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面临覆灭的南明永历王朝得到大西军的支持，才又苟延残喘。孙可望镇守贵阳，李定国奉命移师昆明，镇守云南，他的英雄事迹这才是真正地上演。李定国在云南采取了轻税薄役，减轻人民负担，鼓励发展教育等政策，得到了群众的拥护。他同时还日日操练兵马，训练了三万精兵；从缅甸购入许多大象，编练了一支特种部队象兵，极大地提高了部队的作战能力。
1652年，李定国写信给孙可望，要求向清朝进攻。孙可望同意了李定国的建议，以李定国、冯双礼为主将组成东路军大约十余万人出兵进攻湖南。刘文秀、王复臣为主将组成北路军进攻四川。李定国从贵州镇远出征以前就严明了纪律，连战皆捷。攻占沅州、靖州，斩清总兵杨国勋。在泽湖斩清将李四，攻克全州。7月1日，李定国在严关大战清军主帅定南王孔有德，明末清初最著名的三藩之一。双方冒雨血战，李定国及时把特种部队象兵投入战场，在雷电交加的恐怖氛围中，清军最终大败溃逃，李定国挥军掩杀，直杀到榕江边，直杀得血流成河，尸横遍野。
孔有德退守桂林。7月2日，李定国马不停蹄地组织兵力对桂林进行攻城，昼夜不息。4日，李定国部攻克了桂林，清朝的定南王孔有德走逃无路，投火自杀；另一个降清的叛徒陈邦传被生擒，押解至贵阳处死。紧接着李定国又攻占柳州、悟州等地，将清军逐出占领了广西全境。李定国的大军继续北上，攻克湖南的永州、衡阳、长沙，前锋推进到岳州（今岳阳）。还分兵东进，一直攻进到江西的吉安。只半年时间，李定国就攻占了二州十二府，辟地三千里，而且大军所至，秋毫无犯。
但是北路的刘文秀部则先胜后败，被清廷的平西王吴三桂杀败，还折了副帅王复臣。李定国的巨大胜利让清廷大为震惊。桂林大捷后，南明永历帝封李定国为西宁王，刘文秀为南安王。孙可望非常地妒忌李定国的战功，私自削减了永历帝奖给李定国的一半的奖金，扣压了李定国的封王的诏书，并贬谪了英勇战败的刘文秀。孙可望的专横与自私给胜利的大西军带来了不祥之兆。
1652年11月，清政府派敬谨亲王尼堪领十万精兵向李定国发起反攻。李定国自知敌军来势汹汹，而本部连续作战已疲惫不堪，恐难以与强敌抗衡。于是退避三舍，主动放弃了长沙，退守衡阳。11月19日，清军追击到衡阳城下，两军在衡阳展开激战，李定国原命副手马进忠、冯双礼领一军前后夹击尼堪，孙可望怕李定国成了大功，故意破坏，阻止冯双礼等前往助战，于是李定国陷入苦战中，双方血战四昼夜，难分伯仲。23日，李定国佯败，将清军引入伏击圈，层层包围。敬谨亲王尼堪率军左冲右突始终无法突围，十万大军最终全军覆灭，敬谨亲王尼堪本人亦被击毙。
桂林、衡阳两次大捷歼灭清军数十万，击毙清朝两个王，解放了广西和湖南的广大地区，是明朝对清作战从来没有过的大胜，沉重地打击了清王朝进犯西南的计划，鼓舞了各地反清组织斗争的士气。李定国会见大将白文选筹备下一步进攻武汉，攻取南京的作战计划。正当抗清形势一片大好时，孙可望竟不顾大局密令命令冯双礼撤退，马进忠也撤退了。李定国虽然获胜，也没有办法也只好放弃衡州撤退到宝庆（今湖南邵阳）。顾城先生在《南明史》中谈到，“探讨南明的历史，有一个基本论点是可以通过大量事实证明的，这就是在力量对比上，南明的兵力和潜在力量（包括清统治区内的复明势力）并不逊于清方。其所以屡战屡败，丧师失地，根本原因在于各种抗清势力之间矛盾重重，互相拆台，甚至自相火并，使兵力相当有限的满洲贵族坐收渔翁之利。”是无不道理的分析。
然后孙可望连续写信邀请李定国到沅州商议军机，正在李定国准备动身时，李定国在孙可望身边的心腹龚彝派人来报讯，孙可望阴谋在李定国到达沅州后对他下毒手。于是李定国中止了沅州之行，并写信责问孙可望。为了避免与孙可望正面冲突，李定国留下部分军队驻守湖南，被迫自率五万大军南下两广。孙可望一见李定国离开了湖南，就率领他的十多万军队来进攻清军，也想打个大胜仗来提高自己的威望。1653年3月，因为骄傲轻敌，孙可望被清将屯齐在宝庆杀败。见康熙二十四年《宝庆府志》卷二十一《武备志·；兵纪》云：“十年四月（当为三月），贝勒率师大败孙可望于周家铺，横尸遍野。可望单骑走武冈。我师乘胜逐之，遂复宝庆府。”孙可望把李定国占领的许多地方丢掉了。
李定国也开始连连背运，离开湖南进入广西，想夺回广东。首先在永州失利，攻打肇庆失败，只占领了化州、吴川、信宜等小州县。再攻桂林失利，退回柳州。1653年7月，不除掉李定国，孙可望寝食难安，他竟然派部将冯双礼进攻李定国，南明内部大规模的内战一触即发，李定国设计伏击生擒了冯双礼，便予以释放，冯大受感动，倒向李定国一边。内战也因此被延缓了。
李定国是南明最杰出的军事家，他用卓越的战略眼光分析全局。与孙可望并力恢复湖广然后东进的计划已不可能实现，他决定联络郑成功共图复兴大业。他的战略意图是，同郑成功会师，首先收复广东，进而夺取福建、江西、浙江、江苏等省。1654年，经过休整的李定国会同联络郑成功的水军等其他反清组织，号称二十万大军围攻广东的新会。当时清廷的主帅平南王尚可喜、靖南王耿继茂惮于李定国的威名，贽伏在广州不敢救援。但是李定国围攻小小的新会县城竟然从6月开始一直打到12月中旬，长达半年之久，始终无法破城。战斗非常地惨烈，因为断粮，守城清兵竟然杀人而食。
12月14日，清廷委派的靖南将军朱马喇领兵前来救援新会，尚可喜等也出兵助战。经过四天激烈战斗，到18日，李定国的象兵遭到清兵的炮击而回走，冲乱了自己的队伍，清军骑兵从两翼突击，李定国抵敌不住，全线溃败，一直败退到南宁才稳住阵脚，两广交界的二十多个州县全部丢失了。李定国筹划的恢复广东、进取江南战略完全失败，这以后他再也没有力量和机会进入广东了，南明复兴的希望也从此化为了泡影。
孙可望则加快了自己篡权称帝的步伐，在贵阳修建宫殿，派兵扼守南宁西北的田州，阻止李定国回滇。1656年，李定国决定平定孙可望的叛乱，引兵返回云南，守田州的孙可望部不战而溃。孙可望企图要劫持永历帝，但他手下大将白文选已经倒向李定国一边，因此阴谋破产。因为李定国等护驾有功，1656年3月，永历帝晋升李定国为晋王。1657年8月，孙可望起兵十四万进攻云南，与李定国部对峙在交水，孙可望手下的大将马进忠、马宝等等纷纷临阵反水。孙可望众叛亲离，最后仅剩下妻子等二十多人，逃到长沙，向清朝投降，成为了可耻的叛徒。
孙可望的叛乱虽然平息，但是永历政权的力量被极大地削弱，尤其是马吉翔为代表的隐患并没有被铲除。马吉翔曾与孙可望勾结，为非作歹，李定国原本要逮捕马吉翔，但马吉翔托人找李定国说好话，并且极力地为李定国歌功颂德，骗取了李定国的信任，得以继续留在永历帝身边。同时李定国在收编孙可望的军队时没有一碗水端平，引起了军内的不和。
1658年2月，清政府趁机以铎尼为统帅，兵分三路大举向贵州、云南进攻。北路为平西王吴三桂；南路为都统卓布泰；中路为洪承畴、洛托。4月，南明政权的重要将领刘文秀病故。同月，孙可望的旧部王自奇在永昌叛变，李定国为了平息王自奇的叛乱，亲率大军征讨，在李定国征讨王自奇的同时，清军已经攻陷了贵阳和重庆等地。7月永历帝任命李定国为都招讨大元帅应敌。李定国分兵三路进行阻击，自己居中策应。但是他的黔西防线很快地被清军突破，三路清军攻入云南，局势已无可挽回。
李定国返回昆明召开了紧急军事会议，虽然当时四川西南的宜宾、乐山、西昌一带都还在南明控制之下，刘文秀曾留驻有3万精兵；还可以联系到以原大顺军为主力的夔东十三家等抗清组织。但是李定国考虑到大顺军与大西军并不融洽的关系，还是决定转移到湖南和广西交界与清廷继续周旋。因为一旦形势不利可向东南突进，与厦门的郑成功部汇合；万一失败还可以出海，占据岛屿与清朝继续周旋。然而永历帝畏敌如鼠，决定采取逃跑策略，遁入缅甸。10月15日，永历帝撤出昆明逃往国外。1659年，白文选的殿后部队被清军击败。李定国毅然收拾残兵，挑选了六千人埋伏在怒江以西的磨盘山，设下三道伏兵，果然，吴三桂的追兵浑然不知地钻入了伏击圈，不想在这关键的时候，南明官员卢桂生叛变向吴三桂通风报信，伏击战演变成为一场血战，李定国部战死2/3，许多老部下英勇战死，当然清军同样是伤亡惨重，有十多名都统以下的军官和几千人战死。吴三桂只得暂时放弃了追击。
磨盘山血战后，永历帝及左右僚臣逃入缅甸境内与李定国失去了联系。李定国不肯入缅，在云南西部召集溃散的部队准备和清朝进行最后的战斗。李定国和白文选相会于木邦，派人去缅甸寻找永历帝，他们派去的使者，被缅甸人所杀。缅甸以为南明军队已经是溃兵，想趁火打劫，抢劫明军的军马。白文选大怒整顿人马，命令进行反击，缅军主力（据文献说有“数十万”，可能失之夸张）在江对岸列阵，