乾隆大喜，重赏经略及有功人员，对岳钟琪，加太子太保，复封三等公，授兵部尚书衔。三月十三日，他批准四川总督策楞上奏的金川善后事宜十二条，一征金川就这样结束了。
乾隆帝及其文武大臣把莎罗奔之降当作平定金川之一大武功，后来还列为“十全武功”之首。其实，这次“武功”是难以成立的。一征金川，历时两年多，调兵6万，耗银960余万两，官兵伤亡惨重，民力疲惫。因贻误军机，历任尚书、总督、大学士的一等公国舅爷庆复，被革职削爵，勒令自尽，首席大学士、领班军机大臣、一等公、经略讷亲被削爵问罪，命丧于其祖父遏必隆的宝刀之下，川陕总督张广泗和署四川提督李质粹被处死，金川土司仍然安居本地，并未改土归流。可见，一征金川的所谓“武功”，既不威武，也无功可见，不《平定金川战图》册之“攻克噶喇依”
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过是进行了一次不该进行的错误的战争。这场战争，由于乾隆的决策有误，指挥不力，用兵的时间不对，选择的打击对象欠妥，较长时间里任用大帅不当，因此，耗费了巨量银两，劳民伤财，败师殒将，得不偿失，实际上是打了一场大败仗。
乾隆三十六年七月初六日，因实际上掌管小金川土司事务的土舍僧格桑骚扰沃什、瓦寺土司，大金川土司索诺木又占据了革布什咱土司的官寨，乾隆下谕，遣军征讨小金川，一年以后，又命进剿大金川。二征金川之战的早期，进展还算胜利。主帅定边将军、大学士、军机大臣、兵部尚书温福统领陕甘黔蜀等省汉土官兵7万名，于三十七年十二月占据仅有“番民”1万余人的小金川后，进剿只有“番民”2万余人的大金川，遭到大金川人猛烈反击。三十八年六月初十日，清军大败于木果木，主帅、提督、总兵、副将、御前头等侍卫温福、董天弼等一百余人战死，士兵阵亡3000余人。
乾隆赶忙收拾残局，任命副将军阿桂为定西将军，增派京师、黑龙江等地满兵汉兵，加上金川军营的兵，一共10万名，赶运枪炮饷银，继续征剿。阿桂统军，经过多次鏖（áｏ）战，先于三十八年十一月初攻取小金川，后于四十一年二月初四占据大金川。结束了战争，并改土归流，设官驻兵，开垦屯地。
《平定金川战图》册之“午门献俘”
乾隆帝的再征金川，虽然耗银7000万两，用兵5年，双方将士“番民”死伤众多，付出了重大代价，但是自此以后，金川及其邻近地区，皆享宁谧。金川地区屯田发展，人丁日增，到乾隆五十年。金川“屯事日兴，荒土尽辟”，垦地13万余亩，“降番”已因“久沐深恩，各安耕作，遇有差遣，莫不奋勉出力，无异内地民人”，而“改土为屯，除去降番名目”。这对金川及其邻近地区藏汉人民的安定生活及经济发展与交流，均起到了较好的作用。两征准噶尔
乾隆十八年（1753年）十月，清定边左副将军、蒙古喀尔喀和硕亲王成衮扎布奏报：厄鲁特蒙古杜尔伯特部的大台吉车凌、车凌乌巴什、车凌孟克（通称三车凌），遣使呈称，准噶尔部内乱，征战不停，要求归顺。为防其伪降滋事，已调兵防范。乾隆当机立断，认为三车凌是真心归顺，谕命厚待。随后，三车凌率部众3000余户10000余人入边。乾隆谕命妥善安排，赏赐大量银米牛羊，编立旗分佐领，分别封三车凌为亲王、郡王、贝勒。
清人绘《西域总图》
乾隆的厚待“三车凌”，是因为他探悉准噶尔内乱不已，“篡夺相仍，人心离散，实有可乘之机”，是征讨准噶尔部的最好时机。他将用兵准部的事告诉满洲王公大臣，不料，除首辅一等公傅恒赞同此议外，其他王公大臣“尽畏怯退缩恐生事端”，反对远征。乾隆十分生气，特地于十九年十月下谕，痛斥这批庸臣，坚决主张进取准部，并宣布将于明年即二十年出征，调兵5万，其中满兵、索伦兵、蒙古兵共37000名，绿旗兵11000名，三车凌的蒙古兵2000名。
这时传来了辉特部首领阿睦尔撒纳偕同母之兄和硕特部首领班珠尔及自己的妻弟杜尔伯特首领纳默库，因与准噶尔新汗达瓦齐征战失败，率三部二万余人来降。乾隆大喜，厚赏三位台吉，封阿睦尔撒纳为亲王、定边左副将军，封班珠尔、纳默库为郡王、参赞大臣，并改变了兵力部署和出发的时间。决定实行“以准攻准”的方针，兵分两路，北路任定北将军、兵部尚书班第为主帅，阿睦尔撒纳为副将军，西路任定西将军、陕甘总督永常为主帅，早已来降被封授子爵、参赞大臣、领侍卫内大臣的原准噶尔部宰桑萨喇尔任定边右副将军，班珠尔、纳默库、三车凌任参赞大臣。两路皆派“前锋”（亦称哨探兵）先行，主要是来降的厄鲁特蒙古，由阿睦尔撒纳与萨喇尔分别率领，《皇清职贡图》之“厄鲁特人”
班第、永常这两位主帅各带少数官兵，距“前锋”10日路程逐渐前行。
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两路大军于二十年二月出发，因达瓦齐“终日饮酒，事事皆废”，又征战不已，连连失败，属人无不怨恨，争向清军降顺，清军“师行数千里，无一人抗颜行者”，五月初二日即进入伊犁，十三日擒获达瓦齐，一征准噶尔顺利结束。
乾隆大喜，封赏功臣，赐阿睦尔撒纳与车凌亲王双俸（一般称双亲王），班珠尔、纳默库、车凌乌巴什晋亲王，班第、萨喇尔晋一等公。准噶尔部首领达瓦齐像乾隆并曾于出征之前，谕告军机大臣，在平准之后，将厄鲁特四部分封四汗，俾各管其属，拟封车凌为杜尔伯特汗，阿睦尔撒纳为辉特汗，班珠尔为和硕特汗，噶勒藏多尔济为绰罗斯汗（即准噶尔汗）。
正当朝野上下欢庆胜利之际，实然北方再起烽火，阿睦尔撒纳叛乱，清军主帅定北将军班第命丧乌兰固图勒。
原来，阿睦尔撒纳一直怀有争夺厄鲁特蒙古四部总汗即准噶尔汗的野心。他本想打败达瓦齐，夺取准噶尔新汗宝座，不料被达瓦齐遣军击败，无处藏身，只好率部归顺天朝，再伺机夺权。他竭力献计献策博得了乾隆帝欢心和宠任以后，便在征准之时及取伊犁以后，利用身为副将军率军前行的权力，急剧扩张个人势力。他抢掠各部人口，收纳降人，属人迅速增加。十九年七月三部进入边卡时，他和班珠尔、纳默库统领的部众才4000户，而进军以后，短短几个月的时间，他自己的属人就增加到5000余户。他大量劫夺财畜，仅从达瓦齐的游牧就掠取马、驼各1000余匹（头）、羊20000余只。他诬蔑和硕特部大台吉沙克都尔曼济叛逆，实即欲图排斥异已，兼并邻部，彻底扫除完全统治和硕特部的障碍。
阿睦尔撒纳竭力提高自己的威信，扩大个人势力，贬低大皇帝和清军的作用。他宣扬自己军功卓著，攻下伊犁，檄令回部霍集斯伯克擒送达瓦齐，皆赖其力，并一再“妄自夸张，谓来归之众，俱系向伊投诚”。他不穿清朝官服，不佩御赐黄带翎顶，不用清朝副将军印，而私用达瓦齐所用的“浑台吉”菊形小红印章，移檄各部落，隐瞒降清之事，“不将已经内附受恩之处告诉厄鲁特人众”，而“以总汗自处乾隆《万树园赐宴图》”，“言统领满、汉、蒙古兵来此地”。他“擅诛杀掳掠”，残酷虐待不听命于己的“宰桑等大员，抄没家产”，“凡有仇隙者，任意杀害”。他排斥主帅定北将军班第，不让班第知道，便借口防御哈萨克、布鲁特，“私用图记，调兵九千”。在与邻部交往中，他也讳言投降清朝政府蒙受厚恩为帝臣僚之事，而以厄鲁特四部总汗自居，仅说是“借兵报仇”，“总统准部”。
经过几个月紧张活动，阿睦尔撒纳的军事力量大为增强，网罗了一批党羽，又得到伊犁喇嘛的大力支持，便于二十年五月，秘密会见清定北将军班第，提出不能用噶勒藏多尔济为绰罗斯汗，要在噶尔丹策零的亲戚中，不论何姓，“择众心悦服，能御哈萨克、布鲁特者，公同《皇清职贡图》之“伊犁等处台吉”保奏，俾领其部”，实即表示，要立他为绰罗斯汗。班第知道皇上已经决定，废除厄鲁特四部总汗，四部各封一汗，辖领属人，便明白无误地回答说：遵奉圣旨，四部各封一汗，令其自行管辖，不得选外姓之人为汗。阿睦尔撒纳虽然碰了一个大钉子，但仍不甘心，又说四部必须有一“总统之人”，才能外御诸敌。
班第将此次谈话内容，紧急奏报朝廷。乾隆立即谕告军机大臣，决不允许阿睦尔撒纳当上四部总汗。
班第与参赞大臣、三等伯鄂容安发现阿睦尔撒纳叛迹日显，多次奏请皇上捕治阿逆。乾隆经过长时间考虑，最后采纳了二人意见，命待其来承德朝觐之时，将其擒捕，但已经晚了。二十年八月十九日，阿睦尔撒纳行至乌隆古河时，摆脱率他朝觐的喀尔喀亲王额驸额琳沁多尔济的控制，率众潜逃，号召四部人员叛乱，袭击清军。
此时厄鲁特四部的大部分台吉、宰桑还是拥护清朝的，阿睦尔撒纳拥众不过2000余人，其游牧已被清军包围和降服，其妻、子、女及同母之兄班珠尔，亦被清军擒获押往北京，照说清军主帅班第是可以对付叛军的。然而，由于乾隆的决策失误，在四部归顺之时，即下谕撤回大军，不在伊犁驻兵，只给大帅班第留下察哈尔兵300名、喀尔喀兵200名，这样少得可怜的部队，哪能抵挡得住二三十倍于己的叛军进攻？八月二十九日，班第、鄂容安被围自尽。
《平定伊犁回部战图》册之“格登鄂拉斫营”乾隆闻讯，虽然十分悲伤，还有些内疚，认为是自己低估了敌情，过早撤军，使班