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据《大清一统志》载：瑷珲副都统辖区，“东至外兴安岭兴安河二千六百里；西至内兴安岭一百五十里；南至内兴安岭（今小兴安岭）喀穆尼峰七百里，北至外兴安岭二千五百里”。墨尔根副都统管辖北至伊拉古尔山（伊勒呼里）；南至纳穆尔河和西南至诺敏河等地方；驻墨尔根。齐齐哈尔城副都统，康熙三十七年由墨尔根移驻，初辖东至三姓副都统界，西至大兴安岭等广大地区，后有变更。呼伦贝尔副都统，雍正十年（1732）初置总管，乾隆八年（1743）改副都统衔总管，光绪七年（1881）进升为副都统。驻海拉尔河左岸；初无城郭；渐为集镇，管辖东至大兴安岭、西至额尔古纳河、南至布雨尔（贝尔）湖等广大地方的达呼尔、索伦（鄂温克）、鄂伦春、陈八尔虎等八旗军民事务。康熙三十年初，布特哈（满语为“打牲”之意，即打牲部落的总称）设满洲总管一员，索伦（鄂温克）、达斡尔总管二员。衙署设齐齐哈尔城北驻嫩江西岸宜卧奇屯（今莫力达瓦旗乌尔科乡）。光绪朝前辖地错布于黑龙江、墨尔根、齐齐哈尔三城副都统辖境内。布特哈专辖牲丁；凡“牲丁所至之地；皆布特哈总管应巡查之地”；光绪后“六城分地；稍有分界”。光绪二十年总管升副都统。此外，为了镇摄节制呼兰、巴彦、北团林（今绥化）三路，光绪五年又置呼兰副都统，驻呼兰城。八年为招抚游猎鄂伦春人，在齐齐哈尔东北五百八十余里内兴安岭上建城，置兴安副都统衔总管一员。光绪二十四年，设通肯副都统，驻海伦城。至清末黑龙江将军所辖有黑龙江（瑷珲）、墨尔根、齐齐哈尔、呼兰、布特哈、呼伦贝尔和通肯等七副都统及兴安城副都统衔总管。
黑龙江行政区划设置较晚。咸丰后因内地汉族移民大增，同治二年（1863）于呼兰河流域设理事同知厅。三年移住巴彦苏苏，管理呼兰所属境域赋课刑名及交涉事件，为黑龙江民政设制之始。光绪八年于北田林子（今绥化）设绥化厅。光绪三十年又于通肯海伦河垦区置海伦厅；呼兰厅移治呼兰城升府，绥化厅亦升府，巴彦改州；于扎赉特旗莫勒红岗子垦地置大赉厅；以及兰西、木兰、青冈、余庆等设县。次年又于齐齐哈尔置黑水厅；于郭尔罗斯后旗垦地置肇州厅，杜尔伯特蒙族垦地置安达厅，并设拜泉、汤原、大通三县。是年裁呼兰、通肯副都统，添设绥兰海分巡兵备道，驻绥化。至光绪三十三年裁将军，建行省；置巡抚，相继改设行政官制，于是行政区域体系日趋完善。光绪三十四年海伦厅升府，领青冈、拜泉二县。黑水厅升龙江府。同年，墨尔根以城改置嫩江府，又于大黑河置黑河府，黑龙江城改置瑷珲直隶厅，呼伦贝尔城改置呼伦直隶厅，满洲里设胪膑府。宣统元年（1909）又设呼伦兵备道，驻呼伦厅，辖呼伦厅与胪膑府；设瑷珲兵备道，驻瑷珲厅，辖瑷珲厅与黑河府。另光绪三十二年移绥化城之绥兰海道驻内兴安岭东，更名兴安兵备道，专办垦务、林矿等事宜。三十四年建署于托罗山北，为道治，领汤原、大通二县。宣统二年又于东布特哈设讷河直隶厅。
注五＇奉天。顺治元年（1644），以盛京（今辽宁沈阳）为留都，置内大臣统辖东北全境。三年改内大臣为昂邦章京。康熙元年（1662）改汉称为镇守辽东等处地方将军。四年改镇守奉天等处地方将军。至乾隆十二年（1747）定名盛京将军，主要负责当地军政事务（见清将军），并兼管奉天府尹事务大臣，监督府尹。康熙后盛京将军辖境，东至兴京边二百八十里吉林乌拉界，西至山海关八百余里山海卫界，南至金州（今辽宁大连）南境七百三十余里海界，北至开原边二百六十余里。
将军下设副都统（初名梅勒章京）二员。雍正五年（1727）增为三员，分驻盛京、锦州、熊岳三城。同时还于重要城、堡、关门地方设城守尉、防守尉、协领、佐领、防御等官率兵驻扎。后因海防紧要，道光二十三年（1843）熊岳副都统移驻金州，更名金州副都统。光绪元年（1875）为守护永陵，新设兴京副都统。五年添设围场海龙总管，六年定围场总管加副都统衔。
另沿奉天与吉林、内蒙古柳条边设威远堡等十余处边门，亦派官兵驻守，分属盛京兵部及各地副都统，并统属于将军。同时，盛京将军还负责监督哲里木盟的科尔沁六旗。
清统一全国后，奉天地区仿顺天府事例，设民署民官管理汉族事务。在时间上可分两个时期：
封禁期。顺治十年至咸丰十年（1860），除短时外；主要为“封禁”期，顺治十年设辽阳府（今辽阳），辖辽阳（附郭）、海城二县。十四年罢辽阳府，于盛京置奉天府，设府尹（专管盛京地方民人事务）。康熙三年增承德（附郭）、盖平（今盖县）、开原、铁岭四县，升辽阳县为州。于此稍前，康熙元年在辽西锦州地方置锦县，三年于广宁（今辽宁北镇）设广宁府，另置广宁县、宁远州，并隶广宁府。四年罢广宁府，改设锦州府，移治锦县。锦州府及所属州县，均受奉天府尹管辖。雍正四年奉天府境域扩大，于吉林乌拉置永吉州，宁古塔（今黑龙江省宁安）置泰宁县，伯都讷（今吉林扶余）置长宁县。此时奉天府辖境北至长宁县松花江八百七十里蒙古界；东北至永吉州穆稜河二千零四十余里宁古塔界。西北至义县大宁堡四百五十余里界。七年罢泰宁县。乾隆元年罢长宁县，并入永吉州。十二年永吉州改吉林厅；隶吉林将军。至此奉天府辖境缩小，仅及东北开原以南辽沈和半岛地区。至咸丰十年奉天府尹辖奉天、锦州二府，辽阳等四州，以及五厅八县。这些府、厅、州、县主要分布在辽河两岸和滨海地区。
弛禁开放期。咸丰十年后，根据中英《天津条约》规定：首开辽河下游牛庄为商埠，后因辽河淤积，十一年改为营口，遂使营口成为东北第一个向外国开放的通商口岸。此后清政府鉴于形势，废除“封禁”，采取“移民实边”政策。中日甲午战争后，光绪三十一年东北全部开禁。又兼东清（后改中东）铁路兴建，于是关内齐鲁、燕、晋一带农民大量移居东北。东北民政管理体制和区划体系逐步完备。为巩固海防，加强边疆治理，同治五年（1866）改山海关监督为奉锦山海关兵备道，并加按察使衔，辖沿海金州厅、岫岩州、复州、海城、盖平等地。同年设营口海防同知，以加强海关管理。光绪二年命盛京将军兼管奉天府尹；加兵部尚书右都御史衔；总督奉天旗民地方军务兼理粮饷关防。加奉天府尹二品衔，以右副都御史行巡抚事。各州县满汉兼用。三十三年裁盛京将军，改设奉天省，置巡抚。至宣统三年（1911）奉天省共领四道、八府、五直隶厅、三散厅、六州、三十二县。光绪末年，奉天（沈阳）、安东、大东沟、辽阳、凤城、新民、铁岭、通江子、法库门、大连等十处辟为商埠。随着东清南满铁路支线（1903）、京奉（1907）、安奉（1910）等铁路建成，奉天省的交通和地理面貌发生了很大变化。大连以其优越的地理位置和天然的港湾条件，取代营口而跃居东北第一大港。昔日的辽河、松花江、鸭绿江水运日趋衰落，旧时驿站交通被取代；一些新的经济和交通中心很快集向铁路沿线。
注六＇吉林。清顺治十年（1653）置宁古塔昂邦章京（意为军事长官），初治海林（今黑龙江海林），后移宁古塔（今宁安）。康熙元年（1662）改汉称为镇守宁古塔等处将军。十二年始建吉林乌拉城，移驻副都统一人，领吉林乌拉、五常堡、打牲乌拉、伊通等旗署，镇守和管理旗人事务。十五年宁古塔将军移驻吉林乌拉（今吉林市）。乾隆二十二年（1757）更名为镇守吉林等处将军，负责吉林等地军政事务。康熙三十一年于松花江与嫩江汇流伯都讷（今扶余）地方，设伯都讷副都统，管辖伯都讷、长春等处八旗事务。雍正三年（1725）在松花江中游阿勒楚喀（今阿城）置副都统，管理拉林河、穆棱河、蚂蚁河等流域八旗事务；雍正五年在牡丹江注入松花江汇口之三姓城（今依兰）置三姓副都统，管辖黑龙江下游，包括库页岛及沿海诸岛八旗及各少数民族等五十六姓。光绪七年（1881）于图们江下游以北珲春地方设珲春副都统，管辖和镇守图们江以北边境地区。以上副都统六员，通称“吉林六城”副都统，由吉林将军统辖。吉林将军辖境迭经变化，初北至外兴安岭两千余里，东北至庙街四千四百余里；东至海三千余里，西北至贝加尔湖以东广大地区。康熙二十二年后，析外兴安岭以南、亨滚河上游哈达乌拉河，黑龙江左岸毕占河及东流松花江以西广大地区与黑龙江将军。咸丰十年（1860）前，吉林将军辖境以吉林乌拉为中心，东至海三千余里，西至威远堡门五百九十五里开原县界，南至长白山一千三百里朝鲜界，北至拉哈福阿色库六百余里内蒙古界；东北包括乌第河以南黑龙江下游广大地区。此后，根据中俄《北京条约》，乌苏里江以东至海大片领土为沙俄侵占。其界自乌苏里江口泝流至松阿察河，越兴凯湖，西至白稜河口，又逾大绥芬河，南至瑚布图河口，又南而西至图们江口。以东属俄。吉林将军除直辖六城副都统外，还统辖吉林等五城协领、伊通等二佐领、赫尔苏等四边门以及二十二驿站、二十七边台、一百零六处卡伦，并且管理水师营、鸟枪营和官庄等。
吉林向称“满洲故国”，长期为封禁重地；故�