所谓“密约”。袁崇焕其实并没有和皇太极订立什么“密约”，对于皇上的简单问话，竟一时语塞，无言以对。皇帝以为他默认了，不由分说地厉声下令：“着锦衣卫拿掷殿下！”锦衣卫校尉们一拥而上，把袁的朝服脱去，扭押到西长安门外的锦衣卫大堂，发镇抚司监候。
袁崇焕与毛文龙袁崇焕之死（3）
对于皇帝突如其来的这一重大举措，内阁辅臣们极力劝谏：临敌易将，兵家所忌。皇帝回答说：势已至此，不得不然。看得山来，他是有不得已苦衷的，又不能把关于“密约”的传言公然摊到桌面上，所以当他与督师人学士孙承宗谈及此次处分袁崇焕时，只是追究袁作为督师的失职，丝毫未涉及其他因素：“朕以东事付袁崇焕，乃胡骑狂逞，崇焕身任督师，不先行侦防，致敌深入内地。虽兼程赴援，义钳制将士，坐视淫掠，功罪难掩，暂解任听勘。”理由固然冠冕堂皇，后果是极其严重的。文震孟在他的日记中写到获悉此事的感想反映了廷臣的忧虑：“十二月一日……忽闯上召袁崇焕督师，满桂黑云龙祖大寿等抚戎。已，闯崇焕下诏狱……余不觉顿足曰：噫，败矣……袁罪当诛，而此非其时也。”
确实，崇祯皇帝忽略了主帅被逮后辽兵的动向，这是一个潜在危险。兵部职方司郎中余大成向兵部尚书及时提醒：辽兵无主，不败即溃，今日之上策，莫若释放袁崇焕以维系军心，责成他驱逐敌军出境以自赎。事态的发展果然不出余大成所料。辽兵平素对袁督师十分感戴，机人寿又与满桂有过节，袁督师被逮，要他听满桂节制，激起辽兵不满，祖大寿在十二月四日一早悍然率部离京，回归宁远。这一突发事件引起朝廷上下震惊：敌兵还未撤退，一支最有战斗力的劲旅脱离战场，形势堪忧。
崇祯皇帝接受兵部尚书粱廷栋的建议，命令内阁六部等官员前往狱中，开导袁崇焕顾全大局，阻拦祖大寿东行。袁崇焕欣然从命，写了言辞极其恳切的书信，要祖大寿顾全大局。手持袁崇焕蜡书的的信使昼夜兼程疾驰，终于在距锦州一日路程的地方追上了祖大寿一行。祖大寿下马捧读袁督师手书，泣不成声，一军尽哭。祖大寿年逾八旬的老母果断地劝儿子率军回师北京，立功自赎并救袁督师。将士们听了无不踊跃，祖大寿挥师入关，收复永平遵化一带。皇帝闻讯大喜过望，他原本对袁崇焕疑心重重，及至听说收复失地皆辽兵之力，顿时又闪现出重新起用袁崇焕的意念，甚至还说出“守辽非蛮子不可”的话（所谓“蛮子”是对广西人袁崇焕的一种妮称），事情似乎有了转机。
一波刚平，一波又起。朝廷中一些别有用心的官僚唯恐天下不乱，乘袁崇焕被逮之机制造事端，阉党余孽上窜下跳，掀起了清查阉党逆案以来第一次翻案风波，并且由袁崇焕牵连到内阁辅臣钱龙锡，终于使袁崇焕的罪名层层加码，丧失了转圜的可能。
山东道御史史在这方面起了极坏的作用。他在崇祯三年八月初六日的奏疏中，捏造事实诬劾已经辞官的钱龙锡“主张袁崇焕斩帅致兵，倡为款议，以信五年成功之说，卖国欺君，秦桧莫过”。与督师大员商议平辽方略，是内阁辅臣的份内主事，居然被扣上“卖国欺君”的人帽子，并与千古罪人秦桧相提并论，居心险恶之极。他还不着边际地捏造钱龙锡接受袁崇焕贿赂，“擅权主款”云云。
皇帝接到这一份火上浇油的奏疏，怒不可遏，不加核实便草率下旨：“崇焕擅杀逞私，谋款致敌，欺藐君父，失误封疆，限刑部五日内具奏。龙锡职任辅弼，私结边臣，互谋不举，下廷臣会议其罪。”袁崇焕的命运岌岌可危了。
八月十六日下午，皇帝在平台召见文武人巨商议处决袁崇焕事宜。他在列举袁崇焕种种罪状之后，以咨洵的口气问道：法司如何定罪？人臣们都不敢造次，一味顿首，听凭皇上发落。皇帝见人家并无异议，随即宣布他的决定：“依律磔之！”所谓“磔”，乃是一种酷刑，即寸寸脔割致死。
袁崇焕之死惨不忍睹。据张岱《石匮书后集》记载，袁崇焕绑赴西市处磔刑时，“割肉一块，京师百姓从刽子手争取生啖之，刽子乱扑，百姓以钱买其肉，顷刻立尽。开瞠出其肠胃，百姓群起抢之，得其一节者，和烧酒生啮，血流颊间，忧唾骂不已。拾得其骨者，以刀斧碎磔之，骨肉俱尽。止剩一首，传视九边”。他的死比熊廷弼要惨多了。这种事例的一再出现让人们寒心：难道那个时代为国家献身的人都要付出如此沉重的代价么？
袁崇焕死后，他的兄弟妻妾被流放到福建，家财没收。《明史·袁崇焕传》如此写道：“崇焕无子，家亦无余资，天下冤之。”又说：“初，崇焕妄杀文龙；至是，帝误杀崇焕。自崇焕死，边事益无人，明亡徵决矣。”读来令人感慨唏嘘不已。如果说袁崇焕妄杀毛文龙是一大错误，那么崇祯皇帝误杀袁崇焕是错上加错，两者均为亲者痛仇者快，使皇太极不费吹灰之力而除去两员难以对付的大帅。对于明朝而言，杀袁崇焕无异于自斩手足，自毁长城，此后再难以谋求足以克敌制胜的帅才，辽事更加难以收拾。杨士聪《玉堂荟记》说：“封疆之事，自此不可问矣。”
明清中一代宗师孟森1936年著文《明本兵粱廷栋请斩袁崇焕原疏附跋》，对袁崇焕被杀一事议论道：“（崇祯）二年六月，（袁崇焕）遂以便宜诛毛文龙。于是崇焕一身，在明诋为罪大恶极之人，而清太宗反间之计得行。阉党余孽，媒孽其间，思宗愚而自用，诸臣意气用事，崇焕功罪一日不明。“一个罪不致死的有功之臣遭到他所效忠的朝廷如此不公平对待，面且从崇祯一直到南明，始终没有人为他鸣冤叫屈，令人心酸。袁崇焕之死，难道仅仅是他自己的悲剧吗？