地形和考察其他自然状况，需要一位随船的年轻博物学家。达尔文由他的老师推荐给船长。“贝格尔”号1831年12月离开英国，1836年10月返回。达尔文在5年的环球航行中，在海上、岛上和大陆海岸地带采集、制作和记录了大量标本，详细记录考察结果。他还阅读大量书籍、文献，接触到地质学家赖尔（C。Lyell）著作中的地表逐渐变化的观点和拉马克（J。B。Lamarck）的进化观点。但对达尔文学术思想有重要影响的是他1835年9至10月在加拉帕戈斯群岛（Galapagosarchipelago）的考察。他发现不同岛屿和邻近大陆上的鸟类和爬虫类的形态有所不同。这种现象很可能逃过一般人的注意或被认为是理所当然的。但达尔文透过表面现象，敏锐地洞察到，自然界可能存在一个极为重要的过程：生物种同一来源，由于变异而不断变化，新的种产生，有的种消失。这就是他将来震惊世界的进化理论的萌芽。
达尔文回国的几年里，在剑桥和伦敦参与各种活动，但决定对挥之不去的物种起源和演化问题进行探索。他意识到，研究的难度和问题的重要性是同样的巨大。他笃信培根提倡的归纳方法，认为只有先收集所有和问题有关系的事实并加以分析后，才有可能找到研究问题的方法和结论。他1837年7月开始作笔记；整理环球考察收集到的资料；广泛阅读文献，包括整套的学报和学会记录；和专家通讯讨论；和有经验的园艺家和畜牧师对话。他苦思一个问题：自然界动植物如何通过某种选择过程而演化。1838年他阅读马尔萨斯人口论，受到其中观点的某些影响。特别是由野生动植物习性的观察，他终于想到，推动野生动植物演化的选择过程是来自为了生存而对自然环境的适应，而不是造物主的安排。至此，达尔文已能勾画出进化理论的轮廓。但为了避免可能出现的偏见，他不急于撰写著作，而是将上述多年探索的重要结果写了35页笔记，放入一个长期存放东西的壁柜。直到他死后14年，他的别墅易主而被拆掉时，才发现这份笔记，它曾经过达尔文多次细心修改。特别令人惊异的是，笔记包括了17年后出版的《物种起源》的基本思想、要点、基本章节，甚至结束语中的一个著名比喻。达尔文的儿子在纪念他父亲诞辰一百周年时，整理、出版了这份称为《一八四二年概要》的笔记。它的撰写、收藏、被发现以及它和世人见面的内容，显示出达尔文多么严肃地对待科学理论的创建。
也就是在1842年，结婚刚三年的达尔文，因嫌伦敦嘈杂和健康的原因，迁居到伦敦附近一个叫做唐恩（Down）的偏僻小村。他的别墅由一条被德国记者形容为只允许骡子通行的小路和外界相通。在这里，他工作了40年直到1882年逝世。
达尔文认为，为了全面阐明他的物种演化理论，需要一部巨大的著作，《一八四二年概要》虽已构建了初步框架，但毕竟粗糙一些。故他在1844年撰写一份新的提纲，即《一八四四年概要》，长达230页，大大扩展了已有的那个《概要》，特别是关于自然选择（当时还没使用这个词）和生物地理分布两部分。他没有马上根据新《概要》撰写计划中的巨著，因为他的理论和传统概念以及宗教思想是互不相容的。为了使他的复杂理论有说服力，必须使其中每个论点有更多的事实根据，故还需继续进行研究和准备工作。而且，当时作为一个地质学家和博物学家，他还忙于其他的学术工作。但《一八四四年概要》为进化理论构建了一个更具体的框架。
2。《物种起源》的问世
新框架又等待了12年。达尔文治学的慎重和耐心，是常人无法想像的。直到1856年初，赖尔在唐恩建议达尔文较全面地发表他的物种理论，他才开始撰写他的“巨著”，计划的篇幅3~4倍于后来出版的《物种起源》。1858年夏约写完一半。这时达尔文收到博物学家华莱士（A。R。Wallace）的信和论文《论变种的倾向》，信中请达尔文对论文内容和发表的问题提出意见。达尔文发现，此论文没有任何内容是《一八四四年概要》所没有的。他的困难是，如在华莱士论文之后再发表他自己的著作，将有抄袭的嫌疑。后来根据赖尔和植物学家虎克（J。D。Hoocker）的建议，将达尔文依《一八四四年概要》部分内容撰写的摘要，连同华莱士的论文以及几位科学家能够证明达尔文和华莱士独立创建物种理论的信件，一并送到林纳学会（LinneanSociety）。学会将上述三份材料和学会会议记录发表于1858年8月学会会报。华莱士赞成这种安排，而且从来没提出发表优先权问题。达尔文赞扬华莱士的大度和高尚品格。
但达尔文和华莱士的物种理论，几乎没受到注意。惟一来自都柏林的一位教授的评论是，该理论中“凡是新的都是错的，凡是正确的都是旧的”。这显然是对物种理论的全盘否定和讥讽。遭到的冷遇，没有影响达尔文的信心，而是使他看到有必要尽早详细地解释他的新观点，以便易于被接受。1858年9月，在赖尔和虎克的积极建议下，他开始撰写一本关于物种变异的书。达尔文利用已中断的前面提到的“巨著”，通过13个月的紧张工作，以小得多的篇幅，但斟字酌句地完成了一本书，这就是1859年11月出版的划时代著作《物种起源》。该书第一版印了1250册，发行的当天即售完。一个月后的第二版3000册也很快销售一空。该书的问世，距离记录其构思的《一八四四年概要》长达17年，当年结婚不久的作者，已是迈向老年的50岁了。
《物种起源》的说服力，不仅在于其中每个观点都有充分事实作基础。达尔文总是提出论证的难点和可能遭到反对的问题，然后进行客观的分析。他的态度是诚恳的，论证留有余地。比如，对引起争论最多的物种变异的原因，书中虽强调自然选择，但不排除其他可能的因素。此书的撰写和出版，显示了达尔文的治学是异乎寻常的严谨和谦虚。
第五部分一个非生物学家认识的达尔文（2）
3。继续的斗争
《物种起源》使相信新理论的人愈来愈多，但质疑和反对的人也大量存在。1860年6月，英国科学协会在牛津召开，《物种起源》为讨论的中心。牛津的主教要在会上“摧毁”达尔文的无神论，引来了7000多听众。达尔文没参加。这位主教是个数学家，他用对自然史一知半解的东西讥讽达尔文，博得阵阵掌声。他在演说结束时挑衅地问达尔文的积极支持者赫胥黎是否认为自己是猿猴变来的。赫胥黎在指出主教许多科学上的重大错误后回答说，一个人没有任何理由因为他的祖先是猿猴而感到羞耻，感到羞耻的倒是那个不懂科学而又夸夸其谈的人。这个出色的反击博得雷鸣般的掌声。
这场激烈的论战，使不少人改变立场站到达尔文一边，所以他感到很高兴。他在信中高度赞扬赫胥黎的勇敢，但同时对因他本人引起的一场是非把朋友们卷进去而深感不安。不过他接着说，即令他不引起这场是非，另外的人不久也一定会这样做。这再次表明，达尔文对自己的学说有多么坚定的信心。
斗争形势虽有好转，但争论远未休止。甚至长期积极支持达尔文的人，像赖尔、赫胥黎、虎克等，对《物种起源》中的某些观点也持保留或反对意见。达尔文自己也没停顿。他在1869年给虎克的信中说：“假如我再活20年并能工作，我是多么需要修改《起源》。”他在该书出版后进行了一系列开拓性的研究，并把成果补充到《物种起源》（至1872年，此书发行了6版）中。
这里应特别提到对人类起源的研究。达尔文青年时代是个正统的基督教徒，但在“贝格尔”环球考察过程中开始怀疑教义。在其后的长期研究中，他相信人和其他生物的祖先是共同的。这涉及敏感的宗教问题，故没在《物种起源》中讨论；但作为一个诚实的学者，达尔文为了避免被指责隐瞒自己的观点，只在书中简单地指出，进化论有助于阐明人类的起源。随着此书的问世，接受进化观点的人多了，累积的事实根据也多了，于是达尔文以3年的时间完成了两卷《人类起源》。它于1871年2月问世，2500册很快售完，当年又印了5000册。该书激发的不是一般争论，而是像有的传记所说的，是愤怒、赞扬和惊讶。它的科学意义仅次于《物种起源》。
进化学说在斗争中不断取得胜利，到19世纪70年代，几乎所有的著名生物学家都信奉进化论。一百多年来，达尔文主义在反对和胜利中发展，在生命科学发展到分子水平的今天，它得到极大的加强。以上对达尔文献身科学的简略回顾，显示了他在追求真理过程中的执著、严肃、勇敢、诚实。
三、他是一个无私、淡泊名利的人
《一八四四年概要》完成后，达尔文虽强烈地相信他所揭示的是个极为重要的理论，但由于当时传统观念的限制，没有急于发表它，而是去做大量的准备工作以便将来进一步阐述。这时，他的健康恶化，担心如果骤然死去，他的学术事业和准备工作将付诸东流。1844年7月5日，达尔文给妻子写了一封信。他说，这是他最庄严的遗愿，并且和法律上的遗嘱一样。他请妻子协助物色一位继承人来修改、补充《概要》，并把他的全部博物学书籍和笔记交给继承人。书籍上他画了加重线或于底页注明应注意的页码。笔记是从各专业书籍摘录的。他请妻子将他的书籍编个目录，并协助继承人如何选用他的笔记。为了酬谢继承人，他请妻子提供400英镑和《概要》出版后可能得到的收入。他依序列出可能的继承人名单。如果没有合适的继承人，就按《概要》原样出版，但注明是几年前撰写的，未作订正，也无意以现在的形