死伤离散的战乱情况下，六个郡国的兵力竟各达数万之多，是不合情实的。又如“诸书皆云操在官渡战役坑杀袁绍士众八万或七万”。裴松之以为“非其实录”。我们看书，应具体观察各种情况，不可根据片言只句，盲目相信书中数字。我以为青州黄巾军的人数应以袁绍所说“十万”为近是。至于操从青州黄巾中所挑选出来的所谓“精锐”者，在操军中究起多大作用？我以为也不能估计过高。当兴平元年（194年），吕布与操战于濮阳时，布“先以骑犯青州兵，青州兵奔”，致使操军阵乱，操本人几被活捉，说明青州兵是操军中的薄弱环节。据《三国志》卷17《于禁传》记述：当操军在宛受到降而复叛的张绣的突然袭击而致溃败时，青州兵乘乱劫人，被于禁加以制止。当官渡战役时，于禁只带领二千人“守延津以拒绍”。于禁为操手下五良将之一，所将士卒犹如此之少，青州兵自然不会更多，假若青州兵多于于禁所部，当青州兵在宛劫人时，于禁就不能那样轻而易举地“讨之，数之以罪”了。当然，曹操吸收一些青州黄巾加入其军队，无疑会使其军事力量有所增强，但并不能改变曹操军事集团为地主武装的事实。根据史书记载，操在起兵初期，除了其同族兄弟曹洪、曹仁、曹邵等领有家兵以外，其他地主武装，如谯县的许褚、中牟的任峻、钜野的李典、任城的吕虔等，都率领宗族、部曲数千或数百家参加。所以说曹操的军队还是以地主武装为骨干的。
操本人饶有雄图，他并不以占有兗州为满足。兗州为四战之地，各军阀对之亦虎视眈眈，所以一连串的战争随之而来。初平四年（193年），南阳方面的军阀袁术引兵进入州界，被操击败，逃奔扬州。
操父嵩于中平五年（188年）罢太尉官后，曾回谯县，因躲避兵乱，移居徐州琅邪郡。初平四年（193年），嵩又移家往兗州出发，嵩财物装满百余辆车，一路浩浩荡荡，行到泰山郡时，遭到徐州牧陶谦属下将士抢劫，嵩及少子德遇害。于是操以报父仇为名，大兴挞伐之师，接连攻下徐州十几个县城。陶谦退保郯县城（今山东郯城），操攻之不克，转而攻屠取虑（今江苏睢宁县西南）、睢陵（今江苏睢宁县）、夏丘（今安徽泗县）等县，“凡杀男女数十万人，鸡犬无余，泗水为之不流，自是五县城堡，无复行迹。初三辅遭李傕乱，百姓流依谦者皆歼”。
兴平元年（194年）二月，陶谦告急于青州刺史田楷，楷与平原相刘备来救，曹操军食亦尽，乃引兵还。同年夏，操留荀彧、程昱守鄄城，自己再次率军攻徐州，一直攻到东海郡，依旧大杀，所过残破。当操疯狂杀人之际，兗州发生了兵变，操部将陈宫与陈留太守张邈合谋，迎接屯兵河内的吕布入兗州，操闻，仓皇奔回。
这时兗州郡县多响应吕布，只有鄄城（今山东鄄城北）、范（今山东梁山西北）、东阿（今山东阳谷东北五十里阿城镇）三个县城由于荀彧、程昱、夏侯惇、枣祇等竭力保守，未曾沦陷，使操归来尚有立足之地。操一见程昱，就拉着他的手说：“微子之力，吾无所归矣。”
吕布攻鄄城不能下，屯于濮阳（今河南濮阳南），操曰：“布一旦得一州，不能据东平，断亢父（今山东济宁市南）、泰山之道（此谓阻操由徐州还兗州之道），乘险要我，而乃屯濮阳，吾知其无能为也”。遂进兵与布战。
这次操与布争夺兗州的战争是颇为激烈的：曹操首先于夜间袭破吕布屯于濮阳西的部队，尚未退还，吕布亲自率军前来搏战，自日出战到日落，始各引退。
操又进军濮阳，濮阳大姓田氏为反间，操得入城，特烧毁东门，以示必死，而无反意。但在城中战斗，操被布击败，布骑兵遇操而不识，问：“曹操何在？”操指另一骑马奔逃的人说：“乘黄马走者是也”。于是布骑舍操而追骑黄马者，操乃得逃脱。这时东门的火还在燃烧，操突火而出，左手掌被烧。操回营，忍着伤痛，亲自劳问军士，以安人心。然后传令赶制攻具，复进兵与布战。双方相持百余日，蝗虫起，百姓大饥，布粮食亦尽，各自退军。操还鄄城。布到乘氏（今山东巨野西），为县中大姓李进所破，东屯山阳（今山东金乡）。
这时袁绍使人说操携家居邺，其用意显然是让操去依靠他。操失兗州，军食乏，心中也有投绍之意。程昱劝阻说：“兗州虽残，尚有三城，能战之士，不下万人，以将军之神武，与文若、昱等，收而用之，霸王大业可成也。愿将军更虑之！”操乃止。
战争和屠杀，带来了人为的饥荒，这时谷一斛至五十余万钱，人相食。曹操为了节省军粮，只好遣退新募的吏兵。