7月2日，杜鲁门大体批准这个宣言。但是，新任国务卿詹姆斯·贝尔纳斯对第12条最后一句话提出疑问。罗斯福时代的国务卿赫尔也认为，它听上去“太像姑息迁就”了。他给贝尔纳斯献策说：“必须剥夺天皇以及统治阶级的一切特权，使之在法律面前与其他人平等。”美国舆论也持同样看法，在刚举行过的一次民意测验中，1/3的人主张处决裕仁，37％的人主张审判他，判处无期徒刑或处决，只有7％的人认为不必管他或留作傀儡。
在乘坐“奥古斯塔 ”号巡洋舰前往波茨坦的途中，杜鲁门与贝尔纳斯最终决定把第12条的最后一句话删去。
7月15日，杜鲁门率先抵达首脑会议会址波茨坦郊外一个名叫巴贝尔斯堡的小镇。五分钟后，英国首相丘吉尔的专机也降落了。第二天中午，苏共中央总书记斯大林乘专列抵达柏林。
会议定于17日下午5点开幕。
16日晚7点30分，在波茨坦的史汀生接到了从华盛顿发出的一封电报： 今晨进行了手术。诊断尚未全部结束，但结果似令人满意，并已超出预料。必须发布当地新闻，因为关注甚为广泛。格罗夫斯医生极为高兴。他明天回来。我将继续向你发报。
世界上第一颗原子弹于当地时间清晨5点30分在新墨西哥州的阿拉莫戈多成功地爆炸了。负责制造原子弹工程（即“曼哈顿计划”）的莱斯利·格罗夫斯将军和他的副手托马斯·法雷尔在1万码的距离外观看了爆炸情况。史无前例的巨大爆炸令法雷尔肃然起敬。他不禁喊道： “战争结束了！”格罗夫斯答道：“不错，结束了。只要在日本扔它一两颗，战争就结束了。” 17日中午，斯大林、莫洛托夫和翻译巴甫洛夫对美国总统进行了礼节性拜访。在交谈中，斯大林通知杜鲁门，苏联准备在8月中旬参加对日作战，就像在雅尔塔会议上商定的那样。杜鲁门由于尚未接到有关原子弹的详细报告，没有向斯大林吐露真相。
第五部分灭顶之灾（4）
18日下午，杜鲁门回拜斯大林。斯大林把天皇要求把近卫公爵当作和平使者加以接待的电报让杜鲁门过目。由于美国早已能够破译日本外务省与莫斯科大使馆的来往电文，杜鲁门对上述电报了如指掌。为了掩饰这一点，他请斯大林自行决定如何处置。
就这样，留守莫斯科的洛佐夫斯基，在让佐藤大使坐等五天之后，于18日深夜交给他一封密函，声称由于天皇的建议含糊不清，近卫的使命也不明确，苏联政府无法做出任何确定答复。
苏联政府的回答令日本政府乱了方寸。经过几日研究后，东乡外相于21日夜间不得不让佐藤大使向苏联转告日本打算结束战争的真实意图： 近卫特使的使命，是奉天皇意旨，请求苏联政府尽力斡旋和平，以结束战争，面陈有关这一问题的具体意图，同时商谈关于建立包括战时及战后作为帝国外交基础的日苏合作关系事宜。
尽管日本人一再恳求，苏联却再也没有做出任何答复。日本企图破坏盟国间的团结、改变自身不利地位的阴谋彻底破了产。
同一天，史汀生向杜鲁门和贝尔纳斯宣读了一份原子弹爆炸目击者的报告，详尽地描述了发生在阿拉莫戈多的可怕情景。杜鲁门听后精神振奋，觉得这是上帝对美国的垂青。得知消息的丘吉尔也认为，原子弹是愤怒的基督再临人间。
24日，得意忘形的杜鲁门在当天会议结束时，假装漫不经心地向斯大林说了一句，美国如今 “具有一种破坏力异乎寻常的新式武器”，却没提“核”或“原子”一词。斯大林立刻明白了杜鲁门所说的是什么，但他表面上很冷静地回答说，听到这个消息很高兴，希望美国人“ 好好用它对付日本人”。
杜鲁门本以为他的话会对斯大林产生威吓作用，他很想看看苏联人害怕的样子。然而，他的愿望未能实现，他只得失望地离去。斯大林一回到住地，就打电话找到苏联负责研究原子弹的物理学家库尔恰托夫，命令他加速原子弹的研究工作。同时，他命令苏联远东红军加速进行对日作战准备，争取早日开战。
杜鲁门回到住地，下定决心对日本投掷原子弹，以检验原子弹在战争中的实际效果，并且让世界上所有人都明白美国才是这个星球的主宰力量。不出24个小时，马歇尔和史汀生向新上任的战略空军司令卡尔·斯帕茨将军下达了投掷原子弹的命令： 1945年8月3日后，一俟天气条件允许目视轰炸，第20航空队第509混合大队将对下列目标之一投放第一颗特种炸弹：广岛、小仓、新NFDE7和长崎。为运载陆军部军职及文职科研人员对此炸弹之爆炸情况进行观察和记录，另派飞机随携带炸弹之飞机同行。观察机将呆在炸弹爆心点若干英里外…… 随着投放原子弹的准备一切就绪，剩下的就是要向日本发出最后警告了。7月2 6日，杜鲁门下令由华盛顿的战略情报局公开向日本播发这个最后警告——《波茨坦公告》。《波茨坦公告》的全文如下： 一、余等：美国总统、中华民国国民政府主席和英国首相，代表余等亿万国民，业经会商，并同意对日本应予以一机会，以结束此次战争。
二、美国、英帝国及中国之庞大的陆海空部队，经由西方调来的军队和空军的增援，业已增强多倍。即将予日本以最后之打击。彼等军事力量受所有盟国之决心之支持及鼓励，对日作战，直至其停止抵抗为止。
三、德国无效果及无意识抵抗全世界激起之自由人之力量，所得之结果，彰彰在前，可为日本人民之殷鉴。
此种力量当其对付抵抗之纳粹时，不得不将德国人民全体之土地、工业及其生活方式摧残殆尽。但现在集中对付日本之力量则较之更为庞大，不可衡量。吾等之军力，加以吾人之坚决意志为后盾，若予以全部实施，必将使日本军队完全毁灭，无可逃避，而日本之本土也必终归全部摧毁。
四、现时业已到来，日本必须决定一途，其将继续受其一意孤行计算错误，使日本帝国已陷于完全毁灭境地之军人之统制，抑或走向理智之路。
五、以下为吾人之条件。吾人绝不更改。也无其他另一方式。犹豫迁延，更为吾人所不容许。
六、欺骗及错误领导日本人民使其妄欲征服世界之威权及势力，必须永久剔除。盖吾人坚持非将不负责任之穷兵黩武主义驱出世界，则和平安全及正义之新秩序势不可能。
七、在如此之新秩序建立前，及在日本制造战争之力量业已毁灭有确实可信之证据前，日本领土上经盟国指定之地点，必须予以占领，俾吾人在此陈述之基本目的得以完成。
第五部分灭顶之灾（5）
八、开罗宣言之条件必将实施，而且日本之主权必将限于本州、北海道、九州、四国及吾人所决定其他小岛之内。
九、日本军队在完全解除武装以后，将被允许返其家乡，得有和平及生产生活之机会。
十、吾人无意奴役日本民族或消灭其国家，但对于战罪人犯，包括虐待吾人俘虏者在内，将处以法律之严厉裁判。日本政府必须将阻止日本人民民主趋势之复兴及增强之所有障碍予以消除。言论、宗教及思想自由以及对于基本人权之重视，必须建立。
十一、日本将被允许维持其经济所必需及可以偿付实物赔偿之工业，但可以使其重新武装作战之工业不在其内。
为此目的，可准其获得原料，以别于统制原料。日本最后参加国际贸易关系当被允许。
十二、上述目的达到及依据日本人民自由表示之意志成立一倾向和平的及负责任的政府以后，盟国占领军队当即撤退。
十三、吾人通告日本政府立即宣布所有日本武装部队无条件投降，并对此种行动诚意实行予以适当及充分之保证。除此一途，日本即将迅速完全毁灭。
7月27日上午6点，东京的“海外放送受信局”收听到了《波茨坦公告》。东乡外相在研究公告内容后，得出两点看法：从苏联未参加公告的签署来看，似乎苏联仍维持对于日本的法律上的中立；同盟国已放弃以前的绝对无条件投降的主张，而是提出了同日本建立和平的八项特殊条件。东乡认为，美、英、中三国从苏联方面听到了日本要结束战争的愿望，便一改一直要求日本无条件投降的态度，代之提出了和平条件。
基于以上判断，东乡得出以下结论：第一，为给今后和平谈判留下后路，对《波茨坦公告》不予拒绝是必要的；第二，应等苏联对于派遣近卫特使一事做出最后答复后，再决定日本的态度。
东乡亲自将这一结论上奏天皇，并敦请“无论在国内还是国外都应极其慎重地”对待《波茨坦公告》。在随后举行的最高战争指导会议上，虽然丰田军令部总长要求明确拒绝三国的最后通牒，但东乡的意见还是得到了通过。
在下午的内阁会议上，对是否在日本国内发表《波茨坦公告》，争论相当激烈。最后决定予以发表，但其中可能挫伤国民战斗意志的词句（如允许军队解甲归田和无意奴役日本民族等条款），暂时不予发表；同时，政府坚决不发表任何意见。各报刊登时应低调处理，用小号字体印刷。
第二天清晨，各报遵照内阁方针发表了有关消息，没有刊载社论。但是，《每日新闻》用大字标题宣称三国公告是“可笑的事件”，《朝日新闻》则表示《波茨坦公告》“并不是件了不起的大事，只能加强我国政府不屈不挠地将战争进行到底取得最后胜利的决心”。
东乡外相认为军方在其中捣了鬼。军方则更进一步，要求铃木首相发表声明，表明政府反对三国公告的立场。铃木被逼无奈，只得�