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经国用过相同的方法，对付情敌任显群，比康熙皇帝单靠文字狱整人，的确技巧上，大跨一步，也容易判十年徒刑。另一方面，单从《自由中国》所刊过的文章中，“断章取义，东拼西凑，张冠李戴，和改头换面”，罗织雷的罪名，究难昭信于世人。
特务机构先派洪国式和雷同间，拟由洪诬雷为“匪谍”。讵料，雷说“洪国式不但不肯诬陷我，反而同情我，要我说话当心。”
洪国式这着棋失败了，改向刘子英下手。雷说：
“因为刘子英是我担保入台的，抵台时又住在《自由中国》社里面，而我又一再给他介绍工作。如果刘子英能够自认是匪谋而又告诉了我，那就可以课我以叛国之罪，在‘莫须有’的表面上，总比较好看一点。至于这样做法，是否丧尽了良心和伤天害理，那就完全不顾了。过去许多王朝时代就不必说了，为了家天下和个人统治起见，清末的那位慈禧固是如此，民国的袁世凯亦复如是。刘子英在受不住威胁利诱的情形下，就‘自认是匪谍，而且告诉了雷震。’被迫缮写‘自白书’而六易其稿，始得警备总部当局和国民党中央党部主持‘雷案’的人，大为满意。其条件则是警备总部，当然就是国民党及其政府豢养刘子英的一生和其大陆的家属”。＇17＇
逮捕雷震，举手之劳；防悠悠之口，可就不简单了。九月五日，警总政治部主任王超凡举行记者招待会，一口咬定雷“涉嫌叛乱”，但事实如何，搪塞以对。又说：警总系根据“惩治叛乱条例”第十条采取行动。第十条规定，在戒严区域内，不论犯本条例之罪者为军人，抑为非军人，概由军事机关审判。
王超凡同时以书面文件，公开指责《自由中国》的言论文字，涉嫌叛乱，国民党中央党部，不甘落后，亦以言论摘要配合。
司马桑敦在其《雷震与〈自由中国〉半月刊》一文中，摘要归纳如下：
“（1）倡导反攻无望。引用《自由中国》第七卷第七期的《反攻大陆问题》中文例：‘而马上就要回大陆这一假想，又是颇为渺茫。一个国家的一切做法都是建立在这样一个渺茫的假想之上，这是太不稳健了。一群人在这样一个渺茫的假想之上活动，哪里会生死以之、全力以赴？’文件作者认为这种说法影响民心士气，莫此为甚。
（2）主张美国干步我国内政。引用《自由中国》第十八卷第六期社论：《中国人看美国的远东政策》中说‘假若美国今后改换一个方式，把这种经济援助的重心，不专放在各国的政府上面也放在各国的人民，或严格规定凡接受美援者，必须遵守国内言论自由、保障人权、一切案件公开审判、经济政策符合平民大众利益，及司法独立等为前提条件，那我们相信东南亚各国没有一国的人民会反对这种干涉’。又引用《自由中国》第二十二卷第十二期社论《欢迎艾森豪威尔总统访华》文：‘试想，如果由上而下的改革竟被事实证明为无法走通之路，则中国将面临怎样一个可怕选择，流血？政变？还是让绝望来销蚀人民的反共意志？’文件作者认为这篇社论，将‘流血’‘政变’来激动艾森豪威尔总统干涉我内政。
（3）煽动军人愤恨政府。文例引自《自由中国》第十七卷第四期社论：《我们的军事》内有：‘但军人生活的困难，内心的苦闷，实已相当的严重’，‘这种现象，还不够严重吗？任其发展下去，我们军事将成一个什么样子，真可以使你想起来发抖！’文例又引《自由中国》第二十卷第二期读者投书《革命军人为何要以‘狗’自居？》等文，认为《自由中国》用意在煽动军人情绪，为其企图颠覆政府重要对象之一。
（4）为共匪作统战宣传。引用《自由中国》第十九卷第八期社论：《认清当前局势展开新运动》，内有：‘于是乎台湾一天一天地走向孤立的道路。这种统治的结果，使整个政治机能愈来愈僵固，政治的格局愈来愈狭小’，又有：‘我们兹举几项最需要办的事项如下：取消一党专政；取消党化军队；取消浪费青年生命，制造个人势力的青年反共救国团；取消党化教育。’文件作者认为这些文字均证该志煽动海内外人民，颠覆政府，另组政府或投向其他政权之阴谋。
（5）挑拨本省人与大陆来台同胞间感情。引用《自由中国》第二十三卷第二期社论：《台湾人与大陆人》，内有‘司法成了政治乃至政党的工具’。除司法以外，警察与税吏是各行各业的人经常接触的，他们的横行霸道，更为一般人民所最感头痛，无怪乎这三个部门在省议的质询中称之为‘台湾三害’。‘可是在若干台湾人的心目中，统治台湾的是大陆人’。
又引用《自由中国》第十九卷第七期社论：《台湾人对陈内阁的期望》，内有：‘在中央各院部会中竟没有一个台湾人，这是不是能够使台湾人相信我们已经恢复了国家主人翁的地位呢？’
文件作者认为这是该刊挑拨拨台湾人不应受大陆人的统治。
（6）鼓励人民反抗政府流血革命。引用《自由中国》第二十二卷第十期社论：《反共不是黑暗统治的护符》，内有：‘自古至今，统治者太专横、太霸道、太自私，以至叫人忍无可忍的时候，大家就要冒着生命的危险来反杭的。’”
又引用同期另一篇社论：
“《我们为什么迫切需要一个强有力的反对党》内有：‘国民党如果执迷不悟、自私自利，那么只有等待再革命吧！再流血吧！’文件作者认为自南韩与土耳其政变后，《自由中国》一再为文鼓动人民效法韩土政变，掀起流血革命，以图颠覆政府。”＇18＇
证明经国在下令拘捕雷震之前，早做好一切周详的准备。简言之，发动舆论，使用特务手段，发挥军法制裁的力量，而且，有不达目的誓不休的决心与气魄。
雷震被捕的消息，不胫而走，熟悉台湾情况的观察家，认为是意想中事，但外国报纸，仍惊奇不已，圣路易城的《邮讯报》发表社论说：
“叛乱的定义是‘意图叛乱却因缺乏公开的行动而无法达到之行为’。显然的，在中华民国反对蒋总统就是叛乱。雷先生的《自由中国》杂志，据说曾刊载过那些讨厌的看法。例如，蒋总统的政府太弱，无法光复大陆；党化蒋总统的军队；美国应该监督其对台湾美援的处置，以保障人权。这些意见听来都不象叛乱，美国政治人物在总统竞选中要说比这些更坏得多的事物。”＇19＇
其余如《纽约时报》、《基督教箴言报》、《时代周刊》、合众社等，无不先后著文大加挞伐。
美国参院外交委员会主席傅尔布莱德，气愤不已也公开评蒋，他说：“也许他（雷震）是一个恶棍，但看样子，却象是清算反对党。”＇20＇
九月十三日，蒋先生亲自出马，向访台的美国西海岸记者访问团，解释捕雷的原因，“系该刊所登的文章，对‘共匪’有利”。他相信“已有匪谍在该刊幕后作活动”等等，最后，蒋先生故意卖关子：“我不愿作进一步的评论，因为这件案子尚在侦查中。”＇21＇
官方一口咬定，雷案是法律事件，其实谁都知道那是政治事件，它的用心，是在逃避世人指责。青年党籍的监察委员陈翰珍，即持此说：“雷案根本不是法律问题，完全是因雷震组织中国民主党的政治问题。”＇22＇
法律问题也好，政治问题也好，蒋已一意孤行，只好蛮干到底。
军事法庭，发挥高度的工作效率，于二十七日公布起诉书，起诉内容，一无新颖之处，主要说，刘子英接受傅学文的派遣，策反雷震，为匪宣传，雷知情不报，另一名马之骕，曾参加南下工作团，经警总侦讯，由雷军外候审。
起诉书发表的前三天，《自由中国》的编委及主要撰稿人殷海光、夏道平和宋文明三人，共同发表声明，表示愿对该刊的文章，自负文责，但当局的对象是雷震，故未予理会。
两星期后（十月八日），军法处走完过场，便匆匆结案，以“煽动叛乱罪”判雷震有期徒刑十年，剥夺公权七年；刘子英陪葬，有期徒刑十二年，剥夺公权八年；马之骕有期徒刑五年；傅正因撰文“攻讦政府，论调激烈”，交感化教育三年。
国民党一场史无前例的文字狱，在天人共愤的情形下，急速落幕。
雷震下狱，蒋先生父子为之释然，再无需担心岛内的反对声浪，刚刚要出土的新党，亦因此寒流霜雪而摧残。但国外正义的怒潮，却奔腾狂卷。
加州大学教授斯卡拉宾诺，发表在《纽约时报》的文章说：
“……雷震的罪名，经失败主义直到颠覆政府，但是他的真正罪名，非常简单，他打算领导一个对杭国民党的真正反对党。
……最近盛传……蒋经国正在握权。统治秘密警察的蒋经国，不是美国的朋友，在台湾住的人，最怕的就是他。
国民党有理由畏惧象中国民主党有生气的新党派，此点毫不足异，甚至拥护国民党的人士如胡适，及第三势力如张君劢，目前也很恐俱，或在私下批评。自由中国在哪里呢？它自然不在大陆上，但也没有在台湾。”＇23＇
詹姆斯·H·泰勒牧师这样反问着：
“起诉书中‘该刘子英图报犹恐不及，断无任意攀诬（雷震）之理。’这说法是错误的。随便看一看历史上记载的就非常多，有的人们甚至捏词出卖朋友。基于这段错误的说法，雷震被假定‘明知刘子英系匪帮派来使其自己为共党工作的匪谍’。
我并不是说雷震并不知道此事，我也不是说他已经知道此事。我只要问，刘子英说他告诉雷震说他是被共产党派来工作的说法（雷震对此点已予否认），是否就足以构成他确己知道的事实呢？”＇24＇
美国舆论的抨击，是站在美国利益的立场，评雷论蒋，国民党所受到的羞辱，不下于吴国祯事件，或“五二四事件”。�