至少在成立的最初两年时间里，耶鲁还没有学生自治机构。因此这些天之骄子觉得他们需要有其他的办法来承认精英分子。他们以一种奇怪的方式想出了最早的一些解决办法。从18世纪初期开始，学院和当地居民的关系恶化，演变为公开的敌对，尤其是针对那些空闲时间呆在纽黑文港口的水手们。1806年，一次斗殴升级成严重的骚乱，在此次骚乱中当地的居民称一位耶鲁的学生是“学院恶棍”。对此学生们反而觉得很高兴，并且以真正的耶鲁风格，将这种侮辱性的称号转变成了一个公开选举的职位。从那时起，每年学生们都要投票选举一名“学院恶棍”，而且每个班也要选一名班级恶棍。这位“恶棍”不仅仅要带头打架，而且在每次班级游行和聚会上都要担任领导角色，其作用相当于班长。起初，“恶棍”是一个班上最健壮的人，到了后来，每个班会选举一位主要恶棍（受欢迎的同学）和次要恶棍（最小的同学，在主要恶棍缺席的情况下充当副班长的角色）。每一位恶棍都会被正式授予一根精心镀金的“棍子”，或者说手杖。四年级的主要恶棍也是正式的学院恶棍，他装备有一件大型武器，成为恶棍棒。
很自然的，在每一年末，将恶棍棒从学院恶棍手中转交给三年级恶棍的过程就成了隆重的仪式。仪式上要举办许多活动，包括演讲、音乐和游行。但是到了19世纪30年代末，一些学生开始觉得，相对于选举班长、领导或主席，将一个班级的领袖称为恶棍太粗俗了。很快一个改革群体就发展起来了，并且选出了自己的领导以对抗学院恶棍。1840年毕业典礼的早上，这两位被选出来的学生领导决定用古老的方式来决定自己的权立，那就是——恶棍的方式。教师、警察和州地方法官都无法劝阻住斗殴的双方。那之后不久，校方就取消了这两个团体并且规定，从那时起，耶鲁不允许存在班级领袖。最后一位学院恶棍，同时也是1841届的一位骷髅会员，将恶棍棒存放在了骷髅总部，那是人们最后一次看见这根棒子的地方。
耶鲁学生区分自己最明显的方式很可能就是组建社团了。第一批主要的社团是一些文学社团，它们是无害、公开和不排外的。它们的作用仅仅是使学生们觉得自己属于比耶鲁社区更亲切的某个组织。一开始出现了克罗托尼亚协会，关于这个协会几乎没有任何文字记录，只知道该协会在1750年之前存在。1753年，在克拉普致力于在校园内提倡文学和演讲水平的努力下，荣誉学者俱乐部成立了，后来重新命名为利诺尼亚社团。这是一个大型、公开的文学组织，后来该组织吸纳了耶鲁的英雄，内森•；黑尔（美国独立运动家、爱国主义者，被英国以间谍罪处决——译者注）。1768年，七名高年级的利诺尼亚会员脱离了协会，成立了竞争性组织“统一兄弟联盟”。后来该联盟成了第一个吸收一年级新生的协会，而在那个年代，新生是没有地位的。（也许是偶然，也许不是——1768届是第一次学生们被按照名字的字母顺序而不是社会地位排名。）
统一兄弟联盟一成立，这两个文学社团就把学院分为了两个阵营，因为他们努力争取会员，每一位大学生都加入了两个协会中的一个。1801年，利诺尼亚和兄弟联盟达成一致意见，同意平分新生会员，这样可以节省下争取会员的时间和精力，具体办法是按照字母顺序轮流把新生分配给两个协会。1819年，利诺尼亚卷入了一宗激烈的政治斗争，斗争的结果是一名北方的学生被选为该协会的主席。为了表示抗议，利诺尼亚和兄弟联盟中的那些南方学生宣布脱离协会，成立了第三个文学社团，卡利欧琵协会（卡利欧琵是希腊神话中掌管史诗的缪司神——译者注）。这个协会一直未曾达到前两个协会的规模，但是也存在了好几年。卡利欧琵协会不用争取新生加入，相反，一般认为所有的南方学生都会自动投靠该协会。1853年，该协会成了第一个解散的主要文学组织。
各个协会的聚会场所设在一栋类似于哥特式教堂的建筑物相对两端的不同凹室里。每一年，协会要向会员收取大约八美元的会费。在周末的聚会上，学生们会举办辩论，举行演讲，作诗并表演戏剧。演讲和作文的主题包括，“16/99 的平方根是多少？”“既然所有的河流都流入大海，为什么海洋面积不扩大？”“是否应该向老处女征税？”这些聚会使学生们能够有机会讨论保守的课程安排中没有涉及的各种问题，例如当前时事。《美国大学和美国文化》一书的作者注意到这些社团的“辩论、图书馆和出版物是往往比正式的学术练习更有效的研究方式；它们拒绝吸纳某些学生的能力给已经被吸纳的会员一种被承认的满足感。”这些协会偶尔会举办一场展览，在展览上每个协会都希望在一系列活动中表现得比对手更优秀，这些活动包括原创的戏剧诗歌，悲剧和戏剧。最终，校方废除了这些表演领域的“奥林匹克运动”，因为学生们花在这些活动上的时间比实际上课的时间还要多。
这些文学社团是美国第一批大学生学术团体。1864年到1889年一直担任哥伦比亚大学校长的F。A。P。巴纳德这样写道，“我在耶鲁学院所接受的任何训练都不如我从自己所属文学协会的写作和演讲实践中所获得的经验更有益。”尽管这些协会的目标主要是培养学术品质，起初它们带来的最重要利益之一就是它们的图书馆。曾经有一段时间，耶鲁的图书馆很少开放，也没有自由借阅的权力，所收藏图书也主要限于保守的学术书籍。在那样的年代里，文学协会给人们提供了广泛的轻松阅读选择。
第1 章壮观的排场：耶鲁的奥秘骷髅协会
随着文学协会的日益强大，学生们继续涌入各种越来越排外的团体。1780年，美国大学优等生荣誉学会的康涅狄格州阿尔法分会在耶鲁秘密地成立了。该协会有定期的活动安排，起初只有成员才知道这些安排。1797年，一些学生成立了道德协会，这是个秘密协会，存在的时间不长，强调重教的重要性。1812年，一些学生创办了音乐协会，后来被称作贝多芬协会。19世纪20年代和30年代早期出现了菲尔兰拉莱恩协会，该协会主张人们应该克制饮酒量，最终完全戒酒。甚至在教师中也出现了社团热：1819年，西奥多德怀特伍尔西创办了六面体俱乐部。在该俱乐部举办的聚会活动上，协会成员要朗诵诗歌。1821年，一些学生对一位同学的衣柜感到震惊——“全套轻便、可更换的丝绸服装”——于是他们成立了莱克格斯（与斯巴达法典制订者同名，意寓纪律严格、生活朴素——译者注）协会，反对在生活、服饰和礼仪上过于奢侈和浪费。同年，著名的教授詹姆斯金斯利创办了曲达塞塔协会，目的是促进人们对于文学的兴趣。只有四年级最优秀的作者才能被选为会员。曲达塞塔每隔一个星期的星期二晚上聚会，内容是朗读和讨论文章，地点通常设在金斯利的家中。1831届的19位成员创办了菲尔高莱恩协会，也叫菲阿尔法。菲阿尔法协会存在了两年时间，每周在奥林奇大街的一个屋子聚会，目的是增进会员的即席演讲能力。菲阿尔法一直保持着神秘色彩。所有的会员都必须背诵以下的誓言：“在见证人面前，你和你们中的每一个人以自己的名誉发誓，你们将永不直接或间接地背叛、公开、揭露协会的人和规章、仪式和交易。”
到了19世纪30年代，文学社团开始渐趋式微。利诺尼亚和兄弟联盟都在1872年解散，当时它们的图书馆被移交给大学图书馆，直到今天，大学图书馆一个很受学生欢迎、舒适的阅览室中还保存着标有“L&B ”（即利诺尼亚和兄弟联盟的首字母缩略——译者注）的藏书。文学社团逐渐失去了学生的欢迎，尽管这是由于学生们已经有如此多的新机会可以加入其他组织，从而给自己一种归属感，但不可否认的是导致文学社团消亡的直接原因是一种更隐秘、更排他的耶鲁组织使它们黯然失色：那就是班级秘密协会。
骷髅协会就是第一支此类协会。该协会成立于1832年，只招收4 年级学生。协会由15名经秘密选举产生的会员组成。会员定期聚会——很快该协会就激起了学院的好奇。到了1840年，每个班至少都有一个协会。到19世纪后期，学院主要由三个著名的秘密高年级协会控制着，即骷髅协会、卷轴和钥匙协会以及狼首协会。这些协会努力强调年级差异是耶鲁经历最重要的组成部分，尽管当时“修理”制度已经开始衰落。但这些协会积极地控制会员身份，排除许多申请者，从而进一步缩小了差异，而这是那些大协会所未曾尝试过的。突然间，对于耶鲁的大学生来说，赢得辩论赛的冠军、在运动场上获胜或以优异成绩毕业已经不够了。这些协会很快就成了在耶鲁攀上成功顶峰的象征，大学生都希望加入。
很快，教师们就开始觉得自己也希望加入此类协会。在骷髅协会成立六年后，六位有名望的纽黑文当地居民，包括乔赛亚威拉德吉布和西奥多德怀特伍尔西成立了一个名为“俱乐部”的组织，这是一个为耶鲁教师中的精英分子所成立的社团，起初的目标会员也包括纽黑文知识阶层中的上层人物。一些外面的人称其为“老男人俱乐部”。这个俱乐部给大学的社交和知识精英们提供了25个终生的会员资格（会员的家属通常把该组织称为“老绅士俱乐部”）。最终成员中加入了包括威廉霍华德塔夫脱（1909至1913年美国总统——译者注）、后来担任康涅狄格州首席大法官的西梅翁鲍德温、学者托马斯贝尔然、神经外科大夫哈维库什和骷髅协会的创始人威廉鲁塞尔。
聚会每两周举行一次，内容包括晚宴——通常是扇贝牡蛎、冷舌、饼干、发酵饼、茶和咖啡——以及开发