天真是渡日如年啊！幸好孙恩行军缓慢，刘牢之等赶得及时，才算把他撵跑了。如蒙大赦的司马元显连忙以晋安帝的名义下诏，褒奖桓玄的忠心，但既然贼寇已经败退，就不用再兴师动众了！
虽然桓玄一时没了借口，只得暂时罢兵。但该来的终究会来，司马元显不能不早作准备。首先，目前这种危险的僵局必须打破，为了解除家门口的威胁，为了不给桓玄东下提供口实，一定得把孙恩从郁洲赶出去。而要完成这一任务，还有谁比冉冉升起的北府新星刘裕更合适的人选呢？于是在这一年的八月，司马元显下诏，屡建战功的刘裕终于被提拔为建武将军、下邳太守，正式成为高级将领，并受命组织水军进攻郁洲，讨伐孙恩。
当初刘裕只能指挥几百兵的时候，孙恩已经不是对手，现在他终于能指挥一支象样的军队，孙天师当然更招架不住。两军在郁洲一番交战，孙恩战败，被迫弃郁洲南下（被俘虏的晋将高雅之，可能也在这时又被刘裕解救了出来）。十一月，孙恩退到沪渎，又被刘裕追上，于是第二次沪渎会战，孙恩军大败，继续南撤。接着在海盐再战，孙恩军又一次被刘裕打败，再无力支撑，只得再次逃往舟山群岛，结束了他最有野心的第四次登陆作战。
第二次郁洲会战、第二次沪渎会战、第二次海盐会战，三仗下来，孙恩军阵亡及被俘达数万人之多。他虽然号称有十几万部众，但那是所有手下教徒，男女老少拖家带口一起算的数字，真正能用于作战的，也就几万人，经此惨败之后，元气大伤，一蹶不振。
从整个孙恩第四次登陆作战的经过来看，那种认为孙恩军不过是一群乌合之众，不堪一击的观点是值得商榷的。其实，只要去掉和刘裕交战的部份，孙恩与晋朝正规军的作战经历其实是胜多败少，打败过的晋将前有谢琰，后有袁崧、司马元显、高雅之等，不能简单的用无能之辈来看待我们孙天师。孙恩之所以给人留下无能的印象，只是因为他太倒霉了，偏偏遇上刘裕！
九年前，前秦君主苻登与后秦主姚苌在安定交战时，惊于姚苌的狡诈，曾叹息说：“此为何人，去令我不知，来令我不觉，谓其将死，忽然复来，朕与此羌同世，何其厄哉！”其实只要换换人名，孙恩更有资格说这样的话。
刘裕因为在对付孙恩此次战争中的卓越表现，名声和地位都迅速拨高，等孙恩逃回海岛时，刘裕已越过了众多的老将，威望在北府军中仅次于刘牢之了。而刘牢之表现却大失水准，行动迟缓，反应迟钝，无复当年的英勇果敢，给人暮气深沉的感觉，也许这正意味着北府即将迎来新的时代吧？
西晋军队分为中军（即禁卫军）、外军和州郡兵。中军直属中央，编为军、营，平时驻守京城内外，有事出征。驻在城内的中军为宿卫兵，由左、右二卫负责宫殿宿卫，其他军、营担任宫门和京城宿卫。驻在京城外的中军称牙门军，无宿卫任务。中军力量强大，晋初多达36个军，总兵力不下10万人。
外军驻守重要州镇，由都督分领。晋武帝为加强王室对军队的控制，用宗室诸王充任都督，出镇四方，并允许诸王置兵，大国三军5000人，次国二军3000人，小国一军1500人，成为外军一个特殊组成部分。州郡兵是地方武装。晋武帝平吴以後，曾下令诸州取消州郡兵，仅置武吏，大郡100人，小郡50人，用以维持治安。但是，实际上取消的州郡兵甚少。
军队的最高长官为都督中外诸军事。下有中军将军（後改为北军中候），总领宿卫兵；左、右卫将军，统宫殿宿卫兵；领护等将军、校尉，分统宫门和京城宿卫兵；四护军分统城外中军。又有都督各州诸军事和征、镇、安、平等将军，分统外军。
东晋沿袭西晋的军事制度，但有许多重要变化。由於皇权衰微，导致中军寡弱，宿卫军、营往往有名无实。而统率外军的都督、刺史却拥兵自重，跋扈一方。尤其是长江上游的州、镇，兵势之强往往超过中央。同时，东晋的兵员多用募兵制解决。如参加淝水之战的北府兵，多是由广陵（今扬州）一带招募的。此外，也征发民丁为兵户。
元显西讨
由于刘裕等人的奋战，孙恩的威胁暂时是解除了，司马元显终于松了一口气。但这一番战乱，朝廷控制的地区几乎全被波及，经过孙恩军与大多数政府军的来回扫荡，各地均残破不堪，百姓逃亡，引发了从三吴到建康的全面饥荒！今年，建康已经不健康，地主家也没余粮了！
正常状态下，这样的困难也不是无法克服的，一方有难，不是还可以等着八方支援么？但幸灾乐祸的桓玄怎能忍心无所作为，放弃这个落井下石的好机会？他收拾司马元显的方法是今天老美最常用的一招——经济制裁：桓玄一声令下，长江航道被封锁，层层关卡被设立起来，禁止任何人将粮食和其他重要物资从自己控制下的荆、江、雍等州运往建康及三吴。
有了桓玄的雪上加霜，晋朝中央政府更加困难，不论官府和民间，物资都极度匮乏。正常的工资已经发不下去了，连司徒以下的高级官员们都实行了配给制，每天都只能领到七升米充饥。政府军的普通士兵自然就更惨了，只能领到用糠皮和橡果充当的军饷，食不果腹。然而，再穷不能穷首长，再苦不能苦领袖。尽管面对如此困难的局面，但司马元显依然不愿亏待了自己，仍旧挥金如土，奢侈放纵，他不论吃穿用度，都是最好的，超过了皇帝司马德宗的标准。反正那个白痴也鉴别不出生活品位，给他也浪费不是？至于这么做，别人会用什么眼色看他，他就不关心了。
司马元显，这个原本聪慧的二十岁少年，因为过早地被放置进了权力溶液的腐蚀之下，本就不是什么真金的他已经彻底堕落了。他不知道或者是不愿意知道，他在掌权之初获得的那一丁点儿声望早被孙恩之乱透支了；他不知道或者是不愿意知道，他少年得志，任用群小，瓜分肥缺，早已招来了同样贪婪的世家大族们多少嫉妒的目光；他不知道或者是不愿意知道，他不加节制的穷奢极欲正让忍饥挨饿的士民官吏对他滋长着越来越高的怨恨；他不知道或者是不愿意知道，征招“乐属”，暴露了他政治的低能，迎战孙恩，暴露了他军事的低能，而这些都已被心怀叵测之辈看在眼里，记在心上。他只是一头扎进身边的马屁军团们用谄媚建成的“盖世英才”的幻境中，继续自欺，且欺人。
见到这样的“喜人”景象，桓玄觉得自己赶超父亲成就的机会差不多到了，不过他很小心，先用笔杆子进行一下舆论攻势，试探一下再说，一封问责信就此送向建康：“此次盗匪进逼京都，社稷几乎不保，只是因为逆风阻挠，前进困难。后来又因为连绵大雨，粮食吃尽，他们才不得不退，并不是被朝廷打败的。当初，王国宝死的时候，王恭并没有乘机接管朝政，足以证明他对朝廷的忠心和对会稽王你的敬重，可你竟然指控他叛逆，加以杀害！到如今，窃据国家要津各级官员们，人望美誉堪比王恭的，还有谁？并不是这样的人再没有了，而是这样的人得不到应有的信任和重用，这就是造成此次大祸的根本原因了！朝中的官员们，统统敢怒而不敢言，我因为正好在外地任职，所以才敢实话实说！”
虽然收信人一栏写的是会稽王司马道子，但首先看到信的人当然是司马元显。不难想象，看过信后，年轻的会稽王世子那又惊又怒又怕的表情，他立即招来身边马屁军团中含金量最高的马屁精—庐江太守张法顺商议对策。
张法顺说：“桓玄继承父辈留下的资望，一向有雄豪之名，现在又兼并了殷仲堪和杨佺期，已独霸荆楚之地，殿下还能控制的地方，就只剩下三吴了。可偏偏又发生孙恩之乱，使得东边郡县残破，民众伤亡惨重，公私困乏。桓玄定然会利用这个机会作乱，这正是让我深感忧虑的事啊！”
司马元显给了他一个白眼：这还用得着你说？现在是问你该怎么办。
张法顺接着献计：“桓玄虽然以诈术夺取荆州，但为时还不久，当地的人心还没有完全归附，其人力物力还不能为其所用，他得花一段时间来安抚。如果乘此时机，以刘牢之做先锋，殿下再率大军跟进，挥师西征，一举荡平桓玄并不是不可能的事！”司马元显认为这个办法不错，但毕竟事关重大，心中还有些迟疑。
谁知没过几天，一封密信送到司马元显手中，使他最终打消了疑惑，决计出兵。写这封密信的人，是第二次昌道内战的导火索，前豫州刺史庾楷。
当初庾楷因为不满朝廷削他的地，且觉得昌明党更加得势，便背叛了原老板司马道子，倒向王恭、殷仲堪一边。没想到一场豪赌下来，输了个底朝天，王恭竟然被干掉了！自已的豫州也丢了个干净，被迫投靠桓玄。桓玄对他还算是不错的，刺史自然是不能指望了，但还是给了他一个武昌太守职位。虽然从省长降为了市长，但作为大名还列在朝廷通缉要犯名单中的庾太守来说，能弄一个降职调动，异地为官，也该知足了。
但要能知恩图报，那就不是庾楷了。大概因为有了上次的教训，庾太守认为还是站在朝廷一边更把稳一点，眼见桓玄一步步走向和朝廷摊牌的架式，担心会连累到自己，决定秘密向司马元显靠拢。在密信中，庾楷大肆抵毁他现在的恩主桓玄，声称桓玄已经丧尽人心，部下都不肯听他的命令，建议朝廷出兵讨伐，自已愿意充当内应。只是庾太守此时可能没想到，这次，他又掷错鹘子了…
司马元显得信之后，自然大喜，立即命令张法顺前往京口，与刘牢之商议出兵西征的事。刘牢之对此事却不热心，他认为此时桓玄已经非常强大，不容易对付。尽管接到如此回报，司马元显也没有放在心上，觉得自己仍然有足够的能力让刘牢