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建文四年（1402年）七月，朱棣得偿所愿登上帝位，他不承认朱允炆的皇帝名份，废除了“建文”年号，将这一年称为“洪武三十五年”，宣布第二年改元永乐。
朱棣赏罚分明，称帝后对追随自己的人加官晋爵，扶植了一批新贵，而对于朱允炆的死忠则要赶尽杀绝。封赏加官的好人当然由朱棣自己来做，搜捕刑讯的恶人么——朱棣想到了纪纲。纪纲平民出身，和朱允炆派的那些大臣素无来往，又是靖难危急之时追随自己左右的，其忠心可以相信，只有由他出面掌管锦衣卫，朱棣才能放心。于是纪纲就被任命为锦衣卫指挥使，成为永乐朝炙手可热的权力人物。
在纪纲的命运直线上升的时候，他的老朋友高贤宁却一路下滑。高贤宁是纪纲在学校里的同学，两人虽然志向各异但却是好朋友，纪纲被学校开除后，两人也一直书信往来保持联系。靖难之时，纪纲选择了追随朱棣造反，而高贤宁走上了和他相反的道路——他跑到济南投奔山东参政铁铉，在朱棣率兵攻打济南城的时候，帮助这个朱允炆派的大忠臣守城。因为朱棣拿“清君侧”做幌子起兵，宣布自己不是要造反做皇帝，而是要效仿周公辅佐周成王，高贤宁就在城里写成一篇《周公辅成王论》，让守城的士兵用弓箭射到朱棣的大营里去，文章里质问朱棣既然想当周公为什么要带兵攻打成王的城池？朱棣还算有君主的器量，看了之后不但不生气，反而对高贤宁的文笔大加赞赏。
朱棣称帝后派人抓到高贤宁，倒不是要治他的罪，而是还记得高贤宁的好文章，想封他个官儿当当。当日被自己痛骂的人现在成了皇帝，不但不杀自己，反而许以高官厚禄，面对这样的好事，高贤宁却一口拒绝了。须知当时朱允炆派的大臣们除了极少数，大部分都对朱棣低下了头，毕竟朱允炆和朱棣都是根红苗正的太祖子孙，朱棣取代朱允炆只是皇族的家务事，转过来向朱棣称臣并不算什么失节的行为。而高贤宁虽只是一介布衣，却有着一股读书人的倔强劲儿，在他眼里，朱棣虽然是太祖的儿子，但他是朱允炆合法皇位的篡夺者，有违宗法纲常的大义，他高贤宁当日去帮铁铉守城为的是这个大义，今日拒绝朱棣的封官也是一样。
当年纪纲被学校开除，名声并不好，人人避之唯恐不及，只有高贤宁肯与他来往。纪纲一直记着这份难得的友情，他觉得高贤宁当初既肯和自己交往，必然不是方孝孺那样死守封建道德标杆的腐儒，而今成王败寇，自己选对了主子飞黄腾达，也不能忘了老朋友，因此跑过来对高贤宁好言相劝。结果高贤宁对他说：“你当时被学校驱逐，有造反的理由；而我在学校里吃用都是朝廷提供的，因此决不能负义投降。”
高贤宁的话不是什么春秋大义，只是一条很基本的道理：谁对我好我对谁好。或者升华一下，“士为知己者死”，朝廷开办的学校对不起你纪纲，你自然不必遵循学校教育的那些道理，但学校没有对不起我高贤宁，忘恩负义的事情我不能做。
纪纲知道没法说服高贤宁，于是婉言回复朱棣，不知道他是怎么跟朱棣说的，最终高贤宁被释放回乡，在永乐朝上穷碧落下黄泉的瓜蔓抄中也没有受到波及，平安终老。
纪纲因为执掌锦衣卫时的种种恶行而被列入《明史》佞倖传的第一位，锦衣卫在朱元璋时期还只是一个面目模糊的特务机构，在他的手里才真正变成了恐怖大魔王。我们习惯黑白分明，像纪纲这样的酷吏奸臣怎么能有救助朋友的温情呢？于是在他的传记里，丝毫没有提到他曾经帮助过老朋友逃离官场的险恶，留下的，只有他的斑斑劣迹。
瓜蔓抄
“莫逐燕，逐燕日高飞，高飞上帝畿。”
洪武三十一年，朱允炆雄心勃勃地开始实行他的削藩大计时，南京城里悄悄流传起这么一首歌谣。当时没有人明白这歌里唱的是什么意思，现在燕王果然高飞枝头当了皇帝，才有人反应过来——这是一首谶谣啊。
城破之日，皇宫忽起大火，侍卫太监救援不及，火灭后，朱棣抱着侄子被烧得面目全非的尸体仰天长哭：“痴儿啊，何苦至此！”
不管朱允炆是否真的被大火烧死，也不管整个永乐朝朱棣暗中派了多少人去寻找朱允炆的下落，反正从此之后，建文皇帝朱允炆消失在大明朝的政治舞台上，正史与他再无瓜葛。
朱棣登基之后，对于朱允炆留下的旧臣有两种截然不同的态度：对于降附后实心用事的大臣，即使曾经在战场上兵戎相见，他都不追究，表现出了政治家应有的宽容与气度。而对于那些拒不投降的，则表现出令人发指的残忍。
朱允炆是朱元璋亲自册封的皇太孙，经过合法渠道继承皇位，朱棣虽然是皇族又是朱允炆的亲叔叔，但在君臣的大义名分中先天失利，因此，他迫切需要得到道德标杆的支持。进入南京城后，诸王和投降的大臣们纷纷上表劝他早日称帝，他也踌躇满志，准备进宫后直接称帝，翰林编修杨荣问他：“殿下是先拜祭太祖陵墓呢？还是先即位呢？”
一句话惊醒了朱棣，他立刻先去朱元璋的孝陵拜谒，此后才着手准备登基大典。这似乎是小事，但却有着重要的政治意义。朱棣先拜谒父亲的陵墓再继承皇位，是对天下臣民表明自己的皇位继承自太祖朱元璋，而非建文帝朱允炆。拜陵事件对于正寻求合法外衣的朱棣来说正是一个安慰，而杨荣也因此事逐渐得到朱棣的信任，后来更成为明朝最著名的“三杨”内阁成员之一。
杨荣是朱允炆的旧臣，朱棣对他的正确建议立刻听从，安慰了很多投降的大臣。朱允炆也好，朱棣也好，反正都是朱家的子孙，这大明朝是朱家的天下，自己做官忠的是大明朝，谁做皇帝不是一样的呢？
不一样。
朱棣在明朝皇帝中得到的评价很高，文治武功都有建树，为他的儿子孙子后来开创“仁宣之治”创造了良好的条件，很为后人所称道。但他一生最大的遗憾就在于皇位得来不正，如同唐太宗李世民杀兄戮弟的玄武门之变一样，无论皇帝做得多好，非法定继承人得到皇位，这就是他们所背负的原罪。李世民一代英主，仍免不了心虚，开了帝王干涉修改史书的恶劣先例，朱棣之时，“君君臣臣”的封建道德观念更为深入人心，他所面临的责难比李世民更多，自然心理负担也更重，这也是他面对不肯投降的建文旧臣时表现得异常残忍好杀的根本原因。
黄子澄被抓到朱棣面前时口称“殿下”而非“陛下”，被盛怒的朱棣命人砍去他的双手双脚——千年前的一个女人因为嫉妒，把丈夫的小妾用同样的方法折磨至死，千年以后，这一幕竟然在两个男人身上重演，只不过行凶的理由更加冠冕堂皇。
此后黄子澄被处以磔刑——三千刀还是四千刀？反正宋朝只砍几十刀的刑罚在朱棣这里有了新的发展——宗族老少六十多人同日被杀，姻亲谪戍边疆。
齐泰的情况也是一样，他们作为朱允炆最初的盟友和最坚定的支持者，对于朱棣的原罪绝不会妥协，朱棣也从来没想过在他们身上得到宽恕。
然而有一个人，是朱棣虽然痛恨却仍要一力争取的，那就是方孝孺。
方孝孺，字希古，年幼时在家乡就有神童的美誉。他的父亲方克勤曾任济宁知府，“克勤为治，以德化为本”，很有民望，曾被朱元璋通报嘉奖过，但在洪武年间严酷的吏治中卷进罪案，最终还是难逃掉脑袋的下场。至于方孝孺的老师宋濂，则是明初大儒、著名的理学家，曾被朱元璋钦点为皇太子朱标的老师，在胡惟庸案中，宋濂的儿子被牵扯进去，朱元璋要杀宋濂，幸得朱标全力营救才改为流放，结果宋濂在流放途中自缢身亡。
宋濂死后，方孝孺作为他最出色的弟子成为明初一代文宗，为天下读书人所敬重。宋濂曾教导方孝孺：“事君如事天。”作为理学家的学生，“君臣大义”的教条已经如同DNA般凝固在方孝孺的头脑中，即使父亲和老师都死于皇帝之手。
朱允炆是朱标的儿子，朱标和方孝孺同为宋濂的学生，这么看的话，朱允炆和方孝孺政治理念相近也是很自然的事。朱允炆登基之后，方孝孺成为他最亲近的大臣之一，得以大施拳脚，想把大明朝变成自己理想中的光明国度。
朱允炆和方孝孺一样崇尚礼教，倾慕周官法度，热衷于复古改制，他在位的四年中，有人评论说：“今日省州，明日省县；今日并卫，明日并所；今日更官制，明日更官阶；宫门殿门名题日新，虽干戈倥偬，日不暇给而不曾休。”合并几个州县，把官名换个古老的名称，甚至改宫殿名、城门名，南京城里各部衙门的名牌油漆未干又得再做新匾。即使前线和靖难军打得不可开交的时候，方孝孺还有闲心向朱允炆进言要求恢复西周的井田制。他最为推崇西周时期的宗法制度，认为只要按照周礼命名官署治理天下，大明朝就会繁荣昌盛——一味遵循古法，却不去考虑时移世易，根本就是开历史的倒车！
真真是个读死书的人。
也就因为方孝孺是这样一个读书人，头脑中的君臣名分才更加鲜明，朱棣再为太祖所爱，辈分再高，终究也是朱允炆的臣子，以臣逼君就是大逆不道，他自然不可能降伏于朱棣。然而方孝孺是当时的士人领袖，能够得到他的支持，对于朱棣来说是赢得民心的一个重要砝码。早在朱棣进军南京前，他的首席军师道衍就曾恳求他放过方孝孺。
朱棣当时满口答应，但进了南京城后，面对黄子澄和齐泰等建文旧臣的强烈恨意，情绪已经有些暴躁，对不肯投降的方孝孺更加不满。后来朱棣准备登基，需要有人起草诏书，大臣们都推举方孝孺来写，更把方孝孺推上了风口浪尖。方孝孺上殿的时候穿着丧服，朱棣知道他在为朱允炆服丧，显见是对自己威