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眼看时机成熟，袁崇焕便单刀直入向毛文龙兴师问罪：本部院与你谈了三日，只道你回头是迟也不迟。那晓得你狼子野心，总是一片欺诳，到底目中无本部院犹可，方今圣大子英武天纵，国法岂容得你！
不容毛文龙申辩，袁崇焕立即当众宣布毛文龙十二条当斩之罪：一，九年以来兵马钱粮不受经略巡抚管核；二，全无战功，却报首功；三，刚愎撒泼，无人臣礼：四，侵盗边海钱粮：五，自开马市，私通外夷；六，亵朝廷名器，树自己爪牙；七，劫赃无算，躬为盗贼：八，好色诲淫；九，拘锢难民，草菅民命：十，交结近侍；十一，掩败为功：十二，开镇八年，不能复辽东寸土。
即使袁崇焕所说全是事实，这十—二条中也只有二三条够得上称为罪状，其余各条大多为官场和车队的通病，并非毛文龙所独有，如果以此定“当斩之罪”，那么当斩的官僚、将领多得很，何必非斩毛文龙不可？况且毛文龙毕竟有牵制后金（清）军队的功劳，这是令毛文龙和旁观者难以心服口服的，然而此时已经没有讨价还价的余地了。袁崇焕说完十二条罪状之后，面向京城方向请命：“缚文龙，去冠裳！”
一向桀骛不逊的毛文龙岂肯在自己的地盘就范。袁崇焕申斥道：你道本部院是个书生，本部院是朝廷一个首将。尔欺君罔上，冒兵克饷，屠戮辽民，残破高丽，扰登莱，尔罪岂不应死？接着向在场的毛部将士大人声说：今日杀了毛文龙，本部院不能恢复全辽以还朝廷，愿试尚方（剑）以偿尔命。毛文龙如此罪恶，尔等以为应杀不应杀？若我屈杀文龙，尔等就来杀我。其实他早已命随行的参将布置停当，毛部将士已无反抗的可能。众将官相视火色叩头哀告。毛文龙以为处死他是皇上的旨意，只得求饶：文龙自知死罪，只求恩赦。
袁崇焕毫不松口：你不知国法久了，若不杀你，尔江一块国土非皇上所有。说罢，朝西叩头请旨：臣今诛文龙，以肃军政，镇将中再有如文龙者，亦以是法诛之。臣五年不能平奴，求皇上亦以诛文龙者诛臣。然后取下尚方宝剑，交给旗牌官，立即将毛文龙斩于帐前。
袁崇焕与毛文龙毛文龙的功过是非（3）
一代枭雄威震辽东的总兵，没有死在努尔哈赤和皇太极的手—卜，而死在督师钦差的尚方宝剑之…卜，对于毛文龙而言是悲剧的结局，对于袁崇焕而言是悲剧的开端。
待改编了东江军队后，袁崇焕为毛文龙举行了祭礼，在他的灵柩前拜祭道：昨日斩尔，乃朝廷大法，今日祭尔，乃我辈私情。
袁崇焕离开双岛，经旅顺口返抵宁远后，写了洋洋数千言的奏疏——《蓟辽督师袁崇焕题本》，在列举毛文龙的罪状及处斩的全过程之后，向皇上流露出惶恐的心情。尽管皇上赐予尚方宝剑，可以便宜行事，但毛文龙也有先帝赐予的尚方宝剑；生手，与一般总兵地位迥异。大敌当前，未经请示，竟然擅杀一名大帅，此事非同小可，无怪乎他要“战惧惶悚之至”，“席藁待罪”了。
崇祯皇帝获悉此事后，大为震惊，考虑到毛文龙既然已死，目前正要倚重袁崇焕收复辽东，不得不改变先前对毛文龙的优容态度，支持袁崇焕，表示“阃外原不中制，不必引罪”。
这一事件的处置，对于崇祯皇帝而言，实在是不得已而为之。因为他已把辽事全盘托付给了袁崇焕，由他全权处理，将在外君命有所不受，处夕E毛文龙自然难以问罪。他只要求袁崇焕能实现五年复辽的诺言，在此前提下，一切都可以听任他便宜行事。
对于袁崇焕而言，杀毛文龙人错特错，于己于国都无好处。
于己，他在杀毛文龙时曾发誓：我若不能恢复辽东，愿齿尚方（剑）以谢尔；在给皇帝的奏疏中也说：臣五年不能平奴，求皇上亦以诛文龙者诛臣。但是恢复辽东的军事行动尚未开始，先自同室操戈，削去自己的右臂，无异于把自己逼上了绝路，如果不能实观五年复辽的承诺，那么只有一死。一语成谶，不幸而被言中，袁崇焕果然比毛文龙死得更惨
（将另文细表）。正如谈迁在《国榷》中所说：“（袁氏）杀岛帅（毛文龙）适所以自杀也”。
于国，临敌斩帅乃兵家大忌，内部窝里斗的结果，使皇太：吸发兵南下没有了后顾之忧，不费一兵一卒而坐收渔翁之利。毛文龙所说“将江山而快私忿，操戈矛于同室”并非夸张之词。夏允彝《幸存录》的评论还是比较客观公止的：“（毛）文龙当辽事破坏；之后，从岛中收召辽人，牵制金、复、海、盖（按：指辽东半岛金州、复州；海州、盖州四卫之地），时时袭东，有所斩获，颇有功。但渐骄恣，所上事多浮夸，索饷又过多，朝论多疑而厌之者，以其握重兵，又居海岛中，莫能难也。”袁崇焕杀毛文龙反映了朝论的这种倾向。但是从全局看，毛文龙作为平辽将军的存在，毫无疑问对后金（清）是一大威慑力量，是他们南—卜进关骚扰的后顾主忧，有着不可忽视的战略意义。对此，袁崇焕也不否认：“东江一镇，乃牵制之必资也。”
尽管皇帝对袁崇焕杀毛文龙不予追究，但是朝廷有关方面官员还是进行了委婉言批评。
《明清史料》所收的两个题本最能说明问题。负责监察兵部的兵科都给事中张鹏云说：毛文龙所控制的旅顺附近的金复海盖四州，实为要地，与宁远可以呼吸相通，倘驻兵于此，平时可以壮声势，战时可以探虎穴。兵科给事中宋呜梧也说：兵法讲究犄角以牵制，多方以误之，当后金全师出击时，如能分疲其势，就能使其攻捣徒劳。如能掌控复州盖州以及东江一带，以窥辽沈，尤为全策。都旁敲侧击地肯定了毛文龙及其辖地在牵制后金（清）军队方面的战略作用。
止因为如此，后金（清）方面早就把毛文龙视力眼中钉，对他软硬兼施，但征讨与招降都没有收到什么效果。皇太极无法做到的事，袁崇焕帮他做到了，岂不令亲者痛仇者快吗？毛文龙被杀的直接后果，便是几个月后发生的“己巳之变”——后金军队突破长城边关兵临北京城下。这一事件从反面证明，毛文龙的牵制作用一旦解除，后金（清）就可以肆尢忌惮地长驱南—卜，足以令人深省。
当时的一些官员已经看到了袁崇焕杀乏文龙与“己巳之变”之间的联系。候补科阮震亨在传闻毛文龙部将有背叛迹象时，表示不胜惊忧：弹丸海岛一旦落入敌人之手，足以为明朝大患，扬帆上下，可以无所不攻。兵科给事中陶崇道也以岛兵告变，指责袁崇焕假公济私，毛文龙无罪就戮，为今之计，应当尽快把在京师的毛文龙之子派去安抚。但为时已晚，毛文龙的部将孔有德、耿仲明等在登州哗变，几乎所向披靡，酿成山东大乱。它以一种令人遗憾的方式向人们表明，毛文龙的军队并不像袁崇焕所说只会冒饷不会宁丁仗。不久，孔、耿率部投降皇太极，成为南下攻伐的一支相当有杀伤力的武装。当然，孔、耿的叛变责由自负，但袁崇焕杀毛文龙起到了为渊驱鱼为丛驱雀的作用，则是不可否认的。
袁崇焕与毛文龙袁崇焕之死（1）
袁崇焕之死
明末的辽东战场，努尔哈赤的后金（清）军以叫咄咄逼人之势，攻城略地，成为明朝的心腹之患。在此风云激汤之际，堪称中流砥柱者，大概非袁崇焕莫属。
在他之前，兵部侍郎杨镐出任辽东经略，不但没有收复火地，反而遭到空前惨败。继任辽东经略的熊廷弼，以固守为上策，稳定了局势，但是被卷进了无谓的内耗中，遭诬陷而罢官。取代他的袁应泰不懂军事却义固执己见，导致辽东战略重镇沈阳与辽阳的相继沦陷。朝廷不得不重新起用熊廷弼为辽东经略，同时任命王化贞为辽东巡抚，互相掣肘，终于导致“经抚不和”，酿成广宁惨败。由于王化贞有“阉党”背景，熊廷弼就成了替罪羊，落得个斩首后义传首九边的悲惨下场。继任辽东经略孙承宗颇想有所作为，不意遭到“阉党”攻击，被迫辞官归乡。新任辽东三经略高第态度消极，撤退山海关外守军，努尔哈赤亲率主力进犯宁远（今辽宁兴城），镇守宁远孤城的袁崇焕宁丁了一个人胜仗，声名人震。袁崇焕，字元素，号自如，万历四十七年进十，天启六年山任辽东巡抚，镇守宁远。在孤立无援的情况—卜，拒绝努尔哈赤的诱降，刺血为——书激励十兵，指挥唐通判用红夷人炮击中努尔哈赤的黄龙幕帐，迫使努尔哈赤退兵。宁远之战使袁崇焕崭露头角，也使屡战屡败的辽东战局出现了转机，连清朝人编纂的《明史》也不得不承认这一点：“我人清举兵，所向无不摧破，诸将罔敢议战守，议战守自崇焕始；努尔哈赤自从二十五岁征战以来，战无不胜攻无不克，此次宁远城—卜败北，忿恨而归，不久就病死于沈阳。之后袁崇焕又在锦州、宁远再次挫败皇太极，天启皇帝欣喜若狂，在谕旨中称：十年积弱，一旦挫其狂锋。令人不可思议的是，这样一位扭车专十年积弱，力挫敌人狂锋的大将，竟然遭到专擅朝政的魏忠贤的忌恨，唆使党羽上疏弹劾，迫使他辞官而去。
崇祯皇帝即位以后，为了扭转辽东局面，重新起用袁崇焕，任命他为都察院右都御史兼兵部添注左侍郎。兵部署部事左侍郎吕纯如请求皇上重用袁崇焕，他对袁的评价独具只眼，概括为十个字：“不怕死，不爱钱”和“曾经打过”。这种品格，在当时的朝廷人臣和封疆人吏中十分难得，要在辽东力挽狂澜，非袁莫属。崇祯皇帝接受这一建议，提升袁崇焕为兵部尚书兼都察院右都御史、督师蓟辽兼登莱天津军务，把辽东军政全权委托给他。
崇祯元年七月十四日，崇祯皇帝在平台召见廷臣与袁崇焕，讨论辽东事宜，希望袁崇焕能