駐防江蘇、浙江等地的清軍不斷進入南京城，使南京城內的軍隊驟增，城內滿漢大員開始組建騎兵，用以對付鄭軍的水兵和步兵。
7月23日早，城內清軍騎兵沖出城外，發動突然襲擊。鄭軍餘新等部猝不及防，被打得大敗，餘新被俘。
清軍初戰告捷，遂出兵在城外紮營，準備在第二天全力出擊。當天晚上，鄭成功依據形勢的變化，重新部署軍隊。主要意圖是收縮戰線，集中兵力，以觀音山為依託，分別在山上、山下駐軍，他自己在觀音門往來策應。
24日晨，清軍從觀音山后分路直攻鄭軍，鄭軍雖頑強抵抗，終因兵力不敵，幾乎全線崩潰，山頭遂被清軍佔領。
清軍乘勝由山上以壓頂之勢向明軍猛撲，一舉包圍了駐守山谷和山下的鄭軍，鄭軍大敗，眾多將領被俘殺。
鄭成功見陸師已經全線崩潰，來了一個金蟑脫殼，讓部下潘庚鐘站在自己的統帥黃蓋下面，自己率領親隨衛士趕往江邊眨畮煛Ｇ遘姵藨饎僦M攻鄭成功的指摚烁姄＇眾力戰直至陣亡。
25日，鄭成功率領敗軍乘船到鎮江， 28日，即主動放棄鎮江、瓜州等城市，全軍退出長江口。至此，攻取南京的戰役完全失敗。
有一種看法認為，鄭成功在長江之役中犯有錯铡阂皇窃趤最I鎮江後洠в杏嵥僮呗逢戇M攻南京，而是走水路進兵，耽铡藭r間，貽铡畱饳C。二是鄭成功洠в性谀暇┻L邊切斷清兵支援南京城的道路，使大量援兵進入南京。三是鄭氏在南京戰敗後不應該放棄瓜州和鎮江，撤出長江口。
這些說法都是書生之見。
首先，南京城牆高大，難以攻打，除非敵人獻城投降，或是內部有人接應，否則都要經過長期的圍困。早幾天去晚幾天去，關係並不大。鄭軍經水陸到南京後，在一個相當長的時間都洠в泄コ牵梢姇r間並不是很迫切。
再次，鄭軍到達南京城下後，雙方並未發生接戰，還未分出勝負，對城內守軍實力並不瞭解，怎麼可能進行圍城，圍不了城，談何打援？只有在城裏無力出城抵抗的時候，才能談得上圍點打援。
第三，鄭軍陸軍既己戰敗，不撤出鎮江和瓜州只能被敵軍包圍，鄭軍大多是水軍，不擅守城，糧草無處落實，清軍只要圍困就能拿下城池，因此鄭軍死守孤城無異於作繭自負，白白損失兵將。
鄭成功兵敗主要原因歸根結蒂還是力不如人，從兵力上講，鄭軍長途跋涉攻取堅城南京本來就是一鍋夾生飯，況且水師無法對抗機動臁畹尿T兵，這己經是戰爭實邸啻巫C明的道理。高大的南京城無法實施突襲，有限的兵力也無法清除南京週邊清軍，時間並不站在鄭軍這邊，等待鄭成功的，只有失敗。
南京戰役打響之前，魯王政權水師統領張煌言和鄭成功進行了分工，鄭成功水師上岸負責攻打南京，張煌言水師繼續西上，堵截從湖廣順江而下支援南京的清軍水師，並招撫上游。
張煌言孤軍深入，7月7日到達蕪湖，部下兵不滿千，船不滿百，但由於人心思明，他的招撫工作卓有成效，招撫檄文發出之後，大江南北竟相歸附，很快就招撫了四府、三州，二十四縣的廣大地區。由於義勇的加入，兵員也擴大至萬人以上。
南京戰敗的消息傳來時，張煌言正在甯國府接待新安來降的使者。聽到鄭軍戰敗的消息後，張煌言立即趕回蕪湖，尋找後路。他給鄭成功寫了一封信，鼓勵他不要氣餒，不要撤軍，然而他的書信洠в兴偷剑嵆晒图航洺冯x了長江口。
鄭成功曾打算奪取崇明島，這可以給張煌言留一條後路，但是洠в谐晒Γ伸夺崆谘a給不能取自江上，無法久留，加上無法與張煌言取得聯繫，只好駛離，清軍水師佔據長江口，截斷張煌言水師退路，張煌言陷入進退兩難的境地。
8月初，清軍一支軍隊為援救南京由荊州乘船枺碌竭_安慶，張煌言處於枺⑽鲓A攻之中。在同部將商議後，他決定移舟西上，迎戰缺乏水戰經驗的荊州清軍，然後進入江西鄱陽湖，另辟抗清局面。
8月7日，兩軍在安徽繁昌、獲港一帶相遇，戰鬥中雙方互有傷亡，這支清軍不知道南京已解圍，急於枺拢懂斠拱l炮啟航，張煌言部軍心不穩，紛紛逃避，天亮後，清軍已枺履暇鴱埢脱缘娜笋R也逃散眾多。
張煌立見水師己不成軍，遂決定棄船登岸，取道桐城前往英、霍山區，與當地堅持抗清的山寨武裝匯合後再作打算。
張煌言等人晝伏夜出，四竄山谷，備嘗艱苦，在清軍的追擊下，張煌言身邊只剩下兩名隨從，後來在地方義士的掩護下，他改裝易服，由山路走安慶，再向枺涎睾＿M發，行程二千余裏，歷時半年，終於抵達甯海海濱，回到了海上義師軍中。
在長江戰役中，鄭成功水師遭受重創，此後將目光投向了海上，1661年收取臺灣後，滿足於占島為王，無意於收復內地。魯王水師張煌言部全軍覆洠В斖踔缓眠M一步依附於鄭成功，1662年鄭成功死於臺灣，第二年魯王死于金門，他是唯一未被清廷殺死的南明帝王。二人死後，張煌言無所歸依，解散部屬後耄Ь屿墩憬u，後被清軍俘獲，不屈被殺。
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第四節 沿著落日的軌跡
除了四川和枺系貐^的支援外，兩廣、雲貴等地還有不少忠明分子以飛蛾撲火的犧牲精神投入到拯救明朝的行動中，這些行動洠茏柚骨遘娗斑M的步伐，都被清軍淹洠в醒粗校Y果極其悲壯。
1659年1月，清軍未遇抵抗佔領了昆明，3天后永曆到達永昌。吳三桂、趙布泰繼續進兵，在玉龍關擊敗白文選部，永曆聞訊偅鞒罚灞S後渡過瀾滄江攻克永昌。
撤退途中，一批官員落荒而逃，如大學士扶綱、戶部尚書龔彝、禮部侍郎鄭逢元等。個別官員選擇了自殺殉國，如工部尚書王應龍，他出身陝北制弓箭匠人，張獻忠建立大西政權時任工部尚書，在永歷朝廷內任原職，他對兒子說：“我本草莽微賤，蒙恩授職，官至司空。先不能匡扶社稷，今不能患難從君，尚可顏面求活人世乎？”說完自縊。他的兒子哭著說：“父殉國難，子成父忠”，也跟著上吊自殺。
閏1月26日，永曆及殘存的朝廷官員在李定國部將蘄統武的護衛下來到中緬邊境山區，謩澣刖挕�
黔國公沐天波先派人去通知緬方，要求入關。由於歷史原因，明朝世代鎮守雲南的沐氏是緬甸當局熟知的人物，見到沐天波的使者後，緬方以禮相待，同意永曆君臣入境，但要求所有人馬不得攜帶武器，永曆下令隨行人員解除武裝後進入緬甸境內。
幾經輾轉，5月份終於定居在緬甸都城阿瓦城外。緬甸當局雖然允許他們入境避難，卻始終洠в薪o予正式的官方接待。他們給永歷朝一些物伲鼛椭遣活妼τ罆研蟹级Y，雖然雙方只有一河之隔，但緬王一直洠в邪菀娪罆选�
行至水窮處，坐看雲起時。此後永曆就過著寄人籬下的生活，在他看來，這種生活雖然有點屈辱，但是很安全，他唯一的期盼就是國內抗清形勢有所好轉，李定國等人再派人來接他回國，他能做的除了等待，就是祈丁�
永曆入緬之時，李定國在磨盤山與清軍展了一場精彩的伏擊戰。
閏1月21日，清軍追蹤李定國來到騰沖磨盤山一帶，這裏山路崎嶇，不利於騎馬，清軍的騎兵發摚Р涣俗饔茫缆穬蛇叢菽久埽沆恫啬滠娛浚疃▏鴽Q定在此設伏。
李定國沿著羊腸小徑設下了一個長長的口袋，福麨槌醴呶馁F為二伏，王國璽為三伏。一旦清軍進入第三伏，第一伏伏兵先起，燃放地雷，二、三伏聽見炮聲後同時發作，首尾夾擊，全殲敵軍。為了避免造飯冒出炊煙被清軍察覺，伏兵都自帶乾糧。
清軍在吳三桂的帶領下大搖大敚нM入了伏擊區，先頭部隊己經進入二伏，然而就在這個關鍵時刻，明光祿寺少卿盧桂生叛變投敵，向吳三桂報告了李定國伏兵的計畫。
吳三桂大驚，急令前鋒後撤，掉頭返回搜殺路邊雜草叢中的伏兵，福炔坏眉海铝罘排诔鰬穑⑷婈犚矐書Q炮，沖入敵軍，雙方展開了一場驚心動迫的惡戰，清將固山額真沙裏布被殺，福热艘矐鹚馈＠疃▏舍彳娫鲈K於將清軍擊敗。
盧桂生叛變告密使李定國部署的磨盤山戰役未能取得預定效果。盧因在關鍵時刻有“功”，被清朝賞給雲南臨元兵備道的官職由於叛徒告密，此役雖然取勝，但是洠в羞_到預期效果，李定國收集余兵向孟定撤退。
磨盤山戰役以後，李定國率領部分軍隊向南撤退，崎嶇于雲南邊境地區。先在車裏（今西雙版迹鲎遄灾沃荩┩Ａ袅艘欢螘r間，又轉移到孟艮（在今緬甸景棟一帶）。
1660年6月間，廣國公賀九義被他下令亂棍打死。原因是賀九義的妻子被清軍俘獲，清方乘機寫信要茫R九義投降，賀九義尚在猶豫之中，洠в邢蚶疃▏鴪蟾妗＠疃▏弥耸箩幔袛噘R心懷兩端，決定立即將其處死。
賀九義原是孫可望的親信部將，曾經為了孫可望封秦在安龍對永歷朝廷大打出手，孫可望被驅逐後，他被派往廣西，去填補那裏而因李定國的離開形成的空白，抵擋廣枺矫嫔锌上膊康倪M攻。
賀九義洠в械謸踝∩锌上驳倪M攻，但在困境中他並洠в型督登遘姡菑膹V西帶領一支近萬名的兵馬與李定國會師，在當時的形勢下，此舉顯得難能可貴。
賀九義有忠盏囊幻妫钟信c敵接洽，耄Рm不報的事實，雖然洠в谐渥愕淖C據顯示賀九義投敵，但在非常時期猶豫是不被允許的，李定國的多疑也無可厚非，採取斷然措施不足為奇，李定國殺賀九義一事是對是錯，我們不好作出評論。
賀九義被杖殺後，他的部下深為不滿，鼓噪逃出。李定國又耽心逃出的官兵可能充當清軍嚮導，潛來襲擊，決定撤離孟艮。
事實上，李定國等人在邊境地區的日子並不好過，不僅是因為難以取得良餉，更重要的是他們受到當地原