，在围攻了当地党、政机关后，逃往苏联。此事件汇报到毛泽东那里后，毛泽东随即敏锐地指出：恐怕又是“老大哥”搞了名堂吧！
在东南沿海，台湾当局认为大陆正处于经济困难、人心不稳状态，是实施反攻的最佳时机，大肆叫嚣“光复大陆”，并积极准备在大陆东南沿海地区进行大规模军事进犯。
５月末，刘伯承担任组长的中央军委战略研究小组连续两天召开会议，研究东南沿海地区作战问题。战略研究小组连续两天召开会议。研究东南沿海地区作战问题。战略研究小组办公室副主任王尚荣，和所有与会者都得出如下共识：蒋介石一定会乘我经济困难之危，来搞我们，他认定此刻是千载难逢的好机会，东南沿海出现战事的可能性概率是最高的。
王尚荣对总参作战部工作的布置，也是依照这一思路进行的；主要抓东南沿海问题，加强战备是目前压倒一切的中心，其他工作能摆脱先摆脱。不久，他又得知了毛泽东同罗瑞卿的谈话。
毛泽东分析说：根据目前情况必须有所准备。准备好了，国民党军不来也没坏处。山东、浙江、福建、江西、广东整个地区都要准备。如果今年国民党来进攻，就不让他上来，这样对我们比较有利。南下的部队可以公开行动，就是要叫蒋介石知道，目的是破坏他的进攻，推迟其行动。
在毛泽东谈话后，中共中央、中央军委随即又分别开会研究对蒋作战事宜。中央的会议决定由邓小平负责军工生产，李先念负责粮食准备。在总参的会议上，王尚荣提议：作战部现在就宣布进入战时状态。在近期拟订东南沿海地区作战的预备方案，主要考虑的问题是如何迅速把制高点控制起来；如何坚守岛屿；加强情报工作；通报防空问题。５个战备值班的师要在６月２０日前到达前线，到达后立即进行训练，岛屿部队要加紧抗登陆演习。
从１９６３年到１９６５年，王尚荣是在指挥打击蒋军的东南沿海的小股武装窜扰、海上窜扰、空中窜扰，到各军区勘踏地形，研究拟制中越联合作战方案的紧张工作中度过的。
作为一个军人，作为一个始终担负着前线作战指挥和协调重任的首长，他似乎没有时间旁顾其他。所以，当１９６５年１２月初，他被突然召去上海，参加中共中央政治局常委扩大会议，发现这个会议的主题是批判罗瑞卿，并将其定性为反党分子时，他感到分外的惊异。
会后他私下对老战友说：“定罗瑞卿为反党分子，我实在想不通，罗瑞卿会有什么问题呢？还不是林彪向毛主席告状，说罗总长有意夺他的权。”然而，他无论如何也想不到，半年多后，他自己竟也成为“阴谋夺权者”，被揪了出来。
林彪说：对王尚荣要斗倒斗臭，宁愿提个连长当作战部部长，
也不要这些人／“我说过林彪身体不好，怕见风，也怕见水……”
彭绍辉悄悄透露了毛泽东的批示
周恩来对王尚荣说：我没有保护好贺老总
１９６６年８月２５日，总参外事局群众因对局长潘振武有意见，反对他作为毛泽东接见坦桑尼亚军事代表团的引见者。他们先向代总长杨成武、主管外事的副总长王新亭反映了意见，没有得到答复，就直接给毛泽东的机要秘书徐业夫打电话反映。徐向周恩来说既然群众反对，就先不要让潘振武引见了。
此讯传到总参，外事局的群众贴大字报庆贺，同时认为杨成武、王新亭包庇潘振武。作战部的群众随即也写了一张大字报，支持外事局的群众。他们写好后，来到作战室，要在这里开会的领导们签名。王尚荣不同意。可群众非要领导们签，说这是对毛主席的态度问题。王尚荣等领导无奈，只得在大字报上签了名。
这种事在“文革”初期司空见惯，可林彪出于要打倒贺龙的目的，借所谓“八二五事件”大做文章。他亲自煽风说：贺龙是个“刀客”，“到处搞夺权”。说贺龙夺军委的权，策划兵变，要把“贺龙的问题端出来”。而王尚荣是贺龙的爱将、老部下，“八二五事件”是王尚荣在夺总参的权与贺龙遥相呼应。
林彪给“八二五事件”定性是“反党行为，反革命行为，他们想全军性地搞政变，这不是小事。因此对王尚荣要斗倒斗臭，要罢官。宁愿提个连长当（作战）部长，也不要这些人”。
就这样，王尚荣被关押了起来，遭受到残酷的刑讯。和他关押在一处的，军中将帅有彭德怀、黄克诚、罗瑞卿、谭政、陈再道，党政领导有彭真、陆定一、林枫、李井泉、刘仁、万里、荣高棠。
当时，林彪集团给贺龙定下的主要罪状，就是策划军事政变。他们很希望通过逼迫王尚荣，得到想要的“证词”。整贺龙材料的人，一次次到关押王尚荣的地方，要他交代在贺龙家与北京军区政委廖汉生、装甲兵司令许光达等策划兵变阴谋的情况。王尚荣说他从未在贺龙家和许光达单独见面；更没在贺龙家同时见到过廖、许两人。
材料组见从王尚荣这儿，实在抓不着什么用以陷害贺龙的证据，便要他交代如何吹捧贺龙，攻击、污蔑林副主席的。王尚荣说：“我对一些军区的负责人说过：林彪不在北京时，军委工作是由贺龙主持的。他照顾大局，接近群众，关心干部。”“我对个别同志说过林彪身体不好，怕见风，也怕见水。是听杨成武、肖华说后才知道的。”气得材料组的人一个劲儿地叫他“不许继续放毒！”
林彪叛逃、机毁人亡的“九一三事件”两年后，毛泽东在一次接见参加军委会议的老同志时说：“看来对贺龙同志是搞错了。我要负责呢。”他提出还有一些案也要翻，“我是听了林彪的一面之词，所以我犯了错误。”
贺龙的案要翻，这就使得因揪贺龙而遭陷害的王尚荣的平反出现了希望，可平反之事却迟迟没有下文。１９７４年７月末，由毛泽东介绍入党的独臂将军彭绍辉，悄悄告诉黄克，在周恩来的关心和过问下，毛泽东已亲自做了批示：杨成武、吕正操、余立金、王尚荣，一定要出席八一建军节招待会，而且要见报。
７月３１日，王尚荣同杨成武、吕正操、余立金在三座门，受到中央军委部分负责人的接见。接见的时候，叶剑英、邓小平等都到场了。作为主持者的王洪文，说了些无关痛痒的话。邓小平的讲话开诚布公，简短而明了，要大家正确对待。
时为军委常委的张春桥发言最长，他说关于贺龙，毛主席早有指示，因为工作忙，办得晚了。他还阴阳怪气地说这些将军们在“文革”中是有错误的，并点了吕正操的名。吕正操当即顶了一句：“做工作哪能没错误？过去工作有错误，今后让我工作，也还会有错误！”
在八一建军节招待会前，中央政治局除了毛泽东外，所有政治局委员也同杨成武、吕正操、余立金、王尚荣见了面。
当周恩来与王尚荣握手时，王尚荣见周恩来面庞清癯，就问道：“总理身体好吗？”“还好，就是做过个小手术，”周恩来顿了顿又说：“我没有保护好贺老总。你的问题我都清楚。”接着，周恩来问道：“你的身体怎么样？”王尚荣硬挺了一下说：“我没问题。”
王尚荣终于走出了囹圄，但他的身心已经遭受到了严重的摧残，头部和腰部留下无法痊愈的后遗症，睾丸被打得一个萎缩，一个水肿。但他认为参与迫害他的人，多数也是不明真相的受蒙蔽者，复出后没有对整过他的人做任何计较。
《我在不寻常年代的特别经历》 第二部分王尚荣：最高统帅部的作战参谋（11）
这年１０月，叶剑英来到王尚荣家，在寒暄之后，告诉他中央军委决定要他出任副总参谋长，同时被任命为副总参谋长之职的还有杨成武、胡炜、何正文。叶剑英嘱咐王尚荣要同杨成武等搞好团结。王尚荣说保证好好配合。
由于整整８年没有工作了，王尚荣急于将失去的时间抢回来，复出任副总长兼作战部部长后，便天天听总参各部的情况汇报，听作战部介绍国际形势、战备工作、部队部署、编制和设防工程的情况汇报。
他的夫人黄克和跟随他２０多年的李秘书回忆说：“那些日子，他起床后皮带还没系好，就跑到院子里，问有要批的文件没有？只要听说有文件，就不处理完了不休息。我们为了让他的病体早些得到康复，当没有急需回复的文件时，就只好骗他说没有。”
当时中苏的关系还相当紧张，毛泽东鉴于美苏争霸的世界格局，感到有望改变“两个拳头打人”的局面。而美国为了与苏联争霸，也想打中国牌，向中国强调中苏的对抗，企图利用中国作为制约苏联的筹码。
兼任总参国际形势研究小组组长的王尚荣，通过组织讨论分析发现：从经济利益和战略部署看，美苏的争夺重点依然在欧洲。苏联的陆军师，６７％部署在欧洲，亚洲只占３３％；部署在中苏、中蒙边境在线的苏军不足其陆军师的四分之一；美国在海外的驻军为５８万，欧洲就占了３１万，而亚洲、太平洋和拉美广大地区才２７万。
他及时将这些研究的结论，向周恩来作了汇报。当基辛格在同毛泽东晤面，又强调苏联大兵压境对付中国时，毛泽东诙谐地说：你这个美国朋友不大可靠，敦刻尔克你们跑掉了。苏联的主要力量是对付你美国的，不是对付我毛泽东的。你不要拿苏联这张牌来吓唬中国。
１９７５年，美国防部长施莱辛格向美国会提交１９７６年《国防报告》后，王尚荣随即组织小组研究，发现施莱辛格的报告，对美军事战略提出了新构想，与以前比较，有三点变化：