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久已厌倦政治的顾宪成，退出“江湖”，还是身不由己，不得不出面为挚友李三才辨白。 他写信给内阁首辅叶向高、吏部尚书孙丕扬，说：“三才至廉至淡漠，勤学力行，为古淳儒， 当行勘以服诸臣心”，希望叶向高、孙丕扬能够查明真相，秉公处理，还李三才一个清白。 这完全是一种私人行为，谈不上“遥执朝政”。不料这些信件被刊登上邸报（政府公报），引 起轩然大波。那些攻击李三才“结党”的官僚，以为抓住了把柄——东林书院“遥执朝政”。
这是顾宪成无论如何没有料到的。他对李三才从相识到相知，对他的人品操守十分敬仰。 万历三十七年他在信中对李三才说，现在时局千难万难，只有才干卓识如你这样的人，“方 有旋转之望”这是促使他写信给阁部大僚的缘由。当然他也深知，由他这个在野的革职官 员来议论此事，必然会遭到嫌疑。事后他在给友人的信中谈到，他之所以这样做的原因，是 钦佩李三才每当“风波汹涌之时，毅然出而挺身担荷”，“不肖独何心而忍默默”！虽然他的 言论必然会遭来麻烦，但他坦然得很，“聊以尽此一念而已”。
顾宪成这位桃花源中人实在是太书生气了。以前在朝时他就特立独行，如今在野了，依 然对政治斗争的险恶估计过低。事态愈来愈扩大，对李三才和东林书院的攻击也愈来愈厉害。 这时他才意识到写这些信是失策的，在给朋友的信中无可奈何的说：“去岁救李淮抚（指李 三才）书，委是出位”，为此深深悔恨；又说：“独弟血性未除，又于千古是非丛中添个话柄， 岂非大痴！”
然而为时已晚。政治斗争的险恶难以逆料，不但李三才陷入了危机，而且顾宪成与东林 书院也受到牵连，一些别有用心者，把李三才与顾宪成联系起来，一并诬称为“东林党”。 始作俑者便是徐兆魁之流，他无中生有地说：“顾宪成讲学东林，遥执朝政，结淮抚李三才， 倾动一时”，是非混淆，黑白颠倒，以至于此。
万历四十年五月，顾宪成在一片诽谤声中与世长辞。
顾宪成之死，触发正直人士为他辩护洗刷的激情，户部广东司主事李朴大声疾呼：“顾 宪成也，久栖林壑，游心性命，即一书出而议及时事，可从则从，不可从则止，有何长鞭足 以制人？乃满朝之人哄然四起，宛如敌国，不为‘遥制国是’，则为‘不肖渊薮’，且并讲学 而非芍之。”然而毕竟寡不敌众，李朴被整得狼狈不堪，落得个“调闲散用”的处分。
此后对东林书院的攻击愈演愈烈，污蔑它是“遥制国是”的“党”。御史田一甲甚至说， 东林书院“以道学之名号召天下”，“门户之威炽矣”，“以故李三才、王元翰等一入其党，而 贪可为廉；黄克赞、史继偕等不入其党，而贤可以为不肖”云云。不但视东林书院为“党”， 而且还扯上“入党”、“不入党”的组织关系，荒唐之极。顾宪成何时“建党”？李三才等何 时“入党”？莫名其妙。
把以讲学为宗旨的东林书院看作一个“党”，无异于重现南宋时禁锢朱熹办书院讲学的 “伪学逆党”之禁。这是一个不祥之兆。南京工科给事中喻致知在奏疏中点明了这一点：“今 为世道计，不患讲学，患不讲学；又不患不讲学，患不真讲学”：“且伪学之禁，盛世不闻， 仅于宋季见之”。他忧心忡忡地指出：“伪学之禁网益密，宋之国祚亦不振”，提醒当权者深 长思。
到了天启年间，魏忠贤专政时期，对东林书院近的迫害变本加厉。魏忠贤的亲信王绍徽 仿照梁山泊一百零八将的座次与诨号，编了《东林点将录》，公然把李三才列为“东林党” 的第一号人物——相当于梁山泊的晁盖，其全称是：“开山元帅托塔天王南京户部尚书李三 才”，开列了108 人物的黑名单，把与东林书院有关的人，以及它的同情者，都网罗在内， 一一予以镇压，上演了一幕幕惨绝人寰的悲剧。
天启五年（1625年），由政府出面，捣毁了东林书院。
晚明史上轰动一时的东林书院，只存在了短短的二十一年，毁于政权的暴力，令人唏嘘不已。
建文帝生死之谜建文帝生死之谜（1）
风云激荡的历史，留下了许多难解之谜，建文帝的下落就是其中之一。
建文帝何许人也？明朝开国皇帝朱元璋的长孙朱允■，明朝的第二代皇帝——明惠帝，年号建文，历史上习惯于称他为建文帝。本来这个皇位理应由朱允■的父亲朱标继承，朱标作为长子，早就被立为太子。可惜他英年早逝，死于洪武二十五年（1392年），朱元璋按照嫡长子继承的原则，便把长孙朱允■立为皇储。洪武三十一年（1398年）朱元璋病逝，长孙朱允■即位。出生于洪武十年（1377年）的朱允■，此时已是一个英气勃发的青年了，他书生气十足，温文尔雅，却缺少祖父与叔父们雄才大略的草莽习气。在位仅仅四年，就被叔父——燕王朱棣赶下台，祸根是他的祖父朱元璋种下的。
朱元璋出身卑微，当上皇帝后，生怕那些开国元勋尾大不掉，把他的二十三个儿子都封王建藩，作为维护皇权的屏障。而且明文规定，如遇权奸擅权，藩王可以移文中央声讨，索取奸臣，并发兵“清君侧”。这种做法，同样出身卑微的刘邦也采用过，他建立汉朝后，立即分封同姓诸侯王，作为刘家天下的屏障。结果适得其反，那些同姓诸侯王野心勃勃，与中央分庭抗礼。汉景帝接受晁错的建议“削藩”，引来了藩王的反叛——吴楚七国之乱，他们的借口就是“请诛晁错，以清君侧”。
历史有惊人的相似之处。建文帝即位后，那些分封于边疆及内地的藩王们，根本不把这个年轻的侄皇帝放在眼里，他们个个拥有重兵，位高权重。建文帝时时感受到身为皇叔的藩王的威胁，不得不与亲信大臣齐泰、黄子澄、方孝孺计议削藩。藩王们当然不会坐以待毙，势力最大的燕王朱棣率先发难，援引“祖训”：如遇奸臣擅权，藩王可以发兵声讨，以“清君侧”。于是，建文元年（1399年）七月在他的封地北京起兵，发动“靖难之役”，借口是“清君侧”——以诛齐泰、黄子澄为名，矛头却直指建文帝。
建文四年，燕王朱棣攻下当时的首都南京，建文帝下落不明，一说焚死，一说逃亡，究竟如何，众说纷纭，这就是建文帝之谜的由来。
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燕王朱棣为了夺取帝位，必须宣称建文帝及其长子已经死亡，否则他就不可能称帝。他在装模作样地多次拒绝大臣们的“劝进”之后，终于登上了梦寐以求的皇帝宝座。这样的做法未免有篡位的嫌疑，要摆脱嫌疑，首先必须否定建文帝的合法性。因此他既不给建文帝应有的谥号，也不承认建文的年号，把建文四年改称洪武三十五年，表示他不是继承建文帝的帝位，而是直接继承太祖高皇帝的帝位。就这样，他成为明朝的第三代皇帝——明成祖，改明年为永乐九年（1403年）。
明成祖朱棣为了粉饰夺取帝位的合法性，寸旨使臣下掩盖历史真相，销毁建文时期的政府档案，禁止关于这一事件的一切记叙。光有掩盖还不够，必须篡改历史。于是，《明成祖实录》如此写道：建文四年六月，“靖难”的军队打到南京金川门，“建文君欲出迎，左右悉散，惟内侍数人而己，乃叹曰：‘我何面目相见耶！’遂阖宫自焚”。
史家的春秋笔法已经显露无遗，对朱允■既不称惠帝，也不称建文帝，而径直改称“建文君”，以表示他并不是帝位的合法继承人：因为无脸见人，才畏罪自杀——“阖宫自焚”。燕王则显得高风亮节，捐弃前嫌，《实录》继续写道，他立即派遣太监前往救援，无奈来不及，太监把“建文君”的尸体从火中找出，报告燕王，燕王哭着说：果然如此痴呆？我来是为了扶翼你为善，你竟浑然不觉，而走上绝路！这分明是史官的粉饰之言。假如建文帝不“自焚”，也必死无疑。事实上朱棣上台后，对建文帝的亲信大臣如齐泰、黄子澄、方孝孺等，展开了一场又一场大屠杀，被人称为“瓜蔓抄”。其残酷的程度可与乃父朱元璋惩处胡惟庸、蓝玉党案相媲美。
《明成祖实录》所说，当然不是历史的真相。明末文坛领袖钱谦益的《有学集》中有一篇《建文年谱序》，这样写道：他在史局（国史馆）工作三十余年，博览群书，唯独对于“建文逊国”（明朝官方对于朱棣夺取帝位的一种标准宣传口径）一事搞不清楚而伤心落泪。原因有三：一是《实录》无征，二是传闻异辞，三是伪史杂出。因此他称赞赵士■所编《建文年谱》，荟萃诸家记录，再观真相，感人至深，“渎未终卷，泪流臆而涕渍纸”。可见从明初到明末，始终有人在探求建文帝之谜。
就连明成祖朱棣自己�