由基南指派负责调查“1937－1945年对中国的军事侵略”的法务官托马斯·Ｈ·莫罗上校，1946年3月来到中国，对毒气问题进行了调查。他4月16日给基南的报告引来了美国化学战部队（ＣＷＳ）的秘密反击。ＣＷＳ列出一大堆法律理论，主张日本在实施化学战时没有不法行为。ＣＷＳ开发了世界上最先进的毒气兵工厂，而且在第二次世界大战中没有获得使用其新武器机会，因此它希望法庭不要对使用毒气作出有罪认定，特别是在他们相信与苏联的战争即将来临之际。直到今天也不清楚，是不是麦克阿瑟或某个美国陆军指挥系统身居高位的人下达决定，实际上中止了追究日本陆军使用化学武器的指控。不过，在开庭之后的两个月之内，这个问题就被搁置了下来。缺乏想像力的杜鲁门总统没有意识到问题的关键，罗斯福曾经谴责毒气为非法、残忍的战争手段，杜鲁门事实上认可了对罗斯福这一战时政策的推翻。染指化学战的日本军官们和不希望国际法束缚手脚的美国陆军领导人是最大的受益者。而同时，世界却失去了阻止化学武器扩散的机会。1946年8月12日，也许是因为这个问题，失望的莫罗上校辞职返回了美国。
麦克阿瑟和同盟国以国家利益为由对许多人免于了起诉，其中就有应对中国的细菌战承担责任的石井四郎军医中将和731部队的官兵。据估计，有3000到1万人在石井的生物试验所被杀害，多数为中国人俘虏，而这个事实却被东京审判所忽视。美国联合参谋总部和麦克阿瑟认为得到与杀人有关的实验数据比审判更重要。
许多日本人中挥之不去的“圣战”意识和旧价值观的延续，无疑缩短了战争犯罪被揭露后的反省时间。多数日本人认为，战争是一种自然现象，国家之间即使没有过错也可能发生，这种认识妨碍了他们对在中国发生的战争暴行的反省。在某些日本作家看来，个人主体性差、过度依赖他人观点的民族性也是造成这种倾向的原因之一。但是日本战争犯罪被如此之快地遗忘的主要原因与裕仁本人有关。除非裕仁为他在战争中所起的作用，特别是他没能而且也不想要求日本军队遵守比忠诚和功勋更重要的道德行为标准，而受到法庭审判，或被质询，否则，侵略战争的合法性——日本入侵亚洲太平洋各国是为了解放他们的信念——就不会彻底失去市场。毕竟，许多日本人在参加战争时都与天皇有着共犯的关系，全体国民都认为，既然天皇对战争不负有责任，他们也不应该承担什么责任。
日本国民开始极为认真地面对战争的负罪感，可是麦克阿瑟和杜鲁门不公正地分摊责任的早期决定，让木户和东条做了天皇的替罪羊，缩短了这种反省认识的时间。杜鲁门1947－1948年戏剧性的政策转变更是加速了这个过程。在被分割的德国也发生了同样的情况，由美国高级专员约翰·麦克洛伊执行的杜鲁门政策，通过重新定义非纳粹化计划的范围，使适用对象仅限于少数几个德国犯罪者，从而限制了计划的影响力。东京审判与并行的剥夺公职运动，没有解决日本关于战争责任的多方面的问题。从某种程度上，反而使问题变得更加棘手。
保护天皇和重塑天皇形象是复杂的政治任务，只有通过大肆夸张日本社会巨变造成的威胁、操纵证言、销毁证据和歪曲历史方能达成。不知裕仁是否因这种对正义的歪曲而感到过不快，是否将这些情况在他向皇祖皇宗的神灵禀告时提到过。我们可以确定的是，直到处决东条为止的整个审判期间，裕仁从没有忘记过自己更大的目标，那就是摆脱国内外要求他退位的压力，保留君主制并因此在日本人的政治生活中维持稳定的领域和正统性的原理。
第五部分：再造神秘性命天皇停止参拜靖国神社
占领进入第5个月，迎来了1946年新年，此时的日本国民似乎被扯成了两半。一方面，复员军人和失业平民源源不断地从亚洲大陆被遣返回来。数百万人无家可归，与之相伴的是，食物配给失控，各地黑市兴起。农民为谋求村镇政府的民主化，展开了政治斗争。土地改革尚未开始，但佃农和小自耕农已在表达对地主阶级——明治以来，战前天皇制的社会支柱——的不满。另一方面，早已明显存在的混乱和士气消沉开始为精神上的骚动和亢奋所替代。不只是左翼，就是许多平民也认为，战败和占领将很快带来根本的、彻底的改革。大规模制度变革似乎已经近在眼前。
1月13日，学习院教员、ＧＨＱ民间情报教育局非正式顾问的雷金纳得·布莱思写信给裕仁的侍从长藤田尚德。他认为食物配给制度很快就会崩溃，建议天皇对这个严重问题采取措施：
只有天皇有能力……为粮食不流入黑市得到适当的分配，提供一种感召力。天皇应该巡回日本，访问煤矿和农村，倾听人们的诉说，与他们谈话，向他们了解情况。归来后，他应当针对如食品囤积、现在正是需要与战时同样的牺牲精神等问题，发表一份声明。他应该以情动人，呼吁日本民众互相分享存粮。①
裕仁为改善岌岌可危的现状开始了他的“巡幸”，这一举动得到了麦克阿瑟和ＧＨＱ公共关系顾问的积极支持，他们希望他表现出“真正关心国民”的姿态来。②最初与民众见面时，裕仁一方是窘迫至极，民众一方则是震惊和半信半疑。
3月26日，记者马克·盖恩在群马县高崎市一家治疗战争负伤者的医院见到了巡幸中的天皇。时值裕仁刚刚走下神坛，并希望推动这个过程的初始阶段，盖恩留下了这样一段令人印象深刻的描述：
我得以仔细地观察天皇，我们亦叫他“查理”。他是一个小个子男人，大约五英尺两英寸那么高，穿着一件剪裁糟糕的灰色条文套装，裤子短了两英寸。他有很明显的面部痉挛，而且右肩不停地抖动。走路时，右腿稍微向外撇，似乎控制不了它。他显得很兴奋和不安，拿不准该如何摆布他的手脚。
起初，他拖步走过伤患者，偶尔停下来阅读病历。之后，显然觉得此时有必要说点什么。他问了几个问题，但似乎问得都很不适合。最后他固定在一个简单的问题上，“你是哪儿的人？”。他走向一个又一个患者，问着他的问题，当病人作出回答时，他就会说，“哦，是吗！”听起来似乎他对患者们来自秋田和歌山或北海道感到很惊讶。他尖锐的声音，随着时间的推移，变得更细更高。
现在，不敬的美国人都在等着他那声不像人声的“哦，是吗” ，然后，互相轻推着、笑着并模仿他的声音。但是慢慢地，玩笑的心情消失了。我们看到了本来面目的天皇：一个疲惫的、令人同情的矮个子男人，被迫做着自己讨厌的工作，他绝望地试图控制自己不听话的声音和肢体。很热也很安静，除了天皇尖尖的说话声和他的陪护人员重重的呼吸声外，再也没有其他的声音。③
然而，国民很快就习惯于看到穿着“民主的”、 不合体的西装，作着机械式的应答，有时甚至会微笑——一种现人神不应有的身体动作——巡回中的天皇。由忠实的官僚作“托”，在ＧＨＱ和新闻检查下的日本新闻界的协助下，巡幸的意义被不断夸大，公众的狂热也在逐渐高涨。这一年，一方面是宫内省发放了（得到麦克阿瑟的批准）金钱、土地、房屋和木材用于公共目的，以此寻求与国民的沟通。而在另一个完全不同的层次上，在这个已经把名字从强硬的“大日本帝国”改为柔和的“日本国”的国家里，新的君主制正在诞生中。④
策划了巡幸的宫廷官员——宫内次官大金益次郎和宫内省参事官加藤进——强调说巡幸是“陛下的主意”，并举出明治天皇1872年到1885年的大巡幸作为先例。然而，这个类比却是不恰当的。明治天皇是在一个以暴力动乱和政治争斗为特征，新兴君主制处于危机的时期进行巡幸的。他的巡幸是让民众认识到他的存在，属于树立其实权者权威这样一个更大过程的一部分，简而言之，是为了构建具有他的统治特色的天皇与臣民之间强硬的、非个人的关系。
与此相反，裕仁本人形容他的意图在于治疗。他希望“安慰正处于苦难中的国民”，并“鼓励他们为复兴而努力”。他认为（见1946年3月31日木下日记）一年之内他能快速走遍全国，完成任务。他希望通过扭转和缓和以前天皇制与国民之间的僵硬关系，使君主制更大众化和“民主化”，以预防共和主义情绪。当然，在比较裕仁和明治巡幸异同的时候，还有一个不该忘记的要素是，没有麦克阿瑟的强有力支持，就不会有任何巡幸。
4月30日，GHQ命令天皇停止参拜或代拜靖国神社、禁止纪念战争亡灵的国家仪式，天皇最初的巡幸就是在这时开始的。随着巡幸逐渐占据了公众的心理，裕仁及其身边人员抓住机会，不仅证明了他在国民中的声望，借此向总司令部和远东委员会表示了裕仁的有用之处，而且还恢复了一些裕仁已经失去的权威。在每天要为食物和住所而艰难挣扎的城市地区，对天皇的反应普遍比较冷淡。但是在各阶层民众中，许多人对天皇仍然怀着旧有的敬畏和信赖感，同时对输掉战争、现在需要麦克阿瑟庇护的天皇也充满着怜悯和同情，这使他们对天皇的情感变得复杂。⑤另外，被否定了神格的裕仁，在相对自由的言论条件下，被暴露在民主主义的光照中，这种情况下，无论是裕仁还是近臣都无法轻易地阻止裕仁与国民日益增加的接触。
1946年10月初，裕仁与麦克阿瑟进行了第3次经过精心准备的会面。他首先感谢将军在5月份提供的大量的食品援助，然后指出与ＧＨＱ内的友好情感相比，美�