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眼前的危险处境使统治精英们十分恐慌，东久迩内阁立即提议由日本独立主持战犯审判，以便从同盟国手中夺回主动权。裕仁对此有些踌躇不安。如果战犯以他的名义依照国内法受到惩罚，那么他将被置于一种矛盾的立场，处境将非常尴尬。一直以来，东久迩每天都来拜谒天皇，突然间，他来的次数减少了。第二天（13日）重光外相请求GHQ允许日本进行独立审判，被GHQ拒绝。③将不会有由日本人主持的正式的战争犯罪审判；东京审判中将不会有日本法官参与；将不会有针对日本军队对日本人民犯下的罪行的审判。这些肮脏的工作将留给外国人去做。
麦克阿瑟个人对起诉战犯的事情很不耐烦。他的原则是迅速结束审判，对由于GHQ对证据和审理程序的宽松定义和不严密的规定所引起的滥用，既未加注意，也漠不关心。当审判曾在菲律宾与他对阵的投降的日本将军本间雅晴和山下奉文时，他即刻便做出了判决。在审判、定罪和宣判两人死刑（因为他们没有采取有效措施阻止下属的残酷暴行）之后，美国联邦法院的两位法官尖锐地批评了菲律宾美军军事委员会的诉讼程序以及他们所体现出来的报复情绪。对此感到恼怒的麦克阿瑟反击道：“对这种公正的方法持反对意见的只是少数……诡辩不能将审判限制在任何（特定的）形式中。问题在于本质。审判的纯洁度在于其目的，而不是细节。战争的规则和军法……在道义的严格界限内实现正义时总是具有充分的弹性。”④
麦克阿瑟批准了两人的死刑判决，之后写道：“其余的此类美国案件已由东京国际法庭作出裁决。”对他来说，美国军事委员会与国际战争犯罪法庭似乎没有什么不同。⑤
第四部分：东京审判突袭珍珠港
费勒斯准将在为ＣＩＡ的前身、战略情报局（ＯＳＳ）工作了一年后，于1943年下半年加入到麦克阿瑟在澳大利亚的西南太平洋陆军司令部。与麦克阿瑟同机到达日本的费勒斯立即开始工作，保护裕仁不因他在战争中和战争结束时所起的作用而受追究。费勒斯首要的目的是要确认他在战时搞的宣传计划的效果，同时保护裕仁不受战犯审讯。
费勒斯对大约40名日本战争领导人进行了私人审问，其中许多人后来被指控为最重要的Ａ级战犯。他的审问主要集中在5个月的期间内——1945年9月22日到1946年3月6日——在东京的巢鸭监狱通过两名翻译进行的。费斯勒的活动提醒了所有主要战犯嫌疑人意识到ＧＨＱ特别关注的事情，为他们调整各自的说法以免天皇受到指控提供了可能。⑥因此，在检察官为审判这些人收集可使用的证据的同时，费斯勒无意间为嫌疑犯们提供了帮助。很快，检察官就发现战争领导人的供述内容实际上是相同的。即天皇英勇地采取行动，独立自主地结束了战争。这个主题（检察官们并未告知）正好与费斯勒的目标——证实他自己的对日宣传运动的有效性——相吻合。
同样；1945年9月下旬到12月，由美国战略轰炸调查团（ＵＳＳＢＳ）的文官和军人进行的调查访谈； 为日本战时领导人保护裕仁提供了帮助。调查团的目的是评估空袭在日本决定投降上的效果，特别是原子弹的影响。ＵＳＳＢＳ成员也试图了解日本战时政治体系的运作方式。不用说，日本高层的政治和军事领袖，如木户内大臣、前总理大臣近卫、米内、铃木贯太郎、铃木的秘书迫水、木户的秘书松平康昌以及海军少将高木惣吉，将他们与调查团的接触视为保护“国体”的一种手段。他们回答问题时表现得极为配合，成为描述投降过程的主要证据来源。另外，他们还利用对自己的问讯影响了美国关于裕仁在结束战争时所起作用的官方看法。⑦
在结束了对被指控人的私人审问的同一天，费勒斯传唤海军大将米内光政到他在第一生命保险大厦的办公室。米内一直到最近都在东久迩内阁担任海军大臣，曾经见过麦克阿瑟。⑧1946年3月6日，米内和翻译沟田主一来到了费勒斯的办公室。他们被告知一些同盟国国家，特别是苏联，要求把天皇作为战犯进行惩罚：
作为对策，最好由日本方面证明天皇是完全无罪的。为此，即将到来的审判是一次最好的机会。特别是应当让东条在审判中承担全部责任。
也就是，想让东条这样说：
“开战前的御前会议上，即使陛下反对与美作战，我决心已定，要强行推动战争。”⑨
米内大将表示他当然同意这个安排。证明天皇无罪的最好的办法就是让东条和岛田承担所有责任。“而仅就岛田而言，我确信，他已经做好了承担全部责任的准备。”⑩
米内对岛田大将的信心是有根据的。币原政府一直在贯彻其为天皇免责的政策，并已通过横滨终战联络事务局局长铃木九万获得了岛田同意承担开战责任的保证。显然，还没有从东条那里得到类似的保证。
两个星期后，沟田对3月22日与费勒斯的第二次会谈作了备忘录。
谈话与对米内大将的内容大致相同。美国国内最有影响力的非亚美利加思想的倡导者是国务卿伯恩斯的最高顾问COHEN（犹太人、共产主义者）。几天前我对米内大将说的那番话，正像那时我说的那样，自己不是天皇的崇拜者，所以天皇制的存废自己并不关心，但如果让作为麦克阿瑟的合作者、帮助他能顺利地实施占领统治的天皇接受审判，对麦克阿瑟在本国的处境是非常不利的。这就是我提出那样要求的理由。
（向宫内省寺崎问）“那天我对米内大将说的话，已经跟东条说了吗？”
费勒斯露骨的反犹太主义（就像他和麦克阿瑟对富兰克林·Ｄ·罗斯福、新政和所有自由主义者怀有厌恶一样），以及他和麦克阿瑟向日本领导人传达的褊狭的信念，在新宪法草案中都没有体现，对向“象征”君主制的转换也没有产生影响。但是，麦克阿瑟为挽救裕仁不作为战犯受到审判而采取的特殊手段，对于日本人对战败的认识却带来了持久的、深刻扭曲了的影响。
在东京审判开庭的前几个月里，麦克阿瑟的高级将官们一直在忙于将突袭珍珠港的最终责任归结到东条英机将军的身上。东条的陆军同僚们也在这样做。早在9月份，当听说要逮捕他时，东条曾尝试自杀。在他身体复原时，他的前下属再次向他传言，他必须为保护天皇而活下去。东条接受了，并希望通过背负全部失败责任的方式接受耻辱。既然他的供词至关紧要，或者是免除裕仁的责任，或者是将裕仁牵扯进去，因此就必须有所准备，不能靠运气行事。
很显然，是考特尼·惠特尼少将最先意识到东条有关天皇战争责任供词的问题的。据东条的辩护律师盐原时三郎说，在东条开始为审判准备供词之前（估计在米内及其翻译与费勒斯会见之前），惠特尼就告诉米内说麦克阿瑟和杜鲁门总统“希望以天皇不承担责任的方式保护‘国体’”。但是在美国国内有“相当的反对派”反对这样做。东条在回答美国质询官时，既可以某种程度上怂恿天皇的反对者，也可以帮助控制局面。惠特尼的话反映了麦克阿瑟对来自美国国内，任何对占领实行干涉的过度敏感，也反映了麦克阿瑟打算利用东京审判作为他达成和平的手段的意向。
米内向盐原律师传达了这次谈话，盐原承诺在帮助东条设计辩护时会考虑到美国公众的意见。随后，在供词和法庭作证中，东条都遵循了日本政府关于天皇在1941年所起作用的官方见解：即只有被天皇委以权力的辅弼者应对当时的决策承担责任，“由于国家最高机关已经决定没有其他的选择，天皇不得不批准”开战。
数年后，东条的辩护顾问披露，当时，惠特尼、米内甚至首席检察官都在向东条施加压力，要求他按照麦克阿瑟所希望的那样作证。另外，裕仁曾给东久迩亲王打电话，查问事情的进展。
第四部分：东京审判国际法庭起草宪章
1945年12月6日、7日，当美国首席检察官约瑟夫·Ｂ·基南及其助手聚集东京，为组建由来自11个国家的法官和检察官组成的远东国际军事法庭（ＩＭＴＦＥ）和国际检查局（ＩＰＳ）时，他们所面对的是一个十分困难的局面。ＧＨＱ刚刚开始四处活动，命令日本政府保存好可能与战争犯罪有关系的官方机密文件。由于占领是通过日本政府间接实施的，直到1946年1月3日为止，ＩＰＳ官员都未能调查政府各省的档案记录。
更为重要的是，基南了解到麦克阿瑟遵照9月12日来自华盛顿的政策文件和10月6日基于此文件而制定的联合参谋部的指令，为国际法庭起草了宪章，并设立了一个统一的检察机关（ＩＰＳ）。政策文件（ＳＷＮＣＣ 57／3）限定了ＩＰＳ的权限范围，并将所有刑罚的“承认、减刑或……变更权力”交给麦克阿瑟一人。指令的最后一节，即第17项，指示他，没有华盛顿的明确指令，“不要采取反对将天皇作为战犯的措施”，从而为起诉裕仁留下了可能性。最高司令官一方面要在华盛顿的命令下行事，同时还要作为一个国际公务员、作为签署了投降文书，现在又被要求派出法官和检察官的同盟国的代表履行职责。麦克阿瑟的双重角色和他的行事方式增加了接踵而至的审判的复杂性。这使得法庭权威的本质变得模糊不清，不可避免地导致被告方断言东京审判事实上是美国的审判。