中道者，痛加抨击。二师殁后，大乘学徒，依违于无自性及唯识之间，争端不绝。瑜伽、中观分河饮水，显密亦复异趣矣。西藏显教，般若唯识中观之学，皆由上来传承，及藏士后贤著述，加以发扬者。
至于密乘，在印度有可据者，弘开于僧护。在波罗王朝第四世达摩波罗王时，密乘益见发达。王专信师子贤，及智足二师，建超岩寺成为密乘教学中心。智足为师子贤之弟子，后得金刚阿阇黎之传而弘密乘，遍及作、修、瑜伽三部本典。密集、幻网、佛平等行、月明点、忿怒文殊等，皆广事流布，而于密集解释尤工。其后继为上座者，为燃灯智、楞伽胜贤（弘上乐轮）、吉祥持（弘夜摩）、现贤（弘明点等）、善胜、游戏金刚、难胜月、本誓金刚（弘喜金刚）、如来护、觉贤（弘夜摩上乐）、莲花护（弘密集夜摩）。此外在超岩寺同时弘此宗者尚多。如寂友，则通般若、俱舍，及作、修、瑜伽三部。又如觉密、觉寂，则精三部又特精瑜伽，著作金刚界仪轨、瑜伽入门，及《大日经》集释等。又如喜藏亦弘瑜伽密部。又如甚深金刚、甘露密等，始传甘露金刚之法，而弘无上瑜伽。若时轮之学，似为后出。
据史而论，印度后期大乘佛学，一变再变，有密乘之兴，此时印度本土，波罗王朝岌岌已危，其最甚者，即为回教徒之侵入，使王朝终亡。佛教本身，在此以前，多受异学外道所侵，几不能保其余绪。密乘之兴，本以对待波罗门教，而图挽回世俗之信仰。至后独立发展，支蔓纷繁，集收愈多，创作愈紊，亦时势使然也。
西藏佛法之崛起
藏人称远在东晋时，已有佛典输入，其说自不足信。藏上开化较迟，其初流行一种拜物神教，名曰笨教（俗称乌教），以禁咒役神，示人祸福。至松赞干布王，先与尼泊尔通婚媾，娶其公主，据云携有佛经。次于唐贞观十五年，尚唐文成公主，公主素信佛教，由是佛法经像，随以传播。唐太宗时，藏王遣兵威胁边陲，以天下初定，用和亲策略而羁縻之。藏王条件，须得公主为偶，并请儒书等入藏。太宗商之宰相房玄龄，有谓圣人经史之教，不可传之番夷。太宗乃选宗女，号之曰文成公主，遣嫁于藏。侍从有儒士数人，道士五人。故西藏内地，及今可见太极图、八卦等标记。后世神庙，更有祀关羽之词（喇嘛大德，有以念卜课，法同汉地之占卜）。藏王受二妃信佛影响，又以接壤印度边境，诚信骤隆，乃派选大臣子弟端美三菩提等十七人，赴西北印度迦湿弥罗求佛典。七年乃归，仿“笈多”字体制定西藏文字，并译《宝云》、《宝箧》等经，实为佛学传播之始。史称此为前期佛学，迄今无存矣。中间亦经一次排佛灭僧时期，如汉土之厄。自此役后，佛学再兴，史称后期佛学。后先之间，事实多有不同，初期尚翻译整理，后期则事弘化矣。
西藏王统，至三十五世，当唐玄宗、肃宗之时，其王乞里双提赞工在位，力排朝臣异议，从印度聘致阿难陀等从事翻释。又遣巴沙南，赴尼泊尔，访求大德，遇寂护，即延入藏弘化。寂护以藏土信仰迷离，复返印度，再复重致，住藏达十五年之久，其学属中观清辨学派一系。秉律行持，悉从旧范。于藏都拉萨，建立三姆耶寺。聘印度比丘二十人居之，始建僧伽制度。此时有汉地僧徒，在藏讲学，其中领袖，名大乘和尚，说颇近似禅宗。以直指人心，乃得开悟佛性，依教修行，均为徒劳。被寂护弟子莲花戒驳斥无余，乃放逐出藏。故后世藏密之徒，谓中国无真正佛法，禅宗为外道知见，盖源于此。斯时一般藏人，以素奉神道，佛法传播，颇受阻碍。寂护请之于王，请乌仗那延的莲花生入藏弘法。莲花生大师，偕其弟子二十五人入藏。约经数月，以密咒法力，摧伏外道，为佛教护法，厥功至巨。莲师自无著述，其学说无从考证。藏中传其史传，谓为释迦化身、密宗教主，谓释迦灭后八年，不经母胎自莲花化生。并谓西藏佛法，皆传自莲师，故为旧派密乘之祖。此说多可议者，且存勿论。盖斯时印度佛教，已渐北移，后期名僧大德，以壤连西藏，皆由西北部逐渐入藏。如法称、净友、觉寂、觉贤等，皆入藏传密乘道者。
此后王统三传，至徕巴瞻王（西藏王统三十八世，当唐宪宗至唐文宗时），大弘佛法，翻译经典，于以完备。定立僧制，称师僧谓喇嘛，各给俸禄。旋王本身被其弟朗达玛王所弑。弟既嗣位，五年间，破坏佛法，杀戮僧众。几举提赞王百年来之培养，及徕巴瞻王廿载之盛业，毁之一旦。朗达玛王又被喇嘛吉祥金刚暗杀。王之党羽复仇杀喇嘛不稍宽假。僧众逃亡，国内分裂，全藏陷入黑暗期约及百年。此与唐武宗会昌之厄，先后相似。唯西藏佛教之受摧毁者，较会昌尤甚耳！
西藏后期佛法及派系朗达玛王毁佛灭僧之际，拉萨西南翠葆山间，有修行僧三人，出亡甘肃西南之安土，师事大喇嘛思明得具足戒。复有西藏梅鲁之僧众十人来学，复得具戒。后此诸人偕还藏土，恢得旧观。但秉持密法，掺杂神道，未为纯善。时有藏地额利王智光者，热情兴学，从东印度聘致大德法护及其弟子辈，广事译订，密乘复兴。其间密乘经典增译者，较昔为多，史称此谓后期佛学。
智光之嗣菩提光，延致阿底峡入藏弘法，尤为胜事。阿底峡尊者，一名吉祥燃灯智，东印度奔迦布人，博通显密，德重当时，曾为超岩寺上座。于公元一O三七年（宋仁宗景佑四年）入藏，巡化各地，凡经廿载。德行所感，上下归依。藏土佛学，为之一新。中间多事翻译，并著述《菩提道炬论》，极力弘扬显密贯通之学。尊者示寂（七十三岁，公元一O五二年），其弟子冬顿等益阐其说，针对旧传密法专尚咒术者，别立一切圣教，皆资教诫为宗。判三士道（下士人天乘、中士声闻缘觉乘、上士菩萨大乘）。摄一切法，又奉四尊（释迦、观音、救度母、不动明王），习六论（菩萨地、经庄严、集菩萨学、入菩萨行、本生鬘（mao）、法句集）。次第四密（作、修、瑜伽、无上瑜伽）。而以上乐密集为最。组织精严。迈于昔贤。遂称为甘丹派（甘丹之义，为圣教教诫之意）。藏土后之分立四派，于是兴矣。
宁玛派（意即古派，俗称红教）。此即旧传前期密乘之学，大要分九乘道。应身佛释迦所说者：声闻、缘觉、菩萨三乘。报身佛金刚萨埵所说者：密乘、外道、作修瑜伽三乘。法身佛普贤所说者：内道大瑜伽、无比瑜伽、无上瑜伽三乘。而复以无上瑜伽中之喜金刚为最究竟。行持随俗，不事律仪，但观修现显契证明空智，即得解脱云云。
迦尔居派（意云教敕传承，俗称白教）。创自摩尔瓦。其人曾三度游学于印度，师事阿底峡，复受密乘学于超岩寺诺罗巴之门。得金刚萨埵、娑罗诃、龙树以来之真传，精通瑜伽密中之密集，及无上瑜伽中之喜金刚、四吉祥座、大神变母等法。尤于空智双融解脱大手印等法，通达底蕴。归藏以后，授其学于弥拉莱巴。再传至达保哈解，取阿底峡《菩提道炬论》，与弥拉莱巴之大手印法，著《菩提道次第随破宗庄严论》，盖有取乎佛护中观之说以为诠释也。后因流传渐广，更分九小派，不一其说。九派中杜普派，于元初有大学者布顿者出，博贯五明，精通显密，整理注解大藏要典，创护律学密乘道甚多。立说平允，后世推重。
萨迦派（俗称花教）。创自藏王族衮曲爵保。后自藏州西百余里萨迦地方建寺聚徒教学，故得名焉。此派学说，融会显密，取清辨一系中观为密乘本义作解释。又以显教之菩萨五位（资粮、加行、见、修、究竟）与密乘四部对合而修，以彼此经相因果。以加行位中暖、顶、忍三昧耶断所取惑，世第一法三昧耶断能取惑，同时以菩萨智慧本性光明而入大乐定，则已达显密融合之境地矣。此说与宁玛派之学迳庭，故又谓之新学也。
希解派（意即能灭）。以元初南印度阿阇黎敦巴桑结为始祖。其学出于超岩寺，要以密乘四种断法除灭苦恼，极其通俗。有除灭三灯、夜摩帝成就法等。敦巴五度入藏行化，三传至玛齐莱冬尼，行脚一生，开化至盛云。
此外尚有爵南派。迄明万历间，此派有大学者多罗那他，博学能文，深通梵语，为译经之殿军。但此派至清初已改宗，今已无传。
上述诸派，除甘丹派专事教化以外，余均与政治有关，援引势力，施行威福。迦尔居派曾握揽藏中政治大权。萨迦派第二世孔迦宁保，尝由元成吉思汗予以西藏统治权。复受命开教于蒙古，至第四世孔迦嘉赞，学尤精博，应元库腾汗之召入朝，依用“兰查”字体，改定蒙文，受帝师尊号。其侄第五世炉思巴，更大得元帝信任，入朝为帝灌顶，亦受帝师之号，王公后妃，踊跃参加灌顶，秽迹流言，传之史乘。既而归藏统一久事纷争之十三州，悉举以臣事于元。西藏之喇嘛教者，即随之遍行汉土内地，内廷供养喇嘛费用，耗国库十之六七，其声势之大，岂可想象！
黄衣士派。降及明代，鉴于元代纵容喇嘛之弊，册封各派喇嘛为王，以杀萨迦派专横之势。迨永乐年间，西宁西南，有宗喀巴者出，游学全藏，目击颓败，慨然有改革之志。乃秉阿底峡之宗，采布顿之说，励行律仪，采诸派之长，而合一经咒之教融为一说。宗喀巴学行优越，德重当时，教化所及，靡然从风。门人学者，皆染黄衣冠，以别于旧时各派，故世称为黄衣派。于拉萨东南，建甘丹寺，弘传其学。后又建色拉、哲蚌二寺，为著名之三大寺焉。藏土久衰之佛法，焕然昭苏矣。
宗喀巴弟子有嘉察伯，及开珠伯二大家，均能传承其学。其在甘丹住持，而传宗师之衣钵者，为大弟子法宝，遂成后世甘丹座主传承之法统。后其高弟根敦、珠巴二人，创历世转生之说�