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王镇恶、檀道济进入后秦境内，所向披靡，后秦徐州刺史姚掌和兖州刺史韦华相继投降，随后晋军又攻克许昌。王仲德的水军进入黄河逼近滑台（在今河南滑县东滑县城，北临古黄河，军事要地。后为北魏四镇之一），魏守将兖州刺史尉建弃城渡河，王仲德占据滑台，魏人斩了尉建投尸黄河。
到了十月，后秦洛阳守将陈留公洸被迫出降，檀道济进入洛阳。朝廷下诏派遣高密王司马恢之祭扫五帝陵（晋之三祖宣、景、文陵墓和晋武帝、晋惠帝陵），太尉刘裕让冠军将军毛修之戍守洛阳，主持司州事务。
十一月，刘裕派遣左长史王弘回建康讽朝廷求九锡。九锡，是天子赐给诸侯、大臣的九种器物，是一种最高礼遇。魏晋六朝掌政的大臣将要夺取政权、建立新王朝都会沿袭王莽篡汉先邀九锡故事，后来以九锡为权臣篡位的先声。当时刘穆之留任京都，他见王弘带着旨意从北方来，自觉迟钝——刘公那么信任自己，而自己却不能体会刘公的心意，刘公岂不要责怪自己不够忠心吗？于是在忧惧之中病。
十二月，朝廷下诏以刘裕为相国、总百揆、扬州牧，封十郡为宋公，备九锡之礼，位在诸侯王之上，刘裕对朝廷给予他的厚礼又辞让不受。这都是他学前人的样子：一方面要给自己造势，另一方面又摆出高姿态以赢得声誉。
义熙十三年（公元417年）正月，刘裕率领水军从彭城（今江苏徐州）出，带着被封为桂阳公的次子刘义真，一同前往，留下第三子彭城公刘义隆镇守彭城，朝廷随即任命刘义隆为徐州刺史。
其后刘裕的大军从淮河、泗水进入清河，然后再进入黄河，溯流西上，他们派使者向魏人借道，魏主拓跋嗣派十万兵驻扎黄河北岸以防晋军入侵。在刘裕西行的过程中，魏兵数千骑兵始终沿着北岸监视晋军西行，晋军船只有因风漂流到北岸的，魏军就杀了船上的军人，这大大激怒了刘裕，他令壮士丁旿带领七百人渡河，在岸边摆好却月阵，然后张设大弩，魏军包围他们，大弩用不上了，他们又改用大锤锤击短矟，一矟能贯穿三四个人——矟是一种长杆的矛；截断长杆就成短矟。魏军不能抵挡，崩溃，晋军乘势追击，杀死、俘虏了上千人，临阵斩了魏的冀州刺史阿薄干。
晋各路军虽有阻碍，但总势节节向前。
四月，刘裕到达洛阳。七月，进入陕县（在今河南三门峡）。
八月，刘裕进入潼关。此时王镇恶率领水军从黄河进入渭水，直趋后后秦都城长安，后秦军奋力抵抗，王镇恶身先士卒，在长安东北的渭桥大破秦军，前来援救的秦主姚泓单马逃回宫中。王镇恶攻破北门，姚泓见大势已去，不得不带着他的妻子儿女和群臣到王镇恶的军营门前投降。
九月，刘裕进入长安，他对前来迎接的王镇恶说：“成就我霸王大业的，是卿啊！”
刘裕把收缴来的后秦的彝器、浑仪、记里鼓、指南车等送往建康，其余金玉珍宝都奖赏给了将士，而对前来投降的后秦贵族，刘裕把他们都杀了——他的这一做法往往为世人诟病。原先逃亡后秦的司马休之和鲁轨等尽皆逃亡北魏。随后，刘裕又把姚泓送往建康，斩之于闹市。
至此，后秦历三帝三十四年而亡。
在前后八年的时间里，刘裕灭了北方十六国中的两个国家，这在建都江南的政权里，还没有人能做到。
刘裕原准备继续经略赵、魏，即平定中原，这时留守京都的刘穆之病亡，刘裕觉得根本无所托，或许会出现意外，于是决定尽快东回，留下十二岁的次子桂阳公刘义真镇守长安，任命他为安西将军、雍州刺史，同时留下心腹将领辅佐他：太尉咨议参军王修任长史，王镇恶任司马兼冯翊太守，沈田子、毛德祖任中兵参军。
三秦（秦王朝灭亡，项羽把秦故地关中三分）父老听说刘裕要东归，失望之余流泪挽留：“残民不沾王化，至今百年；见王师奏捷，人人相贺。长安十陵是公家坟墓，咸阳宫殿是公家室宅。为何弃此东归？”刘裕闻言叹息，但不得不离开长安。
——历史往往是相似的。六十年前，桓温率领晋军在关中打败前秦取得巨大胜利，三秦父老感动流泪：“想不到我们还能在活着的时候看到官军回来！”但随即桓温撤退，最终败归。这一次的不同只是刘裕并非败归，并且还留下了一支强劲的部队镇守。
义熙十四年（公元418年）正月，晋军的内乱开始了：沈田子因与王镇恶有私怨，假称受太尉令，杀了王镇恶；义真得知后，就带着人和王修一道去杀了沈田子。
六月，太尉刘裕才受相国、宋公、九锡之命；宋国依照朝廷的制度设立百官：左长史王弘为仆射，负责选举官员，从事中郎傅亮、蔡廓同为侍中，谢晦为右卫将军，行参军殷景仁为秘书郎。
十月，有将领在义真面前诋毁王修：“王镇恶想谋反，沈田子就杀了他；王修杀了田子，也是想谋反！”这个少年只有十二岁——十二岁还是虚龄，古人以虚数记龄，除夕出生，过了几个时辰到了大年初一就是两岁了。一个十二岁的娃娃率军驻扎在这里，他原只起一个符号的作用，或者说是一个象征，他哪里有什么分辨的能力！这个少年信以为真，就让人杀了王修。
一时关中大乱。刘裕得知后急忙派辅国将军蒯恩去长安召义真东归，让朱龄石去代替义真为雍州刺史：“若关中不可守，就和义真一同回。”
十一月，朱龄石到达长安。晋军听说要东归，就大肆掠夺财宝、女人，装了一车又一车。
建都统万（在今陕西靖边县境内）的夏主赫连勃勃得知这一消息后想占有晋军灭后秦的果实，派三万骑兵急追晋兵，在青泥（在今陕西蓝田）大战，晋兵大败，义真与将佐散失，独自逃入草丛中，幸亏中兵参军段宏单马追寻，把他系在背上骑马逃回。辅国将军蒯恩和司马毛修之等被夏兵俘虏，朱龄石、朱石兄弟同被赫连勃勃杀死。
——桓温最后一次北伐的对象是前燕，后来晋军屡遭挫败，桓温被迫烧掉船只，丢弃辎重，从6路撤退；慕容垂就率大军紧紧跟随，跟了几天几夜，见晋军尽显疲态，就纵兵四击，晋军大败，被斩三万级。可见败逃的路往往是多么艰难，也是多么相似。
刘裕听说青泥大败，还不知道义真死活，准备再度北伐，后来谢晦和郑鲜之极力劝阻，而段宏也带着义真归来，他才没有成行。
尽管青泥大败，但是到这个时候，刘裕依靠南征北战，已经使得晋王朝的领土大大扩展，东部包括青州、兖州（在今山东境内），西部至关中（今陕西渭河流域一带），大体拥有了黄河以南的土地。这也使他的地位得到了空前的提升。
第五章 刘裕改朝换代
伴随着一次次的胜利，刘裕也一步步地逼近了帝座，但他觉得时机还不成熟，因为当时有谶语（古代巫师、方士等以谶术所作的预言）说“昌明之后有二帝”——昌明是晋孝武帝司马曜的字，所以他要在安帝之后再立一个皇帝以凑足“二帝”。。他指使中书侍郎王韶之与帝身边人密谋鸩杀安帝而立安帝同母弟琅邪王司马德文，但琅邪王与帝形影不离，王韶之不得下手。
鸩，相传是一种毒鸟，江东一带的大山中都有，它吃蝮蛇，体有毒，古人谓之鸩毒。用它的羽毛泡酒，饮之即死。在古代，用鸩酒杀人的事不绝于史：前汉时传言王莽鸩杀了十四岁的汉平帝，后汉时大将军梁翼鸩杀了年仅九岁的汉质帝。
十二月十六日，恰逢琅邪王有病居外，王韶之就用衣服勒死了安帝。随即刘裕称遗诏奉琅邪王司马德文即皇帝位，这就是晋代的末代皇帝晋恭帝。
次年正月初一，改元为元熙元年（公元42o年）。
七月，宋公刘裕始受进爵之命——他不是宋公了，他是宋王了；
八月，宋王刘裕移镇寿阳（在今安徽寿县，它地处南北交通要冲，是淮南军事重镇，时为豫州刺史治所）；
九月，宋王刘裕自解扬州牧，以其次子义真为扬州刺史。
十二月，晋帝下诏宋王建天子旌旗，出警入跸，乘金根车，驾六马；进王太妃为太后，世子刘义符进为太子。
元熙二年（公元42o年）春，宋王刘裕想受禅，但难以开口，于是就在寿阳聚集僚佐宴饮。酒至酣时，刘裕对众人说：
“桓玄篡夺皇位时，鼎命已经他移。我唱大义，兴复晋室，南征北战，平定四海，功成业就，被封宋王。现在年已衰残，爵位已极，自古物忌盛满；盛满，则难以久安。此次回京后，我将奉还爵位，归老乡里。”
僚佐们只是盛赞他的功德，未解其意。
到了傍晚席散，已经出了宫门的中书令傅亮才醒悟过来，立即叩门请见；刘裕开门迎接，傅亮就说：“臣应暂回京都。”刘裕知道他已解己意，也不多说，只问他：“需几人送行？”“数十人即可。”
傅亮到了京都，四月，朝廷征宋王刘裕入京辅政。于是刘裕回京，留其第四子义康为豫州刺史，义康只有十二岁，府、州事务都交给相国参军刘湛全权处理。
六月初九，刘裕到达京都建康。
傅亮讽晋帝禅位给宋王，就把已经草拟好的禅位诏令呈给晋帝，让他抄写。只做了一年半傀儡皇帝的晋帝司马德文欣然持笔，他对身边人说：“桓玄之时，晋氏已无天下。依仗刘公之力，得以延缓近二十载。今日之事，心甘情愿！”于是用红纸抄好诏书。