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事实上联邦德国内部的左翼**，早在60年代中期便已经如火如荼了。德国的大学大多以所在城市为名，常常再加上创建该大学的或者后来的统治者的名字，比如像慕尼黑大学、海德堡大学、格廷根大学、图宾根大学、弗赖堡大学和维尔茨堡大学都是如此，到了一战结束以后，王公贵族退出了历史舞台，大学纷纷改用出生在该城或者生活在该城的历史名人来为自己命名，比如法兰克福大学以歌德、耶拿大学以席勒、杜塞尔多夫以海涅、维腾堡大学以路德、汉诺威大学以莱布尼茨、美因茨大学以古登堡命名。但是真正成为联邦德国历史转折点的却是位于波恩的“柏林自由大学”。
虽然没有海德堡大学（1386）和科隆大学（1388）历史悠久，但是在德国乃至世界大学史上的位置却是非同凡响，1809年根据威廉？冯？洪堡的倡议，普鲁士国王腓特烈？威廉三世决定建立柏林大学，后来大学就以这位国王的名字命名。柏林大学植根于洪堡的大学理念，这就是大学自治、学术自由、教学和研究相结合，由此勾勒出近代大学的雏形，也奠定了德国大学长达百年的引领地位。洪堡的大学理念实际上就是自由原则，所谓大学自治就是治校的自由，所谓学术自由就是研究的自由，所谓教学与研究相结合就是学习的自由，也就是说学习不再为传统知识所束缚，满足于传递和保存，而是自由地探究和发现未知的知识，强调探索和创新。看来柏林自由大学的名称在这里已经埋下伏笔。
二战结束之后，原来的柏林大学和整个柏林都在苏联军队的占领之下，战后的柏林大学一片残垣断壁，更严重的是师资的流失，其中虽然有战争的原因，不过更重要的原因是纳粹德国的种族清洗和**造成严重的人员流失，约三分之一的教职员在纳粹统治时期被解聘，其中有二百五十多位犹太裔的教授和职员被剥夺教席和职位，二战之后世界学术研究中心的西移与纳粹的这一愚蠢之举不无关系。1946年1月柏林苏占区军管会借地利之便决定新建柏林大学，之所以新建一来是为了显示新社会的新气象，二来也是为了避免西方盟国的干涉，如果说是重建柏林大学，必须得到其它三个盟国的同意，还要接受它们的共同管理。苏占区当局虽有自己的如意算盘，但是在冷战背景下柏林大学内部的斗争依旧不可避免，一方面是苏联占领军当局试图从各方面控制柏林大学，另一方面是不无西方背景的师生的抗议活动，双方的冲突愈演愈烈，一些教师和学生甚至被捕入狱。1947年底出现了要求另建一所大学的呼声。
1948年4月23日学生举行抗议游行之后，要求在西方盟国占领区新建一所柏林大学，并提出“自由的柏林大学”的口号，西方盟国自然不会放过这一个宏扬“民主、自由”的决好机会。于是6月19日便成立了“自由大学筹备委员会”，由政界人士、教师和学生代表组成，23日该筹备委员会向社会各界发出“建立一所自由的柏林大学的呼吁”，寻求社会公众的支持。
而在西方盟国的支持之下，还在襁褓之中的联邦德国也很快做出建立一所新的大学的决议，并且通过了新的大学的章程，11月15日开课，12月4日在波恩举行了柏林自由大学的建校仪式，第一任校长是著名的历史学家迈内克，校名为“柏林自由大学”，同时自由也是三大校训之一。柏林自由大学创建了著名的“自由大学模式”：与当时所有的德国大学不同，柏林自由大学不直接隶属于国家，而是成为公法团体，由校董会负责，校董会由六名政府代表和三名学校代表组成，更重要的是学生在学校管理中占据一席之地，不仅学校的各层管理委员会中有学生的位置，连校董会中也有一个学生的席位。
柏林自由大学的自由传统继承了洪堡的大学理念，更重要的是多了三个自由的指标，一个是在冷战的背景下具有明显的西方色彩，在成立之初，柏林自由大学校名中的自由标榜的主要是这个自由，这就是西方所谓“自由世界”的自由，其中隐含着对苏联和东欧阵营的指责，所以一方面是美国的大力支持，建校之时普林斯顿大学和耶鲁大学就派来祝贺的代表，建校初期美国提供各方面的便利条件，美占区当局提供学校用房，美国大学捐赠图书资料，美国基金会（尤其是福特基金会）多次提供巨额资金用于学校的运转和建设，1950年代建造的亨利？福特楼是这一时期的标志，另一方面是以苏联为代表的东欧阵营的反对，一直到两德统一之前民主德国都称柏林自由大学为“所谓的自由大学”；另一个是学生参与的自由，大学不仅是国家的大学、教授的大学，也是学生的大学，学生的兴趣和利益通过学生的代表和组织得到体现和维护，这在当时的德国是绝无仅有的，这或许应归功于筹备过程中学生所起的积极作用，这个自由在成立时还不是十分明显，不过“自由世界”很快就会感受到“自由的学生”的力量。
由于其治校理念的特殊性，柏林自由大学很快便成为不满现实的年轻一代汇集的地方。1960年代后期联邦德国两大政党基民盟和社民党联合执政，组成大联盟政府，议会中只剩下自民党一个小党，完全没有了反对派的活动空间，这时柏林自由大学便成为议会外反对派（APO）的大本营之一，同时也是波澜壮阔的学生运动的风暴中心。
此时西方的“自由世界”开始不得不面对要求对现状充满了不满的年轻学生。学生一方面要求更多地参与学校的决策，反对学校的教授至上式管理体制，提出高校体制改革的主张，另一方面更将目光投向国内和国际政治，他们对上一代人发出质问，要求弄清纳粹时期的事实真相，追究纳粹时期的罪责问题；他们抨击政府的亲美政策，不仅指责联邦德国的政府，而且直接将矛头指向美国，民权运动和反越战成为他们关注的中心，这座在美国的大力支持下兴建起来的大学成为联邦德国反美运动的核心阵地。
这个时期左翼的学生团体纷纷成立，其中最著名的是社会主义大学生联盟（SDS），它是学生运动的核心组织，一时间传单、集会、游行、静坐、罢课风起云涌，让学校管理部门和市政当局手忙脚乱，同时又尴尬不已，原因在于抗议和攻击的目标大多是美国政府、美国的政策和来自美国的贵宾，而美国是这个城市的主要占领者，同时又是主要保护者和最大的“恩主”，所以它们一方面要劝阻和制止学生的行动，另一方面又要向美方表达歉意，以免引起美方的不快。
1967年6月2日柏林大学生抗议美国盟友伊朗国王巴列维来访之时，学生与警察之间爆发冲突，柏林自由大学学生贝诺。欧内索克被警察开枪打死，引起学生的强烈反应，学生运动进入一个新的高潮，对抗进一步加剧。1968年4月11日，著名的学生领袖、柏林自由大学学生鲁迪。杜契克神秘遇刺，身受重伤，愤怒的学生走上街头，学生与警察的冲突升级成为街垒战。
如果说1968年的联邦德国学生运动只是“五月风暴”的一部分的话，那么联邦德国政府无疑是胜利者。因为伴随着科隆政府的一系列强力措施，包括实施紧急状态法。联邦德国内部的学生运动逐渐走向了低谷。学生运动组织内部的不断分化，彼此隔绝甚至冲突。运动骨干中有不少人响应杜契克“进入机构”的号召，试图通过融入体制来改变体制，不过最后究竟是谁改变了谁似乎是一个大大的问号，当年激进的毛分子成了西装革履、派头十足的大学教授，曾在街头扔莫洛托夫燃烧瓶的街垒斗士成了游刃于党派纷争之间的知名政客，甚至连红军旅的创建者之一也成了极右翼分子和反犹分子。
但事实证明，正是这一步步的暴力升级促使大学生中的强硬派走上暴力革命的道路，而日后大名鼎鼎的联邦德国城市游击队―“红军旅”就是诞生于这一背景。1968年4月3日越南米莱发生大屠杀事件之后，安德列亚斯？巴德尔和他在柏林自由大学就读德语系的女友―古德伦。恩斯林选择了在波恩的一家商场纵火，以“抗议社会对越南血案的冷漠态度”。这一过激的举动当然遭到了赶到现场的联邦警察的拘捕。
不过2年之后还在监狱之中的巴德尔却被获准去德国社会问题研究所查阅资料，这个荒唐的举动据说是因为安德列亚斯？巴德尔正打算用写一本有关青少年犯罪的书以向科隆当局输诚。但是结果却是巴德尔在其合作者―柏林自由大学新闻系的女讲师乌尔里克？迈因霍夫及其同伙的帮助下，成功治服了随行的监狱看守，逃之夭夭。很多人将这一天―1970年5月14日被视为联邦德国“红军旅”的诞生之日。
从本质上来讲，“巴德尔―迈因霍夫”集团的联邦德国红军旅的两位创始人都缺乏足够的组织和领导才能，更没有系统的斗争路线和斗争经验，但是不可否认的是他们反对越战，称美国和联邦德国推行帝国主义，憎恨资本主义和纳粹，梦想建造一个平等而没有剥削阶级的社会的主张对于大学生和年轻知识分子却极富煽动性。而随着1972年这个组织的核心人物再次被科隆当局逮捕，这个稚嫩的组织成功由单纯的极端左翼派别转化为了一个联邦德国的年轻一代的精神符号。
尽管西方世界对其极尽口诛笔伐之能事，英国《泰晤士报》就宣称“他们（“巴德尔―迈因霍夫”集团）的伪装下，其实是另一个赤裸裸的希特勒”。但是越来越多战后出生的联邦德国青年却认同这种用极端方式来实现自身理想的方式。当“红军旅”的成员在巴勒斯坦接受当地恐