塞，死者不计其数。松井石根见状大喜，指挥各路日军以猛烈炮火轰击，出动飞机轰炸，中国军民死伤无数，只有少数部队突围成功，十多万大军多为日寇凶残屠杀。12月13日，日寇占领南京。12月17日，华中方面军举行侵占南京的入城仪式，松井石根骑着栗色高头大马，耀武扬威地进入南京。美国作家戴维·贝尔加米尼生动地描写松井石根“凯旋入城”的情景如下：
12月17日，星期五，早晨，身材矮小的松井将军举行了入城仪式。这期间，浩劫有所缓和。松井因患慢性肺病刚刚发过高烧，还没有完全恢复过来，就被日本海军汽艇溯江而上送至南京码头，然后请进小汽车，来到城东疮痍满目的中山门三孔拱桥。在那里，他骑上一匹英俊的栗色马，马鼻子上长着一条很窄的表明马种的白色条纹……响起了嘹亮但吹得走调的军号声，于是，松井便率领着桥本以及朝香宫的随员进入了被征服者的首都。他面前的大街两旁站满了数万日军士兵。他使马前肢跃起，后肢站立，漂亮地把马转向东北方向遥远的日本皇宫。附近，日本广播电台的播音员迅速用柔和而激动的声调对着麦克风说：“松井将军率领将士为天皇陛下三呼万岁。”……松井骑马沿着精心清理过的路线，穿过大街和成千上万的欢呼的士兵，一直抵达城北部的首都饭店。［美］戴维·贝尔加米尼：《日本天皇的阴谋》，上册，商务印书馆1984年中文版，第88—90页。
在南京首都饭店举行的为庆祝日本攻占中国首都南京的盛大宴会上，松井石根喝着美酒，拼命用尖嗓门吼叫：“陆军大元帅陛下万岁！”日本电台技术员对这位华中派遣军司令官的军国主义狂热感到吃惊，对他的尖声狂叫不以为然，赶忙把录音机声量放小，以防声量过大使信号失真。松井石根意犹未尽，又指挥日寇第10军军长柳川平助、第6师团师团长谷寿夫等，对手无寸铁的几百万南京军民进行血腥大屠杀，使30多万中国人惨遭杀害，但也很快遭到各国人民的严厉谴责。日本当局为掩人耳目，只得将其召回东京。日本投降后，松井石根被远东国际军事法庭处以绞刑，被永远地钉在了历史的耻辱柱上。
第二部分南京大屠杀（1）
集体大屠杀南京大屠杀是日本帝国主义对中华民族犯下的滔天罪行，是侵华日军兽性的恶性大发展，更是人类文明史上的奇耻大辱。这次惨绝人寰、震惊中外的血腥大屠杀，持续时间之长，屠杀规模之大，杀人手段之凶残，受害人数之多，迄今罕见。在当今文明社会的各种字典中，都难以找出一个恰当的词汇，形容侵华日军在南京的暴行。日军使用了各种残暴手段，屠杀了手无寸铁的平民百姓和放下武器失去战斗力的中国官兵达30余万人，是各种酷刑的“集大成者”。1947年3月13日，在南京国防部军事法庭上对南京大屠杀罪犯之一谷寿夫进行审判，公布其罪证事实时指出，在谷寿夫部队驻京期间，即从“12月12日至同月21日”，“计于中华门外花神庙、宝塔桥、石观音、下关、草鞋峡等处，我被俘军民遭日军用机枪集体射杀及焚尸灭迹者，有单耀亭等19万余人。此外零星屠杀，其尸体经慈善机关收埋者15万余具。被害总数达30万人以上”。1982年日本出版的《南京大屠杀》一书的作者，日本史学家洞富雄，经研究、具体推算和周密调查，指出南京城区被害者不下20万人，郊区被害者10万人，全部被害30万人。南京大屠杀，早已为中国和世界各国人民闻知并刻骨铭心，日本侵略军的暴行也早已被钉在历史的耻辱柱上了。但是，在日本尚有少数人，不正视历史事实，甚至公然歪曲事实，口出狂言，大放厥词，胡说什么南京大屠杀“是被安上了一个莫须有的罪名”，“可以肯定地说，南京大屠杀是没有的事”，完全“是虚构”的，“纯属子虚乌有”。事实胜于雄辩，谎言毕竟是谎言，还是让血写的事实来作证吧！凡是富有正义感的人，在明了事实、闻见幸存者之控诉，便再也没有脸面为侵华日军在南京的暴行辩护、并掩盖其所犯的暴行了。
12月13日南京城陷落，侵华日军各师团按松井石根《攻占南京要略》的规定，从各门进入南京市内，分窜各区，进行血腥“扫荡”。当时，未及撤退留在城内外的放下武器的中国士兵约10万余人，城外还有从淞沪战场退下来的众多病伤散兵。如何处理10万之众的俘虏，刚进城的日军部队曾请示过军司令部，得到的回答是“适当处分”。所谓“适当处分”，就是可以将俘虏任意杀掉。虐杀俘虏的方针，在日军进攻上海时就已经确定了。日本侵略集团把侵华战争看作是对中国的“膺惩”和讨伐，是“发扬日本武威，慑服中国”，因此可以使用最残酷和最野蛮的手段，包括杀害俘虏。日本军队在军国主义思想灌输下，视为天皇进行“圣战”为天职，在占领南京后，“皇军”神圣的狂喜几乎到了发疯的地步，以致进入南京城的日军，羁压大批放下武器的中国士兵，并借搜查散兵为名，大肆捕捉无辜百姓和失去抵抗力的中国官兵。在占领南京的最初6周内，进行了野蛮而凶残的集体大屠杀。屠杀地点有：汉中门、鱼雷营、中山码头、大方巷广场、三汊河放生寺、草鞋峡、下关、龙江口、燕子矶、上新河、煤炭港和中华门外花神庙等十几个地方，被杀军民19万余人。南京几乎成为杀人屠场。12月13日，在长江下关、挹江门一带还聚集着很多难民和未来得及撤走的中国军队。日军第16师团第30旅团旅团长佐佐木到一的部队到达下关后，对聚集在江边的人群用机枪扫射，人们纷纷倒地，横尸江边，鲜血染红了扬子江水。另一支部队在挹江门附近向溃退的中国士兵开火，顿见首身份离、缺肢断臂的尸体横倒竖卧在沙袋堆之间。事后，佐佐木到一在作战记录《南京攻略》中写道：“共打了15万发子弹。”太平门城门口堆积着500余具中国士兵的尸体，护城河内尽是尸体。这一天，日本随军记者铃木二郎将见到的极其恐怖、凄惨的大屠杀记述下来：在中华门附近的城墙上，“俘虏们在25公尺高的城墙上排成一列。许多日本兵端着插上刺刀的步枪，齐声大吼，冲着向俘虏们的前胸或腰部刺去，（俘虏们）一个接着一个被刺落到城外去了。只见飞溅的血雨喷向半空，阴森的气氛使人汗毛直竖，混身战栗”。有组织、有计划的集体大屠杀，从12月15日开始了。汉中门外集体大屠杀。12月15日，日军将从安全区司法院难民收容所内搜捕的中国散兵、青壮年男子和警察等2000余人，押至汉中门外，用机枪扫射，一时未断气的人，再被刺刀捅死，然后浇上汽油焚烧。幸免未死的原南京交通警察伍长德，作为汉中门外大屠杀的见证人，曾出席东京远东国际军事法庭，揭露日军的屠杀暴行。他说：
12月15日上午8点左右，忽然来了十几个日本兵，用刺刀把青壮年男子全部赶到外面，并被集中在马路上，共约2000人以上。11点钟左右，我们全体排着队被押着出发，走到首都电影院（现胜利电影院）门前时，从队伍后面开来了几辆卡车，运来了日本士兵和机枪，并由这几辆卡车在我们队伍前面开路，……下午1点到达汉中门，要我们这2000多人在城门里停下来，并被命令坐下。接着，两个日本兵拿着一根绳子，一人手持一头，从人群中圈出100多人，周围由日本人押着，带往汉中门外，用机枪扫死。……到下午5点多钟，我本人也被圈进去了。日本兵把我们带到护城河边上，赶到河堤斜坡下面。我见到河堤两侧，架着两挺机枪，再定神一看，眼前横七竖八全是倒卧着的尸体。我急了，就情不自禁地向前跑了几步，纵身一扑，扑倒在乱尸堆上。就在我扑倒的同时，机枪响了，……我被埋在别人的尸体下面了。机枪射击声后，接着又响起了步枪声。等到步枪声停止后，我感到尸堆上像是有人在走动……原来日本兵在尸体堆上刺杀尚未断气的活人。……在这以后，我又连续听到两阵机枪声响，大约还屠杀了两批人。接着，日军就放火烧尸，我被浓烟烈火逼得受不了，熬不住了，就趁着天黑……好不容易逃回难民区。
第二部分南京大屠杀（2）
伍长德身上至今还留有一条5寸多长的伤痕。这一天在汉中门外的秦淮河，还有四五百名世代居住在这里的人被机枪射死，倒在血泊中。15日晚，日军用枪押着放下武器的中国土兵和平民百姓9000余人，朝长江边鱼雷营行进。日军已在鱼雷营置4挺机枪，当9000余人到达时，4挺机枪密集扫射，除殷有余等9人死里逃生外，余皆惨遭杀害。《纽约时报》记者都亭12月15日曾三次目睹日军集体屠杀俘虏的暴行。
12月16日的大屠杀。16日，日军从难民区搜捕万余名平民和散兵，其中数百人押至大方巷难民区附近的水塘边，用机枪射杀，尸体推进水塘，塘里的水被鲜血染成红色。其余全部押至煤炭港，于当天晚上，用绳绑后，用机枪射杀，尸体投入江中。16日的集体大屠杀还在中山码头进行。这天下午，日军将汇集在华侨招待所及其附近的中国士兵和普通百姓5000余人，押至中山码头，令人群沿江边人行道排成一行，有些人双手被反绑着，日军在路中每数十步放置一挺机枪，枪口对着人群，逼迫跳入江中，日军再用机枪扫射、用手榴弹炸、用刺刀戮，然后在尸体上浇上汽油，纵火焚尸灭迹。中山码头大屠杀的幸存者梁廷芳、白增荣于敌人屠杀时携手投江，幸而脱险。梁廷芳在1946年6月出席东京远东国际军事法庭作证时说：“12月16日，日军将难民5000余人押赴南京下关沿江排列，用机枪射杀。”梁廷芳和白增荣两人还在南京审判南京大屠杀罪犯谷寿夫时出庭作证。