人情知不妙，忙草拟圣旨，急调刘裕大军班师。
由于南燕刚刚被击灭，广固刚刚被强制拆迁，地方形势还不是很稳定，为了不让刚到手的桃子又被别人摘了去，刘裕灭燕之后并没有马上南归，仍在当地停留了二十一天，甚至放出话说：要经营下邳，并以此为基地收复河南、关中！用来震慑后秦、北魏，使他们不敢轻举妄动。
同时，刘裕着手组建收复地区的地方政府机构：为笼络当地望族，南燕降臣韩范被任命为都督北青州（因东晋早已在广陵设置过侨置青州，此时刺史为诸葛长民，南燕灭亡后其地改称北青州，原侨置青州改称南青州）八郡诸军事兼燕郡（今山东青州）太守，另一降臣封融也被任命为勃海（今河北南皮）太守。但实权还是要掌握在自己人手里的，所以同时任命长史羊穆之为北青州刺史，处理民政，大将檀韶为琅琊太守，作为驻防晋军的武力后盾，并让心腹谋臣刘穆之暂留，通盘处理善后事务。
豫章之战 下
二月二十六日，得到紧急诏书的刘裕得知南方军情严峻，正式率北伐大军南归，但辎重众多，行军速度仍然很慢。
就在刘裕大军缓慢南归的同时，南方战局正迅速向不利于晋军的方向转化。驻防寻阳的江州刺史兼镇南将军何无忌，在得到徐道覆军北上的消息后，立即命令，全军南下迎敌。
对于何无忌的此项命令，他的手下多不赞同。长史邓潜之进言说：“刘公不在，国家是安是危，就看将军此次出击的结果，不可以不慎重。听说卢、徐叛军舰船精良，又是据上游顺流而下，势难抵挡，我军最好不要与之正面争锋。方今的上策，莫过于决开南塘的堤防，使赣江水位下降，叛军的大船行进就会变得困难。然后集中兵力扼守豫章、寻阳二城，坚守不战，他们绝对不敢绕过我们进攻建康。我军养精蓄锐，待叛军筋疲力尽，再寻机攻击，才是万全之策。如果轻易将成败系于一战，万一失利，就追悔莫及了！”
参军殷阐也劝阻说：“如今卢循的部众，或者是三吴一带的老贼，全都身经百战，或者是在始兴一带招募的亡命之徒，敏捷好斗，都不是好对付的，不可以轻视。将军最好驻守豫章，同时招集分散在各郡县的军队，等大军会合后，再与其战也还不算晚（从这条建议也可证明江州晋军分布是很散的）。如果仅以现在这点兵力，轻率前进，恐怕会得到让人后悔不已的结果。”
尽管有二人苦劝，但据史书记载：何无忌全不接受，只是未提不接受的原因。在下推测：一、是时间来不及。徐道覆军是从南康顺流而下，何无忌军是从寻阳逆流而上，双方速度不一样，邓潜之和殷阐的计划都提出要抢先扼守豫章，但实际上南北对进的两军相遇地点正在豫章，而豫章的晋朝守臣早已逃亡，何无忌已无先手优势，难以在徐道覆攻城前完成防守部署，更不用说决开南塘的堤防了；二、是何无忌轻敌。不管卢循还是徐道覆，都曾屡败于刘裕，被打得上天无路，入地无门，只剩下遁海有术，才得以逃生。对这群北府军的手下败将，有什么值得害怕的？
三月二十日，何无忌军与徐道覆军在豫章附近的赣江中迎头相遇，徐道覆沿河西岸布水阵，何无忌部在其东面。没经过半点犹豫，何无忌立即率江州水军向西面的五斗米道军发起攻击。徐道覆事先已有布置，抽出数百名弓弩手埋伏于西岸的小山之上，此时不慌不忙，让本军稍稍后退，将晋军诱入弓弩手的**程范围，然后一声令下，箭如雨下，本军战船也回身反攻，两面夹击晋军。晋军由于战船偏小，士兵缺少甲板保护，只能以盾牌掩护，但挡得了上边，就挡不了前边，顿时陷入被动。激战了片刻，更糟糕的事发生了，战场上突然刮起了强烈的西风，晋军的小船纷吹向东岸，已不成阵式。徐道覆自然不会错过良机，立即借助风势，出动楼船（中国古代一种具有多层建筑和攻防设施的大型战船，外观似楼，故称楼船）猛烈撞击晋军小船，只要碰上，晋军小船无不被撞翻，在此状况下，晋军大溃，纷纷弃船逃生，完全丧失了抵抗能力。
何无忌发现败局已定，不愿做逃将军，厉声喝令左右：“把我的苏武节拿来！”（指旌节，是中央权力的像征物，由八尺长的竹杆做柄，上带三重由牦牛尾巴制成的装饰物。因汉代使臣苏武出使匈奴，被扣十九年，持节不辱，故后世以“苏武节”代指忠臣的气节）。身边的人把旌节送上来，何无忌便手持此节，奋力督战，决不后退一步，直到徐道覆的军队从四面围定，冲上他的座船，将他打死于船上。作为京口举义的主要首领，建康政府三巨头之一的何无忌本非无能之辈，却终因自己的一时轻率付出了沉重的代价，也替徐道覆洗刷了他遇北府军便不胜的历史，成就名将之名。得手之后的徐道覆继续北进，大约在三月底，攻占寻阳。
差不多与此同时，卢循所率的五斗米道西路军也进展顺利，连下桂阳（今湖南郴州）、湘东（今湖南衡阳）各郡，然后在长沙（今湖南长沙）击败荆州刺史刘道规。刘道规被迫收兵退保江陵，卢循乘胜追击，一举攻克巴陵（今湖南岳阳），从而切断了荆州与建康方面的联系。就这样，在卢循与徐道覆开始北伐之后约两个月内，五斗米道军团就攻占了大致相当于今天湖南、江西两省的地盘，并歼灭何无忌军团，重创刘道规军团，战果赫赫！
第二次桑落洲会战 上
祸事就像天上的比翼鸟，地上的连理枝，一般总是手牵着手成对出现，羡杀人间王老五，故而某位古代婚介总结之：“祸不单行”，意思就是说坏事全有伴儿！晋军南撤这一路上走得本来就很不顺利，才开拔不久，就发生了瘟疫，于是军中除了伤员，多是病员，就少无伤无病的指战员，不得不一路拖拉，行军宛如龟兔赛跑。刘裕只得在下邳（今江苏睢宁县西北）重新编组，将辎重粮秣和大部份伤病将士送上船，安排他们走水路南下，自己率少量身体健康的精锐步卒由陆路步行南归。结果才走到山阳（今江苏淮安），刘裕就惊悉至交老友何无忌战死的事，结伴的坏消息如期而至了。
在晋朝军界三巨头中，何无忌为人较低调，而且一向与刘裕关系亲密。在处置刘敬宣征蜀失利和殷仲文谋反事件中，他都是刘裕的政治盟友，密切合作，有力地压制了另一巨头刘毅。如今他身死豫章，于公于私，都是刘裕的重大损失。不过，震惊之余，刘裕暂时已来不及为老朋友的死伤心了，他更担心在此噩耗之下，建康会不会失守？虽然在姑孰（今安徽当涂）还有刘毅的两万大军，但既然连何无忌的江州军团都能这么快就没了，还有什么事是不可能发生的？
于是，刘裕下令将士抛弃铠甲，加快速度，轻装疾进。同时与数十人骑上快马，离开大军，昼夜兼程，以最快的速度赶往建康。当刘裕一行到达长江北岸渡口时，见到刚从建康跑出来的行旅客商，便向这些人打听建康此时的情况。旅人回答说：“现在卢循还没有到达，京城暂时还没有事，如果刘公能够及时赶回来，那就什么危险也没有了！”刘裕听罢大喜：老天保佑，还算及时，既然情况如此，那就不能再耽搁了，他立即召呼左右，马上渡江。但此时天气不太好，江面上风浪很大，摆渡很不安全，众人都有些畏惧，想等风停再走。刘裕不顾众人反对，踏上船板厉声说：“如果上天还眷顾大晋，风浪自当平息。如果天命要让大晋亡于此变，那我让江水淹死又有什么了不起的？”说罢下令船夫开船。如有天助，船刚离岸，风浪就大为减弱，刘裕一行遂平安到达南岸。
果然不出刘裕所料，不久前何无忌战败阵亡的事传到建康，大晋王朝的京城就陷入了一遍恐慌之中，当时就有大臣主张奉安帝出逃到江北，去投奔刘裕，等后来弄清楚卢、徐军队距离建康还很遥远（估计不少大臣连地图都不会看吧），混乱局面才稍稍有所缓解。几天之内，南青州刺史（原驻广陵）诸葛长民、刘毅的族弟兖州刺史刘藩、刘裕的二弟并州刺史（原驻石头城）刘道怜都率军进驻建康，不过这三位都是侨置州刺史，实力较弱，三路合兵也不过几千人。四月二日，刘裕抵达建康，有了他的坐镇，京城的人心才总算安定下来。
因为这次捅的大篓子，在很大程度上是由刘裕执意伐燕造成的，为了给不满他的人一个说法，表面工作是非常重要的。所以刘裕一回到京城，便上书晋安帝，为此次卢循北上、江州沦陷的大难请罪，并引疚辞职！看不懂奏章的安帝司马德宗非常“恳切”地下诏：不许，国家人民需要你啊，你怎么能抛弃国家人民呢？既然天子都这么说了，那旁人自然也不好再说闲话了。
自然，画饼当不了饭吃，忙完了务虚工作，务实工作当然更重要：刘裕需要尽快恢复京城的防御力量，迎击卢循军队即将到来的进犯。现在情况不容乐观，北伐的晋军主力几乎都在路上，一时还回不来，让刘裕难为无米炊。不过幸好距建康不远的姑孰，有刘毅的豫州军团还完好无损，只要用好了这支军队，目前的困难就不难克服。只是还有一个不确定的大问题：刘毅会听从自己的指挥吗？
第二次桑落洲会战 下
且说豫州刺史南平郡公刘毅，前些日子正好卧病在床，故而没对卢循、徐道覆的北上做出任何有力的回应，可能也不认为他们真能掀起多大的浪头。不料几仗打下来，卢、徐军队竟然节节胜利，眼看着因刘裕固执北伐而惹出的祸越闹越大，自己的豫州军团已成为阻止卢循军队进军建康的最大长城，一股天降大任于斯人的豪迈在刘毅心中油然而生：我刘希乐终于走到了聚光灯的中心，天下风云就要看我来斥叱了！
虽然有了何无忌的前车之鉴，但刘毅仍然不把卢循等人放在眼中，�