他也和约翰一样，把舰队分为三个支队：他自己指挥中央，有78艘战舰和8艘突击舰（Galliot）。右翼为西罗克，有54艘战舰和2艘小型船舰。左翼为乌尔齐，有61艘战舰和32艘小型船舰。预备队有8艘战舰和21艘小型船舰。
大约在九点半的时候，双方舰队慢慢接近了。阿里拉直了他的新月阵线，因为他发现在敌军的前方有大型巡察舰，使他受到了炮击。因为出乎意料以外，所以他头脑混乱，普尔陶劝阿里作背进运动以引诱敌舰队追击，这样可以使他们的的阵线混乱——这是土耳其人的惯技。但是阿里拒绝如此行事，因为这和苏丹的命令相违背。于是继续前进，土耳其人一路高声怪叫着，突然他们看见了一道闪光：约翰的部下从跪下的姿势站立起来，各就战斗位置了。
当战斗开始时，大约是十点半钟刚过，两支舰队的位置有如下述：联军左翼略向前，其左端距海岸尚有相当的距离，因为巴尔巴里哥对海岸线不熟悉，害怕搁浅。在它的右方，中央支队差不多是平行的。但因土耳其舰队的左翼伸过了联军舰队的右翼，多里亚因为害怕被包围，遂将他的支队朝对角线方向外驶，于是在他的极左翼和约翰的极右翼之间，产生了一个一英里多长的缺口。左翼和中央的四艘巡察舰都已经在前方四分之三英里的位置上，但右翼的那两艘则仍在斯克罗法角附近。预备支队也到达了其应在的位置，周围环绕着小船，以便接运部队往前线供增援之用。此时，土耳其舰队的右翼也比中央略为前进，而他们的左翼在乌尔齐指挥之下也向对角线外驶来以对抗多里亚的行动。这几个运动的结果遂使会战分为三个独立的部分：最先是巴尔巴里哥对西罗克，其次在大约半小时后，是约翰对阿里，最后又隔了一小时，才是多里亚对乌尔齐。
十点半钟时，土耳其舰队右翼进入了左翼两艘巡察舰的射程之内，它们立即发出毁灭性的火力，使西罗克的支队发生了混乱，其右翼被迫向岸边退却。但因为他们对这些海岸线极为熟悉，所以就奉命靠近岸边，以来迂回巴尔巴里哥的左翼。巴尔巴里哥看清了敌人的意图，知道那里的水深既能容土耳其舰航行，则他也还可以活动，于是命令船舰也向岸边侧行，结果只有六七艘敌舰到达了他的后方，其余均被截断。此时，在奎里尼（Marco Quirini）指挥下的巴尔巴里哥支队右翼尚未与敌接触，因为敌人的左翼正想随着他们自己的右翼行动。抓住这个机会，奎里尼调过他的兵力，像一扇“正在关闭的大门”一样，打击在敌舰队的背上。同一时间之内，巴尔巴里哥的旗舰与五艘敌舰缠在一起，矢石俱下之中，他的眼睛负了重伤。由于指挥丧失，曾经一度引起混乱，而更糟的是他的侄子康塔里尼（Marco Cantarini）刚刚接替指挥，又马上被击倒了。最后，拉尼（Frederigo Nani）接过了指挥权，与奎里尼合作，把土耳其舰队右翼的全部舰只都赶到了岸边。土耳其人放弃了船只，登陆逃走，在追击之下全部被歼灭。所以联军左翼的胜利可以算是完全了，没有一艘敌舰能逃得掉；西罗克在重伤之下，也成了俘虏。
大约在半小时之后，约翰支队前面的巡察舰也发出了有效的火力，把阿里的支队击散，他们分成了几个集团，拼命地划船，想逃避这种火力。此时，约翰的支队则缓缓划进，在鼓角节奏之下，维持着完整的战线。大部分的土耳其炮弹都从他们头上飞过。双方靠拢了之后，彼此正面相对，因为联军船头上的长喙已经拆除，所以炮手射击大感便利，使土军遭到优势的火力。阿里命令他的舵手向约翰的旗舰直撞过去，它船上的长喙与帝权号的索架绞在一起。阿里的船上装有四百名精兵，在其后面随着十艘战舰和两艘小型船舰，最近的用梯子与该船连接在一起，以便兵力可以源源补充。约翰后面也随着几只船，同样可以补充兵力。
沿着整个中央战线，现在发生了普遍的战斗。以双方旗舰的格斗为中心，许多船舰都分别靠拢了。阿里的人员两次爬上了帝权号，都被船上的三百名火枪手所扫退，约翰的人员也两次爬上了阿里的旗舰，也同样被击退。当费尼罗把他的人员送往帝权号上增援时，从克鲁兹的预备队中又拨了二百名生力军来给他。差不多在同时——已经近一点钟——科伦纳已经击毁了普尔陶的座舰（正在燃烧），就把他的船拢着阿里的，用火枪扫射它的甲板。联军发动了第三次的突袭，一颗弹丸击中了阿里的前额，他倒在划手中间的跳板上。有一个马拉加的士兵发现了他，立即割了他的首级，大声高喊了起来。于是土军全部瓦解，旗舰被俘，中央支队完全被歼灭了。
此时应该记着的是，当大约10时30分的时候，多里亚的支队正在向南航行，于是缺口愈拉愈大。同时，乌尔齐也采取了同样的行动，因为他有93艘船，而多里亚只有64艘，所以他的危险性要较小。虽然乌尔齐的原有意图似乎只是迂回敌人的右翼，但现在因为有这个缺口出现，他又多了两条可以选择的路线：直向多里亚支队进攻，从两面包围他，或者把航向由南改为西北，钻入这个缺口，像亚历山大大帝在阿贝拉会战时一样击在敌人的背上。他是一个能干的战术家，因为发现其中央支队已经面临危机，所以决定采取后一条路线。他突然变换航向，拼命地加速，从缺口中直趋约翰的右翼。这里是由墨西拿“院长”（Prior of Messina）久斯提尼（Giustiani）所据守；他夺获了这些舰只，把它们拖在后面，并把敌旗升在自己的桅杆上。卡尔多拉从预备队中率领了八艘西西里战舰，赶来援救久斯提尼，也受到了乌尔齐十六艘战舰的攻击，于是发生了整场会战中最激烈的战斗。卡尔多拉重伤，他的部下五百人中，只有五十人未负伤。其它的舰船受到的损失甚至更大：教皇的“佛罗伦萨”号，不仅所有的武士战死，连一切的士兵和奴隶也都差不多；圣约翰（San Giovanni）号也是战到了不留一人。
此时多里亚已经发现他自己所铸成的大错，立即拼命赶回来迎战。但是当他尚未赶到之前，克鲁兹已经率领了所剩下来的预备队先赶到了，同时，约翰在中央已经大获全胜，也立即集合了十二艘战舰来帮助克鲁兹。乌尔齐不敢应战，悬着敌旗，率领十三艘舰船划过克鲁兹的船头，逃向圣莫拉（Santa Maura）去了。到了夜幕将垂时，到达了普里维萨（Prevesa），一共搜集了残部共35艘舰船，回到了勒班陀。约翰起初想追击，但因天气又有转劣的趋势，所以决定进入佩塔拉（Petala）港避风。他的舰队和捕获的舰船于夜间到达该处。
当船一停了之后，就有人指控多里亚有通敌嫌疑。据说因为他 ＇ 注：扫校者附注：多里亚是热那亚人 ＇ 仇恨威尼斯人，所以希望会战失败。但实际上说他是被敌人所乘，还比较合理。
不管怎样，这总还是一次压倒性的胜利。第一应归功于教皇庇护五世，若无他的坚持，则同盟根本就不会组成。第二就是约翰。他的使用巡察舰，要算是一个杰作。虽然它们很笨重，可是其巨大的火力却证明划桨战船已经快要没落了。勒班陀是参战数量最多的一次桨帆战舰会战，它的战术还是和古代差不多的；此后，风帆和侧面的火力就代替了桨和正面攻击了。所以从海军史的观点上来看，勒班陀代表一个时代的结束。最后，约翰决定混合他的人员也是成功主因之一，否则这个会战也许根本打不成。
损失是非常的惨重，这也是古代海战的惯例，因为一经接触之后，即无法摆逃。双方战斗人员共十七万二千人——联军八万四千人，土耳其八万八千人。前者损失为一万五千人（死伤淹毙都在内），沉船12艘，被俘1艘。后者的损失估计为船只损毁113艘，被俘117艘，杀死三万人，俘虏八千人，淹死无算。基督徒奴隶一万五千人获得了自由。此外，约翰也夺取了274门火炮和巨大的财富，因为土耳其将领身上都很有细软。在阿里的船上，搜到十五万枚金币（Spuins），另一艘船上也有四万枚。
10月17日，一艘叫作“天使”的战舰开入威尼斯，报告了胜利的捷报。自从第一次十字军之后，从来不曾引起到如此的宗教狂热：在基督世界中，到处都传播着土耳其人被击败了的佳音。教皇决定把这个胜利当作永久性的节日来纪念，直到今天罗马仍然遵守这个规定。画家、雕刻家、诗人都来歌颂赞扬这次胜利，几多年后，这场会战仍然是基督世界谈论的对象。
当这个惨败的消息传到了君士坦丁堡，回教徒都大为震惊。这时只要有五十艘基督徒的战舰开来，则他们就会弃城而逃了。
这也是约翰希望在明年的战役所能达到的目的。他回到了科孚岛之后，留下了威尼斯舰队，自己于11月1日回到墨西拿，解散舰队过冬。1572年5月1日，教皇庇护五世逝世，从此同盟即丧失了生命。虽然如此，在该年六月间，西班牙和教皇的舰队还是在墨西拿集合，准备与科孚岛的威尼斯舰队一同进攻。
此时，塞里姆又建立了一个新舰队，有战舰150艘，此外他又增建了八艘巡察舰。但是舰船都是赶造的，木材还是青的，火炮也无用，人员更都是生手。假使同盟的舰队能有果敢的运用，则无疑又可以获得第二次的大捷。但是事实却不如理想。
又是法国人作梗。法王查理九世不仅在西班牙所属的日德兰制造叛乱，而且在1572年的冬天里，派了一个最能干的外交家阿奎斯主教（The bishop of Acqs）到君士坦丁堡去，要他尽量促成土耳其与威尼斯的和解。此外，查理又想控制阿尔及尔，这个威胁使菲利普二世不得不把约翰军力的一半留在墨西拿。其余一半舰队与教皇舰队一起，改由科伦纳指挥，再开往科孚岛。接着发生了两次不成熟的战役，土耳其的新统帅马尔奇都是拒绝交�