珍以后，得知张献忠率军已到西充一带，鳌拜再次充当先锋，率先头部队前往狙击，结果两军相遇，鳌拜大破大西军，阵斩张献忠。接着他又深入四川、贵州等地，杀死大西政权的大小官员一千多人，基本上消灭了四川一带的大西军。
清朝一统天下后，鳌拜的地位不断上升，在顺治帝福临死后成为了顾命大臣之一，权倾天下。他并不像金庸在《鹿鼎记》中描写的那样，是一个头脑简单的武夫，实际上，在他辅政期间虽然大力压制汉族大臣和知识分子，反对汉化，并为防范台湾郑家错误地实行了迁海政策，但还是实行了很多恢复经济、整顿吏治的措施的，比如1668年“更名田”这样的德政。玄烨亲政后，鳌拜成为他独掌大权的重大障碍。1669年五月十六日，玄烨利用“布库游戏”擒住鳌拜，结束了他的辅政。鳌拜并没有像《鹿鼎记》所说那样被杀掉，而只是被革职抄家后关押了起来，不久死于被关押的地方。由于鳌拜早年立有赫赫战功，既没有严重的违法乱纪又无恶性的贪污受贿，更无图谋不轨的野心，而且还做了一些有利于社会发展的事，所以玄烨其实并不憎恨他，晚年时还追忆起他的功劳。他对清朝总体上还是功大于罪。